More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_2527 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_2527  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 		 194 aa  398  9.999999999999999e-111  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.490074  normal  0.267005 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3459  putative transcriptional regulator  77.6 
 
 		 193 aa  309  2e-83  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.429515  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_40790  putative transcriptional regulator  78.12 
 
 		 193 aa  309  2e-83  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3536  TetR family transcriptional regulator  40.74 
 
 		 208 aa  145  5e-34  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.296099 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1600  TetR family transcriptional regulator  39.79 
 
 		 213 aa  142  3e-33  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1176  TetR family transcriptional regulator  42.02 
 
 		 204 aa  140  9.999999999999999e-33  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1100  TetR family transcriptional regulator  42.02 
 
 		 204 aa  140  9.999999999999999e-33  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1771  TetR family transcriptional regulator  41.49 
 
 		 204 aa  140  9.999999999999999e-33  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0807  TetR family transcriptional regulator  41.49 
 
 		 204 aa  140  9.999999999999999e-33  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0658  TetR family transcriptional regulator  41.49 
 
 		 232 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2387  TetR family transcriptional regulator  40.96 
 
 		 232 aa  139  1.9999999999999998e-32  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0457  TetR family transcriptional regulator  35.47 
 
 		 206 aa  126  2.0000000000000002e-28  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0331  transcriptional regulator, TetR family  34.41 
 
 		 209 aa  107  1e-22  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3522  TetR family transcriptional regulator  30.11 
 
 		 204 aa  93.6  1e-18  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2712  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 206 aa  91.7  7e-18  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5376  putative transcriptional regulator, TetR family  30.98 
 
 		 207 aa  80.9  0.00000000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0545475 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9297  putative transcriptional regulator, TetR family  25.93 
 
 		 198 aa  78.6  0.00000000000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.775461 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2310  TetR family transcriptional regulator  31.32 
 
 		 198 aa  70.9  0.00000000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.145827  normal  0.0377448 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1459  transcriptional regulator, TetR family  42.27 
 
 		 187 aa  70.5  0.00000000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0353  transcriptional regulator, TetR family  32.04 
 
 		 191 aa  70.1  0.00000000002  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000439096  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2551  regulatory protein TetR  26.4 
 
 		 190 aa  69.3  0.00000000003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.140375  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1867  transcriptional regulator, TetR family  25.31 
 
 		 201 aa  65.1  0.0000000006  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.129849  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1236  TetR family transcriptional regulator  34.31 
 
 		 196 aa  63.9  0.000000001  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.0369519 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2856  TetR family transcriptional regulator  30.34 
 
 		 194 aa  64.3  0.000000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.661308  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3358  TetR family transcriptional regulator  31.96 
 
 		 190 aa  63.5  0.000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0871  TetR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 202 aa  63.9  0.000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0332  TetR family transcriptional regulator  24.62 
 
 		 192 aa  63.5  0.000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00337125  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3684  TetR family transcriptional regulator  30.21 
 
 		 202 aa  62.8  0.000000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3431  transcriptional regulator, TetR family  26.29 
 
 		 189 aa  62.8  0.000000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1288  TetR family transcriptional regulator  25.97 
 
 		 215 aa  62.4  0.000000004  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.0315957  hitchhiker  0.00536276 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3151  TetR family transcriptional regulator  30.21 
 
 		 202 aa  62.4  0.000000004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0697  transcriptional regulator, TetR family  35.42 
 
 		 189 aa  62  0.000000005  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0728261  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1079  TetR family transcriptional regulator  34.75 
 
 		 215 aa  62  0.000000005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3104  TetR family transcriptional regulator  28.37 
 
 		 194 aa  61.6  0.000000006  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.428011 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0336  transcriptional regulator, TetR family  28.03 
 
 		 191 aa  61.6  0.000000007  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.510139 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1039  TetR family transcriptional regulator  28.47 
 
 		 201 aa  61.2  0.000000008  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.747573 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2997  transcriptional regulator, TetR family  20.32 
 
 		 188 aa  60.5  0.00000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000711023  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2991  TetR family transcriptional regulator  20.32 
 
 		 188 aa  60.5  0.00000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0384605  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2742  TetR family transcriptional regulator  20.74 
 
 		 188 aa  61.2  0.00000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.845467  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2692  TetR family transcriptional regulator  20.74 
 
 		 188 aa  61.2  0.00000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0469224  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2671  TetR family transcriptional regulator  20.74 
 
 		 188 aa  61.2  0.00000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.083497  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2951  transcriptional regulator, TetR family  20.74 
 
 		 188 aa  61.2  0.00000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  7.418779999999999e-31 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0286  TetR family transcriptional regulator  25.39 
 
 		 186 aa  60.5  0.00000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0808  TetR family transcriptional regulator  24.44 
 
 		 191 aa  60.8  0.00000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.287096 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2951  TetR family transcriptional regulator  20.74 
 
 		 188 aa  61.2  0.00000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1027  transcriptional regulator, TetR family  28.78 
 
 		 201 aa  60.5  0.00000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3252  TetR family transcriptional regulator  30.21 
 
 		 200 aa  60.8  0.00000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3333  TetR family transcriptional regulator  28.78 
 
 		 201 aa  60.8  0.00000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3494  transcriptional regulator, TetR family  29.29 
 
 		 208 aa  60.1  0.00000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2894  transcriptional regulator, TetR family  28.99 
 
 		 218 aa  59.7  0.00000003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1006  TetR family transcriptional regulator  30.85 
 
