87 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_3331 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_3331  TonB-like  100 
 
 		 264 aa  530  1e-149  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.198934  normal  0.616701 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2092  TonB-like protein  87.88 
 
 		 264 aa  475  1e-133  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.014367 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3965  TonB family protein  83.33 
 
 		 264 aa  417  1e-116  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1517  TonB-like  64.77 
 
 		 264 aa  308  4e-83  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1269  TonB protein  64.71 
 
 		 263 aa  283  2.0000000000000002e-75  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.111983  normal  0.123169 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2307  TonB like protein  64.71 
 
 		 263 aa  283  2.0000000000000002e-75  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.242598  normal  0.294418 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1133  TonB family protein  52.61 
 
 		 270 aa  217  2e-55  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1307  putative energy transducer TonB  45.1 
 
 		 263 aa  200  1.9999999999999998e-50  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.217867  normal  0.59147 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3545  putative energy transducer TonB  45.59 
 
 		 269 aa  199  3e-50  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0749  TonB-like  32.55 
 
 		 269 aa  111  1.0000000000000001e-23  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0705  TonB protein  30.56 
 
 		 267 aa  95.1  1e-18  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.518814 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2038  TonB like protein  30.56 
 
 		 267 aa  95.1  1e-18  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.970768  normal  0.85242 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1657  TonB-like protein  26.44 
 
 		 279 aa  85.9  6e-16  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1243  TonB-like protein  29.45 
 
 		 292 aa  85.9  7e-16  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.122386  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7000  hypothetical protein  42.22 
 
 		 154 aa  85.1  0.000000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.695854 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3641  TonB-like  37.08 
 
 		 251 aa  77.8  0.0000000000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1982  TonB-like  41.86 
 
 		 266 aa  77.4  0.0000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.153841  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2420  TonB family protein  30.85 
 
 		 285 aa  77  0.0000000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4542  TonB-like  29.32 
 
 		 265 aa  75.5  0.0000000000009  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3308  TonB family protein  32.7 
 
 		 239 aa  75.1  0.000000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0233  TonB family protein  42.05 
 
 		 269 aa  72.4  0.000000000007  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.488187 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5982  tonB protein  40.66 
 
 		 317 aa  72.4  0.000000000007  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1047  putative TonB-dependent colicin receptor protein  34.19 
 
 		 279 aa  72  0.000000000009  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.710809  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5356  TonB family protein  36.73 
 
 		 243 aa  71.2  0.00000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.772268  normal  0.884832 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5217  TonB family protein  36.11 
 
 		 243 aa  70.9  0.00000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.315671 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5308  TonB family protein  36.11 
 
 		 243 aa  70.9  0.00000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.162445 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4002  TonB-like  27.27 
 
 		 292 aa  69.7  0.00000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0373  TonB family protein  31.58 
 
 		 250 aa  69.7  0.00000000005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4168  TonB family protein  29.91 
 
 		 268 aa  69.3  0.00000000006  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5557  TonB-like  34.51 
 
 		 248 aa  68.2  0.0000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010660  SbBS512_A0116  TonB family C-terminal domain protein  25.1 
 
 		 258 aa  67.8  0.0000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0824  TonB family protein  37.08 
 
 		 291 aa  67.8  0.0000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0481121 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0165  TonB family protein  38.75 
 
 		 244 aa  65.9  0.0000000007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.107992 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0067  tonB protein  37.5 
 
 		 248 aa  65.9  0.0000000007  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0203  TonB, C-terminal  37.5 
 
 		 248 aa  65.5  0.0000000009  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3890  TonB domain-containing protein  34 
 
 		 267 aa  65.1  0.000000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.544733 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0134  TonB domain-containing protein  34 
 
 		 267 aa  65.1  0.000000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4082  TonB family protein  34 
 
 		 267 aa  65.1  0.000000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2276  TonB family protein  36.47 
 
 		 336 aa  65.1  0.000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.000987559  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4240  TonB family protein  29.13 
 
 		 268 aa  64.3  0.000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1434  TonB family protein  34.83 
 
 		 290 aa  63.5  0.000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.214443  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0441  TonB family protein  35.51 
 
 		 305 aa  62.8  0.000000006  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0624564  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4374  TonB family protein  35.23 
 
 		 268 aa  62.8  0.000000006  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0938  TonB-like  31.52 
 
