More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_1768 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_1768  Histone deacetylase  100 
 
 		 311 aa  632  1e-180  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.70732  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3087  histone deacetylase superfamily protein  73.8 
 
 		 337 aa  469  1.0000000000000001e-131  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00000151146  normal  0.0282587 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1613  histone deacetylase superfamily protein  72.73 
 
 		 333 aa  456  1e-127  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  unclonable  0.000000152208  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1613  histone deacetylase superfamily  65.02 
 
 		 335 aa  402  1e-111  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  hitchhiker  0.000964161  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1941  histone deacetylase superfamily  64.36 
 
 		 334 aa  399  9.999999999999999e-111  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  hitchhiker  0.00172119  hitchhiker  0.00484876 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1507  hypothetical protein  66.88 
 
 		 324 aa  400  9.999999999999999e-111  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  hitchhiker  0.0000688301  normal  0.246857 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1606  hypothetical protein  66.21 
 
 		 323 aa  397  1e-109  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00000378797  normal  0.732235 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1991  histone deacetylase superfamily protein  60.26 
 
 		 318 aa  363  2e-99  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000158404 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1201  histone deacetylase superfamily protein  63.21 
 
 		 323 aa  362  4e-99  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.0000000329608  normal  0.582651 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1529  histone deacetylase superfamily protein  57.09 
 
 		 299 aa  357  1.9999999999999998e-97  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.188503  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1393  histone deacetylase superfamily  52.15 
 
 		 299 aa  338  7e-92  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2377  histone deacetylase superfamily protein  59.06 
 
 		 300 aa  331  1e-89  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.018  normal  0.544894 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3448  histone deacetylase superfamily protein  56.04 
 
 		 297 aa  320  1.9999999999999998e-86  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.509704 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1152  histone deacetylase superfamily protein  54.45 
 
 		 301 aa  319  3e-86  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0905584  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1601  histone deacetylase superfamily  57.72 
 
 		 299 aa  315  9e-85  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1584  histone deacetylase superfamily protein  54.7 
 
 		 298 aa  313  1.9999999999999998e-84  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3500  Histone deacetylase  49.67 
 
 		 311 aa  300  2e-80  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2469  Histone deacetylase  55.96 
 
 		 305 aa  282  5.000000000000001e-75  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2066  deacetylase  45.97 
 
 		 299 aa  266  4e-70  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.288592  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_04120  Histone deacetylase superfamily protein  42.38 
 
 		 299 aa  262  4.999999999999999e-69  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.0413564  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2789  histone deacetylase superfamily protein  43.48 
 
 		 298 aa  250  2e-65  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1532  histone deacetylase superfamily  41.83 
 
 		 304 aa  243  1.9999999999999999e-63  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2706  histone deacetylase superfamily  45.61 
 
 		 305 aa  240  2e-62  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.000210159  unclonable  0.000000000120446 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1393  histone deacetylase/AcuC/AphA family protein-like  43.52 
 
 		 304 aa  239  4e-62  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.194758  normal  0.700999 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6866  histone deacetylase superfamily  41.8 
 
 		 299 aa  239  5.999999999999999e-62  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.859971  normal  0.144342 
 
 
-
 
NC_009369  OSTLU_40492  predicted protein  41.12 
 
 		 350 aa  238  9e-62  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  0.0423597 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2162  histone deacetylase superfamily protein  40.27 
 
 		 302 aa  238  1e-61  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2116  histone deacetylase superfamily protein  40.6 
 
 		 305 aa  238  1e-61  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1420  histone deacetylase superfamily protein  42.81 
 
 		 306 aa  237  2e-61  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.0496164 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1827  histone deacetylase superfamily protein  40.98 
 
 		 303 aa  237  2e-61  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2562  Histone deacetylase  41.06 
 
 		 305 aa  236  4e-61  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.432751 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3551  histone deacetylase superfamily  41.06 
 
 		 305 aa  236  5.0000000000000005e-61  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2483  Histone deacetylase  40.14 
 
 		 300 aa  234  1.0000000000000001e-60  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.557385  normal  0.140117 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3030  Histone deacetylase  44.33 
 
