More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_4499 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_1350  multi-sensor signal transduction histidine kinase  96.45 
 
 
676 aa  1276    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.0906179 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4395  sensory box histidine kinase  81.15 
 
 
678 aa  1090    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.54023  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4089  PAS  81.9 
 
 
678 aa  1102    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.465781  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0957  multi-sensor signal transduction histidine kinase  94.48 
 
 
676 aa  1253    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4969  putative two-component sensor  73.53 
 
 
698 aa  971    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4423  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  85.91 
 
 
678 aa  1139    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4499  multi-sensor signal transduction histidine kinase  100 
 
 
674 aa  1371    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.278807  normal  0.486911 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4374  multi-sensor signal transduction histidine kinase  96.6 
 
 
676 aa  1277    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.0796172 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_13390  Sensory histidine protein kinase  75.49 
 
 
671 aa  953    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.318892  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0936  multi-sensor signal transduction histidine kinase  76.76 
 
 
671 aa  979    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.156465 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_57170  putative two-component sensor  73.38 
 
 
698 aa  970    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0558  multi-sensor signal transduction histidine kinase  47.33 
 
 
763 aa  373  1e-102  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.043921  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2249  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  46.58 
 
 
771 aa  367  1e-100  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0316  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  46.56 
 
 
764 aa  358  1.9999999999999998e-97  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.889284 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2830  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  45.55 
 
 
631 aa  358  2.9999999999999997e-97  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2233  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  39.33 
 
 
747 aa  353  5.9999999999999994e-96  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2832  multi-sensor signal transduction histidine kinase  45.33 
 
 
745 aa  349  1e-94  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.34987  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1089  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  47.86 
 
 
868 aa  343  5.999999999999999e-93  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.371238 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2772  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  44.44 
 
 
812 aa  342  9e-93  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2727  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  38.59 
 
 
753 aa  341  2.9999999999999998e-92  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1088  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  43.62 
 
 
822 aa  328  1.0000000000000001e-88  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.436726 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1165  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  45.32 
 
 
725 aa  329  1.0000000000000001e-88  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1211  multi-sensor signal transduction histidine kinase  42.96 
 
 
865 aa  325  2e-87  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.478971 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2941  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  42.75 
 
 
719 aa  323  5e-87  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0616  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  43 
 
 
908 aa  317  3e-85  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0119428 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3038  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  40 
 
 
769 aa  306  9.000000000000001e-82  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2870  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  42.75 
 
 
1105 aa  304  3.0000000000000004e-81  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.719713  normal  0.347802 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2880  multi-sensor signal transduction histidine kinase  41.06 
 
 
576 aa  294  3e-78  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1728  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  40.67 
 
 
462 aa  292  1e-77  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.091875  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2640  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  41.79 
 
 
955 aa  290  5.0000000000000004e-77  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2652  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  41.92 
 
 
833 aa  282  1e-74  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0714  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  39.66 
 
 
744 aa  280  5e-74  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0239  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  41.56 
 
 
565 aa  280  7e-74  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1243  multi-sensor signal transduction histidine kinase  47.49 
 
 
734 aa  279  1e-73  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0172121 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2460  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  45.57 
 
 
797 aa  274  5.000000000000001e-72  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1071  multi-sensor signal transduction histidine kinase  44.98 
 
 
802 aa  271  2.9999999999999997e-71  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.43493  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0701  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  40.69 
 
 
540 aa  266  1e-69  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.163647 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0052  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  48.07 
 
 
1080 aa  262  2e-68  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008741  Dvul_3022  multi-sensor signal transduction histidine kinase  43.88 
 
 
1101 aa  258  2e-67  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0758  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  50.55 
 
 
800 aa  257  6e-67  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0991  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  46.01 
 
 
607 aa  256  7e-67  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.964598 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2324  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  48.15 
 
 
1089 aa  251  2e-65  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2950  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  37.44 
 
 
710 aa  237  5.0000000000000005e-61  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0009  PAS  31.8 
 
 
479 aa  206  1e-51  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.304848  normal  0.553923 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3478  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  33.92 
 
 
1021 aa  189  1e-46  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2548  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.59 
 
 
861 aa  172  2e-41  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0878  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  30.22 
 
 
760 aa  165  3e-39  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.210313  normal  0.808443 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0071  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  37.46 
 
 
392 aa  163  8.000000000000001e-39  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2409  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  35.13 
 
 
713 aa  163  1e-38  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00581493 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2864  histidine kinase  36.49 
 
 
731 aa  162  2e-38  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0448  histidine kinase  37.23 
 
 
1114 aa  162  2e-38  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.823175  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3477  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  28.9 
 
 
1465 aa  162  2e-38  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3718  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.75 
 
