264 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mext_0674 on replicon NC_010172
Organism: Methylobacterium extorquens PA1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011757  Mchl_0685  putative deoxyribonuclease  99.73 
 
 		 373 aa  758    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0151419 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4672  putative deoxyribonuclease  87.03 
 
 		 372 aa  677    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.186884 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0648  conserved hypothetical protein; putative deoxyribonuclease  96.75 
 
 		 372 aa  734    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.58481 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0674  putative deoxyribonuclease  100 
 
 		 373 aa  759    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.663725 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0255  putative deoxyribonuclease  78.69 
 
 		 367 aa  605  9.999999999999999e-173  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.836307  normal  0.0109793 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5462  putative deoxyribonuclease  79.18 
 
 		 368 aa  600  1e-170  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3505  putative deoxyribonuclease  65.38 
 
 		 363 aa  489  1e-137  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.618009  normal  0.621388 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2140  conserved hypothetical protein; putative deoxyribonuclease  64.29 
 
 		 363 aa  477  1e-133  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1859  hypothetical protein  61.73 
 
 		 369 aa  463  1e-129  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0594  exodeoxyribonuclease V  60.11 
 
 		 369 aa  446  1.0000000000000001e-124  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1281  deoxyribonuclease  60.38 
 
 		 369 aa  445  1.0000000000000001e-124  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3837  putative deoxyribonuclease  59.84 
 
 		 397 aa  444  1.0000000000000001e-124  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.738872  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2796  exodeoxyribonuclease V  59.63 
 
 		 376 aa  445  1.0000000000000001e-124  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.517009  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1466  exodeoxyribonuclease V  60.11 
 
 		 369 aa  441  1e-123  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2770  exodeoxyribonuclease V protein, alpha subunit  58.02 
 
 		 375 aa  442  1e-123  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.527428  normal  0.584188 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0686  exodeoxyribonuclease V  59.03 
 
 		 369 aa  443  1e-123  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.150776  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1994  exodeoxyribonuclease V  58.02 
 
 		 375 aa  440  9.999999999999999e-123  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0955  exodeoxyribonuclease V  59.25 
 
 		 369 aa  440  9.999999999999999e-123  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.219189 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2514  exodeoxyribonuclease V protein, alpha subunit  57.49 
 
 		 375 aa  439  9.999999999999999e-123  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.237198  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1343  hypothetical protein  57.07 
 
 		 373 aa  432  1e-120  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.000254854  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1808  exodeoxyribonuclease V  57.33 
 
 		 373 aa  433  1e-120  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.205321  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1387  hypothetical protein  57.07 
 
 		 373 aa  431  1e-119  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.102316  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1491  exonuclease V subunit alpha  57.33 
 
 		 375 aa  427  1e-118  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0919  hypothetical protein  56.22 
 
 		 369 aa  422  1e-117  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.551853  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3841  putative deoxyribonuclease  56.83 
 
 		 365 aa  409  1e-113  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5077  putative deoxyribonuclease  57.38 
 
 		 365 aa  408  1e-113  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4249  putative deoxyribonuclease  56.56 
 
 		 365 aa  405  1.0000000000000001e-112  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2487  putative deoxyribonuclease  56.56 
 
 		 365 aa  403  1e-111  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.280682  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2622  putative deoxyribonuclease  54.28 
 
 		 373 aa  369  1e-101  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4089  putative deoxyribonuclease  53.62 
 
 		 372 aa  369  1e-101  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4515  exonuclease V subunit alpha  26.5 
 
 		 469 aa  109  1e-22  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1619  hypothetical protein  28.1 
 
 		 761 aa  103  7e-21  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  decreased coverage  0.00216862  n/a   
 
 
-
 
NC_013502  Rmar_2849  AAA ATPase  27.6 
 
 		 678 aa  100  5e-20  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0353435  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3584  Exodeoxyribonuclease V  32.05 
 
 		 720 aa  99.4  9e-20  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0250312  normal  0.68504 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1852  ATPase  24.38 
 
 		 745 aa  99  1e-19  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0521  ATP-dependent exodeoxyribonuclease  27.41 
 
 		 473 aa  98.2  2e-19  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10593  ATP-dependent exoDNAse (exonuclease V), alpha subunit - helicase superfamily I member  25.56 
 
 		 476 aa  95.5  1e-18  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014214  Mesil_3656  AAA ATPase  30.03 
 
 		 641 aa  92.8  8e-18  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.29435  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1303  helicase, putative  27.71 
 
 		 471 aa  92  1e-17  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2311  helicase, RecD/TraA family  27.81 
 
 		 726 aa  92.4  1e-17  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0232  ATP-dependent exoDNAse (exonuclease V)  26.26 
 
 		 475 aa  91.7  2e-17  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.14834  normal  0.233843 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0246  RecD/TraA family helicase  26.7 
 
 		 742 aa  90.9  3e-17  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0455  RecD/TraA family helicase  24.64 
 
 		 731 aa  90.5  4e-17  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  0.232252  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2665  ATP-dependent exoDNAse (exonuclease V)  27.37 
 
 		 474 aa  89.7  6e-17  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2772  Exodeoxyribonuclease V  26.28 
 
 		 653 aa  90.1  6e-17  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00547941  hitchhiker  0.000384136 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0993  helicase, RecD/TraA family  28.3 
 
 		 728 aa  89.7  7e-17  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0269  RecD/TraA family helicase  27.49 
 
 		 742 aa  89.7  8e-17  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.130609 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4487  Exodeoxyribonuclease V  27.14 
 
 		 738 aa  89  1e-16  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  hitchhiker  0.00100877  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2673  RecD/TraA family helicase  29.71 
 
 		 736 aa  89  1e-16  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0230  RecD/TraA family helicase  27.49 
 
