More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_3262 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007794  Saro_1494  Fis family transcriptional regulator  56.84 
 
 
574 aa  656    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3262  Fis family transcriptional regulator  100 
 
 
581 aa  1182    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0731246  hitchhiker  0.00134549 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3476  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  50.18 
 
 
540 aa  543  1e-153  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1305  sigma-54 factor, interaction region  46.64 
 
 
614 aa  517  1.0000000000000001e-145  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.506042  normal  0.0778502 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3562  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  45.7 
 
 
592 aa  502  1e-141  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.705523 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5673  helix-turn-helix, Fis-type  46.86 
 
 
592 aa  503  1e-141  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.450699  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4638  putative sigma54 specific transcriptional regulator  45.7 
 
 
592 aa  502  1e-141  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.335351  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3310  Fis family transcriptional regulator  47.49 
 
 
587 aa  500  1e-140  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS05195  putative phenol-degradative gene regulator transcription regulator protein  45.11 
 
 
623 aa  490  1e-137  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.000454847  normal  0.120965 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3204  Fis family transcriptional regulator  45.26 
 
 
570 aa  480  1e-134  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.832965  normal  0.0333314 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4640  putative sigma54 specific transcriptional regulator  45.67 
 
 
564 aa  470  1.0000000000000001e-131  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.277441  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3564  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  45.67 
 
 
564 aa  470  1.0000000000000001e-131  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.592238  normal  0.192769 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0127  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  47.51 
 
 
604 aa  471  1.0000000000000001e-131  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.857442 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3312  putative sigma54 specific transcriptional regulator  46.58 
 
 
562 aa  467  9.999999999999999e-131  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3898  Fis family transcriptional regulator  43.16 
 
 
590 aa  466  9.999999999999999e-131  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2735  helix-turn-helix, Fis-type  44.54 
 
 
587 aa  465  1e-129  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.366185 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3798  helix-turn-helix, Fis-type  44.06 
 
 
558 aa  462  9.999999999999999e-129  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.852136  hitchhiker  0.00299193 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3117  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  44.27 
 
 
555 aa  462  9.999999999999999e-129  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.124819  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2099  Fis family transcriptional regulator  44.46 
 
 
574 aa  460  9.999999999999999e-129  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2114  Fis family transcriptional regulator  44.48 
 
 
573 aa  457  1e-127  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2797  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  44.78 
 
 
560 aa  455  1.0000000000000001e-126  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.284817  normal  0.341611 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2951  sigma-54 dependent transcriptional regulator  43.66 
 
 
561 aa  449  1e-125  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.201799  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5671  helix-turn-helix, Fis-type  44.4 
 
 
564 aa  451  1e-125  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0505  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  43.77 
 
 
587 aa  450  1e-125  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2116  Fis family transcriptional regulator  42.73 
 
 
579 aa  447  1.0000000000000001e-124  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2972  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  44.56 
 
 
562 aa  442  1e-123  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6646  xylR-like aromatic hydrocarbon degradgation transcriptional regulatory protein  42.74 
 
 
587 aa  436  1e-121  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.165566 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0205  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  45.49 
 
 
566 aa  436  1e-121  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1542  Fis family transcriptional regulator  42.7 
 
 
586 aa  434  1e-120  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.332914  normal  0.115616 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2855  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  43.85 
 
 
582 aa  435  1e-120  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08880  sigma54-dependent activator protein, XylR/DmpR family  44.68 
 
 
564 aa  429  1e-119  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.493647  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0962  putative phenol-degradative gene regulator transcription regulator protein  42.39 
 
 
623 aa  431  1e-119  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1698  helix-turn-helix, Fis-type  43.5 
 
 
540 aa  427  1e-118  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.584342  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2286  phenol-degradation regulator  44.39 
 
 
550 aa  426  1e-118  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3364  putative sigma54 specific transcriptional regulator  44.74 
 
 
585 aa  427  1e-118  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1002  phenol-degradation regulator  44.97 
 
 
570 aa  425  1e-117  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30810  sigma54-dependent activator protein  44.08 
 
 
564 aa  424  1e-117  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1788  sigma-54 factor, interaction region  43.66 
 
 
542 aa  418  9.999999999999999e-116  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.337598  normal 
 
 
-
 
NC_009426  Saro_3839  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  41.18 
 
 
546 aa  410  1e-113  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.719613  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0365  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  34.78 
 
 
554 aa  313  6.999999999999999e-84  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0338  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  34.72 
 
 
552 aa  312  1e-83  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0352  putative sigma54 specific transcriptional regulator  34.08 
 
 
554 aa  311  2e-83  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0888  putative sigma54 specific transcriptional regulator  39.71 
 
 
543 aa  300  5e-80  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0890  putative sigma54 specific transcriptional regulator  37.47 
 
 
543 aa  296  1e-78  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3095  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  35.7 
 
 
575 aa  293  8e-78  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.458911 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0349  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  38.49 
 
 
541 aa  292  1e-77  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.497351  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2056  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  45.24 
 
 
473 aa  291  2e-77  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.732718  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1971  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  45.24 
 
 
473 aa  291  2e-77  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0887215  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3191  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  37.57 
 
 
553 aa  291  2e-77  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0337  putative sigma54 specific transcriptional regulator  38.49 
 
