More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mbur_0028 on replicon NC_007955
Organism: Methanococcoides burtonii DSM 6242



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007955  Mbur_0028  H/ACA RNA-protein complex component Cbf5p  100 
 
 
331 aa  683    Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.000488795  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0082  H/ACA RNA-protein complex component Cbf5p  64.69 
 
 
338 aa  444  1.0000000000000001e-124  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.576501  normal 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1702  putative rRNA pseudouridine synthase  56.73 
 
 
321 aa  387  1e-106  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.438885  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1720  H/ACA RNA-protein complex component Cbf5p  52.52 
 
 
333 aa  343  2.9999999999999997e-93  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0961  H/ACA RNA-protein complex component Cbf5p  52.52 
 
 
333 aa  342  7e-93  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0985  H/ACA RNA-protein complex component Cbf5p  52.2 
 
 
333 aa  338  9e-92  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.0128242  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0988  H/ACA RNA-protein complex component Cbf5p  51.26 
 
 
359 aa  337  1.9999999999999998e-91  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1222  H/ACA RNA-protein complex component Cbf5p  48.63 
 
 
331 aa  331  1e-89  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0155  H/ACA RNA-protein complex component Cbf5p  48.56 
 
 
335 aa  320  1.9999999999999998e-86  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0461  putative rRNA pseudouridine synthase  47.74 
 
 
338 aa  314  9.999999999999999e-85  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0089  H/ACA RNA-protein complex component Cbf5p  47.4 
 
 
331 aa  304  1.0000000000000001e-81  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1128  H/ACA RNA-protein complex component Cbf5p  46.03 
 
 
328 aa  302  4.0000000000000003e-81  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  hitchhiker  0.00000787218 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0080  H/ACA RNA-protein complex component Cbf5p  44.44 
 
 
331 aa  297  2e-79  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  normal  0.178289 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0054  H/ACA RNA-protein complex component Cbf5p  45.05 
 
 
333 aa  296  3e-79  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0406  pseudouridylate synthase subunit TruB  44.44 
 
 
332 aa  290  2e-77  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.189117 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1494  pseudouridylate synthase TruB domain protein  49.24 
 
 
286 aa  273  2.0000000000000002e-72  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
BN001303  ANIA_08851  Centromere/microtubule-binding protein CBF5 (Centromere-binding factor 5)(Small nucleolar RNP protein CBF5)(H/ACA snoRNP protein CBF5)(rRNA pseudouridine synthase) [Source:UniProtKB/Swiss-Prot;Acc:O43100]  43.93 
 
 
481 aa  273  3e-72  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.842396  normal 
 
 
-
 
NC_009068  PICST_64832  nucleolar pseuduridine synthase and putative microtubule binding protein  42.19 
 
 
475 aa  266  2.9999999999999995e-70  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006686  CND02940  centromere/microtubule binding protein cbf5, putative  42.19 
 
 
503 aa  266  5e-70  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.701159  n/a   
 
 
-
 
NC_011678  PHATRDRAFT_20773  predicted protein  43.97 
 
 
484 aa  264  2e-69  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1369  pseudouridylate synthase TruB domain protein  47.18 
 
 
251 aa  246  4.9999999999999997e-64  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.862548  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2750  pseudouridylate synthase TruB domain protein  47.57 
 
 
299 aa  246  4.9999999999999997e-64  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2322  H/ACA RNA-protein complex component Cbf5p  42.96 
 
 
295 aa  246  6e-64  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.713223  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0538  pseudouridylate synthase  43.79 
 
 
302 aa  245  8e-64  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.0902248  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2256  pseudouridylate synthase TruB domain protein  42.19 
 
 
304 aa  240  2e-62  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0271  pseudouridylate synthase TruB domain protein  41.42 
 
 
314 aa  238  1e-61  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0513  pseudouridylate synthase  43.06 
 
 
322 aa  232  5e-60  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2268  pseudouridylate synthase  41.32 
 
 
310 aa  232  5e-60  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.570966  normal 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1812  H/ACA RNA-protein complex component Cbf5p  41.08 
 
 
343 aa  230  2e-59  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.572421  normal 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0072  hypothetical protein  43.32 
 
