165 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSP_1662 on replicon NC_007493
Organism: Rhodobacter sphaeroides 2.4.1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007493  RSP_1662  integrase/recombinase  100 
 
 		 348 aa  711    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0125485  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0961  phage integrase family protein  47.97 
 
 		 359 aa  304  2.0000000000000002e-81  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0178489  normal  0.193987 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2080  putative tyrosine recombinase  39.05 
 
 		 341 aa  230  3e-59  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.524732  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6744  putative phage integrase  32.63 
 
 		 382 aa  125  8.000000000000001e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.15121  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6147  Integrase  31.6 
 
 		 344 aa  125  9e-28  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.236662  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2857  phage integrase  30.98 
 
 		 359 aa  114  2.0000000000000002e-24  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0969  integrase family protein  33.06 
 
 		 426 aa  97.4  3e-19  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.686349  normal  0.45689 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0970  integrase family protein  31.65 
 
 		 367 aa  95.1  1e-18  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.605472  normal  0.569329 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0988  integrase family protein  27.41 
 
 		 370 aa  91.7  2e-17  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.934972 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2865  phage integrase  27.01 
 
 		 370 aa  87.8  2e-16  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.520837  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2644  phage integrase family protein  29.62 
 
 		 335 aa  87.4  4e-16  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  hitchhiker  0.00120469  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0325  phage integrase  28.11 
 
 		 389 aa  82.4  0.00000000000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.701127  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0755  putative tyrosine recombinase  48.24 
 
 		 101 aa  82.4  0.00000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.313446  normal  0.431565 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0275  phage integrase  27.18 
 
 		 359 aa  80.5  0.00000000000004  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0362718  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3294  phage integrase family protein  28.83 
 
 		 360 aa  80.5  0.00000000000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.550021  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0619  phage integrase family protein  31.77 
 
 		 389 aa  80.1  0.00000000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3623  putative integrase  28.78 
 
 		 373 aa  75.1  0.000000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.238631  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4758  integrase family protein  30.42 
 
 		 405 aa  75.9  0.000000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0140  phage integrase family protein  27.44 
 
 		 375 aa  74.7  0.000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.42287  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7358  integrase family protein  31.25 
 
 		 344 aa  73.9  0.000000000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.210613  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2519  integrase family protein  30.88 
 
 		 346 aa  72.8  0.000000000008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0812  integrase family protein  28.92 
 
 		 385 aa  72.8  0.000000000008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.427445  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4095  phage integrase family protein  24.42 
 
 		 335 aa  72  0.00000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_3065  phage integrase family protein  30.05 
 
 		 361 aa  67.8  0.0000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.490306 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2161  phage integrase family protein  25.1 
 
 		 297 aa  67.4  0.0000000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1951  phage-related integrase  25.9 
 
 		 343 aa  66.2  0.0000000007  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.242299  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0676  phage integrase family protein  31.31 
 
 		 363 aa  63.5  0.000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0831  phage integrase family protein  25.66 
 
 		 362 aa  63.5  0.000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1968  integrase/recombinase  31.82 
 
 		 296 aa  63.2  0.000000006  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3344  phage integrase family protein  27.12 
 
 		 360 aa  62.4  0.00000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.563509  normal  0.0469601 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3583  phage integrase  28.64 
 
 		 385 aa  58.5  0.0000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0826  phage integrase family protein  25.74 
 
 		 294 aa  59.3  0.0000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.132238  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1076  integrase  23.53 
 
 		 250 aa  57.8  0.0000003  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4150  phage integrase family protein  28.1 
 
 		 326 aa  57.8  0.0000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0489444 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3849  phage integrase family protein  27.73 
 
 		 357 aa  57.4  0.0000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.224886 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4057  site-specific recombinase, phage integrase family  28.71 
 
 		 325 aa  56.6  0.0000006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.251442  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0918  integrase  28.48 
 
 		 307 aa  56.6  0.0000007  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  0.0200604 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0945  phage integrase family protein  32.21 
 
 		 211 aa  55.5  0.000001  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.237394  normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0563  phage integrase family protein  32.21 
 
 		 191 aa  55.1  0.000002  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  hitchhiker  0.00000738062  normal  0.655724 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1668  tyrosine recombinase XerD subunit  27.39 
 
 		 295 aa  54.7  0.000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.179488  normal  0.0195248 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3588  phage integrase  29.81 
 
 		 197 aa  54.7  0.000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.385994 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0748  tyrosine recombinase XerD  25 
 
 		 303 aa  54.3  0.000003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.50433  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1375  phage integrase family protein  25 
 
 		 336 aa  54.3  0.000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.182465 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3715  integrase family protein  24.53 
 
 		 298 aa  53.9  0.000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2255  tyrosine recombinase XerD  26.32 
 
 		 305 aa  53.5  0.000006  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.000204462  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6293  integrase family protein  26.94 
 
 		 344 aa  53.1  0.000006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1003  tyrosine recombinase XerD subunit  25.12 
 
 		 302 aa  52.8  0.000008  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.497558  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0886  phage-related integrase  25.61 
 
 		 349 aa  52.4  0.00001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.280114  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1099  tyrosine recombinase XerD  27.88 
 
 		 296 aa  52.4  0.00001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1790  phage integrase family protein  24.63 
 
 		 361 aa  52.4  0.00001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0999654  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2257  site-specific tyrosine recombinase XerD  26.6 
 