 
541 aa  291  2e-77  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51000  Nif-specific sigma54-dependent transcriptional activator protein, NifA  46.69 
 
 
522 aa  287  2.9999999999999996e-76  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.519777  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1908  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  44.96 
 
 
473 aa  286  5.999999999999999e-76  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0299  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  34.69 
 
 
547 aa  286  7e-76  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00444177  hitchhiker  0.000000221219 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1510  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  44.71 
 
 
448 aa  284  3.0000000000000004e-75  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1748  transcriptional regulator, NifA, Fis Family  44.24 
 
 
542 aa  284  3.0000000000000004e-75  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1228  Fis family transcriptional regulator  42.49 
 
 
549 aa  283  6.000000000000001e-75  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0917  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  36.31 
 
 
568 aa  283  6.000000000000001e-75  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1951  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  45.59 
 
 
470 aa  283  8.000000000000001e-75  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.516267  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1625  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  43.33 
 
 
544 aa  282  1e-74  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0165781  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0976  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  44.85 
 
 
442 aa  280  4e-74  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00434157  normal  0.514512 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2001  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  45.92 
 
 
454 aa  280  7e-74  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2730  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  32.43 
 
 
535 aa  279  1e-73  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.928628  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1204  transcriptional regulator NifA  44.78 
 
 
550 aa  276  9e-73  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.132443  hitchhiker  0.00777378 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1527  Fis family transcriptional regulator  43.49 
 
 
537 aa  275  2.0000000000000002e-72  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1920  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  42.73 
 
 
543 aa  274  4.0000000000000004e-72  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0127788  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0512  transcriptional regulator, NifA, Fis Family  39.11 
 
 
524 aa  274  4.0000000000000004e-72  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0689  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  42.81 
 
 
544 aa  273  6e-72  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.430174  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1919  Fis family transcriptional regulator  40.62 
 
 
545 aa  273  9e-72  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0109  two component Fis family transcriptional regulator  45.21 
 
 
466 aa  272  1e-71  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0427  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  44.24 
 
 
458 aa  270  5.9999999999999995e-71  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_26490  sigma54-dependent activator protein  43.98 
 
 
485 aa  270  7e-71  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.593646  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0282  transcriptional regulator NifA  44.94 
 
 
525 aa  268  2e-70  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.262632  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0508  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family protein  35.29 
 
 
547 aa  268  2e-70  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0789  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  43.33 
 
 
448 aa  268  2e-70  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1785  NifA subfamily transcriptional regulator  43.03 
 
 
507 aa  268  2.9999999999999995e-70  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5933  NifA subfamily transcriptional regulator  42.17 
 
 
580 aa  266  5e-70  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.088253  normal 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1157  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  41.52 
 
 
502 aa  265  1e-69  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1388  NifA subfamily transcriptional regulator  44.85 
 
 
533 aa  264  3e-69  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1017  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  45.76 
 
 
445 aa  264  4e-69  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.246569  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4024  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  44.14 
 
 
467 aa  263  6e-69  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  6.42797e-16 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4418  transcriptional regulatory protein ZraR  44.07 
 
 
441 aa  263  6e-69  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.298897  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0790  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  47.51 
 
 
466 aa  263  6.999999999999999e-69  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3940  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  43.3 
 
 
467 aa  263  8e-69  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.0000637809  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1960  response regulator transcription factor  41.37 
 
 
471 aa  262  1e-68  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1295  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  44.24 
 
 
457 aa  261  2e-68  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.62254e-16 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4385  transcriptional regulatory protein ZraR  44.38 
 
 
441 aa  261  2e-68  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.712665 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1430  acetoacetate metabolism regulatory protein AtoC  44.27 
 
 
461 aa  261  2e-68  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.324678  hitchhiker  0.00137179 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4505  transcriptional regulatory protein ZraR  44.65 
 
 
441 aa  261  2e-68  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.11324 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1802  two component, sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  43.24 
 
 
459 aa  261  2e-68  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0135454  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1649  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  44.05 
 
 
479 aa  261  2e-68  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0903  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  43.54 
 
 
693 aa  261  2e-68  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.10284 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0570  NifA subfamily transcriptional regulator  44.11 
 
 
508 aa  261  3e-68  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.106051  normal  0.50757 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2510  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  39.02 
 
 
472 aa  260  4e-68  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0791346  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2313  Fis family transcriptional regulator  43.24 
 
 
510 aa  260  4e-68  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4454  transcriptional regulatory protein ZraR  44.04 
 
 
441 aa  260  4e-68  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.209341  hitchhiker  0.000519331 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03834  hypothetical protein  44.38 
 
 
441 aa  260  5.0000000000000005e-68  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0118236  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03881  fused DNA-binding response regulator in two-component regulatory system with ZraS: response regulator/sigma54 interaction protein  44.38 
 
 
441 aa  260  5.0000000000000005e-68  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0124745  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4021  transcriptional regulatory protein ZraR  44.38 
 
 
441 aa  260  5.0000000000000005e-68  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0128092  normal  0.0227655 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3263  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  44.14 
 
 
464 aa  260  5.0000000000000005e-68  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000000257125 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0437  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  42.99 
 
 
490 aa  260  5.0000000000000005e-68  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>