 
826 aa  160  7e-38  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2710  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.42 
 
 
756 aa  160  7e-38  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.438958  normal  0.796256 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2369  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  35.29 
 
 
1146 aa  160  1e-37  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0965  PAS:hemerythrin HHE cation binding region  29.02 
 
 
681 aa  159  2e-37  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.94683  normal  0.555707 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3295  multi-sensor signal transduction multi-kinase  35.19 
 
 
1774 aa  159  2e-37  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0625  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.58 
 
 
526 aa  158  4e-37  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5574  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  37.67 
 
 
611 aa  157  5.0000000000000005e-37  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5938  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  37.67 
 
 
611 aa  157  5.0000000000000005e-37  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1221  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.21 
 
 
862 aa  157  6e-37  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.000508764  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6277  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  36.71 
 
 
594 aa  157  6e-37  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0614  sensor histidine kinase  37.19 
 
 
626 aa  157  7e-37  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.294788  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3017  sensor histidine kinase  36.86 
 
 
524 aa  157  8e-37  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.413812  normal  0.591209 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0711  multi-sensor signal transduction histidine kinase  26.15 
 
 
702 aa  156  1e-36  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3207  histidine kinase  35.64 
 
 
347 aa  155  2e-36  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00238507  normal  0.252728 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1112  histidine kinase  38.6 
 
 
453 aa  155  2e-36  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0613673  normal  0.382765 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5981  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  37.01 
 
 
602 aa  155  2.9999999999999998e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7222  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  36.21 
 
 
589 aa  155  2.9999999999999998e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.368099  normal  0.237593 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3371  histidine kinase  33.78 
 
 
887 aa  155  2.9999999999999998e-36  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.564838 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5024  histidine kinase  38.66 
 
 
457 aa  154  4e-36  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2651  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.07 
 
 
973 aa  154  4e-36  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4155  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  31.96 
 
 
440 aa  154  4e-36  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.50715  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0603  sensory box sensor histidine kinase  29.4 
 
 
439 aa  154  5e-36  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6440  histidine kinase  35.54 
 
 
611 aa  154  5.9999999999999996e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.920923  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0659  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.52 
 
 
525 aa  154  7e-36  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5659  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  37.45 
 
 
680 aa  154  7e-36  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1575  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.39 
 
 
683 aa  153  8e-36  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.539969  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2368  sensory histidine kinase AtoS  32.53 
 
 
608 aa  153  8e-36  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0221711  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1439  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  32.53 
 
 
608 aa  153  8.999999999999999e-36  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.36941  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2360  sensory histidine kinase AtoS  32.53 
 
 
608 aa  153  8.999999999999999e-36  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00013069  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02146  sensory histidine kinase in two-component regulatory system with AtoC  32.53 
 
 
608 aa  153  1e-35  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0083  Serine/threonine protein kinase and Signal transduction histidine kinase (STHK) with GAF sensor  34.66 
 
 
1780 aa  153  1e-35  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  unclonable  0.000111107  normal  0.0603915 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1431  sensory histidine kinase AtoS  32.53 
 
 
608 aa  153  1e-35  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.250093  hitchhiker  0.00150562 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02105  hypothetical protein  32.53 
 
 
608 aa  153  1e-35  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2796  phosphoglycerate transport; protein for signal transmission  32.84 
 
 
724 aa  152  1e-35  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  decreased coverage  0.00000463972  normal  0.015669 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0599  sensor histidine kinase  34.57 
 
 
516 aa  152  2e-35  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.712445  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_5029  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  33.67 
 
 
537 aa  152  2e-35  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.559504  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0659  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  32.46 
 
 
525 aa  152  2e-35  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2719  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  30.62 
 
 
683 aa  150  6e-35  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1116  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  37.04 
 
 
707 aa  150  6e-35  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1911  histidine kinase  35.94 
 
 
406 aa  150  7e-35  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.267492 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_566  sensor histidine kinase  29.35 
 
 
852 aa  150  7e-35  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3715  histidine kinase  35.59 
 
 
695 aa  150  8e-35  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00223291 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2945  sensor histidine kinase/response regulator  37.8 
 
 
505 aa  150  9e-35  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.16803 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0076  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.22 
 
 
675 aa  149  1.0000000000000001e-34  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2389  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  36.57 
 
 
919 aa  150  1.0000000000000001e-34  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0121364  normal  0.244998 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1831  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.45 
 
 
685 aa  149  1.0000000000000001e-34  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1526  ATP-binding region ATPase domain protein  33.21 
 
 
730 aa  149  1.0000000000000001e-34  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.559372  normal  0.545024 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1316  Diverse 7TM receptor transmembrane region  34.3 
 
 
708 aa  149  1.0000000000000001e-34  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>