More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_0232 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



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Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008686  Pden_0232  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 		 230 aa  466  9.999999999999999e-131  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3352  TetR family transcriptional regulator  31.68 
 
 		 211 aa  108  9.000000000000001e-23  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.586652  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1461  putative transcriptional regulator  32.37 
 
 		 212 aa  107  2e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16790  TetR family transcriptional regulator  32.06 
 
 		 212 aa  104  1e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.297454  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1078  TetR family transcriptional regulator  30.66 
 
 		 211 aa  103  3e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3341  transcriptional regulator, TetR family  31.31 
 
 		 226 aa  97.1  2e-19  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4103  TetR family transcriptional regulator  29.85 
 
 		 209 aa  95.1  7e-19  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02619  transcriptional regulator  30.81 
 
 		 217 aa  93.2  3e-18  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1515  TetR family transcriptional regulator  29.85 
 
 		 213 aa  91.3  1e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4208  TetR family transcriptional regulator  29.85 
 
 		 213 aa  90.9  1e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.826614 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1119  TetR family transcriptional regulator  28.3 
 
 		 213 aa  88.6  7e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1553  regulatory protein, TetR  27.41 
 
 		 234 aa  79.7  0.00000000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3451  TetR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 216 aa  79.7  0.00000000000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.6413 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1944  TetR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 234 aa  79  0.00000000000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.358022  decreased coverage  0.0015067 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3994  TetR family transcriptional regulator  30.95 
 
 		 225 aa  78.2  0.0000000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.75286  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2256  TetR family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 207 aa  77  0.0000000000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0681818  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3185  TetR family transcriptional regulator  27.84 
 
 		 208 aa  77.4  0.0000000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.579993  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1059  TetR family transcriptional regulator  30.32 
 
 		 211 aa  76.6  0.0000000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3111  TetR family transcriptional regulator  27.46 
 
 		 210 aa  75.5  0.0000000000006  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3058  TetR family transcriptional regulator  24.24 
 
 		 209 aa  73.2  0.000000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.765793  normal  0.0466418 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2027  TetR family transcriptional regulator  29.59 
 
 		 208 aa  73.2  0.000000000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.835752  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2669  transcriptional regulator, TetR family  26.53 
 
 		 226 aa  72  0.000000000007  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  hitchhiker  0.00411812  normal  0.199475 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0106  transcriptional regulator  27.32 
 
 		 207 aa  71.6  0.000000000009  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0496  TetR family transcriptional regulator  29.35 
 
 		 202 aa  71.2  0.00000000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.250936 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0743  TetR family transcriptional regulator  27.23 
 
 		 216 aa  71.2  0.00000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8267  putative transcriptional regulator, TetR family  29.76 
 
 		 209 aa  70.5  0.00000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.124724 
 
 
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NC_008048  Sala_3113  TetR family transcriptional regulator  28.35 
 
 		 214 aa  69.7  0.00000000004  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.527228  normal  1 
 
 
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NC_012912  Dd1591_1166  transcriptional regulator, TetR family  24.88 
 
 		 215 aa  67.8  0.0000000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.522591  n/a   
 
 
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NC_009719  Plav_0533  TetR family transcriptional regulator  24.74 
 
 		 208 aa  67.8  0.0000000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0518509 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1993  TetR family transcriptional regulator  26.73 
 
 		 210 aa  67.8  0.0000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.209055  normal  0.134866 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0155  TetR family transcriptional regulator  31.76 
 
 		 222 aa  66.6  0.0000000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4585  transcriptional regulator, TetR family  26.17 
 
 		 220 aa  65.9  0.0000000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.448621  normal  1 
 
 
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NC_011726  PCC8801_4150  transcriptional regulator, TetR family  29.71 
 
 		 200 aa  65.9  0.0000000006  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4190  transcriptional regulator, TetR family  29.71 
 
 		 200 aa  65.9  0.0000000006  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.378174  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2115  TetR family transcriptional regulator  26.21 
 
 		 213 aa  65.5  0.0000000007  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  hitchhiker  0.00202765  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3576  TetR-like virulence regulator  26 
 
