More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Psyr_4089 on replicon NC_007005
Organism: Pseudomonas syringae pv. syringae B728a



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_1350  multi-sensor signal transduction histidine kinase  81.04 
 
 
676 aa  1079    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.0906179 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4395  sensory box histidine kinase  96.9 
 
 
678 aa  1320    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.54023  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4089  PAS  100 
 
 
678 aa  1388    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.465781  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_57170  putative two-component sensor  73.23 
 
 
698 aa  974    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4374  multi-sensor signal transduction histidine kinase  81.19 
 
 
676 aa  1079    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.0796172 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4423  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  84.03 
 
 
678 aa  1122    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0936  multi-sensor signal transduction histidine kinase  76.39 
 
 
671 aa  976    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.156465 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4969  putative two-component sensor  73.38 
 
 
698 aa  974    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0957  multi-sensor signal transduction histidine kinase  81.75 
 
 
676 aa  1082    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_13390  Sensory histidine protein kinase  74.06 
 
 
671 aa  932    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.318892  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4499  multi-sensor signal transduction histidine kinase  81.9 
 
 
674 aa  1074    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.278807  normal  0.486911 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0558  multi-sensor signal transduction histidine kinase  44.37 
 
 
763 aa  368  1e-100  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.043921  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2249  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  44.78 
 
 
771 aa  362  9e-99  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2832  multi-sensor signal transduction histidine kinase  45.72 
 
 
745 aa  360  6e-98  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.34987  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2233  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  39.53 
 
 
747 aa  353  7e-96  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2830  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  34.93 
 
 
631 aa  351  2e-95  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0316  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  45.34 
 
 
764 aa  341  2.9999999999999998e-92  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.889284 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2727  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  42.61 
 
 
753 aa  337  5e-91  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2772  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  44.24 
 
 
812 aa  335  2e-90  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1088  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  43.85 
 
 
822 aa  334  4e-90  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.436726 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1089  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  45.16 
 
 
868 aa  330  6e-89  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.371238 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1165  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  42.93 
 
 
725 aa  322  9.999999999999999e-87  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2941  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  41.92 
 
 
719 aa  320  6e-86  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1211  multi-sensor signal transduction histidine kinase  41.36 
 
 
865 aa  315  1.9999999999999998e-84  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.478971 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0616  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  41.9 
 
 
908 aa  308  3e-82  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0119428 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2870  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  43.2 
 
 
1105 aa  300  4e-80  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.719713  normal  0.347802 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2652  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  41.25 
 
 
833 aa  290  8e-77  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2640  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  39.95 
 
 
955 aa  288  2e-76  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3038  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  38.05 
 
 
769 aa  286  9e-76  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1728  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  38.1 
 
 
462 aa  283  8.000000000000001e-75  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.091875  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2880  multi-sensor signal transduction histidine kinase  40.92 
 
 
576 aa  280  9e-74  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1071  multi-sensor signal transduction histidine kinase  45 
 
 
802 aa  277  5e-73  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.43493  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0239  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  40.56 
 
 
565 aa  274  5.000000000000001e-72  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0701  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  40.15 
 
 
540 aa  271  2.9999999999999997e-71  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.163647 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1243  multi-sensor signal transduction histidine kinase  47.97 
 
 
734 aa  269  2e-70  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0172121 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2460  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  45.31 
 
 
797 aa  267  5e-70  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0758  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  41.28 
 
 
800 aa  265  2e-69  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0052  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  48.53 
 
 
1080 aa  264  4e-69  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0991  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  45.18 
 
 
607 aa  263  6.999999999999999e-69  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.964598 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0714  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  38.35 
 
 
744 aa  261  4e-68  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2324  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  48.71 
 
 
1089 aa  251  4e-65  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008741  Dvul_3022  multi-sensor signal transduction histidine kinase  45.05 
 
 
1101 aa  248  3e-64  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2950  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  37.82 
 
 
710 aa  243  1e-62  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0009  PAS  32.73 
 
 
479 aa  206  9e-52  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.304848  normal  0.553923 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3478  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  33.58 
 
 
1021 aa  188  3e-46  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2548  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.02 
 
 
861 aa  168  2.9999999999999998e-40  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3207  histidine kinase  37.63 
 
 
347 aa  166  1.0000000000000001e-39  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00238507  normal  0.252728 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2369  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  34.88 
 
 
1146 aa  166  2.0000000000000002e-39  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3017  sensor histidine kinase  36.4 
 
 
524 aa  162  1e-38  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.413812  normal  0.591209 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2864  histidine kinase  37.46 
 
 
731 aa  162  1e-38  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2796  phosphoglycerate transport; protein for signal transmission  33.45 
 
 
724 aa  162  2e-38  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  decreased coverage  0.00000463972  normal  0.015669 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0965  PAS:hemerythrin HHE cation binding region  27.11 
 
 
681 aa  161  3e-38  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.94683  normal  0.555707 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0448  histidine kinase  35.82 
 
