276 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_2112 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011146  Gbem_2112  UspA domain protein  100 
 
 		 160 aa  322  2e-87  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2106  UspA domain protein  95.62 
 
 		 160 aa  312  1.9999999999999998e-84  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3498  hypothetical protein  43.12 
 
 		 153 aa  150  5.9999999999999996e-36  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1627  UspA domain-containing protein  26.75 
 
 		 274 aa  70.9  0.000000000008  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3602  UspA domain protein  24.34 
 
 		 151 aa  67.8  0.00000000006  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2538  UspA domain protein  25.97 
 
 		 170 aa  66.6  0.0000000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.205387  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2634  UspA domain protein  25.97 
 
 		 170 aa  66.6  0.0000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.765417  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2196  UspA domain-containing protein  27.63 
 
 		 143 aa  65.5  0.0000000003  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1321  universal stress protein UspA  26.62 
 
 		 169 aa  63.9  0.0000000009  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.111503  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0806  UspA domain-containing protein  28.57 
 
 		 151 aa  63.9  0.0000000009  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0105953  normal  0.0334639 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1445  universal stress protein UspA  26.97 
 
 		 162 aa  63.5  0.000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2415  UspA domain protein  25.79 
 
 		 162 aa  62.8  0.000000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013732  Slin_6968  UspA domain protein  22.97 
 
 		 147 aa  62.8  0.000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.483791  normal  0.0402006 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2502  UspA domain protein  25.79 
 
 		 162 aa  61.6  0.000000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.187507  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1007  UspA domain protein  24.67 
 
 		 320 aa  61.2  0.000000006  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4069  UspA domain-containing protein  27.04 
 
 		 162 aa  60.8  0.000000008  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0307561  normal  0.903316 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2643  universal stress protein UspA-like protein  27.65 
 
 		 168 aa  60.8  0.000000008  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.795343  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0808  UspA domain protein  26 
 
 		 153 aa  60.5  0.00000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0102743  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2016  universal stress protein UspA-like protein  25 
 
 		 148 aa  60.1  0.00000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0761  universal stress protein UspA  26 
 
 		 153 aa  60.5  0.00000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0812  UspA domain protein  26 
 
 		 153 aa  60.5  0.00000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.198754  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0180  UspA domain-containing protein  23.84 
 
 		 160 aa  60.1  0.00000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.149543  normal  0.974446 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0914  UspA domain-containing protein  29.05 
 
 		 297 aa  58.9  0.00000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0386207 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2355  UspA domain protein  23.42 
 
 		 159 aa  58.9  0.00000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2941  hypothetical protein  26 
 
 		 296 aa  58.2  0.00000005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.99893  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1925  UspA domain-containing protein  28.39 
 
 		 144 aa  57.8  0.00000006  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3327  UspA domain-containing protein  24.84 
 
 		 156 aa  57.4  0.00000009  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.360261  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3776  UspA domain-containing protein  28.38 
 
 		 297 aa  57  0.00000009  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.226753  normal  0.31919 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1664  UspA domain-containing protein  24.52 
 
 		 156 aa  56.2  0.0000002  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0954  universal stress protein UspA-like nucleotide-binding protein  26.14 
 
 		 141 aa  55.5  0.0000003  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0254  UspA domain protein  26.45 
 
 		 288 aa  55.1  0.0000004  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.422805 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1199  Bile acid:sodium symporter  20.86 
 
 		 515 aa  55.1  0.0000004  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01350  universal stress protein  25 
 
 		 276 aa  55.1  0.0000004  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4087  UspA domain-containing protein  25 
 
 		 145 aa  55.1  0.0000004  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.305818  normal  0.183761 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1031  UspA domain protein  24.67 
 
 		 145 aa  54.7  0.0000005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.365908 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1043  UspA domain-containing protein  24.67 
 
 		 150 aa  54.3  0.0000006  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.49282 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1182  UspA domain protein  21.52 
 
 		 148 aa  54.3  0.0000006  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.146743 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1010  UspA domain-containing protein  24.67 
 
 		 150 aa  54.3  0.0000006  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3329  UspA domain-containing protein  24.67 
 
 		 150 aa  54.3  0.0000006  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1448  universal stress protein UspA  26.28 
 
 		 164 aa  54.3  0.0000007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3101  UspA domain-containing protein  24.49 
 
 		 143 aa  54.3  0.0000007  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.792051 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0289  UspA domain protein  24.68 
 
 		 289 aa  53.9  0.0000008  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.503473 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3172  UspA domain protein  24.84 
 
 		 314 aa  53.9  0.0000009  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.356146  normal  0.679089 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4632  UspA domain protein  27.22 
 
 		 309 aa  53.9  0.0000009  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2933  UspA domain-containing protein  21.71 
 
 		 147 aa  53.9  0.0000009  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.0000000000835821  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1863  universal stress protein UspE  28.41 
 
 		 319 aa  53.5  0.000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.809514  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2678  hypothetical protein  24.36 
 
 		 149 aa  53.9  0.000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.348095 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0071  universal stress protein UspA-like nucleotide-binding protein  25.32 
 
 		 155 aa  53.5  0.000001  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  hitchhiker  0.000663876  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1171  UspA domain protein  25 
 
