More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ndas_5255 on replicon NC_014211
Organism: Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_014211  Ndas_5255  extracellular solute-binding protein family 5  100 
 
 
651 aa  1322    Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.313455  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5555  extracellular solute-binding protein  42.69 
 
 
642 aa  509  1e-143  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.140103  normal  0.0740019 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5447  extracellular solute-binding protein family 5  40.59 
 
 
645 aa  508  9.999999999999999e-143  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00390622 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5178  extracellular solute-binding protein family 5  40.59 
 
 
645 aa  507  9.999999999999999e-143  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.758105  normal  0.361664 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_14300  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  41.16 
 
 
671 aa  489  1e-137  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.860083 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3373  extracellular solute-binding protein family 5  39.6 
 
 
641 aa  480  1e-134  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0279191  normal  0.223354 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5700  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  37.01 
 
 
638 aa  452  1.0000000000000001e-126  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0714934  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1677  extracellular solute-binding protein  36.01 
 
 
655 aa  390  1e-107  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00224475  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1687  extracellular solute-binding protein  35.46 
 
 
664 aa  371  1e-101  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.789812  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0868  extracellular solute-binding protein  34.74 
 
 
657 aa  353  5e-96  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0510  extracellular solute-binding protein  33.97 
 
 
655 aa  352  8.999999999999999e-96  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.00108617  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0608  extracellular solute-binding protein  34.42 
 
 
658 aa  352  1e-95  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0360846  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0622  extracellular solute-binding protein  34.42 
 
 
658 aa  351  2e-95  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.16709  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0890  extracellular solute-binding protein  35.68 
 
 
657 aa  347  5e-94  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0293  extracellular solute-binding protein family 5  33.33 
 
 
640 aa  343  4e-93  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.835457  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1703  extracellular solute-binding protein family 5  33.71 
 
 
638 aa  340  2.9999999999999998e-92  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0500  extracellular solute-binding protein  32.18 
 
 
643 aa  331  2e-89  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.464453  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5515  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  30.41 
 
 
633 aa  284  3.0000000000000004e-75  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0171495  n/a   
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4483  twin-arginine translocation pathway signal  33.91 
 
 
686 aa  279  1e-73  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2454  extracellular solute-binding protein  30.5 
 
 
682 aa  275  2.0000000000000002e-72  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.39331 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0595  extracellular solute-binding protein family 5  32.64 
 
 
645 aa  252  1e-65  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1927  extracellular solute-binding protein family 5  30.6 
 
 
735 aa  236  1.0000000000000001e-60  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.310271  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3160  oligopeptide ABC transporter extracellular solute-binding family 5 protein  29.35 
 
 
679 aa  234  4.0000000000000004e-60  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1805  extracellular solute-binding protein family 5  29.7 
 
 
659 aa  233  9e-60  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1530  extracellular solute-binding protein family 5  30.77 
 
 
656 aa  230  6e-59  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3683  extracellular solute-binding protein  30.61 
 
 
639 aa  226  7e-58  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.378617  normal  0.495229 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4593  extracellular solute-binding protein  29.88 
 
 
633 aa  225  2e-57  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.996188 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2113  extracellular solute-binding protein family 5  29.87 
 
 
729 aa  221  3e-56  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.0745668  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7124  extracellular solute-binding protein family 5  28.32 
 
 
635 aa  218  2.9999999999999998e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.104115  normal  0.2013 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0309  extracellular solute-binding protein family 5  31.63 
 
 
765 aa  218  2.9999999999999998e-55  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5971  extracellular solute-binding protein family 5  28.28 
 
 
635 aa  214  3.9999999999999995e-54  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.989436  normal  0.170626 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2110  extracellular solute-binding protein  28.68 
 
 
735 aa  207  4e-52  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.233193  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3050  extracellular solute-binding protein  28.83 
 
 
757 aa  204  3e-51  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0190244  normal  0.13375 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2424  extracellular solute-binding protein  28.91 
 
 
728 aa  202  9.999999999999999e-51  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.935396 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2808  extracellular solute-binding protein  28.62 
 