 		 741 aa  88.6  2e-16  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.0523048 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0959  ATPase  29.69 
 
 		 566 aa  87.4  3e-16  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.975549  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2850  putative ATPase  28.22 
 
 		 511 aa  87.4  3e-16  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.935903  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0947  helicase, RecD/TraA family  25.85 
 
 		 740 aa  87.8  3e-16  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6026  helicase, RecD/TraA family  26.76 
 
 		 742 aa  86.7  5e-16  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.143293  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1753  helicase RecD/TraA  28.05 
 
 		 736 aa  87  5e-16  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.473009  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0995  helicase RecD/TraA  26.08 
 
 		 727 aa  86.7  5e-16  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0231069  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2619  AAA ATPase  29.69 
 
 		 566 aa  87  5e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4247  RecD/TraA family helicase  27.88 
 
 		 736 aa  86.7  7e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.320311 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0838  RecD/TraA family helicase  26.15 
 
 		 731 aa  86.7  7e-16  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1710  RecD/TraA family helicase  26.42 
 
 		 825 aa  86.3  9e-16  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1676  RecD/TraA family helicase  26.42 
 
 		 825 aa  86.3  9e-16  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1186  exonuclease V subunit alpha  26.69 
 
 		 792 aa  85.9  0.000000000000001  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.000641615  normal  0.675634 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0667  helicase, RecD/TraA family  25.06 
 
 		 728 aa  85.5  0.000000000000001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0540027  normal  0.0105669 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4923  RecD/TraA family helicase  28.57 
 
 		 744 aa  85.1  0.000000000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.478208  normal  0.0184045 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0608  ATP-dependent RecD/TraA family DNA helicase  27.4 
 
 		 825 aa  84.7  0.000000000000002  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1757  helicase, RecD/TraA family  27.38 
 
 		 746 aa  84.7  0.000000000000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2820  helicase, RecD/TraA family  28.12 
 
 		 754 aa  84.3  0.000000000000003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  decreased coverage  0.00387787  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0826  helicase RecD/TraA  31.68 
 
 		 726 aa  84  0.000000000000004  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.306624  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6207  helicase, RecD/TraA family  27.55 
 
 		 725 aa  83.6  0.000000000000005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_3010  AAA ATPase  28.92 
 
 		 563 aa  83.6  0.000000000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.71626 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1552  helicase RecD/TraA  28.06 
 
 		 739 aa  83.2  0.000000000000007  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.338597  normal  1 
 
 
-
 
NC_009467  Acry_3273  RecD/TraA family helicase  26.68 
 
 		 731 aa  83.2  0.000000000000007  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009469  Acry_3541  RecD/TraA family helicase  26.44 
 
 		 731 aa  82.4  0.00000000000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2433  RecD/TraA family helicase  27.5 
 
 		 744 aa  82.4  0.00000000000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1469  exonuclease V subunit alpha  25.22 
 
 		 480 aa  82  0.00000000000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.232256 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5319  helicase, RecD/TraA family  27.34 
 
 		 750 aa  82.4  0.00000000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.481799  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5543  RecD/TraA family helicase  27.49 
 
 		 744 aa  82.4  0.00000000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2143  RecD/TraA family helicase  26.54 
 
 		 744 aa  82  0.00000000000002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2085  exodeoxyribonuclease V  27.12 
 
 		 732 aa  81.3  0.00000000000003  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0010  helicase, RecD/TraA family  26.39 
 
 		 733 aa  80.5  0.00000000000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.381195  normal  0.357387 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3625  AAA ATPase  27.75 
 
 		 511 aa  80.5  0.00000000000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.107724  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0847  helicase RecD/TraA  25.61 
 
 		 738 aa  80.1  0.00000000000005  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3101  ATPase  27.46 
 
 		 517 aa  80.5  0.00000000000005  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.422259  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0009  RecD/TraA family helicase  26.19 
 
 		 733 aa  80.1  0.00000000000007  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0549724  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3613  RecD/TraA family helicase  28.65 
 
 		 719 aa  79  0.0000000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1922  ATP-dependent RecD/TraA family DNA helicase  27.94 
 
 		 698 aa  79  0.0000000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0245308  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2089  RecD/TraA family helicase  27.8 
 
 		 742 aa  79.3  0.0000000000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.144952  normal  0.0798211 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1425  helicase, RecD/TraA family  29 
 
 		 737 aa  78.2  0.0000000000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0764  helicase, RecD/TraA family  26.16 
 
 		 728 aa  78.2  0.0000000000002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0607896  normal  0.527893 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4241  RecD/TraA family helicase  23.69 
 
 		 778 aa  78.2  0.0000000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1183  RecD/TraA family helicase  26.35 
 
 		 810 aa  77.8  0.0000000000003  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0503  helicase, RecD/TraA family  28.41 
 
 		 715 aa  77.8  0.0000000000003  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2723  helicase, RecD/TraA family  28.05 
 
 		 724 aa  77.4  0.0000000000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0244  helicase, RecD/TraA family  26.67 
 
 		 728 aa  77.8  0.0000000000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3789  hypothetical protein  27.94 
 
 		 698 aa  77.4  0.0000000000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0516841  normal  0.691917 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8706  helicase, RecD/TraA family  27.53 
 
 		 740 aa  77.8  0.0000000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.671857  normal  0.279794 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0213  helicase, RecD/TraA family  27.05 
 
 		 740 aa  77.4  0.0000000000004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.629499  normal  0.0445082 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0722  putative helicase  23.97 
 
 		 778 aa  77.4  0.0000000000004  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1864  RecD/TraA family helicase  27.01 
 
 		 728 aa  77.4  0.0000000000004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1047  helicase, RecD/TraA family  28.21 
 
 		 711 aa  77.4  0.0000000000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.604739  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>