 		 299 aa  232  6e-60  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.894119  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3192  histone deacetylase superfamily protein  40.2 
 
 		 305 aa  228  1e-58  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.00911775  hitchhiker  0.000717233 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0686  histone deacetylase superfamily  46.86 
 
 		 294 aa  224  1e-57  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.611894 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3722  histone deacetylase superfamily protein  43.42 
 
 		 306 aa  222  4.9999999999999996e-57  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2043  Histone deacetylase  40.61 
 
 		 299 aa  222  7e-57  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0169314  hitchhiker  0.0046378 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0050  histone deacetylase superfamily protein  47.79 
 
 		 306 aa  221  9e-57  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0204903  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0656  histone deacetylase superfamily protein  43.26 
 
 		 304 aa  219  3e-56  Pseudomonas putida W619  Bacteria  unclonable  0.000000000855576  normal  0.416487 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0323  deacetylase  36.77 
 
 		 300 aa  216  2.9999999999999998e-55  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3373  histone deacetylase family protein  38.68 
 
 		 300 aa  216  5.9999999999999996e-55  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0543734  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4918  histone deacetylase superfamily protein  41.43 
 
 		 306 aa  215  9e-55  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  unclonable  0.000000000000273279  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2506  histone deacetylase superfamily  42.76 
 
 		 296 aa  214  1.9999999999999998e-54  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1162  histone deacetylase superfamily protein  39.93 
 
 		 306 aa  213  2.9999999999999995e-54  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1245  histone deacetylase/AcuC/AphA family protein  38.87 
 
 		 305 aa  212  5.999999999999999e-54  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000118499 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1764  putative histone deacetylase/AcuC/AphA family protein  40.2 
 
 		 316 aa  212  7.999999999999999e-54  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  0.0823367 
 
 
-
 
NC_011669  PHATRDRAFT_9278  predicted protein  38.78 
 
 		 294 aa  211  1e-53  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4892  histone deacetylase superfamily protein  47.25 
 
 		 305 aa  211  1e-53  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3902  histone deacetylase superfamily protein  36.83 
 
 		 357 aa  211  1e-53  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  decreased coverage  0.000000251706  normal  0.03889 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4777  histone deacetylase superfamily protein  42.35 
 
 		 304 aa  211  1e-53  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000599986  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4295  histone deacetylase superfamily protein  40.49 
 
 		 305 aa  210  3e-53  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.331272  normal  0.7959 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10030  histone deacetylase superfamily  42.4 
 
 		 316 aa  209  6e-53  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0971633  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1459  putative histone deacetylase/AcuC/AphA family protein  38.56 
 
 		 305 aa  207  2e-52  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0713  histone deacetylase superfamily protein  44.65 
 
 		 308 aa  207  2e-52  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.50552  normal  0.260718 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2660  histone deacetylase superfamily protein  39.12 
 
 		 304 aa  206  4e-52  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4764  histone deacetylase superfamily  40.78 
 
 		 304 aa  206  5e-52  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  unclonable  0.0000188722  decreased coverage  0.000868257 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02968  histone deacetylase family protein  45.09 
 
 		 224 aa  206  5e-52  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.510136  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4639  histone deacetylase superfamily protein  41.64 
 
 		 317 aa  205  6e-52  Pseudomonas putida F1  Bacteria  unclonable  0.0000000000315852  hitchhiker  0.00689363 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2542  histone deacetylase superfamily protein  38.1 
 
 		 300 aa  204  1e-51  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00205391 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0726  histone deacetylase superfamily  44.28 
 
 		 297 aa  204  2e-51  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4662  histone deacetylase family protein  42.32 
 
 		 305 aa  204  2e-51  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6387  histone deacetylase superfamily protein  45.26 
 
 		 298 aa  204  2e-51  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  decreased coverage  0.006244  normal  0.830145 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002921  histone deacetylase/AcuC/AphA family protein  37.88 
 
 		 307 aa  204  2e-51  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2474  histone deacetylase superfamily protein  38.1 
 
 		 300 aa  203  3e-51  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00188397 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2487  histone deacetylase superfamily protein  39.25 
 