 
727 aa  201  5e-50  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7228  extracellular solute-binding protein family 5  31.62 
 
 
664 aa  198  2.0000000000000003e-49  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0309461  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3931  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  29.03 
 
 
626 aa  199  2.0000000000000003e-49  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6476  extracellular solute-binding protein  28.06 
 
 
643 aa  177  4e-43  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.864629 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4140  extracellular solute-binding protein  26.74 
 
 
693 aa  156  1e-36  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0860796  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5120  ABC transporter substrate binding protein (alpha-galactoside)  27.54 
 
 
695 aa  150  6e-35  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0244807  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2830  extracellular solute-binding protein  27.29 
 
 
655 aa  149  1.0000000000000001e-34  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.108136  normal  0.289716 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6877  extracellular solute-binding protein family 5  26.26 
 
 
695 aa  147  8.000000000000001e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0668794  normal 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5907  extracellular solute-binding protein family 5  25.81 
 
 
696 aa  142  9.999999999999999e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0359  extracellular solute-binding protein family 5  29.37 
 
 
607 aa  136  9.999999999999999e-31  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1649  extracellular solute-binding protein family 5  28.08 
 
 
584 aa  135  1.9999999999999998e-30  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2595  extracellular solute-binding protein family 5  30.83 
 
 
589 aa  133  1.0000000000000001e-29  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.118312  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1172  family 1 extracellular solute-binding protein  27.68 
 
 
594 aa  132  2.0000000000000002e-29  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0366  extracellular solute-binding protein family 5  29.1 
 
 
607 aa  132  3e-29  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0406  extracellular solute-binding protein  31.3 
 
 
579 aa  129  1.0000000000000001e-28  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1386  extracellular solute-binding protein  29.12 
 
 
578 aa  129  2.0000000000000002e-28  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.37673  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1832  extracellular solute-binding protein family 5  28.99 
 
 
587 aa  129  2.0000000000000002e-28  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.315611  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0390  extracellular solute-binding protein  29.86 
 
 
579 aa  127  8.000000000000001e-28  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4719  extracellular solute-binding protein  27.98 
 
 
591 aa  127  9e-28  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.42042  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1810  extracellular solute-binding protein  28.91 
 
 
595 aa  125  2e-27  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2510  extracellular solute-binding protein  29.55 
 
 
584 aa  125  2e-27  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.543923  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0639  extracellular solute-binding protein family 5  26.2 
 
 
580 aa  125  2e-27  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000000307469  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1660  extracellular solute-binding protein family 5  29.02 
 
 
589 aa  125  2e-27  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.299882  normal  0.183706 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0631  extracellular solute-binding protein family 5  28.44 
 
 
631 aa  123  9e-27  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  decreased coverage  0.00116155  normal  0.250691 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1326  extracellular solute-binding protein  29.33 
 
 
587 aa  120  7e-26  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  decreased coverage  0.000186412  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2592  extracellular solute-binding protein family 5  29.11 
 
 
573 aa  120  9.999999999999999e-26  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0599  extracellular solute-binding protein family 5  31.48 
 
 
619 aa  116  1.0000000000000001e-24  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.300607 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1663  extracellular solute-binding protein family 5  28.26 
 
 
578 aa  115  2.0000000000000002e-24  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0397427  normal  0.183706 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1564  extracellular solute-binding protein  28.96 
 
 
578 aa  114  7.000000000000001e-24  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  decreased coverage  0.00697686  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1185  putative oligopeptide ABC transporter binding protein  24.6 
 
 
541 aa  112  2.0000000000000002e-23  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  unclonable  0.00000000666118  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1870  dipeptide transport protein  28.68 
 
 
540 aa  109  2e-22  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1169  oligopeptide-binding protein of oligopeptide ABC transporter  26.72 
 
 
587 aa  108  3e-22  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.317639  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1344  extracellular solute-binding protein  28.03 
 
 
638 aa  108  3e-22  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.439366 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1143  extracellular solute-binding protein family 5  27.44 
 
