More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Amir_6668 on replicon NC_013093
Organism: Actinosynnema mirum DSM 43827



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013093  Amir_6668  Polyprenyl synthetase  100 
 
 
333 aa  667    Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_03300  geranylgeranyl pyrophosphate synthase  66.97 
 
 
337 aa  431  1e-120  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1102  Trans-hexaprenyltranstransferase  56.21 
 
 
338 aa  339  5e-92  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0281  trans-hexaprenyltranstransferase  55.52 
 
 
349 aa  337  1.9999999999999998e-91  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0988  Polyprenyl synthetase  58.77 
 
 
326 aa  333  3e-90  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0552  polyprenyl synthetase  56.31 
 
 
338 aa  331  8e-90  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.0863635 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4544  Trans-hexaprenyltranstransferase  58.84 
 
 
352 aa  330  2e-89  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6080  polyprenyl synthetase  55.76 
 
 
338 aa  330  2e-89  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.176249 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4051  polyprenyl synthetase  59.62 
 
 
356 aa  329  3e-89  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0598  Trans-hexaprenyltranstransferase  55.59 
 
 
331 aa  326  4.0000000000000003e-88  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7677  Polyprenyl synthetase  53.7 
 
 
351 aa  324  1e-87  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4449  polyprenyl synthetase  58.05 
 
 
344 aa  325  1e-87  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.0447682 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2681  trans-hexaprenyltranstransferase  55.76 
 
 
334 aa  317  2e-85  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0771  trans-hexaprenyltranstransferase  54.32 
 
 
335 aa  315  6e-85  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0785  trans-hexaprenyltranstransferase  54.32 
 
 
342 aa  315  7e-85  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.856198  normal  0.673254 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0766  trans-hexaprenyltranstransferase  54.52 
 
 
325 aa  314  9.999999999999999e-85  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0295  trans-hexaprenyltranstransferase  54.52 
 
 
331 aa  312  5.999999999999999e-84  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0992  trans-hexaprenyltranstransferase  54.01 
 
 
329 aa  312  5.999999999999999e-84  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10572  polyprenyl-diphosphate synthase grcC1  61.51 
 
 
335 aa  311  1e-83  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.441257 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0534  trans-hexaprenyltranstransferase  52.74 
 
 
334 aa  310  2e-83  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5253  trans-hexaprenyltranstransferase  53.7 
 
 
335 aa  305  6e-82  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5067  Trans-hexaprenyltranstransferase  54.83 
 
 
334 aa  305  6e-82  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0949639  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0733  Trans-hexaprenyltranstransferase  55.69 
 
 
326 aa  305  8.000000000000001e-82  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5946  Trans-hexaprenyltranstransferase  52.34 
 
 
322 aa  304  1.0000000000000001e-81  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.112624  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4404  Trans-hexaprenyltranstransferase  51.37 
 
 
331 aa  290  3e-77  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0649  Polyprenyl synthetase  48.2 
 
 
344 aa  272  6e-72  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.790786  normal  0.0239993 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_07520  geranylgeranyl pyrophosphate synthase  47.6 
 
 
337 aa  265  7e-70  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.0633826 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0483  Polyprenyl synthetase  47.59 
 
 
343 aa  264  2e-69  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2825  Polyprenyl synthetase  47.84 
 
 
366 aa  261  8.999999999999999e-69  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0348923 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0553  Polyprenyl synthetase  47.72 
 
 
336 aa  258  1e-67  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.926134 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_21410  geranylgeranyl pyrophosphate synthase  46.79 
 
 
324 aa  257  2e-67  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.242583  hitchhiker  0.0000164953 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2702  Trans-hexaprenyltranstransferase  48.62 
 
 
335 aa  256  5e-67  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3130  trans-hexaprenyltranstransferase  47.84 
 
 
367 aa  256  5e-67  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_21620  geranylgeranyl pyrophosphate synthase  44.92 
 
 
335 aa  256  6e-67  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.751296  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3215  Polyprenyl synthetase  47.71 
 
 
334 aa  252  8.000000000000001e-66  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.119356 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_17720  geranylgeranyl pyrophosphate synthase  43.47 
 
 
354 aa  235  9e-61  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11007  polyprenyl-diphosphate synthase grcC2  44.69 
 
 
325 aa  234  1.0000000000000001e-60  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.0000000025551  normal  0.239328 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0470  heptaprenyl diphosphate synthase component II  37.38 
 
 
320 aa  204  3e-51  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1248  Trans-hexaprenyltranstransferase  34.82 
 
 
323 aa  202  8e-51  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1608  heptaprenyl diphosphate synthase component II  35.33 
 
 
320 aa  200  3e-50  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00241713 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1424  heptaprenyl diphosphate synthase component II  35.33 
 
