More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_1449 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_4405  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  98.19 
 
 		 332 aa  677    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.382822 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1449  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  100 
 
 		 332 aa  687    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3966  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  92.77 
 
 		 332 aa  645    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.756589  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1154  sensory box protein  44.31 
 
 		 340 aa  300  2e-80  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_48220  cyclic di-GMP signal transduction protein  44.62 
 
 		 344 aa  261  1e-68  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.590583  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_04420  hypothetical protein  46.23 
 
 		 376 aa  255  8e-67  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0431  hypothetical protein  45.6 
 
 		 345 aa  249  5e-65  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.139342  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0380  diguanylate cyclase  46.5 
 
 		 249 aa  234  2.0000000000000002e-60  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1382  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.93 
 
 		 510 aa  181  2e-44  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1771  PAS:GGDEF  33.33 
 
 		 449 aa  161  2e-38  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1141  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  32.52 
 
 		 432 aa  159  4e-38  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  decreased coverage  0.00630975  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2588  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  32.58 
 
 		 710 aa  160  4e-38  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0652312  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3496  hypothetical protein  31.65 
 
 		 497 aa  152  7e-36  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.676733  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1169  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.44 
 
 		 308 aa  145  1e-33  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1139  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.44 
 
 		 308 aa  145  1e-33  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0411  PAS:GGDEF  33.13 
 
 		 317 aa  144  2e-33  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.320308 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2156  diguanylate cyclase  34.92 
 
 		 470 aa  144  2e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.117189 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1093  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  30.7 
 
 		 731 aa  143  4e-33  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0836  diguanylate cyclase  35.1 
 
 		 487 aa  143  5e-33  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.975884  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4193  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  32.5 
 
 		 703 aa  142  9.999999999999999e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.950963  normal  0.519215 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0838  diguanylate cyclase  42.27 
 
 		 332 aa  141  9.999999999999999e-33  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.569939 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1060  diguanylate cyclase  45.66 
 
 		 378 aa  141  1.9999999999999998e-32  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0114541  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1420  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.76 
 
 		 314 aa  140  3e-32  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0096  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  32.68 
 
 		 407 aa  140  3e-32  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.758352  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0488  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  28.66 
 
 		 685 aa  139  8.999999999999999e-32  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0645  diguanylate cyclase  27.22 
 
 		 659 aa  138  1e-31  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3115  diguanylate cyclase  44.64 
 
 		 354 aa  137  2e-31  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.276087 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1392  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  30.46 
 
 		 483 aa  137  3.0000000000000003e-31  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.103234  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1091  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.22 
 
 		 424 aa  136  4e-31  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3087  diguanylate cyclase  38.78 
 
 		 361 aa  136  4e-31  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4027  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  30.31 
 
 		 327 aa  136  5e-31  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3904  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  30.31 
 
 		 327 aa  136  5e-31  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0082  GGDEF domain-containing protein  30 
 
 		 817 aa  136  5e-31  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.586975 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1895  diguanylate cyclase  39.22 
 
 		 555 aa  135  7.000000000000001e-31  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2063  diguanylate cyclase  30.84 
 
 		 338 aa  135  7.000000000000001e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.553076  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1826  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  32.3 
 
 		 1294 aa  135  8e-31  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1471  diguanylate cyclase  39.83 
 
 		 339 aa  135  9.999999999999999e-31  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.435801  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0413  diguanylate cyclase  36.04 
 
 		 373 aa  135  9.999999999999999e-31  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.191775  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3831  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  30 
 
 		 327 aa  135  9.999999999999999e-31  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0039  diguanylate cyclase  38.69 
 
 		 521 aa  135  9.999999999999999e-31  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0458  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  31.78 
 
 		 328 aa  135  9.999999999999999e-31  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2943  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.12 
 
 		 438 aa  134  1.9999999999999998e-30  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.641955  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1156  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.62 
 
 		 469 aa  134  1.9999999999999998e-30  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0492  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  32.39 
 
 		 754 aa  134  1.9999999999999998e-30  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0046  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  28.98 
 
 		 836 aa  134  3e-30  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3168  diguanylate cyclase  43.02 
 
 		 362 aa  133  3.9999999999999996e-30  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3571  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  31.78 
 
 		 328 aa  133  3.9999999999999996e-30  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1387  diguanylate cyclase  40.54 
 
 		 336 aa  133  5e-30  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.617999  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1325  sensory box protein  38.12 
 
 		 428 aa  133  5e-30  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.294155  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3627  signal transduction protein  30.18 
 
 		 709 aa  133  5e-30  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0430  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  29.69 
 
 		 327 aa  133  5e-30  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3724  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  29.71 
 
 		 830 aa  133  5e-30  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.153099 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1199  diguanylate cyclase  41.51 
 
 		 258 aa  133  5e-30  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000341711  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1579  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  30.75 
 
 		 324 aa  132  6e-30  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2017  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  31.68 
 