 		 153 aa  53.5  0.000001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00282044 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2980  UspA domain-containing protein  25.17 
 
 		 143 aa  53.1  0.000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1118  universal stress protein  24.36 
 
 		 149 aa  52.8  0.000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0384  UspA domain protein  23.49 
 
 		 142 aa  53.1  0.000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000150335  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2413  UspA domain protein  25.32 
 
 		 164 aa  52.4  0.000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.53784  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1851  universal stress protein UspE  30 
 
 		 316 aa  52.8  0.000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.749942 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2551  UspA domain-containing protein  25.33 
 
 		 278 aa  52.4  0.000002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.000359822  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2886  UspA domain-containing protein  25 
 
 		 148 aa  52  0.000003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0844522  normal  0.787665 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1459  UspA domain protein  24.68 
 
 		 147 aa  52.4  0.000003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.000152331  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2815  UspA domain protein  22.67 
 
 		 147 aa  52.4  0.000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0183337  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2846  hypothetical protein  22.88 
 
 		 145 aa  52.4  0.000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1224  UspA domain protein  24.68 
 
 		 156 aa  52.4  0.000003  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4060  UspA domain-containing protein  22.97 
 
 		 143 aa  51.6  0.000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0997  hypothetical protein  28.67 
 
 		 143 aa  51.2  0.000005  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3093  UspA domain-containing protein  24.36 
 
 		 150 aa  51.2  0.000006  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.668919  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1943  universal stress protein UspE  28.77 
 
 		 318 aa  51.2  0.000006  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.361169  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0966  hypothetical protein  28.67 
 
 		 143 aa  51.2  0.000006  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1338  universal stress protein  27.92 
 
 		 145 aa  51.2  0.000006  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.431225  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1832  universal stress protein UspE  28.77 
 
 		 318 aa  51.2  0.000006  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2851  universal stress protein  24.36 
 
 		 157 aa  50.8  0.000007  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.113376  hitchhiker  0.00572798 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3038  hypothetical protein  22.15 
 
 		 147 aa  50.8  0.000008  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  hitchhiker  0.000975242  normal  0.515565 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0352  UspA domain-containing protein  23.03 
 
 		 159 aa  50.8  0.000008  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.818544 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2500  UspA domain protein  24.68 
 
 		 164 aa  50.4  0.000009  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.419356  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1466  UspA domain-containing protein  25.5 
 
 		 144 aa  50.4  0.000009  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.838968  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3830  universal stress family protein  23.49 
 
 		 303 aa  50.1  0.00001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0606263 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2325  UspA domain protein  24.84 
 
 		 316 aa  50.1  0.00001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2060  UspA domain protein  25.66 
 
 		 145 aa  50.1  0.00001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000482374  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2350  hypothetical protein  22.88 
 
 		 150 aa  50.1  0.00001  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.00000004892  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3147  UspA domain-containing protein  22.82 
 
 		 149 aa  50.1  0.00001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3354  UspA domain-containing protein  22.3 
 
 		 147 aa  50.1  0.00001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.346756  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2106  universal stress protein UspE  27.71 
 
 		 316 aa  50.4  0.00001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.107549  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3462  sodium/hydrogen exchanger  24.34 
 
 		 750 aa  49.7  0.00002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.0330875 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3527  universal stress protein  21.71 
 
 		 151 aa  49.3  0.00002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1279  hypothetical protein  23.6 
 
 		 158 aa  49.7  0.00002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.471919 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4059  UspA domain-containing protein  21.62 
 
 		 147 aa  49.3  0.00002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0913  UspA domain-containing protein  24.16 
 
 		 138 aa  49.3  0.00002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0346302 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3570  UspA domain protein  25.66 
 
 		 271 aa  49.7  0.00002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.610605 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0267  UspA domain-containing protein  28.03 
 
 		 306 aa  49.7  0.00002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_2008  UspA domain-containing protein  26.17 
 
 		 141 aa  49.7  0.00002  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4368  UspA domain protein  21.79 
 
 		 175 aa  48.9  0.00003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.2229 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1009  UspA domain protein  24.84 
 
 		 304 aa  48.5  0.00003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1165  UspA domain protein  23.94 
 
 		 152 aa  48.9  0.00003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000867886  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2552  UspA domain protein  19.87 
 
 		 147 aa  48.9  0.00003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.4459099999999997e-20 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2583  universal stress protein UspE  27.4 
 
 		 320 aa  48.9  0.00003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1407  universal stress protein  22.36 
 
 		 161 aa  48.5  0.00004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.192272  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2309  hypothetical protein  24.84 
 
 		 295 aa  48.5  0.00004  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0875  UspA domain-containing protein  22.97 
 
 		 149 aa  48.5  0.00004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2862  UspA domain-containing protein  21.68 
 
 		 147 aa  48.1  0.00005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0487  universal stress protein  21.88 
 
 		 150 aa  48.1  0.00005  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0554  UspA domain-containing protein  24.5 
 
 		 265 aa  48.1  0.00005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000788361 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2742  hypothetical protein  23.33 
 
 		 157 aa  48.1  0.00005  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013747  Htur_5263  UspA domain protein  22.82 
 
 		 138 aa  48.1  0.00005  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.179366  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>