More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Franean1_2279 on replicon NC_009921
Organism: Frankia sp. EAN1pec



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009921  Franean1_2279  extracellular ligand-binding receptor  100 
 
 
448 aa  872    Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.208973 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2827  extracellular ligand-binding receptor  51.9 
 
 
458 aa  395  1e-108  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.11004  normal  0.674457 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2884  putative branched-chain amino acid ABC transporter (substrate-binding protein)  31.09 
 
 
414 aa  191  2e-47  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.144097 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1847  twin-arginine translocation pathway signal  29.4 
 
 
416 aa  186  9e-46  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.477463  normal  0.553437 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3620  twin-arginine translocation pathway signal  30.2 
 
 
416 aa  184  2.0000000000000003e-45  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.963637  normal  0.598514 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1948  Extracellular ligand-binding receptor  29.63 
 
 
415 aa  184  2.0000000000000003e-45  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.61677  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1665  extracellular ligand-binding receptor  30.2 
 
 
414 aa  179  8e-44  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.910877  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1098  Extracellular ligand-binding receptor  30.13 
 
 
416 aa  172  9e-42  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0210365  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2126  extracellular ligand-binding receptor  29.87 
 
 
416 aa  167  2.9999999999999998e-40  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.105916  normal  0.201717 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1502  extracellular ligand-binding receptor  27.6 
 
 
418 aa  163  7e-39  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.23648  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3400  extracellular ligand-binding receptor  24.42 
 
 
436 aa  132  9e-30  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.41623  normal  0.0330149 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1561  extracellular ligand-binding receptor  28.8 
 
 
402 aa  108  2e-22  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0895  extracellular ligand-binding receptor  27.25 
 
 
421 aa  107  3e-22  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0004  extracellular ligand-binding receptor  24.94 
 
 
417 aa  107  5e-22  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000538672 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2005  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  24.56 
 
 
385 aa  105  2e-21  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.635473  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1562  extracellular ligand-binding receptor  29.4 
 
 
406 aa  105  2e-21  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.775767  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5995  putative leucine-, isoleucine-, valine-, threonine-, and alanine-binding protein precursor  28.94 
 
 
407 aa  104  4e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.524183  normal  0.0200525 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1706  extracellular ligand-binding receptor  26.08 
 
 
434 aa  103  7e-21  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.0138275 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0641  extracellular ligand-binding receptor  24.11 
 
 
418 aa  102  2e-20  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal  0.0197785 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1534  Extracellular ligand-binding receptor  25.64 
 
 
383 aa  99.4  1e-19  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.688038  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1439  Extracellular ligand-binding receptor  25.38 
 
 
383 aa  98.2  2e-19  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.249756  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1455  extracellular ligand-binding receptor  24.87 
 
 
402 aa  98.2  3e-19  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.179211  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0400  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  23.97 
 
 
387 aa  96.3  1e-18  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1972  extracellular ligand-binding receptor  23.65 
 
 
403 aa  95.1  3e-18  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2424  ABC branched chain amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  25.13 
 
 
383 aa  94.7  3e-18  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.806831  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0392  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  23.51 
 
 
403 aa  93.6  6e-18  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.224611  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0219  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  29.13 
 
 
376 aa  92.8  1e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00187981  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0363  extracellular ligand-binding receptor  26.29 
 
 
413 aa  90.5  6e-17  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0331  Extracellular ligand-binding receptor  25.15 
 
 
377 aa  89.4  1e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.179963  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1620  extracellular ligand-binding receptor  23.5 
 
 
408 aa  88.2  3e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.294267  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0326  extracellular ligand-binding receptor  22.97 
 
 
441 aa  86.3  0.000000000000001  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.933316  normal  0.182521 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0635  Extracellular ligand-binding receptor  24.57 
 
 
378 aa  85.1  0.000000000000002  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  decreased coverage  0.0000043194  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1927  extracellular ligand-binding receptor  29.31 
 
