More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene GSU3160 on replicon NC_002939
Organism: Geobacter sulfurreducens PCA



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002939  GSU3160  RNA pseudouridine synthase family protein  100 
 
 		 250 aa  498  1e-140  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.466098  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0267  tRNA pseudouridine synthase C  70.37 
 
 		 270 aa  343  2e-93  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0611  pseudouridine synthase  54.04 
 
 		 241 aa  270  1e-71  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1821  pseudouridylate synthase  52.5 
 
 		 256 aa  266  2.9999999999999995e-70  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2869  tRNA pseudouridine synthase C  57.69 
 
 		 242 aa  264  1e-69  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2110  pseudouridine synthase  60.09 
 
 		 245 aa  262  4e-69  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1214  pseudouridine synthase  52.08 
 
 		 256 aa  258  7e-68  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.0262969  normal  0.0773079 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3366  tRNA pseudouridine synthase C  52.77 
 
 		 261 aa  258  9e-68  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.116388  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0935  tRNA pseudouridine synthase C  52.77 
 
 		 266 aa  258  9e-68  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00065013  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3220  transaldolase  53.49 
 
 		 648 aa  255  5e-67  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2987  tRNA pseudouridine synthase C  54.89 
 
 		 261 aa  254  7e-67  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3171  tRNA pseudouridine synthase C  51.21 
 
 		 260 aa  253  1.0000000000000001e-66  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0411  tRNA pseudouridine synthase C  50.64 
 
 		 244 aa  253  2.0000000000000002e-66  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3184  pseudouridylate synthase  51.06 
 
 		 252 aa  253  3e-66  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.575849  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03241  tRNA pseudouridine synthase C  48.51 
 
 		 255 aa  252  5.000000000000001e-66  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1007  tRNA pseudouridine synthase C  51.05 
 
 		 257 aa  252  5.000000000000001e-66  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.228386  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3441  tRNA pseudouridine synthase C  51.05 
 
 		 257 aa  252  5.000000000000001e-66  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1060  tRNA pseudouridine synthase C  51.05 
 
 		 257 aa  252  5.000000000000001e-66  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.323786  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002742  tRNA pseudouridine synthase C  47.11 
 
 		 256 aa  251  8.000000000000001e-66  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.766432  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3796  tRNA pseudouridine synthase C  52.77 
 
 		 256 aa  248  5e-65  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000461215 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0854  tRNA pseudouridine synthase C  48.72 
 
 		 234 aa  246  2e-64  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00000219419  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2891  pseudouridine synthase  50.64 
 
 		 284 aa  245  4.9999999999999997e-64  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0713  tRNA pseudouridine synthase C  47.66 
 
 		 263 aa  243  1.9999999999999999e-63  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.772217  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0279  pseudouridine synthase  49.79 
 
 		 252 aa  239  4e-62  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000931063  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2643  pseudouridylate synthase  51.49 
 
 		 273 aa  238  6.999999999999999e-62  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.998826 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1262  pseudouridylate synthase  48.94 
 
 		 293 aa  236  2e-61  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.308846  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1131  pseudouridylate synthase  50.21 
 
 		 258 aa  234  9e-61  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3244  tRNA pseudouridine synthase C  48.52 
 
 		 261 aa  234  1.0000000000000001e-60  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.392486 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1442  pseudouridine synthase  47.45 
 
 		 287 aa  233  2.0000000000000002e-60  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1339  pseudouridylate synthase  47.79 
 
 		 275 aa  233  2.0000000000000002e-60  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3289  pseudouridine synthase  48.51 
 
 		 285 aa  233  3e-60  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.629665  hitchhiker  0.00000299463 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3169  pseudouridylate synthase  50.21 
 
 		 278 aa  233  3e-60  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1472  pseudouridine synthase  49.36 
 
 		 287 aa  232  4.0000000000000004e-60  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.329833  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02636  tRNA pseudouridine synthase  49.36 
 
 		 260 aa  232  4.0000000000000004e-60  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.908245  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0897  pseudouridine synthase  49.36 
 
 		 260 aa  232  4.0000000000000004e-60  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02598  hypothetical protein  49.36 
 
 		 260 aa  232  4.0000000000000004e-60  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.908938  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2931  tRNA pseudouridine synthase C  49.36 
 
 		 260 aa  232  4.0000000000000004e-60  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.980626 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2935  tRNA pseudouridine synthase C  49.36 
 
 		 260 aa  232  4.0000000000000004e-60  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1436  pseudouridine synthase  49.36 
 
 		 287 aa  232  4.0000000000000004e-60  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3081  tRNA pseudouridine synthase C  49.36 
 
 		 260 aa  232  4.0000000000000004e-60  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.495199  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4054  tRNA pseudouridine synthase C  49.36 
 
 		 260 aa  232  4.0000000000000004e-60  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0921  tRNA pseudouridine synthase C  49.36 
 
 		 260 aa  232  4.0000000000000004e-60  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1054  tRNA pseudouridine synthase C  56.78 
 
 		 235 aa  231  7.000000000000001e-60  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2911  pseudouridine synthase  49.36 
 
 		 287 aa  231  1e-59  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.131097  normal  0.387721 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3095  tRNA pseudouridine synthase C  48.94 
 
 		 260 aa  230  2e-59  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.352774  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2650  tRNA pseudouridine synthase C  48.35 
 
 		 284 aa  229  2e-59  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3124  tRNA pseudouridine synthase C  48.51 
 
 		 260 aa  228  7e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.756442 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2717  tRNA pseudouridine synthase C  47.93 
 
 		 284 aa  228  8e-59  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1546  pseudouridylate synthase  47.48 
 
 		 298 aa  227  1e-58  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3329  pseudouridine synthase  51.9 
 