 
577 aa  108  3e-22  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  decreased coverage  0.0057674  normal  0.283725 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6684  extracellular solute-binding protein family 5  26.33 
 
 
548 aa  107  5e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.146405  normal  0.692475 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2073  extracellular solute-binding protein family 5  25.06 
 
 
627 aa  107  6e-22  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.0694715  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0910  ABC-type dipeptide/oligopeptide/nickel transport systems, periplasmic components  28.57 
 
 
572 aa  106  2e-21  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.293935  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2397  extracellular solute-binding protein  25.8 
 
 
597 aa  105  2e-21  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0542  extracellular solute-binding protein family 5  23.48 
 
 
537 aa  105  3e-21  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.578152 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2583  putative ABC transporter, substrate binding subunit  25.67 
 
 
524 aa  104  4e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0432339 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1982  putative ABC transporter, periplasmic binding protein  26.38 
 
 
524 aa  104  5e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0990283  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2424  twin-arginine translocation pathway signal  26 
 
 
565 aa  104  6e-21  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0912792  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5780  extracellular solute-binding protein family 5  26.02 
 
 
548 aa  104  7e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0222518  normal  0.0795178 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1483  extracellular solute-binding protein  27.41 
 
 
551 aa  102  2e-20  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.228319  normal  0.152124 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1367  extracellular solute-binding protein family 5  24.73 
 
 
577 aa  101  4e-20  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.0090511  hitchhiker  0.000580883 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1145  extracellular solute-binding protein  29.58 
 
 
565 aa  101  5e-20  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  hitchhiker  0.00838015  normal  0.546746 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0184  extracellular solute-binding protein  25.99 
 
 
535 aa  100  1e-19  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.507506 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0008  extracellular solute-binding protein family 5  28.67 
 
 
544 aa  98.6  3e-19  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.00260142  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1595  extracellular solute-binding protein  27.85 
 
 
557 aa  99  3e-19  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0133917  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1553  extracellular solute-binding protein  28.54 
 
 
559 aa  97.8  5e-19  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.208561  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0469  extracellular solute-binding protein family 5  28.12 
 
 
554 aa  97.8  5e-19  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.232879  normal  0.208856 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1545  extracellular solute-binding protein  27.63 
 
 
557 aa  97.4  7e-19  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.2137  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1182  extracellular solute-binding protein family 5  25.68 
 
 
581 aa  96.7  1e-18  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2770  extracellular solute-binding protein  27.76 
 
 
618 aa  95.5  3e-18  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.000172881  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0786  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein, putative  27.54 
 
 
537 aa  94.7  5e-18  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.527095  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3842  dipeptide ABC transporter, periplasmic dipeptide-binding protein  23.15 
 
 
526 aa  94.7  5e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3906  dipeptide ABC transporter periplasmic dipeptide-binding protein  23.15 
 
 
526 aa  94.7  5e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.938997 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3950  dipeptide ABC transporter periplasmic dipeptide-binding protein  23.15 
 
 
526 aa  94.7  5e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2745  extracellular solute-binding protein  25.37 
 
 
551 aa  94.4  7e-18  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3828  dipeptide ABC transporter periplasmic dipeptide-binding protein  22.95 
 
 
526 aa  93.2  1e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.808847  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0930  oligopeptide ABC transporter, solute-binding protein  25.12 
 
 
588 aa  93.2  1e-17  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.476779  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4010  dipeptide ABC transporter periplasmic dipeptide-binding protein  23.15 
 
 
526 aa  93.6  1e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4859  putative ABC transporter, substrate-binding protein  25.41 
 
 
532 aa  92.8  2e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.176928  normal  0.590645 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2761  extracellular solute-binding protein  25.24 
 
 
544 aa  91.7  4e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_19910  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  26.23 
 
 
589 aa  91.7  4e-17  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  hitchhiker  0.000984023  hitchhiker  0.000242655 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3512  extracellular solute-binding protein family 5  26.53 
 
 
580 aa  91.7  4e-17  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.290938  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>