More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_3616 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_3616  GGDEF  100 
 
 		 124 aa  256  8e-68  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.142982 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3619  histidine kinase  99.19 
 
 		 292 aa  254  4e-67  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.499169  normal  0.14127 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1421  transcriptional regulator, AraC family  49.12 
 
 		 277 aa  107  5e-23  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4731  AraC family transcriptional regulator  40.17 
 
 		 289 aa  102  2e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.944783  normal  0.659396 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0357  transcriptional regulator, AraC family  41.67 
 
 		 284 aa  101  3e-21  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.698953 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00261  predicted DNA-binding transcriptional regulator  40.83 
 
 		 284 aa  101  4e-21  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3300  transcriptional regulator, AraC family  40.83 
 
 		 284 aa  101  4e-21  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00265  hypothetical protein  40.83 
 
 		 284 aa  101  4e-21  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3317  AraC family transcriptional regulator  40.83 
 
 		 284 aa  101  4e-21  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0320  AraC family transcriptional regulator  40.83 
 
 		 284 aa  100  5e-21  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0337  AraC family transcriptional regulator  40.83 
 
 		 284 aa  100  6e-21  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0358  AraC family transcriptional regulator  40.83 
 
 		 284 aa  100  6e-21  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.443979  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2186  AraC family transcriptional regulator  41.59 
 
 		 289 aa  99.4  1e-20  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0548516  normal  0.0213407 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0946  helix-turn-helix domain-containing protein  51 
 
 		 307 aa  99  2e-20  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.233091  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1477  AraC family transcriptional regulator  44.55 
 
 		 214 aa  98.2  3e-20  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.698473  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3555  AraC family transcriptional regulator  39.83 
 
 		 273 aa  98.6  3e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.152356 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3301  transcriptional regulator, AraC family  47.46 
 
 		 331 aa  98.2  4e-20  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.688791  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4765  AraC family transcriptional regulator  44.55 
 
 		 312 aa  97.8  5e-20  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.485121  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2492  transcriptional regulator, AraC family  43.14 
 
 		 322 aa  96.3  1e-19  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5186  putative AraC-like transcription regulator  45.87 
 
 		 335 aa  96.3  1e-19  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0167126 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2960  AraC family transcriptional regulator  37.96 
 
 		 306 aa  95.9  2e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0210112 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4522  AraC family transcriptional regulator  54.46 
 
 		 344 aa  95.9  2e-19  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.601642  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0543  AraC family transcriptional regulator  45.87 
 
 		 285 aa  95.9  2e-19  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6337  transcriptional regulator, AraC family  41.28 
 
 		 259 aa  95.9  2e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.40361  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4732  AraC family transcriptional regulator  43.59 
 
 		 257 aa  95.5  2e-19  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0588  AraC family transcriptional regulator  45.87 
 
 		 285 aa  95.9  2e-19  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2712  helix-turn-helix domain-containing protein  37.96 
 
 		 273 aa  95.9  2e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.741725  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2267  AraC family transcriptional regulator  49.04 
 
 		 309 aa  94.7  4e-19  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0404948  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1900  AraC family transcriptional regulator  42.73 
 
 		 316 aa  94.4  5e-19  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00385171  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4375  AraC family transcriptional regulator  48.98 
 
 		 348 aa  94  6e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2971  AraC family transcriptional regulator  41.58 
 
 		 330 aa  94  6e-19  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.785867  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3991  AraC family transcriptional regulator  48.98 
 
 		 348 aa  94  6e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5085  transcriptional regulator, AraC family  52.87 
 
 		 323 aa  94  6e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0266874  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0729  transcriptional regulator, AraC family protein  42.59 
 
 		 284 aa  93.6  8e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.513058  normal  0.846206 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1816  transcriptional regulator, AraC family  47.75 
 
 		 333 aa  93.6  8e-19  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00100464 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0608  transcriptional regulator, AraC family protein  42.59 
 
 		 284 aa  92.8  1e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3398  AraC family transcriptional regulator  38.74 
 
 		 273 aa  92.8  1e-18  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.61994  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6701  transcriptional regulator, AraC family  38.32 
 
 		 279 aa  93.2  1e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5298  transcriptional regulator, AraC family  43.81 
 
 		 309 aa  92.8  1e-18  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.00273458  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0614  AraC family transcriptional regulator  42.59 
 
 		 284 aa  92.8  1e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.45205 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2439  transcriptional regulator, AraC family  45.87 
 
 		 325 aa  92.8  1e-18  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000241537 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0674  AraC family transcriptional regulator  42.59 
 
 		 284 aa  92  2e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0664  AraC family transcriptional regulator  42.59 
 
 		 284 aa  92  3e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1769  AraC family transcriptional regulator  47.22 
 
 		 305 aa  91.7  3e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.158961  normal  0.542492 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8693  transcriptional regulator, AraC family  41.9 
 
 		 313 aa  91.7  3e-18  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6608  AraC family transcriptional regulator  44.04 
 
 		 330 aa  91.7  3e-18  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6195  AraC family transcriptional regulator  42.06 
 
 		 299 aa  91.3  4e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.781051 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3533  AraC family transcriptional regulator  47.96 
 
 		 348 aa  91.3  4e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4609  transcriptional regulator, AraC family  44.86 
 
 		 318 aa  91.3  4e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3237  AraC family transcriptional regulator  37.74 
 
 		 276 aa  90.9  5e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0744536  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1005  AraC family transcriptional regulator  42.02 
 
