More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_4214 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007406  Nwi_0288  extracellular solute-binding protein  69.19 
 
 		 631 aa  901    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0514  extracellular solute-binding protein family 5  59.73 
 
 		 617 aa  699    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.772903  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3639  extracellular solute-binding protein  55.45 
 
 		 641 aa  677    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.294463  normal  0.053682 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0342  extracellular solute-binding protein  55.07 
 
 		 637 aa  657    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1616  extracellular solute-binding protein  59.08 
 
 		 621 aa  687    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.320311 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7055  oligopeptide ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  75.12 
 
 		 614 aa  961    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0391894  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1770  extracellular solute-binding protein  84.25 
 
 		 635 aa  1094    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.235807  normal  0.035612 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3729  extracellular solute-binding protein  79.37 
 
 		 605 aa  1012    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0421  extracellular solute-binding protein family 5  55.21 
 
 		 641 aa  666    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.427516  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4214  extracellular solute-binding protein family 5  100 
 
 		 631 aa  1287    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.159532  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0387  extracellular solute-binding protein family 5  54.91 
 
 		 637 aa  656    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.111911  normal  0.651599 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3535  twin-arginine translocation pathway signal  84.47 
 
 		 631 aa  1078    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.10202  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0378  extracellular solute-binding protein  67.46 
 
 		 659 aa  884    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.296975  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2632  extracellular solute-binding protein  61.71 
 
 		 638 aa  739    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.267737 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0249  extracellular solute-binding protein  54.47 
 
 		 670 aa  625  1e-177  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0015  extracellular solute-binding protein  52.53 
 
 		 622 aa  622  1e-177  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.440164  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4132  extracellular solute-binding protein family 5  51.91 
 
 		 610 aa  613  9.999999999999999e-175  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0010  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein, putative  50.41 
 
 		 622 aa  603  1.0000000000000001e-171  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.427067  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0010  putative ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  50.76 
 
 		 610 aa  603  1.0000000000000001e-171  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.113788  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3366  extracellular solute-binding protein  52.45 
 
 		 619 aa  602  1.0000000000000001e-171  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4446  extracellular solute-binding protein family 5  50.49 
 
 		 610 aa  601  1e-170  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.215863  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0244  ABC transporter substrate binding protein (peptide)  50.25 
 
 		 631 aa  586  1e-166  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3166  extracellular solute-binding protein  49.42 
 
 		 615 aa  562  1.0000000000000001e-159  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4084  extracellular solute-binding protein  46.7 
 
 		 622 aa  536  1e-151  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0180  extracellular solute-binding protein family 5  49.23 
 
 		 607 aa  532  1e-150  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0115715  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2060  extracellular solute-binding protein  48.35 
 
 		 615 aa  518  1.0000000000000001e-145  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.163136  normal  0.391933 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3472  extracellular solute-binding protein  48.29 
 
 		 611 aa  518  1.0000000000000001e-145  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0597  extracellular solute-binding protein  47.53 
 
 		 633 aa  515  1.0000000000000001e-145  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2274  extracellular solute-binding protein  46.94 
 
 		 600 aa  516  1.0000000000000001e-145  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3719  extracellular solute-binding protein  48.25 
 
 		 611 aa  515  1e-144  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0280101  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4147  peptide ABC transporter, periplamic peptide-binding protein  47.95 
 
 		 611 aa  510  1e-143  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2181  extracellular solute-binding protein  47.26 
 
 		 613 aa  509  1e-143  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1718  extracellular solute-binding protein  47.43 
 
 		 611 aa  509  1e-143  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.359306  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3486  ABC transporter periplasmic binding protein  47.01 
 
 		 615 aa  507  9.999999999999999e-143  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1348  extracellular solute-binding protein family 5  46.68 
 
 		 603 aa  505  1e-141  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0798387  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41130  putative binding protein component of ABC transporter  46.67 
 
 		 615 aa  504  1e-141  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3717  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  47.68 
 
 		 618 aa  501  1e-140  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1758  extracellular solute-binding protein  47.51 
 
 		 618 aa  500  1e-140  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.316004  normal  0.0569954 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29650  oligopeptide ABC transporter, periplasmic substrate binding protein  45.09 
 
 		 613 aa  498  1e-139  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  decreased coverage  0.000703906  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1538  extracellular solute-binding protein  46.51 
 
 		 609 aa  493  9.999999999999999e-139  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1946  extracellular solute-binding protein  43.81 
 
 		 611 aa  487  1e-136  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.185407  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37880  putative binding protein component of ABC transporter  42.6 
 
 		 602 aa  466  9.999999999999999e-131  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00173754  normal  0.230207 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4146  peptide ABC transporter, periplamic peptide-binding protein  41.89 
 
 		 609 aa  463  1e-129  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3471  extracellular solute-binding protein  41.89 
 
 		 609 aa  463  1e-129  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.640162  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1719  extracellular solute-binding protein  41.89 
 
 		 646 aa  462  1e-129  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.244782  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3718  extracellular solute-binding protein  41.89 
 
 		 590 aa  462  9.999999999999999e-129  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.357391  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1615  extracellular solute-binding protein  42.61 
 
 		 627 aa  452  1.0000000000000001e-126  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.316028 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1759  extracellular solute-binding protein  41.99 
 
 		 609 aa  455  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.358749  normal  0.29946 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0515  extracellular solute-binding protein family 5  44.44 
 
 		 626 aa  454  1.0000000000000001e-126  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2182  extracellular solute-binding protein  40.78 
 
 		 610 aa  453  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29640  oligopeptide ABC transporter, periplasmic substrate binding protein  42.05 
 
