More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_1728 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007912  Sde_1728  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  100 
 
 
462 aa  953    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.091875  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2830  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  43.17 
 
 
631 aa  326  5e-88  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0316  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  42.39 
 
 
764 aa  311  2e-83  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.889284 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0936  multi-sensor signal transduction histidine kinase  39.82 
 
 
671 aa  308  2.0000000000000002e-82  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.156465 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2233  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  41.15 
 
 
747 aa  300  3e-80  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2249  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  40.39 
 
 
771 aa  299  6e-80  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4423  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  40.05 
 
 
678 aa  299  6e-80  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0558  multi-sensor signal transduction histidine kinase  39.9 
 
 
763 aa  296  4e-79  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.043921  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0957  multi-sensor signal transduction histidine kinase  40.67 
 
 
676 aa  296  4e-79  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2727  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  39.11 
 
 
753 aa  294  2e-78  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_57170  putative two-component sensor  40.23 
 
 
698 aa  293  4e-78  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4969  putative two-component sensor  40 
 
 
698 aa  292  8e-78  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_13390  Sensory histidine protein kinase  38.99 
 
 
671 aa  292  9e-78  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.318892  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4374  multi-sensor signal transduction histidine kinase  40.29 
 
 
676 aa  288  2e-76  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.0796172 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4499  multi-sensor signal transduction histidine kinase  40.43 
 
 
674 aa  287  2e-76  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.278807  normal  0.486911 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1350  multi-sensor signal transduction histidine kinase  40.05 
 
 
676 aa  287  2.9999999999999996e-76  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.0906179 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4395  sensory box histidine kinase  38.78 
 
 
678 aa  286  5e-76  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.54023  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2880  multi-sensor signal transduction histidine kinase  40 
 
 
576 aa  286  5e-76  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2870  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  40.61 
 
 
1105 aa  285  8e-76  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.719713  normal  0.347802 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4089  PAS  38.1 
 
 
678 aa  283  6.000000000000001e-75  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.465781  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2772  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  37.28 
 
 
812 aa  282  1e-74  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1088  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  38.57 
 
 
822 aa  279  6e-74  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.436726 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2640  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  41.1 
 
 
955 aa  279  9e-74  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1089  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  38.41 
 
 
868 aa  272  1e-71  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.371238 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1165  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  38.41 
 
 
725 aa  267  2.9999999999999995e-70  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2941  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  36.48 
 
 
719 aa  263  6.999999999999999e-69  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2832  multi-sensor signal transduction histidine kinase  38.12 
 
 
745 aa  261  1e-68  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.34987  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3038  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  37.59 
 
 
769 aa  259  5.0000000000000005e-68  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1243  multi-sensor signal transduction histidine kinase  38.88 
 
 
734 aa  253  6e-66  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0172121 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0239  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.87 
 
 
565 aa  247  3e-64  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1211  multi-sensor signal transduction histidine kinase  39.07 
 
 
865 aa  246  4.9999999999999997e-64  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.478971 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0714  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  45.45 
 
 
744 aa  246  6e-64  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1071  multi-sensor signal transduction histidine kinase  38.06 
 
 
802 aa  246  8e-64  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.43493  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2950  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  35.97 
 
 
710 aa  244  3e-63  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2652  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  45.58 
 
 
833 aa  241  1e-62  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0701  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  36.34 
 
 
540 aa  235  2.0000000000000002e-60  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.163647 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0991  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  34.08 
 
 
607 aa  231  1e-59  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.964598 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2460  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  43.26 
 
 
797 aa  228  1e-58  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0616  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  35.22 
 
 
908 aa  228  2e-58  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0119428 
 
 
-
 
NC_008741  Dvul_3022  multi-sensor signal transduction histidine kinase  42.55 
 
 
1101 aa  224  3e-57  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2324  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  34.31 
 
 
1089 aa  215  9.999999999999999e-55  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0758  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  44.16 
 
 
800 aa  209  6e-53  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0052  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  34.45 
 
 
1080 aa  209  7e-53  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0009  PAS  28.23 
 
 
479 aa  176  9.999999999999999e-43  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.304848  normal  0.553923 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3477  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  29.28 
 
 
1465 aa  169  1e-40  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002936  DET0127  sensory box sensor histidine kinase  36.49 
 
 
1061 aa  168  2e-40  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3478  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  30.2 
 
 
1021 aa  168  2e-40  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3573  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  31.39 
 
 
402 aa  166  1.0000000000000001e-39  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.855521  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4155  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  36.49 
 
 
440 aa  165  1.0000000000000001e-39  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.50715  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1575  multi-sensor signal transduction histidine kinase  38.91 
 
 
683 aa  164  3e-39  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.539969  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2369  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  36.3 
 
