More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_1112 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013037  Dfer_1112  histidine kinase  100 
 
 
453 aa  939    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0613673  normal  0.382765 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5024  histidine kinase  49.89 
 
 
457 aa  431  1e-119  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3581  histidine kinase  56.1 
 
 
739 aa  366  1e-100  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.1112  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3207  histidine kinase  52.15 
 
 
347 aa  350  3e-95  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00238507  normal  0.252728 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2864  histidine kinase  57.55 
 
 
731 aa  348  1e-94  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3715  histidine kinase  56 
 
 
695 aa  335  1e-90  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00223291 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0448  histidine kinase  54.63 
 
 
1114 aa  335  1e-90  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.823175  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3295  multi-sensor signal transduction multi-kinase  56.38 
 
 
1774 aa  324  3e-87  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5659  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  50 
 
 
680 aa  298  2e-79  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0186  GAF sensor signal transduction histidine kinase  48.77 
 
 
857 aa  288  2e-76  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5295  multi-sensor signal transduction histidine kinase  48.77 
 
 
873 aa  286  4e-76  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  decreased coverage  0.00758089  normal  0.057217 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4622  multi-sensor signal transduction multi-kinase  40.74 
 
 
1780 aa  249  7e-65  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.701325  normal  0.952257 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2796  phosphoglycerate transport; protein for signal transmission  36.13 
 
 
724 aa  175  9.999999999999999e-43  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  decreased coverage  0.00000463972  normal  0.015669 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4305  periplasmic sensor Signal transduction histidine kinase  33.43 
 
 
594 aa  175  1.9999999999999998e-42  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.350102  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1980  Serine/threonine protein kinase and Signal transduction histidine kinase (STHK) with GAF sensor  35.9 
 
 
1901 aa  174  2.9999999999999996e-42  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0349147  normal  0.535824 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1954  periplasmic sensor Signal transduction histidine kinase  35.57 
 
 
468 aa  172  1e-41  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.424678 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4489  serine/threonine protein kinase and signal transduction histidine kinase with GAF sensor  34.92 
 
 
1850 aa  170  4e-41  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.613962  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2556  ATP-binding region, ATPase-like  35.28 
 
 
1811 aa  170  5e-41  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4885  PAS/PAC sensor Signal transduction histidine kinase  35.79 
 
 
971 aa  169  1e-40  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  decreased coverage  0.00047345  hitchhiker  0.00891826 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2391  Diverse 7TM receptor transmembrane region  36.01 
 
 
726 aa  168  2e-40  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1988  sensor protein for response regulator AtoC  33.15 
 
 
715 aa  167  2.9999999999999998e-40  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.431904  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1526  ATP-binding region ATPase domain protein  35.76 
 
 
730 aa  167  5e-40  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.559372  normal  0.545024 
 
 
-
 
NC_011738  PCC7424_5806  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  34.59 
 
 
664 aa  166  5.9999999999999996e-40  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4155  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  34.94 
 
 
440 aa  164  2.0000000000000002e-39  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.50715  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_5029  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  32.19 
 
 
537 aa  164  2.0000000000000002e-39  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.559504  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0413  PAS/PAC sensor Signal transduction histidine kinase  34.31 
 
 
715 aa  164  4.0000000000000004e-39  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.0426655 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0936  multi-sensor signal transduction histidine kinase  36.59 
 
 
671 aa  163  7e-39  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.156465 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4969  putative two-component sensor  38.66 
 
 
698 aa  162  9e-39  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_57170  putative two-component sensor  38.66 
 
 
698 aa  162  1e-38  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2466  periplasmic sensor Signal transduction histidine kinase  33.83 
 
 
688 aa  162  1e-38  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1316  Diverse 7TM receptor transmembrane region  33.64 
 
 
708 aa  162  1e-38  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2832  multi-sensor signal transduction histidine kinase  37.83 
 
 
745 aa  160  4e-38  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.34987  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1210  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  35.64 
 
 
1036 aa  160  5e-38  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2389  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  33.22 
 
 
919 aa  159  1e-37  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0121364  normal  0.244998 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_13390  Sensory histidine protein kinase  38.97 
 
 
671 aa  159  1e-37  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.318892  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2369  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  33.23 
 
 
1146 aa  158  2e-37  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0071  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  31.64 
 
 
392 aa  157  3e-37  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4374  multi-sensor signal transduction histidine kinase  39.34 
 
 
676 aa  157  4e-37  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.0796172 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2176  periplasmic sensor Signal transduction histidine kinase  34.71 
 
 
551 aa  157  4e-37  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1350  multi-sensor signal transduction histidine kinase  38.97 
 
 
676 aa  157  5.0000000000000005e-37  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.0906179 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4423  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  38.83 
 
 
678 aa  156  6e-37  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0203  GAF sensor signal transduction histidine kinase  33.55 
 
 
928 aa  156  7e-37  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4401  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  33.13 
 
 
641 aa  156  7e-37  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.00000108821  hitchhiker  0.00000304156 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0083  Serine/threonine protein kinase and Signal transduction histidine kinase (STHK) with GAF sensor  33.44 
 
 
1780 aa  155  1e-36  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  unclonable  0.000111107  normal  0.0603915 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0521  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  31.53 
 
 
1072 aa  155  1e-36  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4499  multi-sensor signal transduction histidine kinase  38.6 
 
 
674 aa  155  1e-36  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.278807  normal  0.486911 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4189  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  32.47 
 
