More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pfl01_2352 on replicon NC_007492
Organism: Pseudomonas fluorescens Pf0-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009078  BURPS1106A_A0298  radical SAM domain-containing protein  77.27 
 
 		 491 aa  788    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1728  hypothetical protein  76.92 
 
 		 491 aa  789    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1862  radical SAM domain-containing protein  77.27 
 
 		 491 aa  788    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.27199  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0870  radical SAM domain-containing protein  77.27 
 
 		 491 aa  788    Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5552  radical SAM domain-containing protein  75 
 
 		 482 aa  771    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.789613 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0390  radical SAM domain-containing protein  77.27 
 
 		 491 aa  788    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1743  heme biosynthesis protein  77.27 
 
 		 491 aa  788    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2352  radical SAM family protein  100 
 
 		 487 aa  1006    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.227908 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1157  radical SAM domain-containing protein  77.27 
 
 		 491 aa  788    Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.43485  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2181  radical SAM domain-containing protein  76.24 
 
 		 491 aa  783    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.161056  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2134  radical SAM domain-containing protein  77.27 
 
 		 491 aa  788    Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0426  Radical SAM domain protein  45.77 
 
 		 420 aa  369  1e-101  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2688  Radical SAM domain protein  44.44 
 
 		 423 aa  360  2e-98  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3415  Radical SAM domain protein  44.44 
 
 		 423 aa  360  3e-98  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3059  Radical SAM domain protein  44.44 
 
 		 418 aa  351  2e-95  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.699008  normal  0.88782 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2953  Radical SAM domain protein  48.39 
 
 		 439 aa  342  9e-93  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0533  radical SAM family protein  33.15 
 
 		 510 aa  214  3.9999999999999995e-54  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2430  radical SAM domain-containing protein  31.09 
 
 		 347 aa  187  4e-46  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.943222  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2319  radical SAM domain-containing protein  31.86 
 
 		 360 aa  179  7e-44  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.111929  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2664  radical SAM family protein  33.13 
 
 		 383 aa  173  5e-42  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.293501 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0031  Radical SAM domain protein  32.4 
 
 		 372 aa  146  7.0000000000000006e-34  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.082628  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1728  Radical SAM domain protein  30.51 
 
 		 380 aa  141  3e-32  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2983  Radical SAM domain protein  31.21 
 
 		 394 aa  140  6e-32  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0287  Radical SAM domain protein  27.95 
 
 		 414 aa  139  1e-31  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0071  Radical SAM domain protein  27.98 
 
 		 428 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2629  Radical SAM domain protein  28.07 
 
 		 399 aa  138  3.0000000000000003e-31  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.514294  hitchhiker  0.00258896 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2213  heme biosynthesis protein (NirJ-2)  27.88 
 
 		 479 aa  137  4e-31  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.0377777 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0512  radical SAM domain-containing protein  31.18 
 
 		 347 aa  137  4e-31  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  hitchhiker  0.000575478  hitchhiker  0.000767983 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1233  radical SAM family Fe-S protein  28.33 
 
 		 346 aa  136  8e-31  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.128205  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0876  radical SAM domain-containing protein  30.05 
 
 		 398 aa  135  9.999999999999999e-31  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.0451643  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4323  radical SAM family protein  30.41 
 
 		 373 aa  135  1.9999999999999998e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.564384  normal  1 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1099  radical SAM domain-containing protein  29.3 
 
 		 501 aa  134  3e-30  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1726  Radical SAM domain protein  28.96 
 
 		 405 aa  133  9e-30  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0055  radical SAM domain-containing protein  28.44 
 
 		 429 aa  132  1.0000000000000001e-29  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2393  Radical SAM domain protein  28.25 
 
 		 399 aa  131  2.0000000000000002e-29  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3058  radical SAM domain-containing protein  29.97 
 
 		 377 aa  128  2.0000000000000002e-28  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.795834  normal  0.23867 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2626  Radical SAM domain protein  29.85 
 
 		 381 aa  127  4.0000000000000003e-28  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.024935 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1256  Radical SAM domain protein  30.27 
 
 		 330 aa  127  5e-28  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2128  radical SAM domain-containing protein  26.05 
 
 		 405 aa  126  9e-28  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.194536  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1955  Radical SAM domain protein  26.69 
 
 		 363 aa  126  1e-27  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.356683 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0958  radical SAM domain-containing protein  30.46 
 
 		 356 aa  125  1e-27  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2577  Elongator protein 3/MiaB/NifB  26.89 
 
 		 397 aa  125  2e-27  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.720803  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1706  radical SAM domain-containing protein  29.74 
 
 		 380 aa  124  3e-27  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.0248528 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0969  radical SAM domain-containing protein  29.33 
 
 		 377 aa  124  4e-27  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.00591663 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1711  Radical SAM domain protein  30.03 
 
 		 406 aa  123  6e-27  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.219592  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1906  radical SAM domain-containing protein  30.03 
 
 		 406 aa  123  6e-27  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.9961 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2710  radical SAM family Fe-S protein  34.35 
 
 		 413 aa  123  7e-27  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1901  radical SAM domain-containing protein  28.3 
 
 		 368 aa  122  9.999999999999999e-27  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  0.13165 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1679  Radical SAM domain protein  30.31 
 
 		 364 aa  122  9.999999999999999e-27  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  0.830639 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0955  radical SAM domain-containing protein  29.12 
 
 		 391 aa  122  9.999999999999999e-27  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1987  radical SAM family protein  26.16 
 
 		 373 aa  121  1.9999999999999998e-26  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.0568355  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0999  Radical SAM domain protein  30.25 
 
 		 399 aa  122  1.9999999999999998e-26  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0014  radical SAM domain-containing protein  27.09 
 
