259 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VC0395_A2692 on replicon NC_009457
Organism: Vibrio cholerae O395



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009457  VC0395_A2692  DNA polymerase III subunit epsilon  100 
 
 		 209 aa  429  1e-119  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002200  DNA polymerase III epsilon subunit  83.57 
 
 		 209 aa  358  3e-98  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00168  DNA polymerase III subunit epsilon  80.19 
 
 		 210 aa  349  2e-95  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2832  DNA polymerase III subunit epsilon  60.39 
 
 		 210 aa  251  6e-66  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1452  DNA polymerase III subunit epsilon  41.71 
 
 		 205 aa  169  3e-41  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1893  DNA polymerase III subunit epsilon  39.71 
 
 		 208 aa  158  5e-38  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.598016  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1544  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  39.5 
 
 		 203 aa  158  6e-38  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000802339  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0874  DNA polymerase III subunit epsilon  44.38 
 
 		 205 aa  157  1e-37  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.203661  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_22380  DNA polymerase III subunit epsilon  39.22 
 
 		 208 aa  156  2e-37  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000013182 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2621  DNA polymerase III subunit epsilon  39.18 
 
 		 222 aa  154  1e-36  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1120  DNA polymerase III subunit epsilon  37.82 
 
 		 207 aa  152  4e-36  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0481  DNA polymerase III subunit epsilon  40.59 
 
 		 220 aa  151  5.9999999999999996e-36  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5959  DNA polymerase III subunit epsilon  41 
 
 		 212 aa  151  7e-36  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2503  DNA polymerase III subunit epsilon  45.2 
 
 		 218 aa  149  2e-35  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000240357 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0828  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  39.66 
 
 		 203 aa  149  3e-35  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.0208649  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0467  DNA polymerase III subunit epsilon  41.62 
 
 		 216 aa  143  2e-33  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.268552  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0451  DNA polymerase III subunit epsilon  39.38 
 
 		 216 aa  142  3e-33  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0363772  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0536  DNA polymerase III subunit epsilon  34.8 
 
 		 218 aa  139  3.9999999999999997e-32  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0633  DNA polymerase III subunit epsilon  36.02 
 
 		 209 aa  129  2.0000000000000002e-29  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0045  DNA polymerase III subunit epsilon  35.57 
 
 		 223 aa  127  1.0000000000000001e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0045  DNA polymerase III subunit epsilon  36.16 
 
 		 223 aa  124  7e-28  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.193012  normal  0.0131844 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0553  DNA polymerase III subunit epsilon  32.66 
 
 		 201 aa  107  2e-22  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000164562 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0391  DNA polymerase III subunit epsilon  32.34 
 
 		 203 aa  105  4e-22  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0160447 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0437  DNA polymerase III subunit epsilon  30.85 
 
 		 203 aa  99.8  3e-20  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0553  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.71 
 
 		 244 aa  89.7  3e-17  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1265  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.24 
 
 		 205 aa  86.3  3e-16  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0353  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.03 
 
 		 236 aa  82  0.000000000000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.970254  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0379  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.57 
 
 		 236 aa  80.9  0.00000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.747837  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4849  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  36.07 
 
 		 236 aa  79.3  0.00000000000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1035  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.65 
 
 		 232 aa  79.3  0.00000000000004  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0079955 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4098  DNA polymerase III, epsilon subunit  34.75 
 
 		 233 aa  78.2  0.00000000000009  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0381  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.61 
 
 		 236 aa  76.6  0.0000000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.738013  normal  0.331802 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5186  exonuclease  30.43 
 
 		 235 aa  75.9  0.0000000000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.229542  normal  0.446377 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4029  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  29.03 
 
 		 238 aa  74.7  0.0000000000009  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0866563  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2858  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  27.91 
 
 		 198 aa  72.8  0.000000000004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1743  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.17 
 
 		 930 aa  70.9  0.00000000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.23026  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2479  DNA polymerase III, epsilon subunit  27.68 
 
 		 209 aa  71.2  0.00000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.114272  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4703  exonuclease  30.12 
 
 		 237 aa  70.1  0.00000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.205144  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2053  putative PAS/PAC sensor protein  27.49 
 
 		 714 aa  70.5  0.00000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.115114 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0628  DNA polymerase III, epsilon subunit  27.68 
 
 		 239 aa  69.7  0.00000000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0149  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.74 
 
 		 187 aa  70.1  0.00000000003  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.0000109294  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2226  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.98 
 
 		 498 aa  69.7  0.00000000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  TC0823  DNA polymerase III subunit epsilon  30.81 
 
 		 250 aa  69.3  0.00000000004  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.167011  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2477  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  29.21 
 
 		 233 aa  69.3  0.00000000004  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00576193 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0902  DNA polymerase III, epsilon subunit  27.65 
 
 		 235 aa  68.9  0.00000000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01887  DNA polymerase III subunit epsilon  31.21 
 
 		 239 aa  68.6  0.00000000006  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0089  exonuclease  26.85 
 
 		 233 aa  68.6  0.00000000007  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.289343 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0470  exonuclease, putative  28.92 
 
 		 237 aa  67.4  0.0000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0562  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.98 
 
 		 921 aa  67.8  0.0000000001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1305  DNA polymerase III, epsilon subunit  27.49 
 
