More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_1681 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



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Organism name
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Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_1681  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 		 216 aa  438  9.999999999999999e-123  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.977422 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2512  TetR family transcriptional regulator  28 
 
 		 220 aa  76.3  0.0000000000004  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00290305  normal  0.550501 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0400  TetR family transcriptional regulator  39.18 
 
 		 205 aa  72  0.000000000007  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1638  TetR family transcriptional regulator  34.04 
 
 		 206 aa  71.6  0.000000000008  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.181149  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3792  TetR family transcriptional regulator  34.04 
 
 		 211 aa  70.9  0.00000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.161831 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1968  TetR family transcriptional regulator  34.04 
 
 		 211 aa  70.9  0.00000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000902359 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3822  transcriptional regulator, TetR family  43.62 
 
 		 219 aa  71.2  0.00000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.526815  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1657  regulatory protein, TetR  41.49 
 
 		 220 aa  70.9  0.00000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.184352 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4148  TetR family transcriptional regulator  43.62 
 
 		 212 aa  71.2  0.00000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.190862  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1499  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 211 aa  68.6  0.00000000007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.508077  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2204  putative transcriptional regulator  42.55 
 
 		 212 aa  67.8  0.0000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.546979  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1534  TetR family transcriptional regulator  42.55 
 
 		 211 aa  68.2  0.0000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.114781  normal  0.468022 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25800  TetR family transcriptional regulator  42.55 
 
 		 212 aa  67.8  0.0000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.2464 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0414  TetR family transcriptional regulator  22.04 
 
 		 202 aa  62  0.000000007  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1789  TetR family transcriptional regulator  34 
 
 		 210 aa  60.8  0.00000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.484582  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3699  TetR family transcriptional regulator  34.34 
 
 		 204 aa  59.3  0.00000005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.158617  normal  0.554277 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0153  TetR family transcriptional regulator  35.11 
 
 		 193 aa  58.5  0.00000007  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3157  TetR family transcriptional regulator  37.97 
 
 		 330 aa  58.2  0.00000008  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2888  TetR family transcriptional regulator  35.79 
 
 		 231 aa  57.4  0.0000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.465905  normal  0.0499957 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1443  transcriptional regulator, TetR family  42.19 
 
 		 204 aa  57.4  0.0000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.79888  n/a   
 
 
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NC_009485  BBta_2740  TetR family transcriptional regulator  44.26 
 
 		 257 aa  57.4  0.0000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.933804 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2113  transcriptional regulator, TetR family  39.39 
 
 		 207 aa  56.2  0.0000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.918403  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3327  transcriptional regulator, TetR family  43.94 
 
 		 185 aa  56.6  0.0000003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.11213  normal  0.13372 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2226  TetR family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 210 aa  56.2  0.0000004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1922  transcriptional regulator, TetR family  28.49 
 
 		 201 aa  55.8  0.0000005  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3861  TetR family transcriptional regulator  26.7 
 
 		 209 aa  55.5  0.0000006  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0870  transcriptional regulator, TetR family  35.87 
 
 		 186 aa  55.5  0.0000006  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.65823  normal  0.649746 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1173  TetR family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 218 aa  55.5  0.0000007  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2155  TetR family transcriptional regulator  34.62 
 
 		 195 aa  55.5  0.0000007  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4086  putative transcriptional regulator, TetR family  35.79 
 
 		 237 aa  55.1  0.0000009  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3038  transcriptional regulator  27.41 
 
 		 230 aa  55.1  0.0000009  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2368  TetR family transcriptional regulator  26.7 
 
 		 197 aa  55.1  0.0000009  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000000142624 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0820  putative transcription regulator protein  31.4 
 
 		 225 aa  53.9  0.000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_009943  Dole_1218  TetR family transcriptional regulator  42 
 
 		 206 aa  53.9  0.000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0557  regulatory protein TetR  29.13 
 
 		 251 aa  53.5  0.000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3992  transcriptional regulator, TetR family  38.57 
 
 		 218 aa  53.5  0.000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0787  regulatory protein, TetR  47.62 
 
 		 226 aa  53.9  0.000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1384  TetR family transcriptional regulator  32.32 
 
 		 225 aa  53.5  0.000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  hitchhiker  0.00670258  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0092  transcriptional regulator, TetR family  38.18 
 
 		 210 aa  53.1  0.000003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.367108  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1283  TetR family transcriptional regulator  24.14 
 
 		 194 aa  53.1  0.000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.000248972  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0974  regulatory protein, TetR  28.8 
 
 		 205 aa  53.1  0.000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_008782  Ajs_0073  TetR family transcriptional regulator  38.18 
 
 		 210 aa  53.1  0.000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6095  regulatory protein, TetR  36.84 
 
 		 204 aa  52.8  0.000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.584059  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1281  TetR family transcriptional regulator  32.29 
 
 		 210 aa  52.8  0.000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.781108  normal  1 
 
 
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NC_008528  OEOE_0179  TetR family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 193 aa  52.8  0.000004  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.0807108  n/a   
 
 
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NC_011886  Achl_1286  transcriptional regulator, TetR family  45.28 
 
 		 199 aa  52.4  0.000005  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000123202 
 
 
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NC_013131  Caci_0166  transcriptional regulator, TetR family  42.59 
 
 		 221 aa  52.4  0.000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0611363  normal  1 
 
 
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NC_010322  PputGB1_1119  TetR family transcriptional regulator  28.68 
 
 		 213 aa  52.4  0.000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1913  TetR family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 226 aa  52.4  0.000005  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000580043  normal  1 
 
 
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NC_007413  Ava_0602  TetR family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 205 aa  52  0.000006  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.5525  normal  0.406937 
 
 
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NC_013441  Gbro_1558  regulatory protein TetR  42.25 
 
