94 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_4542 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004578  PSPTO_4542  GAF domain protein  100 
 
 		 166 aa  343  6e-94  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.592539  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4219  hypothetical protein  92.12 
 
 		 166 aa  318  3e-86  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.489383 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0791  ATP-binding region ATPase domain protein  47.4 
 
 		 396 aa  164  4e-40  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5747  GAF sensor signal transduction histidine kinase  43.75 
 
 		 417 aa  158  3e-38  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00131351  normal  0.492609 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2762  GAF sensor Signal transduction histidine kinase  49.28 
 
 		 373 aa  155  2e-37  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3622  PAS sensor protein  46 
 
 		 684 aa  155  3e-37  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3914  multi-sensor hybrid histidine kinase  46 
 
 		 684 aa  155  4e-37  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.62869  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3773  GAF:ATP-binding region, ATPase-like:histidine kinase A, N-terminal  43.31 
 
 		 394 aa  149  1e-35  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.719874  normal  0.310272 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2355  hypothetical protein  45.7 
 
 		 168 aa  144  5e-34  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0467445  normal  0.190321 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5176  GAF sensor signal transduction histidine kinase  42.58 
 
 		 570 aa  144  8.000000000000001e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1606  sensor histidine kinase  42.95 
 
 		 403 aa  143  9e-34  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3583  GAF sensor signal transduction histidine kinase  42.31 
 
 		 397 aa  142  3e-33  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2158  GAF sensor signal transduction histidine kinase  42.25 
 
 		 414 aa  139  1.9999999999999998e-32  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.0000731035  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2615  GAF domain protein  42.21 
 
 		 165 aa  138  3e-32  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0311513  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03623  sensor histidine kinase  39.87 
 
 		 414 aa  135  2e-31  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1170  GAF sensor signal transduction histidine kinase  39.38 
 
 		 405 aa  136  2e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.364137  hitchhiker  0.00137418 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0791  GAF sensor signal transduction histidine kinase  41.13 
 
 		 415 aa  134  4e-31  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.0990099 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03779  GAF:ATP-binding region, ATPase-like:Histidine kinase A, N-terminal  38.61 
 
 		 410 aa  134  7.000000000000001e-31  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.601764  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2174  GAF sensor signal transduction histidine kinase  42.38 
 
 		 413 aa  132  1.9999999999999998e-30  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.534906 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2321  GAF sensor signal transduction histidine kinase  40 
 
 		 396 aa  127  6e-29  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.988363 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4877  PAS sensor protein  37.75 
 
 		 643 aa  114  5e-25  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5418  two component transcriptional regulator, LuxR family  35.1 
 
 		 774 aa  108  3e-23  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5362  two component transcriptional regulator, LuxR family  36.42 
 
 		 643 aa  108  4.0000000000000004e-23  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2096  diguanylate cyclase  34.94 
 
 		 584 aa  58.9  0.00000003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1789  diguanylate cyclase with GAF sensor  28.38 
 
 		 487 aa  55.8  0.0000003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0642  putative GAF sensor protein  30 
 
 		 220 aa  52.4  0.000003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.344315  hitchhiker  0.000370263 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2371  multi-sensor signal transduction histidine kinase  27.81 
 
 		 1171 aa  52  0.000004  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.516834  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0179  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  29.36 
 
 		 750 aa  50.8  0.000007  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.102862  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0309  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  29.63 
 
 		 827 aa  50.8  0.000009  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0510078  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0726  GGDEF family protein  30 
 
 		 627 aa  49.7  0.00002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0254772  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2458  diguanylate cyclase  26.36 
 
 		 343 aa  48.9  0.00003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.709604 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000170  GGDEF family protein  30.53 
 
 		 636 aa  48.9  0.00003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.580711  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4345  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  32.88 
 
 		 890 aa  47.8  0.00007  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.5665  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4110  diguanylate phosphodiesterase with GAF sensor(s)  25.62 
 
 		 411 aa  47.4  0.0001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3513  diguanylate cyclase with GAF sensor  23.88 
 
 		 326 aa  46.6  0.0001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.668666  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3158  diguanylate cyclase  24.63 
 
 		 325 aa  47.4  0.0001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0640866 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2746  putative GAF sensor protein  24.78 
 
 		 169 aa  46.6  0.0001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2191  diguanylate cyclase  25.64 
 
 		 417 aa  46.6  0.0002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.300716  normal  0.177325 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2455  diguanylate cyclase  34.85 
 
 		 699 aa  46.6  0.0002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4958  GAF sensor signal transduction histidine kinase  25 
 
 		 517 aa  46.6  0.0002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0294  putative signaling protein  28.48 
 
 		 630 aa  46.6  0.0002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.106919  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4174  diguanylate phosphodiesterase  25.27 
 
 		 425 aa  46.2  0.0002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.886993  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2350  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  31.03 
 
 		 1000 aa  45.4  0.0004  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.521127 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1118  GAF sensor signal transduction histidine kinase  29 
 
 		 437 aa  45.4  0.0004  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1753  sensor histidine kinase  25 
 
 		 364 aa  44.7  0.0006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.405521 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0280  diguanylate cyclase with GAF sensor  22.02 
 
