More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Phep_3259 on replicon NC_013061
Organism: Pedobacter heparinus DSM 2366



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013061  Phep_3259  GntR domain protein  100 
 
 		 233 aa  471  1e-132  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.847786  normal  0.0347939 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3026  GntR domain protein  63.36 
 
 		 233 aa  303  1.0000000000000001e-81  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2628  regulatory protein GntR HTH  56.89 
 
 		 234 aa  283  2.0000000000000002e-75  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.404376  normal  0.597064 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2215  regulatory protein GntR HTH  46.49 
 
 		 228 aa  206  3e-52  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2228  regulatory protein GntR HTH  45.45 
 
 		 228 aa  202  4e-51  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.814458  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3580  GntR domain protein  43.5 
 
 		 240 aa  200  9.999999999999999e-51  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.486373 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6525  GntR domain-containing protein  31.58 
 
 		 253 aa  89.7  3e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.223773  normal  0.0260964 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1804  GntR family transcriptional regulator  29.54 
 
 		 247 aa  89.4  5e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00283289  hitchhiker  0.0098314 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4862  GntR domain protein  29.54 
 
 		 247 aa  89  5e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.105448 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0020  GntR family transcriptional regulator  30.84 
 
 		 256 aa  88.2  1e-16  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.321852  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0945  GntR domain protein  31.44 
 
 		 251 aa  86.3  3e-16  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.280817  normal  0.0677412 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1010  GntR domain protein  32.76 
 
 		 251 aa  86.7  3e-16  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1446  GntR domain-containing protein  25.58 
 
 		 227 aa  84.3  0.000000000000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0554  GntR family transcriptional regulator  27.19 
 
 		 252 aa  82.8  0.000000000000004  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.00161353  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3305  GntR family transcriptional regulator  29.07 
 
 		 251 aa  82.4  0.000000000000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1078  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  31.58 
 
 		 255 aa  82.4  0.000000000000006  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1597  GntR family transcriptional regulator  32.44 
 
 		 252 aa  81.3  0.00000000000001  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00340794  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3110  GntR family transcriptional regulator  27.51 
 
 		 268 aa  80.5  0.00000000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.371117  normal  0.954276 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1996  GntR domain protein  26.34 
 
 		 250 aa  80.9  0.00000000000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.482445  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1834  GntR family transcriptional regulator  28.69 
 
 		 247 aa  79.7  0.00000000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0450394  normal  0.0643045 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0839  GntR family transcriptional regulator  26.6 
 
 		 235 aa  78.6  0.00000000000008  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.642765  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1885  GntR domain-containing protein  26.56 
 
 		 248 aa  78.2  0.0000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_21660  transcriptional regulator, GntR family  22.62 
 
 		 235 aa  78.2  0.0000000000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.716798 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3757  GntR domain-containing protein  25.79 
 
 		 235 aa  77.8  0.0000000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.560097  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4037  GntR domain protein  27.89 
 
 		 226 aa  77  0.0000000000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5316  GntR domain protein  27.04 
 
 		 239 aa  76.3  0.0000000000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.173644  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1975  GntR domain protein  26.29 
 
 		 233 aa  76.3  0.0000000000004  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.64094  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4413  GntR domain protein  27.8 
 
 		 241 aa  76.3  0.0000000000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3223  GntR domain protein  24.09 
 
 		 239 aa  76.3  0.0000000000004  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000159971 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3068  transcriptional regulator NanR  26.43 
 
 		 235 aa  75.9  0.0000000000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3714  GntR family transcriptional regulator  28.63 
 
 		 247 aa  75.5  0.0000000000007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.421261  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2067  GntR domain protein  27.48 
 
 		 252 aa  74.7  0.000000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.000000610321  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5228  transcriptional regulator, GntR family  25.54 
 
 		 262 aa  74.7  0.000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.860524  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3725  transcriptional regulator NanR  25.79 
 
 		 237 aa  74.7  0.000000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.235628  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2141  GntR domain-containing protein  28.39 
 
 		 253 aa  74.3  0.000000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1590  GntR domain-containing protein  26.79 
 
 		 273 aa  73.6  0.000000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.884635  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5148  GntR domain protein  25.32 
 
 		 258 aa  74.3  0.000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.178203  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5064  regulatory protein GntR HTH  28.45 
 
 		 242 aa  73.6  0.000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0823  GntR family transcriptional regulator  29.11 
 
 		 274 aa  73.6  0.000000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.691508  normal  0.984606 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1631  GntR domain protein  27 
 
 		 267 aa  73.6  0.000000000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1886  GntR domain-containing protein  27.66 
 
 		 242 aa  73.2  0.000000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4550  transcriptional regulator, GntR family  28.51 
 
 		 249 aa  72.8  0.000000000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4228  transcriptional regulator GntR  28.51 
 
 		 249 aa  72.8  0.000000000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5075  GntR domain-containing protein  25.25 
 
 		 262 aa  73.2  0.000000000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.805672  normal  0.0518495 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2241  GntR domain protein  27.03 
 
 		 227 aa  73.2  0.000000000004  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.328409 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2818  GntR domain-containing protein  27.19 
 
 		 249 aa  72.4  0.000000000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.325191  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2304  GntR family transcriptional regulator  25 
 
 		 233 aa  72.4  0.000000000006  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3539  regulatory protein GntR, HTH  25 
 
 		 260 aa  72  0.000000000007  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1140  GntR domain-containing protein  26.25 
 
 		 249 aa  72  0.000000000008  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0685  GntR-like  26.25 
 