 
406 aa  84  0.000000000000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.195593  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0861  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  24.64 
 
 
401 aa  82  0.00000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00284433  normal  0.49325 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0314  extracellular ligand-binding receptor  22.86 
 
 
397 aa  80.1  0.00000000000007  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.568066  normal  0.496718 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1141  extracellular ligand-binding receptor  24.73 
 
 
382 aa  79.7  0.0000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0067  Extracellular ligand-binding receptor  23.95 
 
 
376 aa  79.3  0.0000000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.188079 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2166  extracellular ligand-binding receptor  23.99 
 
 
376 aa  79.3  0.0000000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.179903  normal  0.0643115 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2271  extracellular ligand-binding receptor  25.37 
 
 
378 aa  78.2  0.0000000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.731283  normal  0.0249434 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0686  extracellular ligand-binding receptor  24.73 
 
 
461 aa  78.2  0.0000000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1092  Extracellular ligand-binding receptor  26.86 
 
 
434 aa  77.8  0.0000000000003  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.629609  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1165  extracellular ligand-binding receptor  24.73 
 
 
461 aa  78.2  0.0000000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.439455  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2119  extracellular ligand-binding receptor  25.07 
 
 
376 aa  77.8  0.0000000000004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.00221988  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1925  extracellular ligand-binding receptor  24.71 
 
 
377 aa  76.6  0.0000000000008  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0315464  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3748  Extracellular ligand-binding receptor  21.78 
 
 
401 aa  76.6  0.0000000000009  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.253584  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1050  extracellular ligand-binding receptor  26.63 
 
 
381 aa  75.9  0.000000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.464924 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4659  extracellular ligand-binding receptor  28.06 
 
 
378 aa  75.1  0.000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00580673 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4277  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  25.86 
 
 
515 aa  75.5  0.000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0628932  normal  0.928843 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2285  extracellular ligand-binding receptor  23.97 
 
 
417 aa  75.1  0.000000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4867  extracellular ligand-binding receptor  28.06 
 
 
378 aa  74.7  0.000000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0924005  hitchhiker  0.00865323 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2197  extracellular ligand-binding receptor  24.5 
 
 
376 aa  74.7  0.000000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.974618 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4923  extracellular ligand-binding receptor  28.06 
 
 
378 aa  74.7  0.000000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000164326 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0853  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  21.54 
 
 
381 aa  74.7  0.000000000003  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.18061  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4745  extracellular ligand-binding receptor  28.06 
 
 
378 aa  74.7  0.000000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000119526 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1904  extracellular ligand-binding receptor  27.32 
 
 
400 aa  74.3  0.000000000004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.4347 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2411  extracellular ligand-binding receptor  22.83 
 
 
376 aa  73.9  0.000000000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.32979  normal  0.572085 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2148  extracellular ligand-binding receptor  25 
 
 
390 aa  73.9  0.000000000005  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2935  extracellular ligand-binding receptor  23.35 
 
 
386 aa  73.9  0.000000000006  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.412779  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0611  Extracellular ligand-binding receptor  23.31 
 
 
371 aa  73.6  0.000000000006  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4759  extracellular ligand-binding receptor  21.98 
 
 
421 aa  72  0.00000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5603  Extracellular ligand-binding receptor  24.44 
 
 
393 aa  71.6  0.00000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.442467  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4914  extracellular ligand-binding receptor  23.84 
 
 
375 aa  72  0.00000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.113346  normal  0.710388 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1539  Extracellular ligand-binding receptor  25 
 
 
383 aa  71.6  0.00000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2471  Extracellular ligand-binding receptor  24.49 
 
 
371 aa  72  0.00000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1830  Extracellular ligand-binding receptor  22.16 
 
 
381 aa  71.6  0.00000000003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  unclonable  0.000000559355  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0350  extracellular ligand-binding receptor  24.53 
 