 		 220 aa  52  0.000007  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_32320  transcriptional regulator, TetR family  39.51 
 
 		 200 aa  52  0.000007  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.247928 
 
 
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NC_011721  PCC8801_4487  transcriptional regulator, TetR family  32.99 
 
 		 207 aa  52  0.000008  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
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NC_013160  Cyan8802_4516  transcriptional regulator, TetR family  32.99 
 
 		 207 aa  52  0.000008  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1947  TetR family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 197 aa  52  0.000008  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_013411  GYMC61_3449  transcriptional regulator, TetR family  25.24 
 
 		 210 aa  51.6  0.000008  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
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NC_008726  Mvan_4778  TetR family transcriptional regulator  45.28 
 
 		 217 aa  51.6  0.000009  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_013595  Sros_5174  putative transcriptional regulator, TetR family  33.67 
 
 		 199 aa  51.2  0.00001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0107413  hitchhiker  0.00860579 
 
 
-
 
NC_005945  BAS5189  TetR family transcriptional regulator  26.21 
 
 		 209 aa  51.2  0.00001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5463  transcriptional regulator, TetR family  26.21 
 
 		 209 aa  51.2  0.00001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000220885  n/a   
 
 
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NC_005957  BT9727_5024  TetR family transcriptional regulator  26.21 
 
 		 209 aa  51.2  0.00001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_011989  Avi_3838  transcriptional regulator TetR family  29.11 
 
 		 230 aa  51.2  0.00001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.606304  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5040  TetR family transcriptional regulator  26.21 
 
 		 209 aa  51.2  0.00001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0891  TetR family transcriptional regulator  35.64 
 
 		 227 aa  51.6  0.00001  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.735718  normal  0.888939 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0166  TetR family transcriptional regulator  30.95 
 
 		 193 aa  50.8  0.00001  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.141555  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5585  TetR family transcriptional regulator  26.21 
 
 		 200 aa  51.2  0.00001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0731  TetR family transcriptional regulator  45.9 
 
 		 227 aa  51.6  0.00001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00250469 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1531  TetR family transcriptional regulator  35.64 
 
 		 227 aa  50.8  0.00001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.357864  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00759  transcriptional regulator, TetR family protein  17.16 
 
 		 224 aa  51.2  0.00001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1238  AcrR family transcriptional regulator  34.44 
 
 		 273 aa  51.2  0.00001  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3183  transcriptional regulator, TetR family  27.27 
 
 		 220 aa  51.6  0.00001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1216  TetR family transcriptional regulator  36.25 
 
 		 204 aa  51.2  0.00001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3459  TetR family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 324 aa  50.8  0.00001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000855252 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5433  transcriptional regulator, TetR family  26.21 
 
 		 209 aa  51.2  0.00001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.944120000000001e-18 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1794  TetR family transcriptional regulator  31 
 
 		 218 aa  51.2  0.00001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1515  TetR family transcriptional regulator  28.68 
 
 		 213 aa  50.1  0.00002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5471  TetR family transcriptional regulator  27.03 
 
 		 209 aa  50.1  0.00002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4302  transcriptional regulator, TetR family  32.22 
 
 		 223 aa  50.4  0.00002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2816  hypothetical protein  34.02 
 
 		 222 aa  50.4  0.00002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0366008  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5954  transcriptional regulator TetR family  33.02 
 
 		 219 aa  50.4  0.00002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_011071  Smal_3341  transcriptional regulator, TetR family  30.22 
 
 		 226 aa  50.1  0.00002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5138  TetR family transcriptional regulator  26.21 
 
 		 209 aa  50.4  0.00002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8507  putative transcriptional regulator, TetR family  38.96 
 
 		 199 aa  50.4  0.00002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.899046 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4863  transcriptional regulator, TetR family  41.89 
 
 		 209 aa  50.8  0.00002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0547  transcriptional regulator, TetR family  24.24 
 
 		 198 aa  50.1  0.00002  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0548  TetR family transcriptional regulator  26.42 
 
 		 229 aa  50.1  0.00002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.337107  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6487  transcriptional regulator, TetR family  31.71 
 
 		 195 aa  50.8  0.00002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0872  transcriptional regulator, TetR family  41.51 
 
 		 211 aa  49.7  0.00003  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.678947 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1027  TetR family transcriptional regulator  28.72 
 
 		 210 aa  50.1  0.00003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5518  transcriptional regulator, TetR family  27.03 
 
 		 209 aa  49.7  0.00003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.142065  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4006  regulatory protein, TetR  32.22 
 
 		 219 aa  49.7  0.00003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.722695  normal  0.0616898 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2954  transcriptional regulator, TetR family  29.67 
 
 		 188 aa  50.1  0.00003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.68265  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5489  transcriptional regulator, TetR family  26.21 
 
 		 209 aa  49.7  0.00003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.152228  hitchhiker  8.2338e-23 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0561  transcriptional regulator, TetR family  30.1 
 
 		 197 aa  49.7  0.00003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_011146  Gbem_0439  transcriptional regulator, TetR family  35.14 
 
 		 205 aa  49.7  0.00003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_013093  Amir_0661  transcriptional regulator, TetR family  40.74 
 
 		 205 aa  49.7  0.00003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_009512  Pput_4208  TetR family transcriptional regulator  28.68 
 
 		 213 aa  50.1  0.00003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.826614 
 
 
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NC_008541  Arth_0662  TetR family transcriptional regulator  28.38 
 
 		 205 aa  49.7  0.00003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_010718  Nther_1941  transcriptional regulator, TetR family  27.97 
 
 		 194 aa  50.1  0.00003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000000874649  normal  1 
 
 
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NC_008789  Hhal_1987  TetR family transcriptional regulator  23.94 
 
 		 210 aa  50.1  0.00003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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