 		 286 aa  62.4  0.000000007  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4192  TonB family protein  26.21 
 
 		 273 aa  60.5  0.00000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1435  TonB family protein  25.09 
 
 		 292 aa  60.5  0.00000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2306  TonB-like protein  29.36 
 
 		 246 aa  59.7  0.00000005  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.0143972 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2053  TonB like protein  28 
 
 		 256 aa  57.4  0.0000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003912  CJE0174  TonB-dependent colicin receptor protein, putative  25.85 
 
 		 248 aa  57  0.0000003  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.301208  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2359  TonB-like  37.08 
 
 		 278 aa  55.5  0.0000008  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.331222  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2067  TonB family protein  25.24 
 
 		 324 aa  55.1  0.000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.207889  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2981  TonB-dependent receptor, putative  36.19 
 
 		 289 aa  53.5  0.000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10610  TonB protein  41.18 
 
 		 280 aa  53.9  0.000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.94051  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3468  TonB family protein  27.78 
 
 		 266 aa  53.5  0.000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2937  TonB family protein  35.06 
 
 		 411 aa  52  0.00001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.74836  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1614  TonB protein  26.77 
 
 		 283 aa  51.2  0.00002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4275  TonB family protein  33.71 
 
 		 277 aa  50.8  0.00002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0101728 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2335  TonB family protein  36.25 
 
 		 308 aa  50.4  0.00003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3748  TonB family protein  31.82 
 
 		 88 aa  49.7  0.00005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010815  Glov_3668  TonB family protein  33.33 
 
 		 244 aa  49.3  0.00007  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3266  TonB family protein  31.54 
 
 		 451 aa  48.9  0.00008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0913504 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0401  TonB family protein  29.41 
 
 		 274 aa  48.9  0.00008  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.236004  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1256  TonB family protein  37.08 
 
 		 325 aa  48.1  0.0001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.739127  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1845  TonB family protein  34.09 
 
 		 268 aa  48.1  0.0001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0727  protein TolA  31.11 
 
 		 342 aa  47.8  0.0002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  decreased coverage  0.00429068  normal  0.0892562 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2528  TonB family protein  29.47 
 
 		 393 aa  46.6  0.0005  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.962714 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2216  TonB-like protein  31.53 
 
 		 235 aa  46.2  0.0005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.226683 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0683  protein TolA  30.37 
 
 		 342 aa  46.2  0.0006  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.907916  normal  0.730086 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2391  TonB family protein  31.94 
 
 		 237 aa  45.8  0.0007  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.533007 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0138  TonB family protein  28.57 
 
 		 354 aa  45.8  0.0008  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3695  TonB family protein  26.69 
 
 		 282 aa  44.7  0.001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2101  TonB family protein  26.14 
 
 		 171 aa  45.1  0.001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.483665  normal  0.582725 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1564  TonB family protein  30.95 
 
 		 219 aa  45.4  0.001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4696  TonB family protein  38.18 
 
 		 236 aa  45.4  0.001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.923334 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0922  putative TonB protein  29.03 
 
 		 294 aa  45.1  0.001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.702209  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1668  TonB-dependent receptor  25.51 
 
 		 308 aa  44.7  0.002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1440  TonB family protein  30.99 
 
 		 235 aa  44.7  0.002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2581  TonB family protein  29.03 
 
 		 294 aa  44.7  0.002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.632604  normal  0.998026 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1467  TonB family protein  29.03 
 
 		 265 aa  44.7  0.002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.132532  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2906  TonB-like  28.57 
 
 		 235 aa  44.3  0.002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.155829  normal  0.22869 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0510  TonB family protein  30 
 
 		 250 aa  44.3  0.002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3523  TonB family protein  36.67 
 
 		 143 aa  44.7  0.002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.661805  normal  0.93961 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0725  TonB family protein  28.44 
 
 		 282 aa  43.9  0.003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.398336  normal  0.51938 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1537  TonB family protein  32.56 
 
 		 261 aa  43.9  0.003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0613  TonB family protein  28.77 
 
 		 495 aa  43.1  0.005  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00466387 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2454  protein TolA  39.39 
 
 		 351 aa  42.7  0.005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1228  TolA protein, putative  41.67 
 
 		 467 aa  42  0.009  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.382434  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>