 		 232 aa  66.6  0.0000000002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.770765 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2426  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.07 
 
 		 719 aa  66.6  0.0000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.457713 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0668  putative PAS/PAC sensor protein  30.18 
 
 		 719 aa  66.2  0.0000000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3714  DNA polymerase III, epsilon subunit  25 
 
 		 233 aa  65.5  0.0000000006  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.349648  hitchhiker  0.000000325889 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1902  putative PAS/PAC sensor protein  25.73 
 
 		 707 aa  65.5  0.0000000006  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1010  DNA polymerase III, epsilon subunit  27.32 
 
 		 236 aa  64.7  0.000000001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.0343997 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2137  DNA polymerase III, epsilon subunit  26.4 
 
 		 864 aa  63.5  0.000000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1525  DNA polymerase III epsilon subunit-related 3'-5' exonuclease-like protein  29.59 
 
 		 228 aa  63.2  0.000000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1651  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  27.59 
 
 		 952 aa  62.8  0.000000004  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1721  DNA polymerase III PolC  31.61 
 
 		 1390 aa  62  0.000000007  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.670328  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2978  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.32 
 
 		 230 aa  61.6  0.000000009  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1432  exonuclease  26.63 
 
 		 184 aa  61.2  0.00000001  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2648  DNA polymerase III, epsilon subunit  26.9 
 
 		 769 aa  60.8  0.00000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1982  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  24.12 
 
 		 184 aa  60.1  0.00000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1650  DNA polymerase III PolC  25.43 
 
 		 1407 aa  60.8  0.00000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.00795258  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1948  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  24.12 
 
 		 184 aa  60.1  0.00000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.111386  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3347  exonuclease  27.44 
 
 		 233 aa  60.8  0.00000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1867  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  26.42 
 
 		 246 aa  60.1  0.00000003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.304981  normal  0.675746 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_5011  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.16 
 
 		 238 aa  59.3  0.00000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1633  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.16 
 
 		 721 aa  59.7  0.00000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0809  DNA polymerase III, alpha subunit ( type)  24 
 
 		 1432 aa  59.7  0.00000003  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00164061 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2625  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.41 
 
 		 300 aa  59.3  0.00000004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.401759  hitchhiker  0.000000993281 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2006  putative PAS/PAC sensor protein  26.79 
 
 		 729 aa  59.3  0.00000004  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.475164 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0996  DNA polymerase III PolC  25.29 
 
 		 1442 aa  59.3  0.00000004  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1818  DNA polymerase III, epsilon subunit  26.11 
 
 		 180 aa  58.9  0.00000006  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.562654 
 
 
-
 
NC_002978  WD0108  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.51 
 
 		 231 aa  58.2  0.00000008  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.223432  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0360  DNA polymerase III PolC  27.07 
 
 		 1367 aa  58.2  0.00000008  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0836  DNA polymerase III subunit epsilon  29.82 
 
 		 240 aa  58.2  0.00000008  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0342  DNA polymerase III PolC  27.07 
 
 		 1367 aa  58.2  0.00000008  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_05890  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.36 
 
 		 240 aa  58.2  0.00000009  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003140  DNA polymerase III epsilon subunit  28.9 
 
 		 239 aa  58.2  0.0000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0145  DNA polymerase III, epsilon subunit  24.85 
 
 		 235 aa  57.8  0.0000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0506  DNA polymerase III, epsilon subunit:DNA polymerase 3, epsilon subunit  28.81 
 
 		 239 aa  57  0.0000002  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.021444  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3224  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.32 
 
 		 927 aa  57.4  0.0000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.00101103  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3777  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.07 
 
 		 722 aa  57  0.0000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0478  DNA polymerase III, epsilon subunit  27.37 
 
 		 184 aa  56.6  0.0000002  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0099  DNA polymerase III subunit epsilon  25.94 
 
 		 238 aa  57  0.0000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0549  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.84 
 
 		 342 aa  56.6  0.0000003  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.860226  hitchhiker  0.000115657 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0716  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  26.52 
 
 		 180 aa  56.2  0.0000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.700864  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1965  DNA polymerase III, alpha subunit  25.45 
 
 		 1426 aa  55.8  0.0000004  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0968  DNA polymerase III subunit epsilon  27.04 
 
 		 238 aa  55.8  0.0000005  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.109117 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4544  DNA polymerase III subunit epsilon  26.63 
 
 		 235 aa  55.5  0.0000006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.804755  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0265  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  30.38 
 
 		 228 aa  55.5  0.0000006  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0424  DNA polymerase III, epsilon subunit  24.56 
 
 		 186 aa  55.1  0.0000007  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2322  DNA polymerase III subunit epsilon  26.32 
 
 		 238 aa  55.1  0.0000007  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0721155  normal  0.012289 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3386  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.32 
 
 		 226 aa  55.1  0.0000007  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.328589 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0439  DNA polymerase III, epsilon subunit  24.56 
 
 		 186 aa  55.1  0.0000008  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0778  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  26.52 
 
 		 180 aa  54.7  0.0000009  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2482  DNA-directed DNA polymerase  28.07 
 
 		 168 aa  54.3  0.000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0470  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.14 
 
 		 228 aa  54.3  0.000001  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011879  Achl_4454  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  26.82 
 
 		 187 aa  54.7  0.000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000618173 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>