 		 189 aa  58.9  0.00000004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0108  TetR family transcriptional regulator  28.12 
 
 		 213 aa  59.3  0.00000004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0520  TetR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 213 aa  58.9  0.00000005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00627434 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3717  TetR family transcriptional regulator  28.87 
 
 		 191 aa  58.5  0.00000006  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2028  transcriptional regulator, TetR family  31.18 
 
 		 194 aa  58.5  0.00000006  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.937171  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0974  regulatory protein, TetR  30.91 
 
 		 205 aa  58.5  0.00000006  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1039  TetR family transcriptional regulator  27.91 
 
 		 190 aa  58.5  0.00000006  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2002  TetR family transcriptional regulator  27.54 
 
 		 191 aa  58.2  0.00000007  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0595533  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4065  TetR family transcriptional regulator  26.8 
 
 		 193 aa  58.2  0.00000007  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4251  transcriptional regulator, TetR family  27.84 
 
 		 216 aa  58.2  0.00000007  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.22701  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1289  transcriptional regulator, TetR family  34 
 
 		 192 aa  58.5  0.00000007  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1456  transcriptional regulator, TetR family  30 
 
 		 203 aa  58.5  0.00000007  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2954  transcriptional regulator, TetR family  19.25 
 
 		 188 aa  57.8  0.00000009  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.68265  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1719  transcriptional regulator, TetR family  35.58 
 
 		 196 aa  57.8  0.00000009  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_04039  hypothetical protein  28 
 
 		 215 aa  57.8  0.0000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.000282396  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3500  TetR family transcriptional regulator  24.58 
 
 		 191 aa  57.8  0.0000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00541119  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2089  transcriptional regulator, TetR family  29.08 
 
 		 220 aa  57.8  0.0000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.0021127  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2286  transcriptional regulator, TetR family  19.25 
 
 		 188 aa  57.4  0.0000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000280215 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1398  TetR family transcriptional regulator  26.58 
 
 		 191 aa  57.8  0.0000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1848  transcriptional regulator, TetR family  20.4 
 
 		 190 aa  56.6  0.0000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00246548 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0987  TetR family transcriptional regulator  26.4 
 
 		 195 aa  56.6  0.0000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.995143  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2175  TetR family transcriptional regulator  27.46 
 
 		 214 aa  57  0.0000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.595394  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3836  transcriptional regulator, TetR family  25.38 
 
 		 211 aa  56.6  0.0000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5292  TetR family transcriptional regulator  35.07 
 
 		 192 aa  57  0.0000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.505597 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0557  regulatory protein TetR  23.12 
 
 		 251 aa  57  0.0000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4747  TetR family transcriptional regulator  35.07 
 
 		 192 aa  56.6  0.0000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.931681 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0179  TetR family transcriptional regulator  24 
 
 		 193 aa  57  0.0000002  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.0807108  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0381  TetR family transcriptional regulator  28.16 
 
 		 212 aa  57  0.0000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.336534  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2948  TetR family transcriptional regulator  25.41 
 
 		 191 aa  56.2  0.0000003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2371  transcriptional regulator, TetR family  20.59 
 
 		 190 aa  56.2  0.0000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0185343  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2983  TetR family transcriptional regulator  27.34 
 
 		 190 aa  56.2  0.0000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2032  TetR family transcriptional regulator  27.46 
 
 		 214 aa  56.2  0.0000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.874631  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3708  TetR family transcriptional regulator  40 
 
 		 217 aa  55.5  0.0000005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.59565  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3801  TetR family transcriptional regulator  27.33 
 
 		 215 aa  55.5  0.0000005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000000675626  normal  0.64863 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4455  TetR family transcriptional regulator  27.33 
 
 		 215 aa  55.5  0.0000005  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  1.10893e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4466  transcriptional regulator, TetR family  36.61 
 
 		 204 aa  55.5  0.0000005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.575375  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3888  transcriptional regulator, TetR family  38.57 
 
 		 206 aa  55.1  0.0000006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.693202 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0170  TetR family transcriptional regulator  27.87 
 
 		 192 aa  55.5  0.0000006  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.652591  normal  0.659974 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2698  TetR family transcriptional regulator  26.21 
 
 		 203 aa  55.1  0.0000007  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0243  TetR family transcriptional regulator  33.09 
 
 		 192 aa  54.7  0.0000007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0936  transcriptional regulator, TetR family protein  23.45 
 
 		 206 aa  55.1  0.0000007  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4115  transcriptional regulator, TetR family  27.06 
 
 		 194 aa  54.7  0.0000008  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.1417 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4747  transcriptional regulator, TetR family  27.33 
 
 		 215 aa  54.7  0.0000008  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000342659  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0030  TetR family transcriptional regulator  30.28 
 
 		 193 aa  54.7  0.0000009  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.19641  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3731  TetR family transcriptional regulator  26.76 
 
 		 214 aa  54.3  0.000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4148  TetR family transcriptional regulator  29.46 
 
 		 212 aa  53.9  0.000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.190862  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0815  transcriptional regulator, TetR family  30.67 
 
 		 207 aa  53.9  0.000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5456  TetR family transcriptional regulator  33.82 
 
 		 192 aa  54.3  0.000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5283  TetR family transcriptional regulator  48 
 
 		 208 aa  53.9  0.000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.261053 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4864  TetR family transcriptional regulator  33.82 
 
 		 192 aa  54.3  0.000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.935636  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>