 		 207 aa  64.7  0.000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4201  hypothetical protein  22.39 
 
 		 201 aa  65.1  0.000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6530  transcriptional regulator, TetR family  24.41 
 
 		 219 aa  64.7  0.000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.051486 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4446  TetR family transcriptional regulator  21.72 
 
 		 210 aa  64.7  0.000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_010512  Bcenmc03_6292  TetR family transcriptional regulator  27.06 
 
 		 210 aa  65.1  0.000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0097  transcriptional regulator, TetR family  30.41 
 
 		 215 aa  64.7  0.000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.56928  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1121  TetR family transcriptional regulator  25.81 
 
 		 210 aa  64.3  0.000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0496337  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2796  TetR family transcriptional regulator  25.56 
 
 		 231 aa  63.5  0.000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.252593 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0570  TetR family transcriptional regulator  30.35 
 
 		 209 aa  63.9  0.000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_010506  Swoo_1571  TetR family transcriptional regulator  24.48 
 
 		 207 aa  63.9  0.000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_011666  Msil_2432  transcriptional regulator, TetR family  29.44 
 
 		 220 aa  63.5  0.000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0652024 
 
 
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NC_008322  Shewmr7_1317  TetR family transcriptional regulator  23.61 
 
 		 206 aa  63.5  0.000000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.237455  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1326  TetR family transcriptional regulator  25.13 
 
 		 205 aa  63.2  0.000000004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.892925  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1149  transcriptional regulator, TetR family protein  24.26 
 
 		 226 aa  62.8  0.000000004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_011892  Mnod_8304  transcriptional regulator, TetR family  27.96 
 
 		 223 aa  62.4  0.000000006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.505381  n/a   
 
 
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NC_008577  Shewana3_1297  TetR family transcriptional regulator  23.61 
 
 		 206 aa  62  0.000000007  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.00583227  normal  1 
 
 
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NC_010172  Mext_4103  regulatory protein TetR  24.77 
 
 		 220 aa  62  0.000000007  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.557347 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_5065  TetR family transcriptional regulator  31.98 
 
 		 202 aa  62  0.000000008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.174952  normal  0.51505 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1247  TetR family transcriptional regulator  24.1 
 
 		 206 aa  61.2  0.00000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2624  TetR family transcriptional regulator  27.13 
 
 		 214 aa  61.2  0.00000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.373378  normal  0.716878 
 
 
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NC_009720  Xaut_1511  TetR family transcriptional regulator  26.53 
 
 		 225 aa  60.8  0.00000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2740  TetR family transcriptional regulator  30.41 
 
 		 257 aa  60.5  0.00000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.933804 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2507  TetR family transcriptional regulator  30.27 
 
 		 207 aa  60.8  0.00000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.881075  normal  0.842438 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_6137  TetR family transcriptional regulator  30.27 
 
 		 207 aa  60.8  0.00000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.150449  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4471  transcriptional regulator, TetR family  24.77 
 
 		 220 aa  60.5  0.00000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2442  transcriptional regulator, TetR family  29.73 
 
 		 218 aa  60.8  0.00000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.510523  normal  0.120027 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5028  transcriptional regulator, TetR family  46.05 
 
 		 194 aa  60.8  0.00000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2634  TetR family transcriptional regulator  25.13 
 
 		 209 aa  59.7  0.00000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.001775  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3407  TetR family transcriptional regulator  25.45 
 
 		 218 aa  59.7  0.00000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0155576  normal  0.84746 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1276  transcriptional regulator, TetR family  29.21 
 
 		 214 aa  59.7  0.00000004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.933053  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3014  TetR family transcriptional regulator  30.54 
 
 		 258 aa  59.7  0.00000004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00422654  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1636  TetR family transcriptional regulator  29.57 
 
 		 226 aa  59.3  0.00000005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.232227 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2329  TetR family transcriptional regulator  29.89 
 
 		 221 aa  59.3  0.00000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1709  TetR family transcriptional regulator  31.93 
 
 		 224 aa  59.3  0.00000005  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.400859  normal  0.0301663 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1320  TetR family transcriptional regulator  41.56 
 
