More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swoo_4144 on replicon NC_010506
Organism: Shewanella woodyi ATCC 51908



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010506  Swoo_4144  RND family efflux transporter MFP subunit  100 
 
 		 365 aa  746    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.473768 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1352  organic solvent efflux pump precursor (periplasmic linker protein component)  51.31 
 
 		 359 aa  338  7e-92  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.896212  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1279  HlyD family secretion protein  45.43 
 
 		 359 aa  308  1.0000000000000001e-82  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003810  linker protein putative  44.16 
 
 		 365 aa  296  3e-79  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01876  hypothetical protein  42.7 
 
 		 359 aa  292  5e-78  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1730  RND family efflux transporter MFP subunit  32.46 
 
 		 368 aa  167  2e-40  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.674972  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0056  secretion protein HlyD  29.83 
 
 		 354 aa  166  5e-40  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3992  RND efflux system membrane fusion protein  31.22 
 
 		 366 aa  163  5.0000000000000005e-39  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0674  periplasmic linker protein  31.52 
 
 		 358 aa  161  2e-38  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3643  RND family efflux transporter MFP subunit  29.78 
 
 		 360 aa  160  5e-38  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0849  RND family efflux transporter MFP subunit  29.78 
 
 		 360 aa  160  5e-38  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.880012  normal  0.445386 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3513  RND family efflux transporter MFP subunit  29.78 
 
 		 360 aa  160  5e-38  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01875  hypothetical protein  33.55 
 
 		 343 aa  157  3e-37  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003811  membrane-fusion protein  33.99 
 
 		 343 aa  157  4e-37  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3664  RND family efflux transporter MFP subunit  31.8 
 
 		 370 aa  155  1e-36  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1280  putative multidrug resistance protein  32.68 
 
 		 343 aa  154  2.9999999999999998e-36  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1510  secretion protein HlyD  30.31 
 
 		 357 aa  150  3e-35  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1418  RND family efflux transporter MFP subunit  30.4 
 
 		 384 aa  150  3e-35  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.267918  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1351  putative multidrug resistance protein precursor  31.36 
 
 		 357 aa  148  1.0000000000000001e-34  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0034  secretion protein, HlyD family  27.72 
 
 		 369 aa  147  4.0000000000000006e-34  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000228  membrane-fusion protein  29.48 
 
 		 357 aa  146  5e-34  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1715  acriflavin resistance periplasmic protein  28.98 
 
 		 357 aa  145  1e-33  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000921401  normal  0.0591325 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05965  hypothetical protein  30.06 
 
 		 357 aa  144  2e-33  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3695  RND family efflux transporter MFP subunit  28.57 
 
 		 360 aa  144  3e-33  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.101272  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1916  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.94 
 
 		 388 aa  143  4e-33  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.631291  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0673  multidrug resistance protein  32.13 
 
 		 354 aa  140  4.999999999999999e-32  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4314  RND family efflux transporter MFP subunit  28.41 
 
 		 360 aa  139  6e-32  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.00180968  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0467  RND family efflux transporter MFP subunit  30.28 
 
 		 360 aa  139  7.999999999999999e-32  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.949455  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0671  secretion protein HlyD  27.11 
 
 		 432 aa  138  2e-31  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1354  HlyD family secretion protein  27.78 
 
 		 364 aa  137  4e-31  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.000000000336467  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2567  RND family efflux transporter MFP subunit  31.35 
 
 		 331 aa  136  6.0000000000000005e-31  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.17029 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3401  RND family efflux transporter MFP subunit  29.03 
 
 		 360 aa  133  3.9999999999999996e-30  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.392528  hitchhiker  0.00103818 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3571  RND family efflux transporter MFP subunit  29.93 
 
 		 360 aa  133  3.9999999999999996e-30  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.239658  normal  0.276589 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2871  RND family efflux transporter MFP subunit  27.92 
 
 		 357 aa  133  6e-30  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0551  RND family efflux transporter MFP subunit  28.71 
 
 		 360 aa  132  9e-30  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.139954 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000227  periplasmic linker protein  28.84 
 
 		 353 aa  132  1.0000000000000001e-29  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0630  RND family efflux transporter MFP subunit  27.07 
 
 		 364 aa  128  1.0000000000000001e-28  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0793  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.44 
 
 		 390 aa  127  3e-28  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4143  RND family efflux transporter MFP subunit  28.53 
 
 		 343 aa  126  5e-28  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.478516 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2562  RND family efflux transporter MFP subunit  26.85 
 
 		 389 aa  126  7e-28  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.718255  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2870  RND family efflux transporter MFP subunit  30.14 
 
 		 351 aa  125  1e-27  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.551784  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3848  RND family efflux transporter MFP subunit  27.78 
 
 		 361 aa  122  8e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.918542  normal  0.711455 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02529  putative multidrug resistance protein (substrate binding lipoprotein)  27.45 
 
 		 403 aa  118  9.999999999999999e-26  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1435  RND family efflux transporter MFP subunit  27.9 
 
 		 359 aa  117  1.9999999999999998e-25  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0668  RND family efflux transporter MFP subunit  26.11 
 
 		 360 aa  116  5e-25  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3712  RND family efflux transporter MFP subunit  26.11 
 
 		 367 aa  115  1.0000000000000001e-24  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.975013  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0697  RND family efflux transporter MFP subunit  27.78 
 
 		 359 aa  113  4.0000000000000004e-24  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0641  RND family efflux transporter MFP subunit  25.73 
 