 
1146 aa  164  4.0000000000000004e-39  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4885  PAS/PAC sensor Signal transduction histidine kinase  27.89 
 
 
971 aa  161  2e-38  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  decreased coverage  0.00047345  hitchhiker  0.00891826 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3357  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.03 
 
 
970 aa  161  2e-38  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.984464  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2719  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  35.8 
 
 
683 aa  160  3e-38  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3715  histidine kinase  40.88 
 
 
695 aa  159  8e-38  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00223291 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_134  sensor histidine kinase  35.79 
 
 
1062 aa  159  9e-38  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1396  sensor histidine kinase/response regulator  37.21 
 
 
1092 aa  159  1e-37  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5938  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  37.91 
 
 
611 aa  157  4e-37  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5574  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  37.91 
 
 
611 aa  157  4e-37  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6440  histidine kinase  38.27 
 
 
611 aa  156  7e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.920923  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3277  ATP-binding region, ATPase-like  29.78 
 
 
812 aa  156  8e-37  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.438196  hitchhiker  0.00707292 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3295  multi-sensor signal transduction multi-kinase  38.06 
 
 
1774 aa  156  9e-37  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0258  two component sensor histidine kinase  33.66 
 
 
556 aa  156  9e-37  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1718  sensor histidine kinase  38.27 
 
 
389 aa  155  1e-36  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0598  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  27.47 
 
 
852 aa  155  1e-36  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2229  sensor histidine kinase  38.27 
 
 
389 aa  155  1e-36  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0601  sensor histidine kinase  38.27 
 
 
389 aa  155  1e-36  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1925  sensor histidine kinase  38.27 
 
 
389 aa  155  1e-36  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.574394  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5024  histidine kinase  39.39 
 
 
457 aa  155  1e-36  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2546  Signal transduction histidine kinase-like protein  33.33 
 
 
804 aa  155  1e-36  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2312  Signal transduction histidine kinase  37.91 
 
 
389 aa  155  2e-36  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1660  sensory box sensor histidine kinase  38.27 
 
 
358 aa  155  2e-36  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2409  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  28.29 
 
 
713 aa  154  2e-36  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00581493 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0709  sensory box sensor histidine kinase  38.27 
 
 
358 aa  155  2e-36  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2388  GAF sensor signal transduction histidine kinase  35.62 
 
 
552 aa  155  2e-36  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.245714  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0733  sensory box sensor histidine kinase  37.18 
 
 
358 aa  154  2e-36  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.724389  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0614  sensor histidine kinase  37.55 
 
 
626 aa  155  2e-36  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.294788  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3580  multi-sensor hybrid histidine kinase  30.02 
 
 
1428 aa  154  2.9999999999999998e-36  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.506123  normal  0.532587 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0201  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  31.1 
 
 
408 aa  154  2.9999999999999998e-36  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2742  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  37.24 
 
 
467 aa  154  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.759384  normal 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_566  sensor histidine kinase  27.65 
 
 
852 aa  154  2.9999999999999998e-36  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1669  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  36.43 
 
 
675 aa  154  4e-36  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.532604  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2960  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.12 
 
 
557 aa  153  5e-36  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2945  sensor histidine kinase/response regulator  37.24 
 
 
505 aa  153  5.9999999999999996e-36  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.16803 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7222  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  37.36 
 
 
589 aa  153  5.9999999999999996e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.368099  normal  0.237593 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0076  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.71 
 
 
675 aa  153  7e-36  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1776  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  32.49 
 
 
1255 aa  153  7e-36  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4489  serine/threonine protein kinase and signal transduction histidine kinase with GAF sensor  35.21 
 
 
1850 aa  152  1e-35  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.613962  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2275  multi-sensor signal transduction histidine kinase  35.79 
 
 
557 aa  152  1e-35  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26810  putative two-component sensor  33.24 
 
 
371 aa  152  1e-35  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1249  sensory box histidine kinase  28.73 
 
 
524 aa  151  2e-35  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0948878  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0448  histidine kinase  35.69 
 
 
1114 aa  152  2e-35  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.823175  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2367  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  28.8 
 
 
759 aa  151  2e-35  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0367547  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1934  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  27.84 
 
 
720 aa  152  2e-35  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.668168  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1737  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  27.84 
 
 
720 aa  151  2e-35  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.166788  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2272  putative two-component sensor  36.51 
 
 
433 aa  152  2e-35  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2710  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.43 
 
 
756 aa  151  2e-35  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.438958  normal  0.796256 
 
 
-
 
NC_002936  DET0625  sensory box sensor histidine kinase  28.33 
 
 
853 aa  150  3e-35  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0137493  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1172  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  28.82 
 
 
450 aa  151  3e-35  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1831  multi-sensor signal transduction histidine kinase  35.23 
 
 
685 aa  151  3e-35  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>