 
376 aa  71.2  0.00000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.00000281139  normal  0.291499 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2140  extracellular ligand-binding receptor  25.13 
 
 
382 aa  71.2  0.00000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.250679  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5889  extracellular ligand-binding receptor  23.15 
 
 
382 aa  70.9  0.00000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1815  extracellular ligand-binding receptor  23.12 
 
 
419 aa  70.5  0.00000000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00146471 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3994  extracellular ligand-binding receptor  23.08 
 
 
339 aa  70.1  0.00000000008  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  unclonable  0.0000070067  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1934  Extracellular ligand-binding receptor  25 
 
 
397 aa  70.1  0.00000000009  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.0000000937878  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2502  extracellular ligand-binding receptor  23.16 
 
 
399 aa  69.3  0.0000000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.101059  normal  0.128771 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4919  extracellular ligand-binding receptor  23.84 
 
 
376 aa  69.3  0.0000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1940  putative secreted substrate binding protein  22.38 
 
 
375 aa  69.3  0.0000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.15659  normal  0.0532415 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0317  extracellular ligand-binding receptor  24.63 
 
 
382 aa  68.9  0.0000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  hitchhiker  0.00438106  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0205  extracellular ligand-binding receptor  23.75 
 
 
380 aa  68.6  0.0000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6166  extracellular ligand-binding receptor  23.56 
 
 
375 aa  68.9  0.0000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.644445  normal  0.0557295 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2938  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  27.85 
 
 
383 aa  68.6  0.0000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.679208  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0291  extracellular ligand-binding receptor  25.41 
 
 
401 aa  68.6  0.0000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.512826 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2131  extracellular ligand-binding receptor  21.82 
 
 
379 aa  68.9  0.0000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0617424  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0186  extracellular ligand-binding receptor  23.75 
 
 
380 aa  68.6  0.0000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000207737 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3300  putative amino-acid transport signal peptide protein  24.78 
 
 
377 aa  68.2  0.0000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0588  extracellular ligand-binding receptor  24.93 
 
 
399 aa  68.2  0.0000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.833048  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1047  extracellular ligand-binding receptor  24.64 
 
 
382 aa  68.2  0.0000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.545009 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2319  Extracellular ligand-binding receptor  24.19 
 
 
401 aa  68.2  0.0000000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.405352  hitchhiker  0.00559033 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2829  extracellular ligand-binding receptor  23.46 
 
 
391 aa  68.2  0.0000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.617546  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0278  extracellular ligand-binding receptor  23.46 
 
 
391 aa  68.2  0.0000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.730585  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0523  Extracellular ligand-binding receptor  22.7 
 
 
390 aa  68.2  0.0000000003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0215267  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp1592  leucine-specific binding precursor transmembrane protein  24.25 
 
 
380 aa  67.8  0.0000000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2901  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  24.05 
 
 
376 aa  67.4  0.0000000004  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.971399  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1044  extracellular ligand-binding receptor  23.05 
 
 
382 aa  67.8  0.0000000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.483308  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0260  extracellular ligand-binding receptor  23.46 
 
 
380 aa  67.8  0.0000000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.962079 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0112  extracellular ligand-binding receptor  22.39 
 
 
381 aa  67.4  0.0000000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2733  Extracellular ligand-binding receptor  24.33 
 
 
401 aa  67.4  0.0000000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.464024  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3407  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  24.05 
 
 
380 aa  67  0.0000000006  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.251793  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2729  extracellular ligand-binding receptor  21.82 
 
 
400 aa  67  0.0000000006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2962  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  24.05 
 
 
380 aa  67  0.0000000006  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.49524  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1639  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  24.05 
 
 
380 aa  67  0.0000000006  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.516456  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3912  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  24.05 
 
 
380 aa  66.6  0.0000000007  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0051  outative extracellular ligand binding protein  24.05 
 
 
380 aa  66.6  0.0000000007  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>