 
282 aa  226  3e-58  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  hitchhiker  0.00484212 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0057  PUA domain-containing protein  45.53 
 
 
233 aa  226  3e-58  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  normal  0.510728 
 
 
-
 
NC_009356  OSTLU_30197  predicted protein  41.43 
 
 
411 aa  225  1e-57  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1733  H/ACA RNA-protein complex component Cbf5p  41.2 
 
 
299 aa  217  2e-55  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.17014 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1904  tRNA pseudouridine synthase B  33.56 
 
 
310 aa  142  9.999999999999999e-33  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.000000000415787  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4710  tRNA pseudouridine synthase B  32.62 
 
 
305 aa  133  5e-30  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.201435 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0723  tRNA pseudouridine synthase B  33.58 
 
 
305 aa  132  6e-30  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.806567  normal  0.0309098 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4575  tRNA pseudouridine synthase B  32.98 
 
 
305 aa  131  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0935427  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0988  tRNA pseudouridine synthase B  31.82 
 
 
297 aa  129  1.0000000000000001e-28  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1591  tRNA pseudouridine synthase B  35.83 
 
 
304 aa  127  3e-28  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  decreased coverage  0.00165016  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2050  tRNA pseudouridine synthase B  33.33 
 
 
302 aa  127  3e-28  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3185  tRNA pseudouridine synthase B  32.73 
 
 
309 aa  127  3e-28  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.991117  normal  0.361577 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1589  tRNA pseudouridine synthase B  34.38 
 
 
304 aa  127  4.0000000000000003e-28  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000000648729  normal  0.0689422 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0872  tRNA pseudouridine synthase B  28.97 
 
 
300 aa  125  8.000000000000001e-28  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.0000436908  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1954  tRNA pseudouridine synthase B  32.58 
 
 
310 aa  125  1e-27  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_853  tRNA pseudouridine synthase B  28.42 
 
 
300 aa  125  1e-27  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.00000359434  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0981  tRNA pseudouridine synthase B  30.1 
 
 
300 aa  124  2e-27  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.256266  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1031  tRNA pseudouridine synthase B  33 
 
 
308 aa  124  3e-27  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0629  tRNA pseudouridine synthase B  29.23 
 
 
317 aa  122  7e-27  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1158  tRNA pseudouridine synthase B  32 
 
 
302 aa  121  9.999999999999999e-27  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000000801793  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3072  tRNA pseudouridine synthase B  32.59 
 
 
307 aa  121  1.9999999999999998e-26  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1384  tRNA pseudouridine synthase B  32.57 
 
 
310 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3606  tRNA pseudouridine synthase B  30.63 
 
 
306 aa  120  3e-26  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.825741  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1022  tRNA pseudouridine synthase B  33.72 
 
 
310 aa  120  3e-26  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1502  tRNA pseudouridine synthase B  33.72 
 
 
310 aa  120  3e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.424281  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1093  tRNA pseudouridine synthase B  29.19 
 
 
317 aa  120  3.9999999999999996e-26  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.0247742 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1424  tRNA pseudouridine synthase B  32.03 
 
 
310 aa  119  4.9999999999999996e-26  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.0157045 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07870  tRNA pseudouridine 55 synthase  31.34 
 
 
303 aa  119  4.9999999999999996e-26  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1005  tRNA pseudouridine synthase B  32.82 
 
 
307 aa  119  7.999999999999999e-26  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.319279  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1672  tRNA pseudouridine synthase B  32.81 
 
 
292 aa  119  9e-26  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000366042  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1753  tRNA pseudouridine synthase B  33.33 
 
 
310 aa  119  9e-26  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0346238 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01762  tRNA pseudouridine synthase B  32.05 
 
 
323 aa  119  9.999999999999999e-26  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0258018  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0908  tRNA pseudouridine synthase B  27.61 
 
 
301 aa  119  9.999999999999999e-26  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1478  tRNA pseudouridine synthase B  33.33 
 
 
310 aa  119  9.999999999999999e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0966  tRNA pseudouridine synthase B  29.41 
 
 
304 aa  119  9.999999999999999e-26  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000895381  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0565  tRNA pseudouridine synthase B  31.05 
 
 
309 aa  117  1.9999999999999998e-25  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0460  tRNA pseudouridine synthase B  33.64 
 