 
699 aa  155  1e-36  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0957  multi-sensor signal transduction histidine kinase  37.73 
 
 
676 aa  155  1e-36  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3827  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  31.97 
 
 
585 aa  153  5e-36  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.474444  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3477  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  29.86 
 
 
1465 aa  153  5e-36  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2287  histidine kinase  33.83 
 
 
770 aa  152  8e-36  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.709847  normal  0.24871 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2108  GAF sensor signal transduction histidine kinase  33.33 
 
 
1123 aa  152  1e-35  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3478  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  31.83 
 
 
1021 aa  152  1e-35  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3575  GAF sensor signal transduction histidine kinase  32.8 
 
 
494 aa  152  1e-35  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.242306  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0599  sensor histidine kinase  34.66 
 
 
516 aa  151  3e-35  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.712445  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0203  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  32.06 
 
 
439 aa  151  3e-35  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.283805 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03495  Signal transduction histidine kinase  33.83 
 
 
557 aa  151  3e-35  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4395  sensory box histidine kinase  36.53 
 
 
678 aa  150  6e-35  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.54023  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4433  GAF sensor Signal transduction histidine kinase  33.33 
 
 
680 aa  149  1.0000000000000001e-34  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0558  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.07 
 
 
763 aa  149  1.0000000000000001e-34  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.043921  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4089  PAS  35.9 
 
 
678 aa  148  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.465781  normal 
 
 
-
 
NC_008741  Dvul_3022  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.79 
 
 
1101 aa  148  2.0000000000000003e-34  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3017  sensor histidine kinase  32.63 
 
 
524 aa  147  4.0000000000000006e-34  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.413812  normal  0.591209 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4259  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.46 
 
 
804 aa  147  4.0000000000000006e-34  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2923  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  35.46 
 
 
541 aa  147  5e-34  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.252505  hitchhiker  0.00000000439976 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2652  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  32.87 
 
 
833 aa  146  6e-34  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1978  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  32.15 
 
 
553 aa  146  6e-34  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.260474  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1669  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  30.59 
 
 
675 aa  146  8.000000000000001e-34  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.532604  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1728  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  35.97 
 
 
462 aa  146  8.000000000000001e-34  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.091875  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3608  sensor histidine kinase  32.52 
 
 
313 aa  146  9e-34  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5981  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  32.89 
 
 
602 aa  146  1e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0055  PAS/PAC sensor Signal transduction histidine kinase  33.33 
 
 
591 aa  145  2e-33  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.291296 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3526  histidine kinase  30.72 
 
 
458 aa  144  2e-33  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4267  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  35.41 
 
 
920 aa  145  2e-33  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.427851  normal  0.366245 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4716  Serine/threonine protein kinase and Signal transduction histidine kinase (STHK) with GAF sensor  33.01 
 
 
1808 aa  145  2e-33  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.230197  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6277  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  32.66 
 
 
594 aa  145  2e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6440  histidine kinase  31.07 
 
 
611 aa  144  3e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.920923  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3721  histidine kinase  31.37 
 
 
468 aa  144  3e-33  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.620219  normal  0.904742 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2719  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  32.89 
 
 
683 aa  144  3e-33  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0024  periplasmic sensor Signal transduction histidine kinase  32.77 
 
 
390 aa  144  4e-33  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.114696  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7222  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  33.11 
 
 
589 aa  144  5e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.368099  normal  0.237593 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4504  Serine/threonine protein kinase and Signal transduction histidine kinase (STHK) with GAF sensor  31.19 
 
 
1795 aa  143  6e-33  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.575028 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2945  sensor histidine kinase/response regulator  33.85 
 
 
505 aa  143  7e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.16803 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1396  sensor histidine kinase/response regulator  35.58 
 
 
1092 aa  143  8e-33  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0965  PAS:hemerythrin HHE cation binding region  31.14 
 
 
681 aa  142  9.999999999999999e-33  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.94683  normal  0.555707 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5938  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  30.79 
 
 
611 aa  142  9.999999999999999e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2249  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  35.04 
 
 
771 aa  142  9.999999999999999e-33  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2941  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  34.31 
 
 
719 aa  142  9.999999999999999e-33  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1535  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  33.02 
 
 
566 aa  142  9.999999999999999e-33  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5574  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  30.79 
 
 
611 aa  142  9.999999999999999e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2409  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  32.09 
 
 
713 aa  141  1.9999999999999998e-32  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00581493 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2150  response regulator receiver Signal transduction histidine kinase  30.7 
 
 
443 aa  142  1.9999999999999998e-32  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.394463 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3535  Serine/threonine protein kinase and Signal transduction histidine kinase (STHK) with GAF sensor  31.46 
 
 
1804 aa  141  1.9999999999999998e-32  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.655347 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2272  putative two-component sensor  31.37 
 
 
433 aa  141  3e-32  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0733  sensory box sensor histidine kinase  32.56 
 
 
358 aa  140  4.999999999999999e-32  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.724389  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2978  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.89 
 
 
1942 aa  140  4.999999999999999e-32  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2742  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  33.23 
 
 
467 aa  140  6e-32  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.759384  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2288  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  30.92 
 
 
678 aa  140  6e-32  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2803  Serine/threonine protein kinase and Signal transduction histidine kinase (STHK) with GAF sensor  33.21 
 
 
1805 aa  139  7e-32  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.70885 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0239  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.93 
 
 
565 aa  139  7e-32  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>