More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_1388 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007777  Francci3_1388  polyprenyl synthetase  100 
 
 		 634 aa  1242    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.196896  hitchhiker  0.00569212 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3227  Polyprenyl synthetase  47.04 
 
 		 365 aa  298  3e-79  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.274483  normal  0.0178795 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3478  polyprenyl synthetase  47.12 
 
 		 360 aa  289  9e-77  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.395312  normal  0.0269783 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5028  Polyprenyl synthetase  47.16 
 
 		 357 aa  287  4e-76  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.8812  normal  0.206356 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3110  Polyprenyl synthetase  47.18 
 
 		 360 aa  286  1.0000000000000001e-75  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.645285  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3251  polyprenyl synthetase  47.38 
 
 		 360 aa  278  2e-73  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.698392  normal  0.34714 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3027  Polyprenyl synthetase  48.55 
 
 		 353 aa  277  5e-73  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.2268  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1571  Polyprenyl synthetase  45.8 
 
 		 367 aa  275  3e-72  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.40444 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1051  putative polyprenyl synthase / dimethylallyltranstransferase  47.66 
 
 		 356 aa  265  2e-69  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.154231  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_27930  geranylgeranyl pyrophosphate synthase  43.68 
 
 		 361 aa  261  3e-68  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.496263  normal  0.0148812 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2787  putative farnesyltranstransferase  47.69 
 
 		 355 aa  260  5.0000000000000005e-68  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.518698  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1344  polyprenyl synthetase  45.21 
 
 		 358 aa  259  1e-67  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.522192  decreased coverage  0.000335452 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3084  polyprenyl synthetase  45.93 
 
 		 358 aa  252  1e-65  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3536  polyprenyl synthetase  44.6 
 
 		 359 aa  252  1e-65  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  decreased coverage  0.00519723  normal  0.472476 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1400  Polyprenyl synthetase  42.35 
 
 		 356 aa  251  2e-65  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2975  polyprenyl synthetase  42.2 
 
 		 359 aa  249  9e-65  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.465028  normal  0.846295 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12201  geranylgeranyl pyrophosphate synthetase idsA2  43.04 
 
 		 352 aa  234  5e-60  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3269  polyprenyl synthetase  41.05 
 
 		 359 aa  231  3e-59  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3331  polyprenyl synthetase  41.05 
 
 		 359 aa  231  3e-59  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.232682  normal  0.219199 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3280  polyprenyl synthetase  41.05 
 
 		 359 aa  231  3e-59  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.75227  normal  0.786831 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1557  polyprenyl synthetase  46.71 
 
 		 364 aa  231  4e-59  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2550  Polyprenyl synthetase  52.45 
 
 		 377 aa  230  6e-59  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.152577  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1558  Polyprenyl synthetase  44.36 
 
 		 364 aa  230  7e-59  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3308  Polyprenyl synthetase  45.43 
 
 		 375 aa  229  1e-58  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.816432  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3033  Polyprenyl synthetase  46.65 
 
 		 376 aa  224  3e-57  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_16070  geranylgeranyl pyrophosphate synthase  41.29 
 
 		 362 aa  224  3e-57  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  hitchhiker  0.00352979  normal  0.115981 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4930  polyprenyl synthetase  45.5 
 
 		 384 aa  224  3e-57  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.654302 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3810  Polyprenyl synthetase  41.46 
 
 		 361 aa  223  9e-57  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1995  Polyprenyl synthetase  44.32 
 
 		 365 aa  219  8.999999999999998e-56  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.465551  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2662  Polyprenyl synthetase  45.08 
 
 		 362 aa  217  5e-55  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5074  polyprenyl synthetase  39.53 
 
 		 374 aa  216  9.999999999999999e-55  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5162  polyprenyl synthetase  39.53 
 
 		 374 aa  216  9.999999999999999e-55  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.18985  normal  0.559036 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4440  polyprenyl synthetase  43.19 
 
