More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_3371 on replicon NC_008043
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008043  TM1040_3371  histidine kinase  100 
 
 		 887 aa  1799    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.564838 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3029  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.82 
 
 		 652 aa  229  1e-58  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0632  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  43.28 
 
 		 695 aa  204  6e-51  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.554525  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2013  multi-sensor hybrid histidine kinase  39.86 
 
 		 801 aa  182  2.9999999999999997e-44  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1412  sensor histidine kinase/response regulator  30.98 
 
 		 737 aa  177  6e-43  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.281366  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4259  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.54 
 
 		 804 aa  176  1.9999999999999998e-42  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1405  sensor histidine kinase/response regulator  34.77 
 
 		 1379 aa  175  3.9999999999999995e-42  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0625  sensory box sensor histidine kinase  37.95 
 
 		 853 aa  174  5e-42  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0137493  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0598  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  36.73 
 
 		 852 aa  174  5.999999999999999e-42  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1502  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  36.59 
 
 		 952 aa  168  2.9999999999999998e-40  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1221  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.72 
 
 		 862 aa  168  4e-40  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.000508764  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_887  sensor histidine kinase/response regulator  34.06 
 
 		 1258 aa  167  5.9999999999999996e-40  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_566  sensor histidine kinase  35.56 
 
 		 852 aa  167  1.0000000000000001e-39  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2324  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  31.36 
 
 		 1089 aa  166  2.0000000000000002e-39  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1776  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  30.6 
 
 		 1255 aa  166  2.0000000000000002e-39  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0903  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.7 
 
 		 1262 aa  165  3e-39  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3026  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  34.17 
 
 		 819 aa  164  5.0000000000000005e-39  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.956622  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0599  sensor histidine kinase  38.72 
 
 		 516 aa  164  1e-38  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.712445  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0073  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  35.23 
 
 		 505 aa  163  2e-38  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2719  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  28.3 
 
 		 683 aa  162  2e-38  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2148  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.59 
 
 		 819 aa  162  3e-38  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.233006  hitchhiker  0.00949178 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2497  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.76 
 
 		 1168 aa  161  4e-38  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.436801 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1382  histidine kinase  38.67 
 
 		 912 aa  161  6e-38  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2923  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  36.84 
 
 		 541 aa  160  8e-38  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.252505  hitchhiker  0.00000000439976 
 
 
-
 
NC_002936  DET0127  sensory box sensor histidine kinase  35.28 
 
 		 1061 aa  160  1e-37  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0317  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  39.36 
 
 		 407 aa  160  1e-37  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.294431  normal  0.0468502 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0801  multi-sensor hybrid histidine kinase  30.7 
 
 		 953 aa  159  1e-37  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.220837  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_134  sensor histidine kinase  33.76 
 
 		 1062 aa  159  1e-37  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1016  sensory box sensor histidine kinase/response regulator  32.58 
 
 		 1258 aa  159  2e-37  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0512  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  26.07 
 
 		 945 aa  159  2e-37  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.683796  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2812  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  38.75 
 
 		 495 aa  159  2e-37  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3573  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  39.57 
 
 		 402 aa  158  4e-37  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.855521  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2710  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.24 
 
 		 756 aa  158  5.0000000000000005e-37  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.438958  normal  0.796256 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1104  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  32.95 
 
 		 394 aa  158  5.0000000000000005e-37  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2164  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  26.29 
 
 		 941 aa  158  5.0000000000000005e-37  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0320639 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1396  sensor histidine kinase/response regulator  35.06 
 
 		 1092 aa  158  5.0000000000000005e-37  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0231  GAF sensor hybrid histidine kinase  41.48 
 
 		 844 aa  158  5.0000000000000005e-37  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.794534  normal  0.63544 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0714  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  27.97 
 
 		 744 aa  157  1e-36  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2402  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  38.63 
 
 		 803 aa  157  1e-36  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.623752 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1076  sensor histidine kinase  33.33 
 
 		 395 aa  157  1e-36  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.118073  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0886  GAF sensor hybrid histidine kinase  40.68 
 
 		 842 aa  157  1e-36  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00435524 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2368  sensory histidine kinase AtoS  35.09 
 
 		 608 aa  155  2.9999999999999998e-36  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0221711  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0052  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  30.34 
 
 		 1080 aa  155  4e-36  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4499  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.27 
 
 		 674 aa  155  4e-36  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.278807  normal  0.486911 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1350  multi-sensor signal transduction histidine kinase  35.25 
 
 		 676 aa  154  5e-36  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0906179 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1431  sensory histidine kinase AtoS  34.97 
 
 		 608 aa  154  5.9999999999999996e-36  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.250093  hitchhiker  0.00150562 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02146  sensory histidine kinase in two-component regulatory system with AtoC  34.97 
 
 		 608 aa  154  7e-36  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1439  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  34.97 
 