 		 337 aa  90.9  5e-18  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.829176  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0815  AraC family transcriptional regulator  40 
 
 		 275 aa  90.9  6e-18  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.224567  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2609  AraC family transcriptional regulator  49.04 
 
 		 313 aa  90.9  6e-18  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.263375  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1012  transcriptional regulator, AraC family  43.52 
 
 		 345 aa  90.5  7e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1052  transcriptional regulator, AraC family  53.41 
 
 		 314 aa  90.1  8e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.2685  normal  0.950103 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2777  AraC family transcriptional regulator  48.04 
 
 		 325 aa  90.1  9e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6348  transcriptional regulator, AraC family  43.64 
 
 		 301 aa  89.7  1e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6114  AraC family transcriptional regulator  41.88 
 
 		 322 aa  89.4  1e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1588  transcriptional regulator, AraC family  45.54 
 
 		 325 aa  89.7  1e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2267  AraC family transcriptional regulator  50.51 
 
 		 334 aa  89.7  1e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0311911  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0886  transcriptional regulator, AraC family  43.52 
 
 		 332 aa  89.4  1e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1156  AraC family transcriptional regulator  43.24 
 
 		 316 aa  89.7  1e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.266931 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6076  transcriptional regulator, AraC family  47.92 
 
 		 349 aa  89  2e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.132925 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5103  helix-turn-helix domain-containing protein  42.73 
 
 		 307 aa  89.4  2e-17  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.171619 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2354  AraC family transcriptional regulator  44.04 
 
 		 318 aa  88.6  3e-17  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0793456  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1684  transcriptional regulator, AraC family  49.49 
 
 		 334 aa  87.8  4e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.943057  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1608  transcriptional regulator, AraC family  49.49 
 
 		 334 aa  87.8  5e-17  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.889742  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1175  AraC family transcriptional regulator  48 
 
 		 322 aa  87.8  5e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.253072 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2897  transcriptional regulator, AraC family  44.17 
 
 		 329 aa  87.8  5e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.825187  normal  0.500009 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0117  AraC family transcriptional regulator  37.93 
 
 		 281 aa  87.4  6e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_15650  hypothetical protein  43.93 
 
 		 318 aa  87.4  6e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000726726  hitchhiker  5.71915e-19 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7382  transcriptional regulator AraC family  45.38 
 
 		 329 aa  87.4  6e-17  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.152867  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3528  AraC family transcriptional regulator  45.1 
 
 		 312 aa  87  7e-17  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.680996  normal  0.733506 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1711  transcriptional regulator, AraC family  44.23 
 
 		 307 aa  86.7  9e-17  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.78026  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0842  transcriptional regulator, AraC family  43.12 
 
 		 318 aa  86.7  9e-17  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.404534  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6331  transcriptional regulator, AraC family  44.12 
 
 		 305 aa  86.7  9e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.685362  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2769  AraC family transcriptional regulator  40.91 
 
 		 297 aa  86.3  1e-16  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00424718 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1450  transcriptional regulator, AraC family  42.57 
 
 		 301 aa  85.9  2e-16  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.342314 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1385  AraC family transcriptional regulator  45.1 
 
 		 305 aa  85.5  2e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4336  AraC family transcriptional regulator  38.6 
 
 		 311 aa  85.9  2e-16  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2376  AraC family transcriptional regulator  45.1 
 
 		 342 aa  85.1  3e-16  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.912933  normal  0.295563 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2479  transcriptional regulator, AraC family  43.27 
 
 		 303 aa  85.1  3e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4383  AraC family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 332 aa  85.1  3e-16  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.433153  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1600  helix-turn-helix domain-containing protein  52.38 
 
 		 356 aa  84.3  4e-16  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.114816 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0072  transcriptional regulator, AraC family  44.55 
 
 		 322 aa  84.3  4e-16  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.783427  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5293  AraC family transcriptional regulator  44.04 
 
 		 344 aa  84.7  4e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.273034  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1005  helix-turn-helix domain-containing protein  45.54 
 
 		 327 aa  84.7  4e-16  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3961  AraC family transcriptional regulator  44.04 
 
 		 349 aa  84.3  5e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0742642 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2496  helix-turn-helix domain-containing protein  39.45 
 
 		 308 aa  84.3  5e-16  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0383135  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2515  transcriptional regulator, AraC family  48.28 
 
 		 295 aa  84.3  5e-16  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0607329  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3471  AraC family transcriptional regulator  44.04 
 
 		 344 aa  84.3  5e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.340628  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3559  AraC family transcriptional regulator  44.04 
 
 		 349 aa  84.3  5e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6761  AraC family transcriptional regulator  46 
 
 		 310 aa  84  6e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.844239 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2564  AraC family transcriptional regulator  43.12 
 
 		 349 aa  84  6e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.972599 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5355  AraC family transcriptional regulator  42.72 
 
 		 340 aa  84  6e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.924239 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7590  AraC family transcriptional regulator  48.48 
 
 		 310 aa  84  7e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1829  AraC family transcriptional regulator  43.56 
 
 		 319 aa  84  7e-16  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.362007  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2055  helix-turn-helix domain-containing protein  48.28 
 
 		 345 aa  84  7e-16  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.580001 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3354  transcriptional regulator, AraC family  41.96 
 
 		 234 aa  83.6  8e-16  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000174628 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4938  AraC family transcriptional regulator  39.83 
 
 		 305 aa  83.6  9e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>