 
1114 aa  161  4e-38  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.823175  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0071  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  37.09 
 
 
392 aa  161  4e-38  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2367  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  34.66 
 
 
759 aa  160  6e-38  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0367547  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2409  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  29.03 
 
 
713 aa  160  6e-38  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00581493 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3477  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  29.84 
 
 
1465 aa  160  9e-38  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0521  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  34.02 
 
 
1072 aa  159  1e-37  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0878  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  31.22 
 
 
760 aa  159  1e-37  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.210313  normal  0.808443 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3295  multi-sensor signal transduction multi-kinase  33.69 
 
 
1774 aa  159  2e-37  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1575  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.3 
 
 
683 aa  159  2e-37  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.539969  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1221  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.21 
 
 
862 aa  158  3e-37  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.000508764  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2719  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  30.85 
 
 
683 aa  157  4e-37  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5024  histidine kinase  37.92 
 
 
457 aa  157  5.0000000000000005e-37  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1526  ATP-binding region ATPase domain protein  32.23 
 
 
730 aa  157  6e-37  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.559372  normal  0.545024 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6277  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  37.54 
 
 
594 aa  157  8e-37  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0083  Serine/threonine protein kinase and Signal transduction histidine kinase (STHK) with GAF sensor  35.21 
 
 
1780 aa  156  1e-36  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  unclonable  0.000111107  normal  0.0603915 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6440  histidine kinase  36.05 
 
 
611 aa  156  1e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.920923  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5981  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  37.54 
 
 
602 aa  155  2e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2176  periplasmic sensor Signal transduction histidine kinase  34.41 
 
 
551 aa  155  2.9999999999999998e-36  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5938  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  36.52 
 
 
611 aa  155  2.9999999999999998e-36  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5574  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  36.52 
 
 
611 aa  155  2.9999999999999998e-36  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0603  sensory box sensor histidine kinase  36.33 
 
 
439 aa  154  7e-36  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0711  multi-sensor signal transduction histidine kinase  28.16 
 
 
702 aa  153  1e-35  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2710  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.32 
 
 
756 aa  152  2e-35  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.438958  normal  0.796256 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7222  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  35.92 
 
 
589 aa  152  2e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.368099  normal  0.237593 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2646  sensor histidine kinase  37.42 
 
 
445 aa  152  2e-35  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.215713  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5659  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  36.01 
 
 
680 aa  151  4e-35  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2945  sensor histidine kinase/response regulator  35.92 
 
 
505 aa  150  6e-35  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.16803 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30840  putative signal transduction histidine kinase  37.41 
 
 
470 aa  150  6e-35  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000329503  hitchhiker  1.67285e-16 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0733  sensory box sensor histidine kinase  35.53 
 
 
358 aa  150  8e-35  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.724389  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4401  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  33.1 
 
 
641 aa  150  1.0000000000000001e-34  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.00000108821  hitchhiker  0.00000304156 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2108  GAF sensor signal transduction histidine kinase  34.3 
 
 
1123 aa  149  1.0000000000000001e-34  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1112  histidine kinase  35.9 
 
 
453 aa  149  2.0000000000000003e-34  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0613673  normal  0.382765 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3715  histidine kinase  35.71 
 
 
695 aa  149  2.0000000000000003e-34  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00223291 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4555  response regulator receiver Signal transduction histidine kinase  36.27 
 
 
467 aa  149  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3718  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.28 
 
 
826 aa  149  2.0000000000000003e-34  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0076  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33 
 
 
675 aa  148  3e-34  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2742  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  35.21 
 
 
467 aa  148  3e-34  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.759384  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0055  PAS/PAC sensor Signal transduction histidine kinase  35.23 
 
 
591 aa  147  4.0000000000000006e-34  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.291296 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1980  Serine/threonine protein kinase and Signal transduction histidine kinase (STHK) with GAF sensor  31.88 
 
 
1901 aa  147  5e-34  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0349147  normal  0.535824 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4489  serine/threonine protein kinase and signal transduction histidine kinase with GAF sensor  34.71 
 
 
1850 aa  147  5e-34  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.613962  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1751  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  31.4 
 
 
671 aa  147  6e-34  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0971  PAS  36.46 
 
 
1187 aa  147  6e-34  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.875405  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1988  sensor protein for response regulator AtoC  30.51 
 
 
715 aa  147  6e-34  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.431904  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1911  histidine kinase  36.07 
 
 
406 aa  147  7.0000000000000006e-34  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.267492 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0658  sensor histide kinase  36.1 
 
 
315 aa  147  7.0000000000000006e-34  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1567  histidine kinase  34.41 
 
 
310 aa  147  8.000000000000001e-34  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4503  Serine/threonine protein kinase and Signal transduction histidine kinase (STHK) with GAF sensor  34.74 
 
 
1797 aa  146  1e-33  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.194827  normal  0.137244 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2923  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  35.19 
 
 
541 aa  146  1e-33  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.252505  hitchhiker  0.00000000439976 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>