More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_2340 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_2156  alpha amylase family protein  57.88 
 
 		 673 aa  741    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1900  alpha amylase catalytic region  56.4 
 
 		 581 aa  697    Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.0705121  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2035  alpha amylase catalytic region  55.52 
 
 		 736 aa  766    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0556  alpha amylase domain-containing protein  58.74 
 
 		 624 aa  754    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.120773  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2032  alpha amylase, catalytic region  55.71 
 
 		 653 aa  729    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.324011  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01887  putative glycosidase  60.6 
 
 		 630 aa  778    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2340  alpha amylase, catalytic region  100 
 
 		 650 aa  1354    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2082  alpha amylase catalytic region  53.72 
 
 		 766 aa  753    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.241843  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2136  alpha amylase, catalytic region  59.05 
 
 		 704 aa  763    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2212  alpha amylase, catalytic region  59.37 
 
 		 709 aa  775    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.636451 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1784  alpha amylase, catalytic region  62.84 
 
 		 676 aa  801    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.519611  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2314  alpha amylase, catalytic region  59.05 
 
 		 709 aa  766    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.169067  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2303  alpha amylase catalytic region  54.8 
 
 		 761 aa  758    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.283065  normal  0.0722079 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2290  alpha amylase catalytic region  55.52 
 
 		 715 aa  759    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1886  alpha amylase, catalytic region  58.04 
 
 		 667 aa  791    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2206  alpha amylase catalytic region  60.13 
 
 		 668 aa  734    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.370981  hitchhiker  0.00000519248 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2593  alpha amylase, catalytic region  59.8 
 
 		 610 aa  748    Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.143238  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1659  glycosidase  53.37 
 
 		 626 aa  549  1e-155  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.763441 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2758  alpha amylase catalytic region  48.97 
 
 		 579 aa  504  1e-141  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.435679  normal  0.479819 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2884  alpha amylase catalytic region  46.93 
 
 		 565 aa  485  1e-135  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG0897  alpha-amylase family protein  40.52 
 
 		 534 aa  390  1e-107  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1637  alpha amylase catalytic region  32.96 
 
 		 574 aa  263  6e-69  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1813  alpha amylase catalytic region  23.83 
 
 		 459 aa  82  0.00000000000003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_23200  alpha amylase  23.44 
 
 		 654 aa  74.7  0.000000000005  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000149088  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_28060  alpha-1,6-glucosidase, pullulanase-type  28.41 
 
 		 2068 aa  73.2  0.00000000001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.329007  normal  1 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1504  alpha amylase catalytic region  25.74 
 
 		 728 aa  72.8  0.00000000002  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  0.496352 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0143  alpha amylase catalytic sub domain protein  22.98 
 
 		 692 aa  72.4  0.00000000003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0052779  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1675  alpha amylase catalytic region  21.72 
 
 		 499 aa  70.1  0.0000000001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4079  alpha amylase  22.05 
 
 		 513 aa  68.9  0.0000000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.348017  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1849  alpha-amylase  24.18 
 
 		 524 aa  68.9  0.0000000003  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0833  alpha-glucosidase  26.26 
 
 		 544 aa  67.4  0.0000000007  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5097  alpha amylase catalytic region  26.94 
 
 		 1074 aa  66.2  0.000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.511822  normal  0.0191149 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3338  Type II secretory pathway pullulanase PulA and related glycosidase-like protein  25.06 
 
 		 1942 aa  65.9  0.000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0998506 
 
 
-
 
NC_009939  Dgeo_2916  Alpha-amylase  30.63 
 
 		 472 aa  65.5  0.000000003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4392  alpha amylase, catalytic region  23.84 
 
 		 493 aa  65.5  0.000000003  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.47907 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5382  alpha amylase catalytic region  29.1 
 
 		 1075 aa  65.5  0.000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0695  alpha amylase catalytic region  25.76 
 
 		 533 aa  65.1  0.000000004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.497083 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_28010  family 13 glycosyl hydrolase  32.41 
 
 		 667 aa  64.7  0.000000006  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1419  alpha amylase, catalytic region  31.36 
 
 		 708 aa  63.9  0.000000008  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.624823 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3302  alpha amylase catalytic region  24.66 
 
 		 566 aa  64.3  0.000000008  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.15105  normal  0.0149256 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1739  alpha amylase catalytic region  24.4 
 
 		 550 aa  63.2  0.00000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000285446  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0540  alpha amylase catalytic region  26.15 
 
 		 1037 aa  63.5  0.00000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0480393 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2452  alpha amylase, catalytic region  21.47 
 
 		 1401 aa  62.8  0.00000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0187956  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0747  alpha-1,6-glucosidase, pullulanase-type  21.23 
 
 		 1891 aa  62.8  0.00000002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0869  alpha amylase catalytic region  32.89 
 
 		 459 aa  62.8  0.00000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_14740  alpha amylase  21.48 
 
 		 515 aa  62.4  0.00000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0597647  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2425  alpha amylase catalytic region  21.37 
 
 		 509 aa  62  0.00000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.144227  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2278  alpha amylase catalytic region  22.63 
 
 		 1307 aa  62.4  0.00000003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.792883  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2679  alpha amylase, catalytic region  28.57 
 
 		 671 aa  62  0.00000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2327  alpha amylase catalytic region  22.02 
 
 		 1401 aa  62  0.00000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.775797  normal  0.294215 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0412  alpha amylase, catalytic region  23.79 
 