 		 384 aa  215  1.9999999999999998e-54  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5453  polyprenyl synthetase  39.53 
 
 		 374 aa  215  1.9999999999999998e-54  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3199  Polyprenyl synthetase  49.81 
 
 		 377 aa  213  5.999999999999999e-54  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000000246433  hitchhiker  0.000997068 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1848  polyprenyl synthetase  41.21 
 
 		 371 aa  213  5.999999999999999e-54  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3312  Polyprenyl synthetase  46.35 
 
 		 347 aa  211  4e-53  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3476  Polyprenyl synthetase  41.45 
 
 		 350 aa  208  2e-52  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_15850  geranylgeranyl pyrophosphate synthase  47.8 
 
 		 369 aa  199  2.0000000000000003e-49  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.250165  normal  0.207317 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2061  Polyprenyl synthetase  51.26 
 
 		 372 aa  193  1e-47  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0993933  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1577  polyprenyl synthetase  39.04 
 
 		 1155 aa  191  2.9999999999999997e-47  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.141416 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1430  Polyprenyl synthetase  37.16 
 
 		 368 aa  187  4e-46  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.28506  normal  0.583365 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1911  Polyprenyl synthetase  53.01 
 
 		 362 aa  186  1.0000000000000001e-45  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000671619 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2503  Polyprenyl synthetase  47.64 
 
 		 385 aa  184  4.0000000000000006e-45  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000233784  hitchhiker  0.00819501 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_13720  geranylgeranyl pyrophosphate synthase  46.71 
 
 		 373 aa  180  8e-44  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0471  Polyprenyl synthetase  44.29 
 
 		 362 aa  178  2e-43  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.25272  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_14310  geranylgeranyl pyrophosphate synthase  35.89 
 
 		 377 aa  178  3e-43  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3574  Polyprenyl synthetase  39.13 
 
 		 380 aa  175  1.9999999999999998e-42  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.504985  normal  1 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1125  Polyprenyl synthetase  38.66 
 
 		 350 aa  163  1e-38  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.0728299  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2252  polyprenyl synthetase  35.01 
 
 		 418 aa  150  6e-35  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.359432  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2299  polyprenyl synthetase  35.01 
 
 		 418 aa  150  6e-35  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2291  polyprenyl synthetase  35.01 
 
 		 418 aa  150  6e-35  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0295  geranylgeranyl pyrophosphate synthase  39.69 
 
 		 360 aa  124  4e-27  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.0106667  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4219  Trans-hexaprenyltranstransferase  34.36 
 
 		 345 aa  119  1.9999999999999998e-25  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.830845  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0316  polyprenyl synthetase  27.51 
 
 		 341 aa  116  2.0000000000000002e-24  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.0314791  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_12750  geranylgeranyl pyrophosphate synthase  38.05 
 
 		 361 aa  114  4.0000000000000004e-24  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.315144  normal  0.841822 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0164  Trans-hexaprenyltranstransferase  32.04 
 
 		 325 aa  112  1.0000000000000001e-23  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0195554  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0510  dimethylallyltransferase  33.58 
 
 		 330 aa  110  6e-23  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0303508 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2681  trans-hexaprenyltranstransferase  35.36 
 
 		 334 aa  108  2e-22  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5946  Trans-hexaprenyltranstransferase  33.8 
 
 		 322 aa  108  2e-22  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.112624  normal  1 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0312  polyprenyl synthetase  29.79 
 
 		 326 aa  108  2e-22  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.440979 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5487  polyprenyl synthetase  32.17 
 
 		 359 aa  108  2e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.057481  normal  0.26211 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7389  Polyprenyl synthetase  35.93 
 
 		 337 aa  108  4e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5067  Trans-hexaprenyltranstransferase  33.56 
 
 		 334 aa  107  6e-22  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0949639  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_21240  geranylgeranyl pyrophosphate synthase  40 
 
 		 358 aa  107  9e-22  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0496  dimethylallyltransferase  33.23 
 