 		 245 aa  228  1e-58  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.346808  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2824  tRNA pseudouridine synthase C  47.7 
 
 		 284 aa  227  2e-58  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2894  tRNA pseudouridine synthase C  50.64 
 
 		 261 aa  225  4e-58  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03037  pseudouridylate synthase, 23S RNA-specific  46.98 
 
 		 265 aa  225  6e-58  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3286  tRNA pseudouridine synthase C  48.09 
 
 		 260 aa  224  1e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.195915  normal  0.923379 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3187  tRNA pseudouridine synthase C  48.09 
 
 		 260 aa  224  1e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.719199 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3171  tRNA pseudouridine synthase C  48.09 
 
 		 260 aa  223  2e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.316896  normal  0.156294 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3106  tRNA pseudouridine synthase C  48.09 
 
 		 260 aa  223  2e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3406  pseudouridine synthase  48.71 
 
 		 244 aa  218  7.999999999999999e-56  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0321433 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0254  pseudouridine synthase  52.99 
 
 		 249 aa  215  5e-55  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2478  pseudouridine synthase  52.32 
 
 		 319 aa  215  5.9999999999999996e-55  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.383615 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0076  pseudouridine synthase  47.44 
 
 		 228 aa  213  2.9999999999999995e-54  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.694832  normal  0.499098 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2278  tRNA pseudouridine synthase C  54.13 
 
 		 277 aa  212  4.9999999999999996e-54  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0554113  hitchhiker  0.00000285246 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3649  tRNA pseudouridine synthase C  40.57 
 
 		 304 aa  207  1e-52  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2358  pseudouridine synthase  42.74 
 
 		 225 aa  206  3e-52  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0324179  normal  0.496956 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1955  tRNA pseudouridine synthase C  50.62 
 
 		 246 aa  197  2.0000000000000003e-49  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0419985 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02767  tRNA pseudouridine synthase C  45.38 
 
 		 238 aa  193  2e-48  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.175179  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1355  pseudouridine synthase  52.51 
 
 		 268 aa  193  2e-48  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.420116  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2505  tRNA pseudouridine synthase C  52.51 
 
 		 268 aa  194  2e-48  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.246785  normal  0.0153229 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3296  pseudouridine synthase  49.77 
 
 		 258 aa  191  8e-48  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0177  pseudouridine synthase  47.03 
 
 		 253 aa  189  5e-47  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2205  pseudouridine synthase  39.83 
 
 		 242 aa  181  1e-44  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.323157 
 
 
-
 
NC_011677  PHATRDRAFT_12940  predicted protein  35.1 
 
 		 200 aa  120  1.9999999999999998e-26  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2576  RNA pseudouridylate synthase family protein  34.52 
 
 		 244 aa  119  3.9999999999999996e-26  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0224111  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3492  pseudouridine synthase  36.56 
 
 		 560 aa  119  7e-26  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1777  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  36.17 
 
 		 328 aa  117  9.999999999999999e-26  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00553261  decreased coverage  0.000101871 
 
 
-
 
NC_002978  WD0415  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C, putative  35.02 
 
 		 307 aa  116  3.9999999999999997e-25  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0345  pseudouridine synthase  34.38 
 
 		 226 aa  115  8.999999999999998e-25  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1600  pseudouridine synthase, RluA family  35.74 
 
 		 525 aa  114  2.0000000000000002e-24  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.220651  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0056  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  35.94 
 
 		 339 aa  113  3e-24  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1324  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  36.93 
 
 		 395 aa  112  6e-24  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0224168  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2333  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  36.93 
 
 		 395 aa  112  6e-24  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.93917  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0083  RluA family pseudouridine synthase  36.93 
 
 		 389 aa  112  6e-24  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1084  RluA family pseudouridine synthase  36.93 
 
 		 389 aa  112  6e-24  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.346306  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1813  RluA family pseudouridine synthase  36.93 
 
 		 389 aa  112  6e-24  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.587957  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2168  RluA family pseudouridine synthase  36.93 
 
 		 389 aa  112  7.000000000000001e-24  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2205  RluA family pseudouridine synthase  36.93 
 
 		 395 aa  112  8.000000000000001e-24  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0059  RluA family pseudouridine synthase  35.11 
 
 		 339 aa  111  9e-24  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.14313 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0073  pseudouridine synthase, RluA family  34.14 
 
 		 339 aa  110  2.0000000000000002e-23  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3067  pseudouridine synthase  38.5 
 
 		 256 aa  110  2.0000000000000002e-23  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0989  RluA family pseudouridine synthase  32.78 
 
 		 306 aa  110  2.0000000000000002e-23  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  decreased coverage  0.00899774  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2390  pseudouridine synthase, RluA family  33.05 
 
 		 302 aa  110  2.0000000000000002e-23  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.837448  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0061  pseudouridine synthase, RluA family  34.54 
 
 		 339 aa  110  2.0000000000000002e-23  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1563  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  35.98 
 
 		 322 aa  110  3e-23  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.151804 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0069  pseudouridine synthase  37.7 
 
 		 235 aa  109  3e-23  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.555782  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1969  RluA family pseudouridine synthase  33.9 
 
 		 541 aa  110  3e-23  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.434828  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2869  pseudouridine synthase, RluA family  30.93 
 
 		 308 aa  109  4.0000000000000004e-23  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00082597  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2253  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  36.1 
 
 		 391 aa  109  5e-23  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.00391915  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1658  RluA family pseudouridine synthase  36.71 
 
 		 329 aa  108  6e-23  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.615207  normal  0.0770781 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2380  pseudouridine synthase  33.76 
 
 		 238 aa  108  8.000000000000001e-23  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0555647  normal  0.85539 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1447  pseudouridine synthase, RluD  33.73 
 
 		 578 aa  107  1e-22  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>