298 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Psyc_0391 on replicon NC_007204
Organism: Psychrobacter arcticus 273-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007204  Psyc_0391  DNA polymerase III subunit epsilon  100 
 
 
203 aa  423  1e-117  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.0160447 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0437  DNA polymerase III subunit epsilon  91.13 
 
 
203 aa  387  1e-107  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0553  DNA polymerase III subunit epsilon  63.18 
 
 
201 aa  279  2e-74  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000164562 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5959  DNA polymerase III subunit epsilon  35.29 
 
 
212 aa  153  2e-36  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1544  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  39.2 
 
 
203 aa  152  2.9999999999999998e-36  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000802339  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0451  DNA polymerase III subunit epsilon  35.12 
 
 
216 aa  142  3e-33  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0363772  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1120  DNA polymerase III subunit epsilon  33.5 
 
 
207 aa  138  4.999999999999999e-32  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0467  DNA polymerase III subunit epsilon  36.17 
 
 
216 aa  138  7e-32  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.268552  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0045  DNA polymerase III subunit epsilon  38.71 
 
 
223 aa  137  1e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.193012  normal  0.0131844 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2503  DNA polymerase III subunit epsilon  35.12 
 
 
218 aa  128  5.0000000000000004e-29  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000240357 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0481  DNA polymerase III subunit epsilon  35.89 
 
 
220 aa  128  6e-29  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2621  DNA polymerase III subunit epsilon  34.83 
 
 
222 aa  128  6e-29  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0045  DNA polymerase III subunit epsilon  34.2 
 
 
223 aa  126  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0536  DNA polymerase III subunit epsilon  33.15 
 
 
218 aa  124  9e-28  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0633  DNA polymerase III subunit epsilon  35.03 
 
 
209 aa  123  2e-27  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0828  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  35 
 
 
203 aa  121  6e-27  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.0208649  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1452  DNA polymerase III subunit epsilon  32.29 
 
 
205 aa  120  9.999999999999999e-27  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2832  DNA polymerase III subunit epsilon  33.5 
 
 
210 aa  112  5e-24  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002200  DNA polymerase III epsilon subunit  32.67 
 
 
209 aa  111  8.000000000000001e-24  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0874  DNA polymerase III subunit epsilon  32.49 
 
 
205 aa  108  7.000000000000001e-23  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.203661  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2692  DNA polymerase III subunit epsilon  32.34 
 
 
209 aa  105  4e-22  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00168  DNA polymerase III subunit epsilon  31.19 
 
 
210 aa  103  1e-21  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1893  DNA polymerase III subunit epsilon  32.56 
 
 
208 aa  103  2e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.598016  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_22380  DNA polymerase III subunit epsilon  32.56 
 
 
208 aa  99.8  2e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000013182 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4029  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  31.58 
 
 
238 aa  92.4  4e-18  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0866563  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003140  DNA polymerase III epsilon subunit  30 
 
 
239 aa  84.3  0.000000000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1265  DNA polymerase III, epsilon subunit  27.98 
 
 
205 aa  84.3  0.000000000000001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2503  DNA polymerase III subunit epsilon  28.23 
 
 
251 aa  82  0.000000000000005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1305  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.36 
 
 
232 aa  81.6  0.000000000000007  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.770765 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1867  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  26.35 
 
 
246 aa  79.3  0.00000000000003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.304981  normal  0.675746 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3933  DNA polymerase III, epsilon subunit  32 
 
 
232 aa  78.6  0.00000000000005  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.165609  normal  0.0812308 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1035  DNA polymerase III, epsilon subunit  24.76 
 
 
232 aa  78.6  0.00000000000006  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0079955 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1010  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.09 
 
 
236 aa  76.6  0.0000000000002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.0343997 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0628  DNA polymerase III, epsilon subunit  27.01 
 
 
239 aa  77  0.0000000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2006  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.43 
 
 
233 aa  76.3  0.0000000000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.473172  decreased coverage  0.00101697 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0553  DNA polymerase III, epsilon subunit  25.99 
 
 
244 aa  75.5  0.0000000000005  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3714  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.57 
 
 
233 aa  74.7  0.0000000000009  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.349648  hitchhiker  0.000000325889 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0836  DNA polymerase III subunit epsilon  30.41 
 
 
240 aa  74.3  0.000000000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01887  DNA polymerase III subunit epsilon  25.47 
 
 
239 aa  71.6  0.000000000007  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0979  DNA polymerase III subunit epsilon  29.41 
 
 
241 aa  70.9  0.00000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.102826  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0353  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.83 
 
 
236 aa  68.6  0.00000000007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.970254  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0089  exonuclease  23.26 
 
 
233 aa  67.4  0.0000000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.289343 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0379  DNA polymerase III, epsilon subunit  30 
 
 
236 aa  67.4  0.0000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.747837  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4544  DNA polymerase III subunit epsilon  25.44 
 
 
235 aa  67  0.0000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.804755  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0265  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  28.41 
 
 
228 aa  66.6  0.0000000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1525  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.09 
 
 
328 aa  65.9  0.0000000004  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0323544  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4955  exonuclase  24.55 
 
 
228 aa  65.5  0.0000000005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  TC0823  DNA polymerase III subunit epsilon  27.06 
 
 
250 aa  65.1  0.0000000008  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.167011  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0381  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.57 
 