 		 249 aa  72  0.000000000008  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1164  GntR domain-containing protein  26.25 
 
 		 249 aa  72  0.000000000008  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3177  GntR family transcriptional regulator  22.91 
 
 		 251 aa  71.6  0.000000000009  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1298  GntR domain protein  24.66 
 
 		 242 aa  71.2  0.00000000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0878835  normal  0.515032 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2785  GntR domain-containing protein  30.13 
 
 		 258 aa  71.2  0.00000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00845086  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1522  GntR domain-containing protein  24.17 
 
 		 245 aa  70.9  0.00000000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0133617  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1626  GntR family transcriptional regulator  24.15 
 
 		 241 aa  70.5  0.00000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.0000858772  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3603  GntR family transcriptional regulator  27.19 
 
 		 254 aa  70.5  0.00000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.180217  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1428  GntR family transcriptional regulator  26.92 
 
 		 245 aa  70.5  0.00000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.138717  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4767  GntR domain protein  27.62 
 
 		 252 aa  70.1  0.00000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.821835  normal  0.117848 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2313  GntR domain-containing protein  27.19 
 
 		 249 aa  70.9  0.00000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.146544  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3102  GntR domain-containing protein  27.19 
 
 		 249 aa  70.5  0.00000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.616915  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3004  GntR family transcriptional regulator  25.35 
 
 		 230 aa  70.5  0.00000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0317071  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3543  GntR family transcriptional regulator  27.14 
 
 		 242 aa  70.5  0.00000000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3254  transcriptional regulator, GntR family  27.63 
 
 		 244 aa  70.1  0.00000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.785  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5664  GntR domain protein  25.91 
 
 		 248 aa  70.1  0.00000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.0098751  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0399  GntR domain protein  23.62 
 
 		 224 aa  69.7  0.00000000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0156  GntR domain protein  25.79 
 
 		 230 aa  70.1  0.00000000003  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.108623 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5756  GntR domain protein  24.75 
 
 		 236 aa  69.7  0.00000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.294858  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3756  GntR domain protein  28.35 
 
 		 234 aa  69.7  0.00000000004  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4276  GntR family transcriptional regulator  26.34 
 
 		 253 aa  69.3  0.00000000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0786169  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1794  GntR domain protein  26.36 
 
 		 224 aa  68.9  0.00000000006  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.126744  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4100  GntR domain protein  27.43 
 
 		 236 aa  68.9  0.00000000006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6265  GntR domain protein  24.44 
 
 		 254 aa  68.9  0.00000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.610791 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4257  transcriptional regulator, GntR family  27.23 
 
 		 226 aa  68.9  0.00000000007  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00030759 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0563  GntR domain protein  32.31 
 
 		 241 aa  68.6  0.00000000008  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6391  DNA-binding transcriptional regulator GlcC  31.49 
 
 		 255 aa  68.6  0.00000000009  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2815  GntR domain-containing protein  25 
 
 		 264 aa  67.8  0.0000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.336695  normal  0.311573 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1260  GntR family transcriptional regulator  24.89 
 
 		 235 aa  68.2  0.0000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1046  GntR domain-containing protein  27.43 
 
 		 253 aa  68.2  0.0000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2218  DNA-binding transcriptional regulator GlcC  30.38 
 
 		 255 aa  67.8  0.0000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0409255  hitchhiker  0.007316 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1434  GntR domain protein  23.29 
 
 		 241 aa  68.2  0.0000000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.809265  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1624  GntR domain-containing protein  25.42 
 
 		 238 aa  68.2  0.0000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.276308  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1972  putative pyruvate dehydrogenase complex repressor  29.59 
 
 		 260 aa  67.8  0.0000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0510687  normal  0.668194 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2789  GntR family transcriptional regulator  27.35 
 
 		 241 aa  68.2  0.0000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.061235 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1043  GntR domain-containing protein  27.43 
 
 		 253 aa  68.2  0.0000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3406  GntR domain protein  26.74 
 
 		 243 aa  67.8  0.0000000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3176  regulatory protein GntR, HTH  28.1 
 
 		 242 aa  68.2  0.0000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.730979  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3432  GntR domain protein  23.68 
 
 		 252 aa  67.4  0.0000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1157  GntR-like  23.63 
 
 		 252 aa  67.4  0.0000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  decreased coverage  0.00396004  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1180  GntR domain protein  27.66 
 
 		 231 aa  67.4  0.0000000002  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6442  GntR domain protein  24 
 
 		 254 aa  67  0.0000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.143546 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4353  GntR domain protein  24.75 
 
 		 225 aa  67.4  0.0000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.217237 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2716  GntR domain-containing protein  26.82 
 
 		 379 aa  67.4  0.0000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.474503  normal  0.393546 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_05190  Transcriptional regulatory protein, GntR family  26.64 
 
 		 252 aa  66.6  0.0000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1795  GntR domain protein  25.99 
 
 		 272 aa  66.6  0.0000000003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.02855  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3599  GntR domain-containing protein  25.28 
 
 		 251 aa  66.6  0.0000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.83049  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3104  GntR family transcriptional regulator  26.94 
 
 		 226 aa  66.6  0.0000000003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.804027  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0952  GntR domain-containing protein  25.73 
 
 		 225 aa  66.6  0.0000000003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2589  GntR family transcriptional regulator  27.01 
 
 		 270 aa  66.6  0.0000000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.000313005  normal  0.0123827 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1995  GntR family transcriptional regulator  25.99 
 
 		 268 aa  66.6  0.0000000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  hitchhiker  0.00626171  normal  0.663234 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>