 		 1299 aa  132  6.999999999999999e-30  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0450581  normal  0.783142 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1662  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  29.23 
 
 		 820 aa  132  7.999999999999999e-30  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.29973  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3525  diguanylate cyclase  45.16 
 
 		 227 aa  132  7.999999999999999e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.395826  normal  0.08798 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3373  diguanylate cyclase  40.82 
 
 		 505 aa  132  9e-30  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0252  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.19 
 
 		 310 aa  131  1.0000000000000001e-29  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.555837  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2637  diguanylate cyclase with extracellular sensor  41.52 
 
 		 474 aa  131  1.0000000000000001e-29  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1257  TPR repeat-containing diguanylate cyclase and serine/threonine protein kinase  41.14 
 
 		 1203 aa  132  1.0000000000000001e-29  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0304  diguanylate cyclase  40.87 
 
 		 464 aa  131  1.0000000000000001e-29  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1222  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30 
 
 		 815 aa  131  2.0000000000000002e-29  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3480  diguanylate cyclase  41.74 
 
 		 395 aa  130  2.0000000000000002e-29  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.232889  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0529  diguanylate cyclase  41.87 
 
 		 614 aa  130  2.0000000000000002e-29  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0257  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.87 
 
 		 310 aa  131  2.0000000000000002e-29  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.929741  normal  0.0241212 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1916  diguanylate cyclase  42.44 
 
 		 736 aa  131  2.0000000000000002e-29  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3903  diguanylate cyclase  43.86 
 
 		 370 aa  130  3e-29  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0522591 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5857  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  31.61 
 
 		 341 aa  130  3e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2743  diguanylate cyclase  42.5 
 
 		 431 aa  130  3e-29  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.241398  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3023  diguanylate cyclase  42.16 
 
 		 362 aa  130  3e-29  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2626  diguanylate cyclase  41.21 
 
 		 599 aa  130  3e-29  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1157  PAS:GGDEF  28.98 
 
 		 418 aa  130  4.0000000000000003e-29  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.958814  normal  0.862731 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0490  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  29.03 
 
 		 681 aa  130  4.0000000000000003e-29  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.853397  normal  0.203863 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1851  diguanylate cyclase  41.14 
 
 		 620 aa  129  5.0000000000000004e-29  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1917  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  29.32 
 
 		 1028 aa  129  5.0000000000000004e-29  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4179  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  30.46 
 
 		 446 aa  129  7.000000000000001e-29  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.206948  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3011  serine/threonine protein kinase  44.5 
 
 		 1637 aa  129  7.000000000000001e-29  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.15444  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4122  diguanylate cyclase  41.28 
 
 		 395 aa  129  7.000000000000001e-29  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.302969  normal  0.519011 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4291  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  30.46 
 
 		 446 aa  129  7.000000000000001e-29  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1085  putative sensory box/GGDEF family protein  38.51 
 
 		 430 aa  129  8.000000000000001e-29  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3390  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  29.32 
 
 		 324 aa  129  9.000000000000001e-29  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2313  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  27.78 
 
 		 981 aa  129  1.0000000000000001e-28  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.762814  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3816  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.67 
 
 		 797 aa  128  1.0000000000000001e-28  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.250791  normal  0.392847 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4153  putative sensory box/GGDEF family protein  38.51 
 
 		 430 aa  129  1.0000000000000001e-28  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.36181  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0225  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.22 
 
 		 325 aa  129  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4111  sensory box/GGDEF family protein, putative  39.75 
 
 		 430 aa  127  2.0000000000000002e-28  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4064  putative sensory box/GGDEF family protein  39.75 
 
 		 431 aa  127  2.0000000000000002e-28  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3954  sensory box/GGDEF family protein  39.75 
 
 		 431 aa  127  2.0000000000000002e-28  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3800  sensory box/GGDEF family protein  39.75 
 
 		 431 aa  127  2.0000000000000002e-28  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0221299  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3750  PAS:GGDEF  31.91 
 
 		 721 aa  127  2.0000000000000002e-28  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2634  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.74 
 
 		 843 aa  127  2.0000000000000002e-28  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3136  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  31.02 
 
 		 919 aa  128  2.0000000000000002e-28  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1143  diguanylate cyclase  41.76 
 
 		 532 aa  127  2.0000000000000002e-28  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4263  sensory box/GGDEF family protein  39.75 
 
 		 430 aa  127  2.0000000000000002e-28  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0220  diguanylate cyclase  38.18 
 
 		 539 aa  128  2.0000000000000002e-28  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.454807  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26970  hypothetical protein  47.24 
 
 		 525 aa  128  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4175  putative sensory box/GGDEF family protein  39.75 
 
 		 430 aa  127  2.0000000000000002e-28  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00125122  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4407  GGDEF family protein  40.3 
 
 		 344 aa  127  3e-28  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1695  diguanylate cyclase  41.95 
 
 		 753 aa  127  3e-28  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.560166  normal  0.428473 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>