 
236 aa  64.7  0.0000000008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.738013  normal  0.331802 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1044  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  25.73 
 
 
230 aa  65.1  0.0000000008  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.69033  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4098  DNA polymerase III, epsilon subunit  23.79 
 
 
233 aa  64.3  0.000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1525  DNA polymerase III epsilon subunit-related 3'-5' exonuclease-like protein  25.71 
 
 
228 aa  64.3  0.000000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0909  DNA polymerase III subunit epsilon  25.15 
 
 
236 aa  63.5  0.000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0718919  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4849  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  29.17 
 
 
236 aa  63.9  0.000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3347  exonuclease  27.17 
 
 
233 aa  63.5  0.000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5186  exonuclease  26.35 
 
 
235 aa  62.4  0.000000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.229542  normal  0.446377 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003607  DNA polymerase III epsilon subunit  22.55 
 
 
248 aa  62.4  0.000000005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1752  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  23.74 
 
 
228 aa  61.6  0.000000007  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.974863  normal  0.0312157 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0266  DNA polymerase III subunit epsilon  28.4 
 
 
240 aa  62  0.000000007  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0318  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  26.6 
 
 
267 aa  60.8  0.00000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5268  DNA polymerase III subunit epsilon  27.16 
 
 
330 aa  59.7  0.00000003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.674728  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4900  DNA polymerase III subunit epsilon  27.16 
 
 
330 aa  59.7  0.00000003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.989955  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4989  DNA polymerase III subunit epsilon  27.16 
 
 
330 aa  59.7  0.00000003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3130  DNA polymerase III subunit epsilon  24.63 
 
 
240 aa  59.3  0.00000004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.411931  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2858  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  24.39 
 
 
198 aa  58.9  0.00000005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2322  DNA polymerase III subunit epsilon  24.12 
 
 
238 aa  58.9  0.00000005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0721155  normal  0.012289 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3386  DNA polymerase III, epsilon subunit  27.01 
 
 
226 aa  58.5  0.00000006  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.328589 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1810  DNA polymerase III subunit epsilon  25.29 
 
 
238 aa  57.4  0.0000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0968  DNA polymerase III subunit epsilon  25.44 
 
 
238 aa  57.8  0.0000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.109117 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1698  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  25.95 
 
 
228 aa  57.4  0.0000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1024  exonuclease  28.09 
 
 
236 aa  57  0.0000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.747104  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4703  exonuclease  25.14 
 
 
237 aa  56.6  0.0000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.205144  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0099  DNA polymerase III subunit epsilon  20.66 
 
 
238 aa  57  0.0000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0452  DNA polymerase III PolC  27.75 
 
 
1433 aa  57  0.0000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.2678  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000926  DNA polymerase III epsilon subunit  25.13 
 
 
236 aa  57.4  0.0000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02456  DNA polymerase III subunit epsilon  21.29 
 
 
249 aa  56.6  0.0000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3482  DNA polymerase III subunit epsilon  25.43 
 
 
242 aa  56.6  0.0000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.312545  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2053  putative PAS/PAC sensor protein  25.73 
 
 
714 aa  56.6  0.0000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.115114 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0766  CRISPR-associated endoribonuclease Cas2  26.78 
 
 
359 aa  56.2  0.0000003  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.0695815 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0820  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  27.84 
 
 
207 aa  56.6  0.0000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3137  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  30.29 
 
 
213 aa  56.2  0.0000003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2477  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  23.12 
 
 
233 aa  55.8  0.0000004  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00576193 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0470  exonuclease, putative  26.05 
 
 
237 aa  55.8  0.0000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2765  DNA polymerase III, epsilon subunit  27.49 
 
 
225 aa  55.8  0.0000005  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0768  exonuclease  27.84 
 
 
207 aa  55.5  0.0000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.898331  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0562  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.48 
 
 
921 aa  55.5  0.0000006  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2090  DNA polymerase III, alpha subunit  26.2 
 
 
1421 aa  55.5  0.0000006  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.591044  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0301  DNA polymerase III, epsilon subunit  27.17 
 
 
236 aa  55.5  0.0000006  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0816  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  28 
 
 
206 aa  55.5  0.0000006  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1549  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  23.41 
 
 
229 aa  55.1  0.0000007  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.418832  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0149  DNA polymerase III, epsilon subunit  26.51 
 
 
187 aa  54.7  0.0000009  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.0000109294  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2479  DNA polymerase III, epsilon subunit  23.08 
 
 
209 aa  54.3  0.000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.114272  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2834  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  26.54 
 
 
226 aa  54.3  0.000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00375381 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00723  putative DNA polymerase, exonuclease activity  25.52 
 
 
226 aa  54.7  0.000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1647  DNA polymerase III, alpha subunit ( type)  25.57 
 
 
320 aa  54.7  0.000001  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  0.00000174997  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1651  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  35.85 
 
 
952 aa  53.9  0.000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0050  DNA polymerase III subunit epsilon  23.92 
 
 
239 aa  53.9  0.000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1438  DNA polymerase III, epsilon subunit  26.79 
 
 
205 aa  53.5  0.000002  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0423  DNA polymerase III, epsilon subunit  24.42 
 
 
231 aa  53.5  0.000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2493  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  27.14 
 
 
251 aa  53.9  0.000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>