More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_1810 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008345  Sfri_1810  DNA polymerase III subunit epsilon  100 
 
 		 238 aa  493  9.999999999999999e-139  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0968  DNA polymerase III subunit epsilon  81.93 
 
 		 238 aa  407  1.0000000000000001e-112  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.109117 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2322  DNA polymerase III subunit epsilon  73.11 
 
 		 238 aa  361  6e-99  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0721155  normal  0.012289 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0099  DNA polymerase III subunit epsilon  66.24 
 
 		 238 aa  332  2e-90  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01887  DNA polymerase III subunit epsilon  59.83 
 
 		 239 aa  277  8e-74  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003140  DNA polymerase III epsilon subunit  55.36 
 
 		 239 aa  263  2e-69  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0050  DNA polymerase III subunit epsilon  50.44 
 
 		 239 aa  250  1e-65  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02456  DNA polymerase III subunit epsilon  48.9 
 
 		 249 aa  249  3e-65  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4544  DNA polymerase III subunit epsilon  47.86 
 
 		 235 aa  242  3e-63  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.804755  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003607  DNA polymerase III epsilon subunit  47.79 
 
 		 248 aa  242  3.9999999999999997e-63  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0909  DNA polymerase III subunit epsilon  48.32 
 
 		 236 aa  225  6e-58  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0718919  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0266  DNA polymerase III subunit epsilon  48.29 
 
 		 240 aa  222  4e-57  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0836  DNA polymerase III subunit epsilon  47.14 
 
 		 240 aa  218  6e-56  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0979  DNA polymerase III subunit epsilon  45.81 
 
 		 241 aa  216  2e-55  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.102826  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3130  DNA polymerase III subunit epsilon  45.15 
 
 		 240 aa  216  2.9999999999999998e-55  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.411931  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2503  DNA polymerase III subunit epsilon  45.22 
 
 		 251 aa  209  2e-53  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4339  DNA polymerase III subunit epsilon  41.92 
 
 		 236 aa  176  3e-43  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1044  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  32.48 
 
 		 230 aa  123  2e-27  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.69033  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4955  exonuclase  31.6 
 
 		 228 aa  119  3e-26  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000926  DNA polymerase III epsilon subunit  35.05 
 
 		 236 aa  110  2.0000000000000002e-23  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1713  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  33.02 
 
 		 228 aa  109  4.0000000000000004e-23  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.180108  hitchhiker  0.000000667119 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2671  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  32.56 
 
 		 228 aa  108  1e-22  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2636  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  32.56 
 
 		 228 aa  107  2e-22  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.815418  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2750  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  32.56 
 
 		 228 aa  107  2e-22  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.336588  normal  0.0259653 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1577  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  31.53 
 
 		 228 aa  102  5e-21  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0160507 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1698  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  33.83 
 
 		 228 aa  101  1e-20  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2834  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  30.94 
 
 		 226 aa  100  2e-20  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00375381 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1516  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  31.7 
 
 		 228 aa  99  6e-20  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.845972  normal  0.0175555 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1752  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  29.6 
 
 		 228 aa  98.6  7e-20  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.974863  normal  0.0312157 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0628  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.6 
 
 		 239 aa  96.7  3e-19  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2006  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.99 
 
 		 233 aa  96.3  3e-19  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.473172  decreased coverage  0.00101697 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1583  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  30.36 
 
 		 228 aa  96.7  3e-19  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0697497 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3933  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.09 
 
 		 232 aa  96.3  4e-19  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.165609  normal  0.0812308 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1867  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  31.25 
 
 		 246 aa  92.8  4e-18  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.304981  normal  0.675746 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2368  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  31.02 
 
 		 226 aa  92.4  5e-18  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0245873 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0265  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  32.29 
 
 		 228 aa  92.8  5e-18  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1549  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  32.08 
 
 		 229 aa  90.9  2e-17  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.418832  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2356  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  28.71 
 
 		 223 aa  88.2  1e-16  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0301  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.02 
 
 		 236 aa  87.4  2e-16  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3694  exonuclease  30.6 
 
 		 200 aa  85.5  7e-16  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.558751  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3714  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.51 
 
 		 233 aa  85.1  9e-16  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.349648  hitchhiker  0.000000325889 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3835  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  29.12 
 
 		 200 aa  84.7  0.000000000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.999673  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1525  DNA polymerase III epsilon subunit-related 3'-5' exonuclease-like protein  32.35 
 
 		 228 aa  83.2  0.000000000000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2855  exonuclease  34.68 
 
 		 181 aa  81.6  0.00000000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0814  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  30.32 
 
 		 200 aa  80.5  0.00000000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0852065 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3752  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  30.05 
 
 		 200 aa  80.9  0.00000000000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.211189  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3823  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  30.22 
 
 		 200 aa  76.6  0.0000000000004  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00858387 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0529  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  31.96 
 
 		 224 aa  76.3  0.0000000000004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.56514  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0553  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.25 
 
 		 244 aa  75.1  0.0000000000008  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0700  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  34.34 
 
 		 220 aa  74.3  0.000000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.277225  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0820  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  26.94 
 
 		 207 aa  73.2  0.000000000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2477  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  27.78 
 