 		 640 aa  62.4  0.00000003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01125  alpha-amylase, putative  37.12 
 
 		 434 aa  62  0.00000004  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5565  alpha-amylase-related protein  29.85 
 
 		 1082 aa  62  0.00000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0018  alpha amylase catalytic region  23.9 
 
 		 485 aa  61.6  0.00000005  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3333  alpha amylase, catalytic region  31.25 
 
 		 434 aa  61.2  0.00000005  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.320284  normal  0.0371883 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0867  alpha amylase catalytic region  21.08 
 
 		 558 aa  61.2  0.00000005  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09700  alpha amylase  32.2 
 
 		 426 aa  61.2  0.00000006  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2295  alpha amylase, catalytic region  29.84 
 
 		 660 aa  61.2  0.00000006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0369553  hitchhiker  0.000002386 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2108  alpha amylase catalytic region  22.77 
 
 		 493 aa  60.8  0.00000007  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2152  alpha amylase catalytic region  22.77 
 
 		 493 aa  60.8  0.00000007  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.866439 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4336  alpha amylase catalytic region  21.03 
 
 		 914 aa  60.8  0.00000007  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0523  trehalose-6-phosphate hydrolase  24.57 
 
 		 560 aa  60.8  0.00000007  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3942  periplasmic alpha-amylase precursor  25.12 
 
 		 675 aa  60.8  0.00000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.973795 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2158  alpha amylase catalytic region  25.84 
 
 		 542 aa  59.7  0.0000001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4343  alpha amylase catalytic region  20.83 
 
 		 481 aa  60.5  0.0000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6088  alpha amylase catalytic region  27.61 
 
 		 1130 aa  60.1  0.0000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.984614  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1017  alpha amylase catalytic region  24.41 
 
 		 544 aa  60.1  0.0000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.503917 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0354  alpha amylase catalytic region  20.76 
 
 		 554 aa  59.7  0.0000001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2861  putative alpha-amylase-related protein  28.23 
 
 		 1146 aa  60.1  0.0000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_01920  glycosidase  24.32 
 
 		 607 aa  60.1  0.0000001  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2810  alpha amylase, catalytic region  24.73 
 
 		 450 aa  60.5  0.0000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6499  alpha amylase, catalytic region  27.61 
 
 		 1130 aa  60.1  0.0000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.145776  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0775  alpha amylase, catalytic region  23.89 
 
 		 534 aa  60.1  0.0000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1529  alpha amylase catalytic region  24.74 
 
 		 593 aa  60.1  0.0000001  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.331611  normal  0.956497 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6821  alpha amylase catalytic region  27.42 
 
 		 1151 aa  60.1  0.0000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.137668  normal  0.518409 
 
 
-
 
NC_003296  RS05182  putative alpha-amylase-related protein  27.61 
 
 		 1201 aa  59.7  0.0000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00237217  normal  0.176867 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03667  alpha-amylase  29.1 
 
 		 1038 aa  59.3  0.0000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.533907  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1599  alpha amylase catalytic region  26.51 
 
 		 1126 aa  59.3  0.0000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.863275  hitchhiker  0.00182412 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1713  alpha amylase catalytic region  30.3 
 
 		 426 aa  59.7  0.0000002  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.0746329  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1738  alpha amylase domain-containing protein  27.12 
 
 		 1148 aa  59.3  0.0000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.257385  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2534  Alpha amylase, catalytic region  31.52 
 
 		 664 aa  59.3  0.0000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.469815 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6320  alpha amylase catalytic region  26.87 
 
 		 1133 aa  59.3  0.0000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.330794  normal  0.20234 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3862  periplasmic alpha-amylase precursor  24.88 
 
 		 675 aa  59.7  0.0000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3155  hypothetical protein  28.36 
 
 		 664 aa  59.3  0.0000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.106408  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5590  alpha amylase, catalytic region  26.87 
 
 		 1136 aa  59.3  0.0000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2541  alpha amylase catalytic region  33.33 
 
 		 467 aa  59.7  0.0000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0134925 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3987  periplasmic alpha-amylase precursor  24.88 
 
 		 675 aa  59.3  0.0000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4048  periplasmic alpha-amylase precursor  24.88 
 
 		 675 aa  59.3  0.0000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.555384 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1341  alpha amylase family protein  27.12 
 
 		 1136 aa  59.3  0.0000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0533  alpha amylase family protein  27.12 
 
 		 1115 aa  58.9  0.0000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1545  alpha amylase family protein  27.12 
 
 		 1115 aa  59.3  0.0000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1568  glycosy hydrolase family protein  27.12 
 
 		 1115 aa  59.3  0.0000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0622  alpha amylase family protein  27.12 
 
 		 1115 aa  59.3  0.0000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5491  alpha amylase catalytic region  27.78 
 
 		 1131 aa  58.9  0.0000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00105634 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7034  Alpha amylase like protein  27.61 
 
 		 1130 aa  58.9  0.0000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.673665  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4038  alpha amylase catalytic region  23.23 
 
 		 544 aa  58.9  0.0000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0583407  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0386  alpha amylase, catalytic region  21.82 
 
 		 493 aa  58.9  0.0000003  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51470  Alpha-glucosidase  23.71 
 
 		 565 aa  58.5  0.0000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1785  alpha amylase, catalytic region  29.55 
 
 		 724 aa  58.9  0.0000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.649993  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1727  alpha amylase catalytic region  22.17 
 
 		 493 aa  58.5  0.0000003  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>