 		 609 aa  453  1.0000000000000001e-126  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.113024  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2061  extracellular solute-binding protein  43 
 
 		 616 aa  454  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.409615  normal  0.170665 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3716  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  41.5 
 
 		 609 aa  451  1e-125  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0289  ABC transporter extracellular solute-binding protein  39.57 
 
 		 606 aa  449  1e-125  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3485  putative solute-binding protein  41.47 
 
 		 626 aa  446  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0393  extracellular solute-binding protein family 5  44.21 
 
 		 658 aa  443  1e-123  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.305694  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3640  extracellular solute-binding protein  41.6 
 
 		 615 aa  442  9.999999999999999e-123  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.133111 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2153  extracellular solute-binding protein  42.04 
 
 		 597 aa  439  1e-121  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.453344 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0576  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  42.13 
 
 		 615 aa  436  1e-121  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0542  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  42.3 
 
 		 616 aa  436  1e-121  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41110  putative solute-binding protein  41.13 
 
 		 609 aa  438  1e-121  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0448  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  40.79 
 
 		 628 aa  434  1e-120  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0189227  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0422  extracellular solute-binding protein family 5  42.25 
 
 		 625 aa  435  1e-120  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.175563  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0535  putative peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  39.73 
 
 		 611 aa  428  1e-118  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3534  extracellular solute-binding protein  40.77 
 
 		 626 aa  428  1e-118  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.173833  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3093  extracellular solute-binding protein  39.61 
 
 		 640 aa  424  1e-117  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.311181 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3638  extracellular solute-binding protein  41.47 
 
 		 592 aa  422  1e-117  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7054  oligopeptide ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  41.25 
 
 		 614 aa  416  9.999999999999999e-116  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.334122  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0248  extracellular solute-binding protein  41.94 
 
 		 626 aa  419  9.999999999999999e-116  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2786  extracellular solute-binding protein  38.76 
 
 		 602 aa  419  9.999999999999999e-116  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.426757  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1771  extracellular solute-binding protein  39.65 
 
 		 625 aa  417  9.999999999999999e-116  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.235807  normal  0.0344403 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2711  ABC transporter, periplamic substrate-binding protein  38.59 
 
 		 602 aa  416  9.999999999999999e-116  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3728  extracellular solute-binding protein  39.91 
 
 		 621 aa  417  9.999999999999999e-116  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1497  ABC transporter periplamic substrate-binding protein  38.76 
 
 		 602 aa  418  9.999999999999999e-116  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0343  extracellular solute-binding protein  41.54 
 
 		 624 aa  414  1e-114  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0289  extracellular solute-binding protein  40.91 
 
 		 632 aa  415  1e-114  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0845  extracellular solute-binding protein  41.34 
 
 		 638 aa  414  1e-114  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.0910462 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0388  extracellular solute-binding protein family 5  42.06 
 
 		 624 aa  412  1e-114  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.420489  normal  0.698142 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1397  extracellular solute-binding protein  40.51 
 
 		 606 aa  412  1e-114  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.982775  normal  0.886089 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4213  extracellular solute-binding protein family 5  38.94 
 
 		 621 aa  406  1.0000000000000001e-112  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.238618  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1917  extracellular solute-binding protein family 5  38.94 
 
 		 601 aa  405  1e-111  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.530573  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2129  extracellular solute-binding protein  41.48 
 
 		 627 aa  405  1e-111  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.641802  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1636  ABC peptide transporter, periplasmic ligand binding protein  39.44 
 
 		 654 aa  404  1e-111  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.106746  normal  0.365226 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0379  extracellular solute-binding protein  39.9 
 
 		 628 aa  403  1e-111  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2501  extracellular solute-binding protein family 5  39.86 
 
 		 613 aa  400  9.999999999999999e-111  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0677964  normal  0.0181569 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2633  extracellular solute-binding protein  39.69 
 
 		 629 aa  400  9.999999999999999e-111  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.350381  normal  0.525149 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2941  extracellular solute-binding protein family 5  39.31 
 
 		 626 aa  399  9.999999999999999e-111  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1733  extracellular solute-binding protein family 5  38.7 
 
 		 600 aa  395  1e-109  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.197004 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2146  extracellular solute-binding protein  42.65 
 
 		 661 aa  399  1e-109  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.155446  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3914  extracellular solute-binding protein family 5  38.84 
 
 		 630 aa  397  1e-109  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2326  ABC transporter, periplasmic solute-binding protein  38.4 
 
 		 604 aa  393  1e-108  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00440714 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1173  substrate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  42.25 
 
 		 625 aa  395  1e-108  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.000592479  normal  0.415148 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3358  extracellular solute-binding protein  38.21 
 
 		 636 aa  394  1e-108  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0726814  normal  0.160875 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2847  extracellular solute-binding protein  39.13 
 
 		 623 aa  393  1e-108  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1480  extracellular solute-binding protein family 5  38.14 
 
 		 604 aa  391  1e-107  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.173724  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3315  ABC transporter, periplasmic solute-binding protein  38.57 
 
 		 604 aa  392  1e-107  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.644955  normal  0.133502 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0781  ABC transporter, periplasmic solute-binding protein  38.16 
 
 		 604 aa  392  1e-107  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4153  ABC transporter substrate-binding protein  37.83 
 
 		 601 aa  389  1e-107  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.162536  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2567  extracellular solute-binding protein  38.23 
 
 		 601 aa  389  1e-107  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00156108 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2315  ABC transporter, peripllasmic solute-binding proteins  38.14 
 
 		 604 aa  392  1e-107  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>