 		 300 aa  201  9.999999999999999e-51  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.60651  normal  0.017573 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2634  histone deacetylase superfamily protein  37.76 
 
 		 300 aa  201  9.999999999999999e-51  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00803062 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3915  histone deacetylase superfamily protein  38.44 
 
 		 315 aa  200  3e-50  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6780  histone deacetylase superfamily  45.39 
 
 		 298 aa  199  3.9999999999999996e-50  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1815  histone deacetylase/AcuC/AphA family protein  37.37 
 
 		 304 aa  199  3.9999999999999996e-50  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2634  histone deacetylase superfamily protein  38.52 
 
 		 307 aa  199  3.9999999999999996e-50  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1625  histone deacetylase superfamily protein  37.88 
 
 		 302 aa  199  5e-50  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1648  histone deacetylase superfamily protein  37.54 
 
 		 302 aa  198  1.0000000000000001e-49  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.265493 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1614  histone deacetylase superfamily protein  37.54 
 
 		 302 aa  198  1.0000000000000001e-49  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2729  histone deacetylase superfamily  37.54 
 
 		 302 aa  197  2.0000000000000003e-49  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00182123 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2905  histone deacetylase superfamily protein  36.1 
 
 		 308 aa  195  7e-49  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.681424  normal  1 
 
 
-
 
NC_009369  OSTLU_40681  predicted protein  39.93 
 
 		 323 aa  194  1e-48  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  hitchhiker  0.000252385  normal  0.188986 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3900  histone deacetylase superfamily protein  36.15 
 
 		 305 aa  193  4e-48  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.0191811 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03035  hypothetical protein  36.59 
 
 		 307 aa  192  7e-48  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1629  histone deacetylase/AcuC/AphA family protein  36.39 
 
 		 306 aa  192  9e-48  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000111374  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0998  hypothetical protein  35.21 
 
 		 300 aa  174  1.9999999999999998e-42  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011671  PHATR_4821  predicted protein  40.97 
 
 		 324 aa  150  3e-35  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0535  Histone deacetylase  36.05 
 
 		 387 aa  126  4.0000000000000003e-28  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_18020  deacetylase, histone deacetylase/acetoin utilization protein  35.06 
 
 		 417 aa  117  3e-25  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.738077  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3143  histone deacetylase superfamily  35.11 
 
 		 403 aa  117  3.9999999999999997e-25  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.170732 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0246  histone deacetylase superfamily protein  33.59 
 
 		 392 aa  115  1.0000000000000001e-24  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0467298  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3345  histone deacetylase superfamily protein  34.73 
 
 		 407 aa  113  4.0000000000000004e-24  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0483  histone deacetylase superfamily protein  33.19 
 
 		 394 aa  111  1.0000000000000001e-23  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.275495  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3565  Histone deacetylase  32.24 
 
 		 393 aa  110  3e-23  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1831  hypothetical protein  48.11 
 
 		 133 aa  109  6e-23  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.330593  normal  1 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1425  histone deacetylase superfamily protein  32.93 
 
 		 370 aa  108  1e-22  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5005  Histone deacetylase  32.11 
 
 		 396 aa  108  2e-22  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.983537  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0250  histone deacetylase superfamily  33.73 
 
 		 387 aa  106  4e-22  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.358933  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3503  histone deacetylase superfamily protein  33.45 
 
 		 426 aa  106  6e-22  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.678052  normal  0.280253 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0635  histone deacetylase superfamily protein  31.09 
 
 		 309 aa  105  9e-22  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.745651  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2745  Histone deacetylase  31.47 
 
 		 406 aa  105  1e-21  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.799904  hitchhiker  0.000342865 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2054  histone deacetylase family protein  30.92 
 
 		 374 aa  105  1e-21  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.24531 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0674  histone deacetylase superfamily protein  37.99 
 
 		 346 aa  105  1e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0611  histone deacetylase superfamily  32.24 
 
 		 394 aa  104  2e-21  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.571257  normal  0.0511061 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2856  histone deacetylase superfamily protein  34.2 
 
 		 342 aa  103  3e-21  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>