79 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_2615 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004578  PSPTO_2615  GAF domain protein  100 
 
 		 165 aa  337  4e-92  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0311513  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2355  hypothetical protein  82.42 
 
 		 168 aa  284  4e-76  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0467445  normal  0.190321 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4219  hypothetical protein  40.91 
 
 		 166 aa  139  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.489383 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4542  GAF domain protein  42.21 
 
 		 166 aa  138  3e-32  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.592539  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2762  GAF sensor Signal transduction histidine kinase  37.1 
 
 		 373 aa  104  6e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5747  GAF sensor signal transduction histidine kinase  34.31 
 
 		 417 aa  99.8  1e-20  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00131351  normal  0.492609 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3622  PAS sensor protein  33.78 
 
 		 684 aa  99.8  1e-20  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1170  GAF sensor signal transduction histidine kinase  34.78 
 
 		 405 aa  98.6  3e-20  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.364137  hitchhiker  0.00137418 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3914  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.11 
 
 		 684 aa  99  3e-20  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.62869  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2174  GAF sensor signal transduction histidine kinase  37.01 
 
 		 413 aa  97.8  6e-20  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.534906 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2158  GAF sensor signal transduction histidine kinase  32.12 
 
 		 414 aa  97.1  9e-20  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.0000731035  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03623  sensor histidine kinase  33.09 
 
 		 414 aa  94.4  6e-19  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5176  GAF sensor signal transduction histidine kinase  33.58 
 
 		 570 aa  94.4  6e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0791  ATP-binding region ATPase domain protein  31.88 
 
 		 396 aa  92.4  2e-18  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2321  GAF sensor signal transduction histidine kinase  33.09 
 
 		 396 aa  91.7  4e-18  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.988363 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1606  sensor histidine kinase  30.43 
 
 		 403 aa  89.7  2e-17  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3583  GAF sensor signal transduction histidine kinase  29.86 
 
 		 397 aa  87.8  7e-17  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3773  GAF:ATP-binding region, ATPase-like:histidine kinase A, N-terminal  30.22 
 
 		 394 aa  87.4  9e-17  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.719874  normal  0.310272 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5418  two component transcriptional regulator, LuxR family  30.43 
 
 		 774 aa  83.2  0.000000000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4877  PAS sensor protein  30.34 
 
 		 643 aa  80.1  0.00000000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03779  GAF:ATP-binding region, ATPase-like:Histidine kinase A, N-terminal  28.28 
 
 		 410 aa  79.7  0.00000000000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.601764  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0791  GAF sensor signal transduction histidine kinase  29.2 
 
 		 415 aa  79.3  0.00000000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.0990099 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5362  two component transcriptional regulator, LuxR family  29.66 
 
 		 643 aa  77  0.0000000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0280  diguanylate cyclase with GAF sensor  28.44 
 
 		 314 aa  59.3  0.00000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.0265413 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2820  hypothetical protein  24.65 
 
 		 332 aa  57  0.0000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2922  GAF sensor signal transduction histidine kinase  30.77 
 
 		 415 aa  52  0.000004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0179  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  28.46 
 
 		 750 aa  50.4  0.00001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.102862  normal  1 
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4144  putative GAF sensor protein  28.72 
 
 		 801 aa  49.3  0.00002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4505  diguanylate phosphodiesterase with GAF sensor(s)  26.43 
 
 		 409 aa  48.9  0.00003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.660376  normal  0.902865 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0227  diguanylate phosphodiesterase  25 
 
 		 429 aa  49.3  0.00003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2209  GAF sensor signal transduction histidine kinase  29.89 
 
 		 399 aa  48.1  0.00005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0378  diguanylate phosphodiesterase with GAF sensor(s)  26.81 
 
 		 475 aa  46.6  0.0001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.150373  normal  0.0425607 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2096  diguanylate cyclase  32.53 
 
 		 584 aa  47.4  0.0001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0642  putative GAF sensor protein  30.99 
 
 		 220 aa  47  0.0001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.344315  hitchhiker  0.000370263 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4345  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  27.21 
 
 		 890 aa  47.4  0.0001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.5665  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3037  GGDEF domain-containing protein  29.17 
 
 		 320 aa  46.6  0.0002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1202  GGDEF domain-containing protein  27.4 
 
 		 324 aa  45.8  0.0002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.952705 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1789  diguanylate cyclase with GAF sensor  31.75 
 
 		 487 aa  46.2  0.0002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2455  diguanylate cyclase  35.94 
 