 		 608 aa  154  7e-36  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.36941  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2360  sensory histidine kinase AtoS  34.97 
 
 		 608 aa  154  7e-36  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00013069  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2727  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  27.93 
 
 		 753 aa  154  7e-36  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1057  histidine kinase  40.43 
 
 		 673 aa  154  7e-36  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.0263803 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02105  hypothetical protein  34.97 
 
 		 608 aa  154  7e-36  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4374  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.89 
 
 		 676 aa  154  8e-36  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0796172 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1139  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  35.98 
 
 		 578 aa  153  1e-35  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3096  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  26.16 
 
 		 659 aa  154  1e-35  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0617  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  34.94 
 
 		 557 aa  152  2e-35  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.543989  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1222  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.88 
 
 		 686 aa  152  2e-35  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0583301 
 
 
-
 
NC_008741  Dvul_3022  multi-sensor signal transduction histidine kinase  27.91 
 
 		 1101 aa  153  2e-35  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0775  sensor histidine kinase  41.3 
 
 		 674 aa  152  3e-35  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0201  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  37.75 
 
 		 408 aa  152  3e-35  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2038  histidine kinase  32.97 
 
 		 552 aa  151  4e-35  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2960  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.55 
 
 		 557 aa  152  4e-35  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0258  two component sensor histidine kinase  35.54 
 
 		 556 aa  152  4e-35  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2652  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  33.12 
 
 		 833 aa  151  5e-35  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1293  sensory box sensor histidine kinase  32.42 
 
 		 394 aa  151  6e-35  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.00147637  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0957  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.17 
 
 		 676 aa  150  7e-35  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1167  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  37.14 
 
 		 551 aa  150  7e-35  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1985  histidine kinase  42.57 
 
 		 672 aa  150  1.0000000000000001e-34  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0969  histidine kinase  36.73 
 
 		 801 aa  150  1.0000000000000001e-34  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.0000115814  hitchhiker  0.0000040144 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2603  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  32.7 
 
 		 570 aa  149  2.0000000000000003e-34  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0016  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  30.26 
 
 		 679 aa  149  2.0000000000000003e-34  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.225702  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0655  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  33.77 
 
 		 542 aa  149  3e-34  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.0000210229  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0962  sensor histidine kinase  39.29 
 
 		 655 aa  148  4.0000000000000006e-34  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0542  multi-sensor hybrid histidine kinase  27.1 
 
 		 1050 aa  148  4.0000000000000006e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.757487  normal  0.763027 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1524  histidine kinase  38.05 
 
 		 592 aa  148  5e-34  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.64718e-19 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2716  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  37.78 
 
 		 592 aa  148  6e-34  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0711  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.11 
 
 		 702 aa  147  7.0000000000000006e-34  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2240  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  42.92 
 
 		 672 aa  147  7.0000000000000006e-34  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2807  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  33.57 
 
 		 505 aa  147  7.0000000000000006e-34  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0050  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  33.7 
 
 		 871 aa  147  8.000000000000001e-34  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0971682  decreased coverage  0.000571287 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0941  sensor histidine kinase, putative  37.44 
 
 		 248 aa  147  9e-34  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0638  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  38.41 
 
 		 373 aa  146  1e-33  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0936  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.26 
 
 		 671 aa  147  1e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.156465 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2729  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  34.98 
 
 		 702 aa  145  2e-33  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.346218 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2392  histidine kinase  38.49 
 
 		 502 aa  146  2e-33  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0668  histidine kinase  33.67 
 
 		 542 aa  145  2e-33  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  6.512830000000001e-32 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3168  histidine kinase  39.82 
 
 		 369 aa  146  2e-33  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0377  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  26.34 
 
 		 771 aa  145  2e-33  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0247  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  37.5 
 
 		 407 aa  145  3e-33  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.982907  normal  0.433647 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2460  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  30.27 
 
 		 797 aa  145  3e-33  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0878  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  31.75 
 
 		 760 aa  145  4e-33  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.210313  normal  0.808443 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4423  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  32.39 
 
 		 678 aa  145  4e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1728  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  36.4 
 
 		 462 aa  145  4e-33  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.091875  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4969  putative two-component sensor  33.8 
 
 		 698 aa  144  5e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1422  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  38.05 
 
 		 655 aa  144  5e-33  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000957952  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1356  histidine kinase  34.11 
 
 		 591 aa  145  5e-33  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.272397  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0672  histidine kinase  37.96 
 
 		 373 aa  144  6e-33  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2742  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  37.25 
 
 		 544 aa  144  6e-33  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.617202  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0495  multi-sensor hybrid histidine kinase  28.68 
 
 		 1076 aa  144  7e-33  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.359716  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0172  sensory histidine kinase AtoS  35.46 
 
 		 621 aa  144  8e-33  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.557198  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>