 
309 aa  117  1.9999999999999998e-25  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1045  tRNA pseudouridine synthase B  31.92 
 
 
300 aa  117  3e-25  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.128429  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3031  tRNA pseudouridine synthase B  32.58 
 
 
303 aa  117  3e-25  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00000000998148  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1306  tRNA pseudouridine synthase B  31.83 
 
 
295 aa  116  3.9999999999999997e-25  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000000236822  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5828  tRNA pseudouridine synthase B  33.11 
 
 
299 aa  116  3.9999999999999997e-25  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.786623  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1598  tRNA pseudouridine synthase B  32.57 
 
 
309 aa  117  3.9999999999999997e-25  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00177839  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3673  tRNA pseudouridine synthase B  30.38 
 
 
294 aa  116  5e-25  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0760058  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42800  tRNA pseudouridine synthase B  31.21 
 
 
305 aa  116  5e-25  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1028  tRNA pseudouridine synthase B  28.86 
 
 
317 aa  116  6e-25  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000142961 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62730  tRNA pseudouridine synthase B  30.5 
 
 
304 aa  115  6.9999999999999995e-25  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0781  tRNA pseudouridine synthase B  30.63 
 
 
305 aa  115  7.999999999999999e-25  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00899616  normal  0.133836 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3559  tRNA pseudouridine synthase B  29.06 
 
 
317 aa  115  8.999999999999998e-25  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000000961174 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5460  tRNA pseudouridine synthase B  30.5 
 
 
304 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.525904  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1634  tRNA pseudouridine synthase B  31.31 
 
 
311 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.767781  hitchhiker  0.000962415 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1862  tRNA pseudouridine synthase B  31.84 
 
 
313 aa  114  2.0000000000000002e-24  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.552372  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3932  tRNA pseudouridine synthase B  33.71 
 
 
312 aa  114  2.0000000000000002e-24  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.138388  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1742  tRNA pseudouridine synthase B  35.29 
 
 
302 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  decreased coverage  0.00438072  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1747  tRNA pseudouridine synthase B  31.15 
 
 
304 aa  114  2.0000000000000002e-24  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.108245  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4178  tRNA pseudouridine synthase B  30.63 
 
 
305 aa  114  3e-24  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.224491  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1032  tRNA pseudouridine synthase B  28.86 
 
 
317 aa  114  3e-24  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.358719  hitchhiker  0.0000301922 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0393  tRNA pseudouridine synthase B  33.49 
 
 
293 aa  113  4.0000000000000004e-24  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4488  tRNA pseudouridine synthase B  30.26 
 
 
305 aa  113  4.0000000000000004e-24  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.140717  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0557  tRNA pseudouridine synthase B  33.49 
 
 
293 aa  113  4.0000000000000004e-24  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.492745 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0749  tRNA pseudouridine synthase B  34.6 
 
 
244 aa  113  4.0000000000000004e-24  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal  0.844641 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1505  tRNA pseudouridine synthase B  34.87 
 
 
321 aa  113  5e-24  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4643  tRNA pseudouridine synthase B  32.57 
 
 
322 aa  113  5e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0247266  normal 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0173  tRNA pseudouridine synthase B  34.87 
 
 
321 aa  113  5e-24  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.016553  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1059  tRNA pseudouridine synthase B  34.87 
 
 
311 aa  112  6e-24  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  hitchhiker  0.00436099  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1917  tRNA pseudouridine synthase B  34.87 
 
 
302 aa  112  6e-24  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.274314  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0993  tRNA pseudouridine synthase B  34.87 
 
 
302 aa  112  6e-24  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.423513  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2818  tRNA pseudouridine synthase B  32.95 
 
 
311 aa  113  6e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0130681  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1764  tRNA pseudouridine synthase B  34.87 
 
 
302 aa  112  6e-24  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.701485  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01305  tRNA pseudouridine synthase B  32.81 
 
 
299 aa  112  7.000000000000001e-24  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.19887  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0600  tRNA pseudouridine synthase B  30.53 
 
 
318 aa  112  8.000000000000001e-24  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1125  tRNA pseudouridine synthase B  32.57 
 
 
303 aa  112  8.000000000000001e-24  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>