 		 699 aa  45.4  0.0003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2746  putative GAF sensor protein  27.12 
 
 		 169 aa  45.8  0.0003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3341  diguanylate cyclase with GAF sensor  32 
 
 		 326 aa  45.4  0.0003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.326656 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1892  putative GAF sensor protein  29.41 
 
 		 824 aa  44.7  0.0005  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.397553 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2109  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  31.46 
 
 		 599 aa  44.7  0.0006  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.161845  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1696  putative phytochrome sensor protein  29.41 
 
 		 830 aa  44.7  0.0006  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3882  putative GAF sensor protein  30.67 
 
 		 782 aa  44.7  0.0006  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0175  diguanylate cyclase with GAF sensor  26.92 
 
 		 352 aa  44.3  0.0007  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.14726  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0071  diguanylate cyclase with GAF sensor  28.68 
 
 		 336 aa  43.9  0.001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3098  GGDEF family protein  37.5 
 
 		 638 aa  43.5  0.001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.0791415 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1520  GGDEF domain-containing protein  29.03 
 
 		 323 aa  43.9  0.001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0309  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.09 
 
 		 827 aa  42.7  0.002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0510078  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4225  multi-sensor hybrid histidine kinase  41.07 
 
 		 1322 aa  42.7  0.002  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2886  diguanylate cyclase with GAF sensor  25.22 
 
 		 326 aa  43.1  0.002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.322967 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3131  diguanylate cyclase  29.63 
 
 		 328 aa  43.1  0.002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00388366 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4311  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  27.27 
 
 		 1291 aa  43.1  0.002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4110  diguanylate phosphodiesterase with GAF sensor(s)  25.56 
 
 		 411 aa  42.7  0.002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1753  sensor histidine kinase  28.46 
 
 		 364 aa  42.4  0.003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.405521 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1061  diguanylate phosphodiesterase  25.85 
 
 		 454 aa  42.4  0.003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.347929  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000170  GGDEF family protein  33.33 
 
 		 636 aa  42.4  0.003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.580711  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3925  GAF sensor hybrid histidine kinase  30.36 
 
 		 662 aa  42.4  0.003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.150145  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1392  putative sensory transduction histidine kinase  38.1 
 
 		 401 aa  42  0.003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1599  diguanylate cyclase with GAF sensor  24.63 
 
 		 343 aa  42.7  0.003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2140  diguanylate cyclase with GAF sensor  28.17 
 
 		 318 aa  42.4  0.003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.480431  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5599  signal transduction histidine kinase  26.15 
 
 		 389 aa  42.4  0.003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02131  GGDEF domain-containing PAS signal transduction protein  26.61 
 
 		 794 aa  41.6  0.004  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1600  GGDEF family protein  25.81 
 
 		 594 aa  41.6  0.004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.723611  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1796  multi-sensor hybrid histidine kinase  28.72 
 
 		 1965 aa  41.6  0.005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1350  diguanylate cyclase with GAF sensor  28.43 
 
 		 348 aa  41.6  0.005  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2438  putative GAF sensor protein  31.34 
 
 		 234 aa  41.6  0.005  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2011  diguanylate cyclase  28.57 
 
 		 321 aa  41.2  0.006  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0759816  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1699  fused adenylate cyclase and hybrid sensor diguanylate cyclase and response regulator  28.05 
 
 		 316 aa  41.2  0.006  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.481687 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3513  diguanylate cyclase with GAF sensor  34.78 
 
 		 326 aa  41.2  0.006  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.668666  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6718  signal transduction histidine kinase  23.66 
 
 		 387 aa  41.2  0.007  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0742813  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3158  diguanylate cyclase  34.78 
 
 		 325 aa  41.2  0.007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0640866 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2218  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  30 
 
 		 1070 aa  41.2  0.007  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.0765203 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0428  multi-sensor hybrid histidine kinase  28.57 
 
 		 943 aa  40.8  0.008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.94781  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0665  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  25.93 
 
 		 727 aa  40.8  0.009  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.545647  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3804  EAL domain-containing protein  23.36 
 
 		 598 aa  40.8  0.009  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  decreased coverage  0.0052374  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0137  diguanylate phosphodiesterase with GAF sensor(s)  29.85 
 
 		 407 aa  40.8  0.009  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.116698  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04155  Putative signal protein with GAF,PAS(PAC) and GGDEF domains  27.85 
 
 		 874 aa  40.8  0.009  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.581833  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>