 		 299 aa  51.6  0.00002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.977256  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0577  site-specific tyrosine recombinase XerD  26.48 
 
 		 305 aa  51.6  0.00002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0855221  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1427  tyrosine recombinase XerD subunit  29.69 
 
 		 295 aa  51.2  0.00002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1432  tyrosine recombinase XerD  28.25 
 
 		 321 aa  51.6  0.00002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0895087  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2821  site-specific tyrosine recombinase XerD  25 
 
 		 314 aa  50.8  0.00003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.626713 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2329  tyrosine recombinase XerD  27.03 
 
 		 277 aa  50.8  0.00003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00235896  normal  0.0350779 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3879  integrase family protein  24.19 
 
 		 349 aa  51.2  0.00003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1839  integrase family protein  28.12 
 
 		 310 aa  50.8  0.00004  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1118  tyrosine recombinase XerD  28.38 
 
 		 304 aa  50.4  0.00004  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0590  tyrosine recombinase XerD  28.95 
 
 		 306 aa  50.4  0.00005  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2022  tyrosine recombinase XerD subunit  26.15 
 
 		 309 aa  50.4  0.00005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2544  site-specific tyrosine recombinase XerD  24.41 
 
 		 308 aa  49.7  0.00007  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0519  site-specific tyrosine recombinase XerD  26.48 
 
 		 302 aa  49.7  0.00007  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0998774  normal  0.238721 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4222  site-specific tyrosine recombinase XerD  24.73 
 
 		 296 aa  49.7  0.00008  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00160259  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4158  site-specific tyrosine recombinase XerD  24.73 
 
 		 296 aa  49.7  0.00008  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.44443  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0585  integrase family protein  27.4 
 
 		 251 aa  49.7  0.00008  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4113  site-specific tyrosine recombinase XerD  24.73 
 
 		 296 aa  49.3  0.0001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.00015e-24 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3999  site-specific tyrosine recombinase XerD  24.73 
 
 		 296 aa  49.3  0.0001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.189801  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3830  site-specific tyrosine recombinase XerD  24.73 
 
 		 296 aa  49.3  0.0001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3846  site-specific tyrosine recombinase XerD  24.73 
 
 		 296 aa  49.3  0.0001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0256715  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1104  site-specific tyrosine recombinase XerC  25.62 
 
 		 300 aa  48.9  0.0001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000000317379  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4311  site-specific tyrosine recombinase XerD  24.73 
 
 		 296 aa  49.3  0.0001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.789664  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0884  integrase  25.62 
 
 		 302 aa  49.3  0.0001  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.161871  hitchhiker  0.000000000000894527 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1659  tyrosine recombinase XerD subunit  25.88 
 
 		 296 aa  48.9  0.0001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.538818 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2788  site-specific tyrosine recombinase XerD  28.5 
 
 		 296 aa  48.9  0.0001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000777667  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1159  integrase family protein  31.65 
 
 		 344 aa  48.9  0.0001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.226555 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1038  site-specific tyrosine recombinase XerD  30.06 
 
 		 296 aa  48.5  0.0002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00331502  normal  0.0102802 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1133  integrase family protein  26.92 
 
 		 299 aa  48.1  0.0002  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2127  tyrosine recombinase XerD  27.35 
 
 		 308 aa  48.1  0.0002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.518947  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1823  integrase family protein  26.67 
 
 		 253 aa  48.1  0.0002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.987007  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1300  tyrosine recombinase XerD subunit  26.42 
 
 		 297 aa  48.5  0.0002  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4199  site-specific tyrosine recombinase XerD  30.06 
 
 		 296 aa  48.5  0.0002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00345142  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1174  tyrosine recombinase XerD  25.93 
 
 		 300 aa  48.5  0.0002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.784052  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1750  tyrosine recombinase XerD  25.81 
 
 		 294 aa  48.5  0.0002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2436  tyrosine recombinase XerD  27.45 
 
 		 305 aa  47.4  0.0003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.578966 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0569  integrase family protein  27.4 
 
 		 251 aa  47.8  0.0003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.0286562 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2290  phage-related integrase  25.94 
 
 		 346 aa  47.8  0.0003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.306481  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0927  tyrosine recombinase XerD  27.7 
 
 		 304 aa  47  0.0004  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1266  tyrosine recombinase XerD  25 
 
 		 310 aa  47.4  0.0004  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3928  integrase family protein  22.9 
 
 		 290 aa  47.4  0.0004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0285  tyrosine recombinase XerC  31.41 
 
 		 302 aa  47.4  0.0004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0727  tyrosine recombinase XerD  27.74 
 
 		 304 aa  47  0.0004  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.689003 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0367  site-specific tyrosine recombinase XerD  29.44 
 
 		 298 aa  47.4  0.0004  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1060  tyrosine recombinase XerD  26.92 
 
 		 295 aa  47  0.0005  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.17947  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1241  tyrosine recombinase XerD  28.62 
 
 		 311 aa  47  0.0005  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.657845  normal  0.578091 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2992  tyrosine recombinase XerD  27.04 
 
 		 308 aa  46.6  0.0006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1554  tyrosine recombinase XerD  26.92 
 
 		 295 aa  47  0.0006  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1428  phage integrase family site specific recombinase  34.45 
 
 		 125 aa  46.6  0.0006  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1585  tyrosine recombinase XerD  26.92 
 
 		 295 aa  47  0.0006  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2439  integrase family protein  24.79 
 
 		 283 aa  46.6  0.0006  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000285613  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>