 		 314 aa  44.7  0.0006  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.0265413 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1202  GGDEF domain-containing protein  31.4 
 
 		 324 aa  44.7  0.0006  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.952705 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4068  diguanylate cyclase with GAF sensor  28.07 
 
 		 324 aa  44.7  0.0006  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1392  putative sensory transduction histidine kinase  28.87 
 
 		 401 aa  44.3  0.0007  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4387  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.53 
 
 		 946 aa  44.3  0.0007  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1520  GGDEF domain-containing protein  32.14 
 
 		 323 aa  44.3  0.0007  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2011  diguanylate cyclase with GAF sensor  27.19 
 
 		 321 aa  44.3  0.0007  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0323841  normal  0.0375273 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0288  signal transduction histidine kinase  20 
 
 		 514 aa  44.3  0.0008  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.328365  normal  0.664954 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3098  GGDEF family protein  35.14 
 
 		 638 aa  43.9  0.0009  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.0791415 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05804  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.77 
 
 		 636 aa  43.9  0.001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1600  GGDEF family protein  25.21 
 
 		 594 aa  43.9  0.001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.723611  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3776  hypothetical protein  26.19 
 
 		 347 aa  43.9  0.001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00306006 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1793  multi-sensor signal transduction histidine kinase  26.36 
 
 		 591 aa  43.9  0.001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.456575  normal  0.950737 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2922  GAF sensor signal transduction histidine kinase  28.15 
 
 		 415 aa  43.5  0.001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2479  putative GAF sensor protein  25.26 
 
 		 363 aa  43.5  0.001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.301075  normal  0.376583 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2829  GAF domain-containing protein  28.16 
 
 		 393 aa  43.9  0.001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4368  signal transduction histidine kinase  36.99 
 
 		 934 aa  43.9  0.001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.523014 
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4329  hypothetical protein  35.59 
 
 		 428 aa  43.5  0.001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1061  diguanylate phosphodiesterase  22.63 
 
 		 454 aa  43.1  0.002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.347929  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0137  diguanylate phosphodiesterase with GAF sensor(s)  24.53 
 
 		 407 aa  43.1  0.002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.116698  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0378  diguanylate phosphodiesterase with GAF sensor(s)  30.43 
 
 		 475 aa  43.1  0.002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.150373  normal  0.0425607 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2218  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  28.7 
 
 		 1070 aa  42.7  0.002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.0765203 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3607  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  34.78 
 
 		 620 aa  42.7  0.002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2356  diguanylate cyclase with GAF sensor  27.27 
 
 		 319 aa  42.7  0.002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.10775 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3341  diguanylate cyclase with GAF sensor  25.76 
 
 		 326 aa  43.1  0.002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.326656 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2081  multi-sensor hybrid histidine kinase  26.8 
 
 		 899 aa  42.4  0.003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00980702 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0405  serine phosphatase  26.14 
 
 		 413 aa  42.4  0.003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0181  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.83 
 
 		 737 aa  42.4  0.003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0414  putative GAF sensor protein  26.14 
 
 		 413 aa  42.4  0.003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.479373  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2149  multi-sensor hybrid histidine kinase  25.66 
 
 		 680 aa  42.4  0.003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0393  putative GAF sensor protein  26.14 
 
 		 413 aa  42.4  0.003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.667086  normal  0.648976 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2328  GAF sensor Signal transduction histidine kinase  28.4 
 
 		 518 aa  42  0.004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0329  diguanylate cyclase with GAF sensor  28.99 
 
 		 336 aa  41.6  0.005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.832493  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0428  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.33 
 
 		 989 aa  41.6  0.005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1974  diguanylate cyclase  28.99 
 
 		 336 aa  41.6  0.005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.588528 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0253  response regulator receiver and SARP domain protein  33.33 
 
 		 661 aa  41.2  0.006  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.52601  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2429  NifA subfamily transcriptional regulator  27.33 
 
 		 522 aa  41.2  0.006  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0629809 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6199  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  24.29 
 
 		 740 aa  41.6  0.006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4311  putative GAF sensor protein  25.25 
 
 		 238 aa  41.2  0.007  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2552  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  26.83 
 
 		 525 aa  40.8  0.008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3590  putative GAF sensor protein  26.09 
 
 		 231 aa  40.8  0.008  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.443077 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1401  NifA subfamily transcriptional regulator  26.83 
 
 		 562 aa  40.8  0.008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1845  multi-sensor hybrid histidine kinase  24 
 
 		 878 aa  40.8  0.008  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.187428  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2277  multi-sensor signal transduction multi-kinase  25.47 
 
 		 1797 aa  40.8  0.008  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.947046 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2479  diguanylate cyclase with GAF sensor  33.77 
 
 		 531 aa  40.8  0.008  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.838154  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0933  response regulator receiver/ANTAR domain-containing protein  33.33 
 
 		 456 aa  40.8  0.008  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.991017 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3329  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  35.71 
 
 		 643 aa  40.8  0.009  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2456  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  26.83 
 
 		 525 aa  40.8  0.009  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0352047  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0227  diguanylate phosphodiesterase  24.07 
 
 		 429 aa  40.8  0.009  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>