More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PMT9312_0953 on replicon NC_007577
Organism: Prochlorococcus marinus str. MIT 9312



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007577  PMT9312_0953  RNA binding S1  100 
 
 		 739 aa  1466    Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.472283  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_10221  putative acetazolamide conferring resistance protein Zam  83.65 
 
 		 740 aa  1246    Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.222405  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_10211  putative acetazolamide conferring resistance protein Zam  84.19 
 
 		 753 aa  1251    Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_09231  putative acetazolamide conferring resistance protein Zam  66.4 
 
 		 740 aa  989    Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.124086  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_14471  putative acetazolamide conferring resistance protein Zam  34.67 
 
 		 796 aa  494  9.999999999999999e-139  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1161  RNA binding S1  32.06 
 
 		 784 aa  458  1e-127  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.140399  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1314  RNA binding S1  32 
 
 		 773 aa  456  1e-127  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  0.207227 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_10421  putative acetazolamide conferring resistance protein Zam  37.77 
 
 		 769 aa  452  1e-125  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.931628  hitchhiker  0.000483277 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0360  RNA binding S1:cold shock protein  37.5 
 
 		 765 aa  447  1.0000000000000001e-124  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.2133  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_09151  putative acetazolamide conferring resistance protein Zam  35.1 
 
 		 760 aa  434  1e-120  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000238472 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0549  3'-5' exoribonuclease, VacB and RNase II  26.74 
 
 		 783 aa  287  5.999999999999999e-76  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.442665 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4503  VacB and RNase II family 3'-5' exoribonuclease  28.03 
 
 		 764 aa  273  1e-71  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.790425  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1800  VacB and RNase II family 3'-5' exoribonuclease  26.01 
 
 		 784 aa  271  2e-71  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3422  VacB and RNase II family 3'-5' exoribonuclease  27.53 
 
 		 750 aa  269  2e-70  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1911  cold shock protein  28.25 
 
 		 745 aa  266  8.999999999999999e-70  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.725568 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1545  VacB and RNase II family 3'-5' exoribonuclease  26.8 
 
 		 750 aa  252  1e-65  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.405162  normal  0.0471328 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1518  VacB and RNase II family 3'-5' exoribonuclease  26.8 
 
 		 750 aa  252  1e-65  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1511  RNAse R  26.34 
 
 		 766 aa  241  2.9999999999999997e-62  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.193382 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2955  ribonuclease R  22.41 
 
 		 762 aa  117  1.0000000000000001e-24  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000000417995  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0280  exoribonuclease II  21.56 
 
 		 705 aa  113  2.0000000000000002e-23  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  0.0000108449  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3125  ribonuclease R  22.47 
 
 		 758 aa  112  3e-23  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1353  ribonuclease R  22.27 
 
 		 722 aa  108  5e-22  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00219332  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4808  ribonuclease R (RNase R)  21.17 
 
 		 804 aa  101  6e-20  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000493308  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4956  ribonuclease R  21.03 
 
 		 808 aa  100  8e-20  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.744879  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5334  ribonuclease R  21.03 
 
 		 808 aa  100  8e-20  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000000223572  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1192  ribonuclease R  20.64 
 
 		 749 aa  99  3e-19  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2768  ribonuclease R  21.75 
 
 		 833 aa  94.7  5e-18  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1485  ribonuclease R, putative  38.54 
 
 		 763 aa  90.9  7e-17  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.36573  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0580  ribonuclease R  19.38 
 
 		 758 aa  90.1  1e-16  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000000747077 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00085  ribonuclease R  22.01 
 
 		 830 aa  87.8  6e-16  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1386  3'-5' exoribonuclease, VacB and RNase II:ribonuclease R  35.42 
 
 		 759 aa  87.4  9e-16  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.000570433  normal  0.26711 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2699  ribonuclease R  36.46 
 
 		 763 aa  85.9  0.000000000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0320356  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0210  ribonuclease R  17.56 
 
 		 715 aa  86.3  0.000000000000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0123436  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0643  RNAse R  31.71 
 
 		 828 aa  84.7  0.000000000000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00135735 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4670  ribonuclease R  33.05 
 
 		 859 aa  85.1  0.000000000000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.425963  normal  0.0849008 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0273  ribonuclease R  42.11 
 
 		 770 aa  84.3  0.000000000000006  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.112412  normal  0.673615 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4880  ribonuclease R  40.96 
 
 		 857 aa  84.3  0.000000000000007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4760  ribonuclease R  40.96 
 
 		 857 aa  84.3  0.000000000000007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.334111  normal  0.140366 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0886  ribonuclease R  43.37 
 
 		 801 aa  84.3  0.000000000000008  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.127406  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1938  ribonuclease R  28.4 
 
 		 829 aa  84  0.000000000000009  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.751615  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2177  ribonuclease R  21.9 
 
 		 821 aa  84  0.000000000000009  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000855619  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4936  ribonuclease R  40.96 
 
 		 857 aa  83.6  0.00000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000328048 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2897  ribonuclease R  30.43 
 
 		 722 aa  83.2  0.00000000000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4935  ribonuclease R  28.46 
 
 		 877 aa  82.8  0.00000000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0579  3'-5' exoribonuclease, VacB and RNase II  28.46 
 
 		 877 aa  82.8  0.00000000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2152  exoribonuclease RNase R  31.25 
 
 		 720 aa  83.2  0.00000000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1054  RNAse R  35.29 
 
 		 937 aa  83.2  0.00000000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.947842  normal  0.977325 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1243  ribonuclease R  35.42 
 