 		 357 aa  121  1.9999999999999998e-26  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0107505  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0690  Radical SAM domain protein  27.17 
 
 		 496 aa  121  1.9999999999999998e-26  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2081  Radical SAM domain protein  29.84 
 
 		 409 aa  121  3e-26  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.214481  normal  0.184464 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3122  Radical SAM domain protein  27.42 
 
 		 354 aa  121  3.9999999999999996e-26  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.000000519465  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1458  heme biosynthesis protein  26.07 
 
 		 349 aa  120  4.9999999999999996e-26  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2575  Elongator protein 3/MiaB/NifB  28.81 
 
 		 394 aa  120  4.9999999999999996e-26  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_2244  radical SAM domain-containing protein  30.03 
 
 		 380 aa  120  4.9999999999999996e-26  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.720848  normal  0.403535 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3149  Fe-S oxidoreductase, putative component of heme biosynthesis  27.27 
 
 		 366 aa  120  7e-26  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000504303  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2609  Radical SAM domain protein  27.04 
 
 		 402 aa  119  9e-26  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.342022  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0015  radical SAM family protein  26.8 
 
 		 356 aa  119  9e-26  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0300598  normal  1 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1180  radical SAM domain-containing protein  28.95 
 
 		 418 aa  119  9e-26  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.832103  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_11630  predicted Fe-S oxidoreductase  27.79 
 
 		 397 aa  119  9.999999999999999e-26  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.790216 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0051  radical SAM domain-containing protein  29.07 
 
 		 389 aa  119  9.999999999999999e-26  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  0.865506 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10707  coenzyme PQQ synthesis protein E pqqE  29.86 
 
 		 391 aa  118  1.9999999999999998e-25  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2159  radical SAM domain-containing protein  27.94 
 
 		 330 aa  119  1.9999999999999998e-25  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0939338  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1128  Radical SAM domain protein  28.19 
 
 		 327 aa  118  1.9999999999999998e-25  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.823251 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1343  radical SAM domain-containing protein  28.91 
 
 		 334 aa  118  1.9999999999999998e-25  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2901  Radical SAM domain protein  25.71 
 
 		 359 aa  118  3e-25  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.297507 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3559  radical SAM domain-containing protein  26.14 
 
 		 347 aa  117  3.9999999999999997e-25  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.152847  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1215  Radical SAM domain protein  30.25 
 
 		 367 aa  117  3.9999999999999997e-25  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.154309  hitchhiker  0.00000759697 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0817  radical SAM family Fe-S protein  27.17 
 
 		 375 aa  117  3.9999999999999997e-25  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0856567  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3206  radical SAM domain-containing protein  30.83 
 
 		 412 aa  117  3.9999999999999997e-25  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3454  radical SAM domain-containing protein  26.24 
 
 		 356 aa  117  6e-25  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.182301  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1984  Radical SAM domain protein  28.22 
 
 		 407 aa  115  2.0000000000000002e-24  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  0.519712 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_12330  predicted Fe-S oxidoreductase  27.81 
 
 		 561 aa  115  2.0000000000000002e-24  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1245  radical SAM family protein  30.21 
 
 		 335 aa  114  3e-24  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.394622 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2942  radical SAM domain-containing protein  25.83 
 
 		 358 aa  114  5e-24  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0608132  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1296  radical SAM domain-containing protein  31.01 
 
 		 395 aa  114  5e-24  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0595995 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0324  Radical SAM domain protein  26.48 
 
 		 480 aa  114  6e-24  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0755362  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0113  radical SAM domain-containing protein  28.41 
 
 		 370 aa  113  7.000000000000001e-24  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.389414  normal  1 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_2255  radical SAM domain-containing protein  27.5 
 
 		 369 aa  112  1.0000000000000001e-23  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.209492  normal  0.0610472 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0071  Elongator protein 3/MiaB/NifB  27.3 
 
 		 399 aa  112  1.0000000000000001e-23  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.180935  normal  0.590405 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0014  Radical SAM domain protein  25.48 
 
 		 358 aa  112  1.0000000000000001e-23  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0015  Radical SAM domain protein  25.48 
 
 		 358 aa  112  1.0000000000000001e-23  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.334348  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0879  radical SAM domain-containing protein  27.76 
 
 		 349 aa  112  2.0000000000000002e-23  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.11149  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0047  Radical SAM domain protein  25.68 
 
 		 386 aa  111  2.0000000000000002e-23  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.834961  normal  0.32606 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1255  Radical SAM domain protein  28.24 
 
 		 330 aa  112  2.0000000000000002e-23  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.411599  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2068  Radical SAM domain protein  27.67 
 
 		 399 aa  112  2.0000000000000002e-23  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.184452  hitchhiker  0.00128487 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0912  Radical SAM domain protein  25.62 
 
 		 368 aa  110  4.0000000000000004e-23  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.492815  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2362  Radical SAM domain protein  29.32 
 
 		 409 aa  110  5e-23  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.00000000979641  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1430  radical SAM domain-containing protein  27.76 
 
 		 389 aa  110  6e-23  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.733862  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0688  metallo cofactor biosynthesis protein  23.67 
 
 		 390 aa  110  7.000000000000001e-23  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6304  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  27.7 
 
 		 398 aa  110  8.000000000000001e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1347  radical SAM domain-containing protein  27.09 
 
 		 384 aa  109  1e-22  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2033  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  27.67 
 
 		 395 aa  109  1e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.455844 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0691  radical SAM domain-containing protein  27.22 
 
 		 333 aa  109  1e-22  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06670  heme d1 biosynthesis protein NirJ  27.96 
 
 		 387 aa  109  1e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.196876  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1148  Radical SAM domain protein  36.7 
 
 		 375 aa  109  1e-22  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>