 		 360 aa  113  7.000000000000001e-24  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0664  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.73 
 
 		 360 aa  113  7.000000000000001e-24  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1511  secretion protein HlyD  26.63 
 
 		 357 aa  110  3e-23  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02664  putative multidrug resistance protein (substrate binding lipoprotein)  25.98 
 
 		 359 aa  108  1e-22  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0150101  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2293  RND family efflux transporter MFP subunit  28.57 
 
 		 371 aa  107  3e-22  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2715  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.7 
 
 		 366 aa  104  3e-21  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.37732  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2557  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.93 
 
 		 356 aa  103  7e-21  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  decreased coverage  0.000000027885  normal  0.211023 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3470  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.25 
 
 		 379 aa  100  3e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.430372  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2115  RND family efflux transporter MFP subunit  24.31 
 
 		 358 aa  100  5e-20  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.243289  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3758  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.42 
 
 		 379 aa  99.4  1e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3773  RND family efflux transporter MFP subunit  26.16 
 
 		 384 aa  98.6  1e-19  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.265534  normal  0.799504 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0630  secretion protein HlyD  26.01 
 
 		 357 aa  99  1e-19  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0232449  normal  0.116732 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2814  RND family efflux transporter MFP subunit  26.61 
 
 		 370 aa  98.2  2e-19  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1392  RND family efflux transporter MFP subunit  28.31 
 
 		 369 aa  97.8  2e-19  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.484541  normal  0.684664 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1660  RND family efflux transporter MFP subunit  26.86 
 
 		 361 aa  98.2  2e-19  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6340  secretion protein HlyD  27.06 
 
 		 369 aa  97.1  4e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.900675  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1660  RND family efflux transporter MFP subunit  26.17 
 
 		 369 aa  97.1  4e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1739  RND family efflux transporter MFP subunit  27.06 
 
 		 369 aa  97.1  4e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.357806  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1752  RND family efflux transporter MFP subunit  27.25 
 
 		 369 aa  95.9  1e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3340  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.77 
 
 		 371 aa  95.5  1e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0315517 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1613  efflux transporter, RND family, MFP subunit  22.86 
 
 		 469 aa  95.1  1e-18  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2178  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.56 
 
 		 371 aa  95.1  2e-18  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.700364  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4074  secretion protein HlyD  25.48 
 
 		 368 aa  95.1  2e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2690  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.3 
 
 		 360 aa  93.6  5e-18  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0429  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.52 
 
 		 361 aa  93.6  5e-18  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5035  HlyD family secretion protein  26.43 
 
 		 396 aa  93.6  5e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.611497 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2532  secretion protein HlyD  27.39 
 
 		 363 aa  93.6  5e-18  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3002  membrane-fusion protein, component of multidrug efflux system  25.2 
 
 		 367 aa  93.2  6e-18  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3539  RND family efflux transporter MFP subunit  26.81 
 
 		 392 aa  92.8  8e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3799  RND family efflux transporter MFP subunit  27.42 
 
 		 361 aa  92.4  9e-18  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4122  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.15 
 
 		 361 aa  92  1e-17  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1520  RND family efflux transporter MFP subunit  26.98 
 
 		 370 aa  92.4  1e-17  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.289277 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6002  RND family efflux transporter MFP subunit  26.23 
 
 		 363 aa  92  1e-17  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.249457  normal  0.124375 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2103  RND family efflux transporter MFP subunit  26.09 
 
 		 403 aa  91.3  2e-17  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0796794  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2778  RND family efflux transporter MFP subunit  24.52 
 
 		 359 aa  91.7  2e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.223876 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4385  RND family efflux transporter MFP subunit  26.36 
 
 		 381 aa  90.9  3e-17  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.912914  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0736  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.04 
 
 		 361 aa  90.1  5e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1001  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.78 
 
 		 347 aa  90.1  5e-17  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.612781  normal  0.0455845 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1555  secretion protein HlyD  25.08 
 
 		 394 aa  89.7  7e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2367  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.68 
 
 		 360 aa  89.4  8e-17  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2000  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.68 
 
 		 360 aa  89.4  8e-17  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.461729  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0954  RND family efflux transporter MFP subunit  25.93 
 
 		 371 aa  89.4  9e-17  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2295  RND family efflux transporter MFP subunit  25.93 
 
 		 371 aa  89.4  9e-17  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2162  RND family efflux transporter MFP subunit  25.93 
 
 		 371 aa  89.4  9e-17  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5274  RND family efflux transporter MFP subunit  27.35 
 
 		 377 aa  89  1e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0726879  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2426  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.38 
 
 		 365 aa  88.2  2e-16  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.54628  hitchhiker  0.0000000883837 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0746  AcrA/E family efflux transporter MFP subunit  25.07 
 
 		 366 aa  87.4  3e-16  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.339879  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2171  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.81 
 
 		 357 aa  87.4  4e-16  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.434682  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1361  HlyD family secretion protein  24.8 
 
 		 387 aa  87  5e-16  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.70378  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2532  secretion protein HlyD  25.07 
 
 		 359 aa  87  5e-16  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.19676  normal  0.860631 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2040  RND family mulitdrug efflux protein  25.54 
 
 		 358 aa  87  5e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.428821  normal  0.886334 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4212  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.1 
 
 		 381 aa  86.7  6e-16  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4251  RND family efflux transporter MFP subunit  26.1 
 
 		 381 aa  86.7  6e-16  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.397426  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>