 		 575 aa  107  9e-22  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.432422  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0193  farnesyltranstransferase  32.76 
 
 		 334 aa  107  9e-22  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.000332441  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1102  Trans-hexaprenyltranstransferase  32.67 
 
 		 338 aa  106  1e-21  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0769  Polyprenyl synthetase  31.01 
 
 		 327 aa  106  1e-21  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3918  dimethylallyltranstransferase  33.72 
 
 		 342 aa  106  1e-21  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00996484 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0970  Polyprenyl synthetase  38.66 
 
 		 366 aa  106  2e-21  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.0268682 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1814  farnesyltranstransferase  30.96 
 
 		 322 aa  105  2e-21  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_21410  geranylgeranyl pyrophosphate synthase  33.82 
 
 		 324 aa  106  2e-21  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.242583  hitchhiker  0.0000164953 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_04470  geranylgeranyl pyrophosphate synthase  36.54 
 
 		 382 aa  105  2e-21  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_19620  geranylgeranyl pyrophosphate synthase  33.9 
 
 		 364 aa  105  2e-21  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.0263779 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1076  polyprenyl synthetase  32.47 
 
 		 294 aa  105  3e-21  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00179719  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4051  polyprenyl synthetase  35.59 
 
 		 356 aa  104  4e-21  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0211  Polyprenyl synthetase  32.42 
 
 		 334 aa  104  5e-21  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  0.301992 
 
 
-
 
NC_002950  PG0784  polyprenyl synthetase  33.47 
 
 		 325 aa  104  6e-21  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0534  trans-hexaprenyltranstransferase  33.47 
 
 		 334 aa  104  6e-21  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0658  polyprenyl synthetase  31.09 
 
 		 341 aa  103  7e-21  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.586121  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0533  polyprenyl synthetase  36.36 
 
 		 338 aa  103  7e-21  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.506738 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1417  dimethylallyltranstransferase / geranyltranstransferase  30.43 
 
 		 321 aa  103  8e-21  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  decreased coverage  0.0000231045  decreased coverage  0.000138058 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0392  Dimethylallyltranstransferase  33.12 
 
 		 319 aa  103  9e-21  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0147729  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1286  polyprenyl synthetase  35.29 
 
 		 338 aa  102  2e-20  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.916051  normal  0.252037 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1363  polyprenyl synthetase  29.24 
 
 		 332 aa  102  2e-20  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.36149  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1456  farnesyl-diphosphate synthase  33.86 
 
 		 299 aa  102  2e-20  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.292762  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2004  Trans-hexaprenyltranstransferase  32.38 
 
 		 322 aa  102  2e-20  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0763  Polyprenyl synthetase  36.89 
 
 		 346 aa  102  2e-20  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.830605 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3558  Polyprenyl synthetase  31.98 
 
 		 324 aa  102  2e-20  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.358562  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5018  Polyprenyl synthetase  38.01 
 
 		 346 aa  102  2e-20  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.61988  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1042  polyprenyl synthetase  29.35 
 
 		 317 aa  102  2e-20  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  0.623686 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1267  farnesyltranstransferase  30.04 
 
 		 327 aa  102  3e-20  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.000414362  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1651  Trans-hexaprenyltranstransferase  33.46 
 
 		 322 aa  101  3e-20  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.00299697  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6668  Polyprenyl synthetase  30.51 
 
 		 333 aa  102  3e-20  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0472  farnesyltranstransferase  31.6 
 
 		 327 aa  102  3e-20  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.0424008  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0863  trans-hexaprenyltranstransferase  31.03 
 
 		 343 aa  101  4e-20  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0603068  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2399  farnesyltranstransferase  31.42 
 
 		 322 aa  101  4e-20  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.0453989  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0840  dimethylallyltranstransferase  31.78 
 
 		 327 aa  101  5e-20  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.440008 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3278  polyprenyl synthetase  31.72 
 
 		 313 aa  101  5e-20  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000293097 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>