 		 752 aa  82.4  0.00000000000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0149067  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002268  ribonuclease R  21.35 
 
 		 834 aa  82.4  0.00000000000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0532  RNAse R  28.46 
 
 		 876 aa  82.4  0.00000000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0373854 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0668  ribonuclease R  39.36 
 
 		 795 aa  81.6  0.00000000000004  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  unclonable  0.000000570881  normal  0.0119217 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3834  exoribonuclease R  41.46 
 
 		 813 aa  81.3  0.00000000000005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000264601 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4738  exoribonuclease R  41.46 
 
 		 813 aa  81.3  0.00000000000005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.604978  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4422  exoribonuclease R  41.46 
 
 		 813 aa  81.3  0.00000000000005  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4650  exoribonuclease R  41.46 
 
 		 813 aa  81.3  0.00000000000005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.526461 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5695  exoribonuclease R  41.46 
 
 		 813 aa  81.3  0.00000000000005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04046  exoribonuclease R, RNase R  41.46 
 
 		 813 aa  81.3  0.00000000000006  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.765624  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3814  VacB and RNase II family 3'-5' exoribonuclease  41.46 
 
 		 813 aa  81.3  0.00000000000006  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04008  hypothetical protein  41.46 
 
 		 813 aa  81.3  0.00000000000006  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.863156  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4710  exoribonuclease R  41.46 
 
 		 813 aa  81.3  0.00000000000006  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0767  exoribonuclease R  41.18 
 
 		 822 aa  81.3  0.00000000000006  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.630081  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3791  exoribonuclease R  42.68 
 
 		 844 aa  80.5  0.0000000000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4786  exoribonuclease R  40.24 
 
 		 812 aa  80.1  0.0000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.717168 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4636  exoribonuclease R  40.24 
 
 		 812 aa  80.1  0.0000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0362  exoribonuclease R  40.24 
 
 		 824 aa  80.1  0.0000000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00569814 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0788  exoribonuclease R  40 
 
 		 819 aa  80.5  0.0000000000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4765  exoribonuclease R  40.24 
 
 		 812 aa  80.1  0.0000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.57696  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3602  exoribonuclease R  41.18 
 
 		 818 aa  80.5  0.0000000000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4646  exoribonuclease R  40.24 
 
 		 812 aa  80.1  0.0000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4729  exoribonuclease R  40.24 
 
 		 812 aa  80.1  0.0000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0692  exoribonuclease R  42.68 
 
 		 844 aa  80.5  0.0000000000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3445  exoribonuclease R  41.18 
 
 		 818 aa  80.1  0.0000000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.866643  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3646  exoribonuclease R  42.68 
 
 		 844 aa  80.5  0.0000000000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0106  hypothetical protein  38.3 
 
 		 726 aa  79.7  0.0000000000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0091  hypothetical protein  38.3 
 
 		 726 aa  79.3  0.0000000000002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5664  exoribonuclease RNase R  30.08 
 
 		 906 aa  79.3  0.0000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0608  RNAse R  34.88 
 
 		 758 aa  79.3  0.0000000000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.189937 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0994  ribonuclease R  39.76 
 
 		 810 aa  79.7  0.0000000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65200  exoribonuclease RNase R  30.08 
 
 		 907 aa  79.3  0.0000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0438  exoribonuclease R  40 
 
 		 828 aa  79  0.0000000000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.845016  unclonable  0.0000000698245 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0747  ribonuclease R  25.78 
 
 		 903 aa  79.3  0.0000000000003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.197271  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1502  ribonuclease R  23.06 
 
 		 751 aa  79  0.0000000000003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.211368  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1292  ribonuclease R  22.34 
 
 		 751 aa  78.6  0.0000000000004  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.000149292  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0151  exoribonuclease II (ribonuclease R)  37.65 
 
 		 804 aa  78.6  0.0000000000004  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1172  ribonuclease R  36.46 
 
 		 777 aa  78.2  0.0000000000005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000369652  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2388  ribonuclease R  44.58 
 
 		 815 aa  78.2  0.0000000000006  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3067  exoribonuclease II  37.65 
 
 		 808 aa  78.2  0.0000000000006  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.802811  normal  0.171629 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2540  3'-5' exoribonuclease, VacB and RNase II  25.5 
 
 		 833 aa  78.2  0.0000000000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0548982  normal  0.714199 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0329  ribonuclease R  37.23 
 
 		 706 aa  77.8  0.0000000000007  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00226264  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3289  ribonuclease R  40.24 
 
 		 824 aa  77.8  0.0000000000007  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.457006  hitchhiker  0.0018456 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0482  ribonuclease R  38.04 
 
 		 791 aa  77.4  0.0000000000009  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1976  ribonuclease R  40.96 
 
 		 755 aa  77.4  0.000000000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2108  ribonuclease R  40 
 
 		 716 aa  77  0.000000000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0218671  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2601  ribonuclease R  34.38 
 
 		 737 aa  77  0.000000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0821887  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1707  ribonuclease R  25.1 
 
 		 833 aa  77  0.000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.497255  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2072  RNAse R  24.15 
 
 		 870 aa  76.3  0.000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.927626  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_07620  ribonuclease R  36.47 
 
 		 861 aa  76.3  0.000000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3355  ribonuclease R  38.55 
 
 		 829 aa  76.6  0.000000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.334074  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1625  ribonuclease R  34.38 
 
 		 737 aa  76.6  0.000000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1513  ribonuclease R  35.05 
 
 		 704 aa  76.6  0.000000000002  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.0815616  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>