More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mpal_1199 on replicon NC_011832
Organism: Methanosphaerula palustris E1-9c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009051  Memar_2281  ribonuclease II  66.12 
 
 		 489 aa  642    Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1199  ribonuclease II  100 
 
 		 518 aa  1065    Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.548982  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0817  ribonuclease II  61.52 
 
 		 497 aa  615  1e-175  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1145  ribonuclease II  62.58 
 
 		 492 aa  605  9.999999999999999e-173  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.255734  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1422  exoribonuclease II  46.36 
 
 		 492 aa  421  1e-116  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2925  exoribonuclease II  43.33 
 
 		 492 aa  376  1e-103  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4011  exoribonuclease II  43.21 
 
 		 490 aa  370  1e-101  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1447  ribonuclease R  30.43 
 
 		 910 aa  187  3e-46  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0205  ribonuclease R  29.88 
 
 		 710 aa  184  3e-45  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0207  ribonuclease R  29.48 
 
 		 710 aa  182  1e-44  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0091  hypothetical protein  27.42 
 
 		 726 aa  172  9e-42  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0460  ribonuclease R  27.68 
 
 		 1182 aa  172  1e-41  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.893993  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1019  ribonuclease R  25.4 
 
 		 694 aa  171  2e-41  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  decreased coverage  0.000000144778  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0106  hypothetical protein  27.42 
 
 		 726 aa  171  3e-41  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2219  ribonuclease R  29.14 
 
 		 863 aa  170  6e-41  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.892711  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1431  ribonuclease R  30.82 
 
 		 857 aa  169  1e-40  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.746592  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2897  ribonuclease R  29.86 
 
 		 722 aa  167  5e-40  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1953  VacB/RNase II family 3'-5' exoribonuclease  29.84 
 
 		 735 aa  166  1.0000000000000001e-39  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.223171  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2432  ribonuclease R  29.23 
 
 		 858 aa  165  1.0000000000000001e-39  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0511  ribonuclease R  27.01 
 
 		 817 aa  164  3e-39  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0674  exoribonuclease R  28.06 
 
 		 817 aa  164  4.0000000000000004e-39  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1938  ribonuclease R  28.6 
 
 		 829 aa  162  9e-39  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.751615  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1293  ribonuclease R  28.68 
 
 		 819 aa  162  1e-38  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.611528  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2237  ribonuclease R  27.43 
 
 		 770 aa  162  1e-38  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1526  ribonuclease R  29.64 
 
 		 857 aa  162  1e-38  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.420237  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1625  ribonuclease R  28.04 
 
 		 737 aa  162  1e-38  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1485  ribonuclease R, putative  27.29 
 
 		 763 aa  160  5e-38  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.36573  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1482  VacB/Rnb family exoribonuclease  27.86 
 
 		 801 aa  160  5e-38  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  unclonable  0.0098629  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1581  ribonuclease R  29.04 
 
 		 813 aa  160  5e-38  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.917433  normal  0.242875 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2972  3'-5' exoribonuclease, VacB and RNase II:ribonuclease R  28.18 
 
 		 805 aa  160  6e-38  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0329  ribonuclease R  29.37 
 
 		 706 aa  160  7e-38  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00226264  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0752  exoribonuclease II  29.43 
 
 		 833 aa  160  7e-38  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000040627  hitchhiker  0.00244525 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3125  ribonuclease R  27.83 
 
 		 758 aa  160  7e-38  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1386  3'-5' exoribonuclease, VacB and RNase II:ribonuclease R  26.82 
 
 		 759 aa  159  1e-37  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.000570433  normal  0.26711 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01238  ribonuclease R  31.6 
 
 		 842 aa  159  1e-37  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0273  ribonuclease R  28.41 
 
 		 770 aa  158  2e-37  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.112412  normal  0.673615 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3355  ribonuclease R  29.3 
 
 		 829 aa  158  2e-37  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.334074  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1054  RNAse R  26.85 
 
 		 937 aa  157  5.0000000000000005e-37  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.947842  normal  0.977325 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1015  exoribonuclease R  25.5 
 
 		 810 aa  156  8e-37  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3289  ribonuclease R  26.63 
 
 		 824 aa  155  1e-36  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.457006  hitchhiker  0.0018456 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03463  ribonuclease R  27.51 
 
 		 805 aa  156  1e-36  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3935  ribonuclease R  27.7 
 
 		 808 aa  155  1e-36  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1513  ribonuclease R  25.05 
 
 		 704 aa  155  1e-36  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.0815616  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4617  ribonuclease R  26.89 
 
 		 826 aa  155  2e-36  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3160  ribonuclease R  29.57 
 
 		 701 aa  155  2e-36  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3264  RNAse R  27.46 
 
 		 808 aa  155  2e-36  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000483036  decreased coverage  0.00000524837 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0683  RNAse R  27.46 
 
 		 808 aa  155  2e-36  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0668572  hitchhiker  0.000463961 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0728  ribonuclease R  28.47 
 
 		 807 aa  154  2.9999999999999998e-36  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.14505  hitchhiker  0.000000257568 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4217  ribonuclease R  28.23 
 
 		 826 aa  154  2.9999999999999998e-36  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.997198  hitchhiker  0.000734426 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0737  ribonuclease R  28.47 
 