 		 199 aa  58.9  0.00000006  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1279  regulatory protein, TetR  24.76 
 
 		 206 aa  58.5  0.00000007  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.211303  n/a   
 
 
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NC_008700  Sama_2341  TetR family transcriptional regulator  26.37 
 
 		 206 aa  58.9  0.00000007  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.554096 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1313  TetR family transcriptional regulator  22.71 
 
 		 203 aa  58.2  0.0000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3347  regulatory protein, TetR  24.5 
 
 		 205 aa  57.4  0.0000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.235212  normal  0.0210246 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003358  transcriptional regulator  25 
 
 		 251 aa  57.4  0.0000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.433364  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_3126  TetR family transcriptional regulator  30.06 
 
 		 207 aa  57.4  0.0000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.333802  hitchhiker  0.00150199 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0706  TetR family transcriptional regulator  27.83 
 
 		 215 aa  57.4  0.0000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1034  TetR family transcriptional regulator  31.85 
 
 		 204 aa  57  0.0000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1795  TetR family transcriptional regulator  47.3 
 
 		 224 aa  57  0.0000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.141886 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0548  transcriptional regulator, TetR family  28.43 
 
 		 208 aa  56.6  0.0000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0328  putative transcriptional regulator  42.86 
 
 		 222 aa  56.2  0.0000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.536324  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6912  TetR family transcriptional regulator  43.04 
 
 		 236 aa  56.2  0.0000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.830717  normal  1 
 
 
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NC_011145  AnaeK_0552  transcriptional regulator, TetR family  26.73 
 
 		 208 aa  55.8  0.0000005  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_009511  Swit_1142  TetR family transcriptional regulator  24 
 
 		 210 aa  55.8  0.0000006  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.282615  normal  0.594609 
 
 
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NC_007974  Rmet_4265  TetR/AcrR family transcriptional regulator  27.75 
 
 		 228 aa  55.5  0.0000008  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.752062  normal  1 
 
 
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NC_007643  Rru_A2049  TetR family transcriptional regulator  26.8 
 
 		 198 aa  55.1  0.0000009  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_007925  RPC_2179  TetR family transcriptional regulator  25.11 
 
 		 218 aa  55.1  0.0000009  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.905523 
 
 
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NC_009784  VIBHAR_06672  hypothetical protein  54.55 
 
 		 198 aa  54.7  0.000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
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NC_004311  BRA0118  TetR family transcriptional regulator  27.57 
 
 		 247 aa  54.7  0.000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.211628  n/a   
 
 
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NC_011365  Gdia_2226  transcriptional regulator, TetR family  29.34 
 
 		 223 aa  55.1  0.000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.407434  normal  1 
 
 
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NC_011729  PCC7424_3129  transcriptional regulator, TetR family  28.15 
 
 		 191 aa  54.3  0.000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
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NC_007760  Adeh_0519  TetR family transcriptional regulator  27.23 
 
 		 220 aa  54.7  0.000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_009668  Oant_4225  TetR family transcriptional regulator  24.22 
 
 		 244 aa  54.7  0.000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.127157  n/a   
 
 
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NC_007778  RPB_1979  TetR family transcriptional regulator  25.47 
 
 		 216 aa  54.7  0.000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.28862  normal  1 
 
 
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NC_009504  BOV_A0109  TetR family transcriptional regulator  27.57 
 
 		 247 aa  54.7  0.000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_012917  PC1_1443  transcriptional regulator, TetR family  26.67 
 
 		 204 aa  54.3  0.000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.79888  n/a   
 
 
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NC_009092  Shew_1544  TetR family transcriptional regulator  26.73 
 
 		 219 aa  54.3  0.000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_012669  Bcav_3880  transcriptional regulator, TetR family  25.49 
 
 		 217 aa  53.9  0.000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.133053 
 
 
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NC_007951  Bxe_A1138  TetR family transcriptional regulator  25.26 
 
 		 228 aa  53.9  0.000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_008726  Mvan_0778  TetR family transcriptional regulator  40 
 
 		 199 aa  53.9  0.000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.308556  normal  0.547023 
 
 
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