 		 233 aa  72  0.000000000008  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00576193 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0816  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  29.14 
 
 		 206 aa  71.6  0.000000000009  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3137  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  27.57 
 
 		 213 aa  71.2  0.00000000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0768  exonuclease  28.41 
 
 		 207 aa  71.2  0.00000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.898331  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5959  DNA polymerase III subunit epsilon  28.16 
 
 		 212 aa  70.5  0.00000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0467  DNA polymerase III subunit epsilon  27.47 
 
 		 216 aa  68.9  0.00000000006  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.268552  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1721  DNA polymerase III PolC  30.77 
 
 		 1390 aa  67  0.0000000002  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.670328  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1265  DNA polymerase III, epsilon subunit  26.92 
 
 		 205 aa  67  0.0000000002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1583  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  29.89 
 
 		 203 aa  67.8  0.0000000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.132729 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0828  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  30.94 
 
 		 203 aa  66.6  0.0000000003  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.0208649  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0451  DNA polymerase III subunit epsilon  26.32 
 
 		 216 aa  65.9  0.0000000006  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0363772  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0996  DNA polymerase III PolC  29.57 
 
 		 1442 aa  65.5  0.0000000007  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1965  DNA polymerase III, alpha subunit  31.55 
 
 		 1426 aa  65.5  0.0000000007  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2256  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.85 
 
 		 234 aa  65.1  0.0000000009  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.313606 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0424  DNA polymerase III, epsilon subunit  27.32 
 
 		 186 aa  64.7  0.000000001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0439  DNA polymerase III, epsilon subunit  27.32 
 
 		 186 aa  64.3  0.000000002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1295  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  28.89 
 
 		 200 aa  64.3  0.000000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.961159  normal  0.477064 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00723  putative DNA polymerase, exonuclease activity  29.35 
 
 		 226 aa  63.9  0.000000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0503  DNA polymerase III, epsilon subunit  27.53 
 
 		 695 aa  63.9  0.000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0629426  normal  0.16655 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0956  DNA polymerase III, epsilon subunit  35.92 
 
 		 235 aa  63.9  0.000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0553  DNA polymerase III subunit epsilon  25.99 
 
 		 201 aa  63.2  0.000000004  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000164562 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3141  DNA polymerase III, epsilon subunit  27.27 
 
 		 595 aa  62.4  0.000000005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1780  DNA polymerase III, epsilon subunit  26.8 
 
 		 242 aa  62.4  0.000000005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000677217  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2284  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.14 
 
 		 240 aa  62.4  0.000000006  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0391  DNA polymerase III subunit epsilon  25.29 
 
 		 203 aa  62  0.000000008  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0160447 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3777  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.42 
 
 		 722 aa  62  0.000000009  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2018  DNA polymerase III, epsilon subunit  26.26 
 
 		 242 aa  61.2  0.00000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.250351  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07800  DNA polymerase III, alpha subunit  26.67 
 
 		 1397 aa  60.5  0.00000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0452  DNA polymerase III PolC  26.86 
 
 		 1433 aa  60.5  0.00000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.2678  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2053  putative PAS/PAC sensor protein  30 
 
 		 714 aa  60.5  0.00000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.115114 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0045  DNA polymerase III subunit epsilon  27.37 
 
 		 223 aa  61.2  0.00000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.193012  normal  0.0131844 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1039  DNA polymerase III PolC  24.86 
 
 		 1362 aa  60.5  0.00000003  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.195059  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2814  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.06 
 
 		 243 aa  60.5  0.00000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3810  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  31.25 
 
 		 405 aa  60.1  0.00000003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.730242  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1432  exonuclease  28.49 
 
 		 184 aa  59.7  0.00000004  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1305  DNA polymerase III, epsilon subunit  24.58 
 
 		 232 aa  59.7  0.00000004  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.770765 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0437  DNA polymerase III subunit epsilon  25 
 
 		 203 aa  59.7  0.00000004  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2503  DNA polymerase III subunit epsilon  26.18 
 
 		 218 aa  59.7  0.00000004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000240357 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1993  DNA-directed DNA polymerase  27.27 
 
 		 242 aa  59.3  0.00000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000000133992  hitchhiker  0.00000148516 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1880  DNA-directed DNA polymerase  25.76 
 
 		 242 aa  59.7  0.00000004  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0115193  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2184  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.58 
 
 		 234 aa  59.3  0.00000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0859486  normal  0.351489 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0028  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.45 
 
 		 237 aa  59.3  0.00000005  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4029  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  27.03 
 
 		 238 aa  59.3  0.00000006  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0866563  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2648  DNA polymerase III, epsilon subunit  30 
 
 		 769 aa  58.9  0.00000006  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2621  DNA polymerase III subunit epsilon  25.88 
 
 		 222 aa  58.9  0.00000007  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3104  hypothetical protein  26.97 
 
 		 584 aa  58.9  0.00000007  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.197929  normal  0.651768 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1035  DNA polymerase III, epsilon subunit  24.86 
 
 		 232 aa  58.9  0.00000007  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0079955 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1827  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.03 
 
 		 237 aa  58.5  0.00000009  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0478  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.48 
 
 		 184 aa  58.2  0.0000001  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>