 		 807 aa  154  2.9999999999999998e-36  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.034125  hitchhiker  0.00132247 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0707  ribonuclease R  28.47 
 
 		 807 aa  154  2.9999999999999998e-36  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.419789  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0973  ribonuclease R  26.51 
 
 		 737 aa  154  2.9999999999999998e-36  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3647  ribonuclease R  28.22 
 
 		 807 aa  154  2.9999999999999998e-36  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0028274  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0697  RNAse R  27.7 
 
 		 809 aa  154  5e-36  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00112836  hitchhiker  0.000328486 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2955  ribonuclease R  27.04 
 
 		 762 aa  153  7e-36  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000000417995  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2101  RNAse R  26.15 
 
 		 771 aa  153  8e-36  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000122542  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2152  exoribonuclease RNase R  26.54 
 
 		 720 aa  152  1e-35  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1490  ribonuclease R  28.98 
 
 		 818 aa  152  1e-35  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0749  ribonuclease R  27.86 
 
 		 807 aa  152  1e-35  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000988982  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3590  ribonuclease R  27.64 
 
 		 819 aa  152  2e-35  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0101048  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0181  ribonuclease R  26.43 
 
 		 766 aa  151  2e-35  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.129563  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2601  ribonuclease R  27.25 
 
 		 737 aa  151  2e-35  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0821887  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2420  ribonuclease R  25.93 
 
 		 770 aa  152  2e-35  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.173356  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3785  ribonuclease R  25.4 
 
 		 748 aa  151  4e-35  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1976  ribonuclease R  28.67 
 
 		 755 aa  150  6e-35  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0608  RNAse R  26.01 
 
 		 758 aa  150  6e-35  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.189937 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2238  ribonuclease R  27.81 
 
 		 790 aa  150  7e-35  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.37194  normal  0.0587886 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0151  exoribonuclease II (ribonuclease R)  27.63 
 
 		 804 aa  150  7e-35  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4710  exoribonuclease R  27.46 
 
 		 813 aa  149  8e-35  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2699  ribonuclease R  26.28 
 
 		 763 aa  149  8e-35  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0320356  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2418  exoribonuclease R  28.36 
 
 		 783 aa  149  9e-35  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0155442  normal  0.184337 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0362  exoribonuclease R  27.63 
 
 		 824 aa  149  1.0000000000000001e-34  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00569814 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3034  ribonuclease R  27.77 
 
 		 781 aa  149  1.0000000000000001e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0258557  normal  0.241672 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4765  exoribonuclease R  27.46 
 
 		 812 aa  149  1.0000000000000001e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.57696  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5695  exoribonuclease R  27.46 
 
 		 813 aa  149  1.0000000000000001e-34  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04046  exoribonuclease R, RNase R  27.46 
 
 		 813 aa  148  2.0000000000000003e-34  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.765624  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3814  VacB and RNase II family 3'-5' exoribonuclease  27.46 
 
 		 813 aa  148  2.0000000000000003e-34  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4786  exoribonuclease R  27.46 
 
 		 812 aa  148  2.0000000000000003e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.717168 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4729  exoribonuclease R  27.46 
 
 		 812 aa  148  2.0000000000000003e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4646  exoribonuclease R  27.46 
 
 		 812 aa  148  2.0000000000000003e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04008  hypothetical protein  27.46 
 
 		 813 aa  148  2.0000000000000003e-34  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.863156  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5232  ribonuclease R  25.98 
 
 		 806 aa  148  3e-34  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4738  exoribonuclease R  27.46 
 
 		 813 aa  147  3e-34  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.604978  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3834  exoribonuclease R  27.46 
 
 		 813 aa  147  3e-34  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000264601 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4422  exoribonuclease R  27.46 
 
 		 813 aa  147  3e-34  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4636  exoribonuclease R  27.46 
 
 		 812 aa  148  3e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4650  exoribonuclease R  27.46 
 
 		 813 aa  147  3e-34  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.526461 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1439  exoribonuclease R  26.17 
 
 		 726 aa  148  3e-34  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_15730  ribonuclease R  26.59 
 
 		 706 aa  147  4.0000000000000006e-34  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000333488  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4818  ribonuclease R (RNase R)  25.98 
 
 		 810 aa  147  5e-34  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.174115  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5214  ribonuclease R  25.98 
 
 		 806 aa  147  5e-34  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.69895 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5243  ribonuclease R  25.98 
 
 		 808 aa  147  5e-34  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5709  ribonuclease R  25.98 
 
 		 812 aa  147  5e-34  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0120471  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0737  ribonuclease R  31.48 
 
 		 852 aa  147  5e-34  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.428134  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_07620  ribonuclease R  26.89 
 
 		 861 aa  147  6e-34  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4808  ribonuclease R (RNase R)  25.98 
 
 		 804 aa  147  6e-34  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000493308  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4956  ribonuclease R  25.98 
 
 		 808 aa  146  7.0000000000000006e-34  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.744879  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5334  ribonuclease R  25.98 
 
 		 808 aa  146  7.0000000000000006e-34  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000000223572  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0994  ribonuclease R  25.76 
 
 		 810 aa  146  7.0000000000000006e-34  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3673  ribonuclease R  26.05 
 
 		 792 aa  146  8.000000000000001e-34  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0298135  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>