 
323 aa  200  3e-50  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1396  heptaprenyl diphosphate synthase component II  35.33 
 
 
323 aa  200  3e-50  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.901054  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1535  heptaprenyl diphosphate synthase component II  35.33 
 
 
320 aa  200  3e-50  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0794192  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1237  heptaprenyl diphosphate synthase component II  35.74 
 
 
320 aa  200  3e-50  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.154205  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1396  heptaprenyl diphosphate synthase component II  35.33 
 
 
323 aa  200  3.9999999999999996e-50  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.947918  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1677  heptaprenyl diphosphate synthase component II  35.33 
 
 
320 aa  199  3.9999999999999996e-50  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000206272  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1641  heptaprenyl diphosphate synthase component II  35.02 
 
 
320 aa  199  6e-50  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0641659  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2149  heptaprenyl diphosphate synthase component II  34.62 
 
 
320 aa  198  7.999999999999999e-50  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000000900813  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1438  heptaprenyl diphosphate synthase component II  35.02 
 
 
320 aa  197  2.0000000000000003e-49  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1570  heptaprenyl diphosphate synthase component II  35.02 
 
 
320 aa  196  3e-49  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3775  heptaprenyl diphosphate synthase component II  35.02 
 
 
320 aa  196  5.000000000000001e-49  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0992348  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1252  trans-hexaprenyltranstransferase  37.42 
 
 
322 aa  195  7e-49  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.192713 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3742  farnesyltranstransferase  38.23 
 
 
336 aa  192  8e-48  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.326793  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2166  trans-hexaprenyltranstransferase  33.33 
 
 
320 aa  192  9e-48  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3361  Polyprenyl synthetase  36.31 
 
 
322 aa  190  2.9999999999999997e-47  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00532412  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1350  trans-hexaprenyltranstransferase  35.96 
 
 
318 aa  189  4e-47  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1262  Trans-hexaprenyltranstransferase  38.14 
 
 
320 aa  187  2e-46  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0680  trans-hexaprenyltranstransferase  33.53 
 
 
322 aa  182  7e-45  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.000360106  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3623  octaprenyl diphosphate synthase  34.84 
 
 
323 aa  182  9.000000000000001e-45  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00000129591  normal  0.282199 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2830  trans-hexaprenyltranstransferase  33.12 
 
 
333 aa  181  2e-44  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000000446804  normal  0.601872 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_06761  polyprenyl synthetase; solanesyl diphosphate synthase (sds)  33.56 
 
 
323 aa  178  1e-43  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0149  Trans-hexaprenyltranstransferase  37.99 
 
 
338 aa  178  1e-43  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3380  octaprenyl diphosphate synthase  34.3 
 
 
323 aa  177  2e-43  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  1.3954399999999998e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0360  octaprenyl-diphosphate synthase  32.15 
 
 
323 aa  177  2e-43  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.00089716  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1432  polyprenyl synthetase  35.29 
 
 
344 aa  177  2e-43  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0157  trans-hexaprenyltranstransferase  33.33 
 
 
323 aa  177  2e-43  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.5711 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0854  farnesyltranstransferase  33.75 
 
 
322 aa  177  2e-43  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001674  octaprenyl-diphosphate synthase/dimethylallyltransferase/geranyltranstransferase/ geranylgeranyl pyrophosphate synthetase  33.12 
 
 
323 aa  176  4e-43  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000010929  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03052  octaprenyl diphosphate synthase  33.98 
 
 
323 aa  176  6e-43  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0077638  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0520  Polyprenyl synthetase  33.98 
 
 
323 aa  176  6e-43  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000996752  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03003  hypothetical protein  33.98 
 
 
323 aa  176  6e-43  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00507808  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1557  polyprenyl synthetase  32.36 
 
 
319 aa  176  6e-43  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3673  octaprenyl diphosphate synthase  33.98 
 
 
323 aa  176  6e-43  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000447788  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0513  octaprenyl diphosphate synthase  33.98 
 
 
323 aa  176  6e-43  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000265793  normal  0.0203333 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3483  octaprenyl diphosphate synthase  33.98 
 
 
323 aa  176  6e-43  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000000324786  normal 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1527  polyprenyl synthetase  32.36 
 
 
319 aa  176  6e-43  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.261183  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2470  polyprenyl synthetase  36.2 
 
 
333 aa  175  8e-43  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.870364  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3602  octaprenyl diphosphate synthase  33.44 
 
 
370 aa  174  9.999999999999999e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0102331  normal  0.778789 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3664  octaprenyl diphosphate synthase  33.44 
 
 
370 aa  174  9.999999999999999e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.000479372  normal  0.0578061 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0055  polyprenyl synthetase; solanesyl diphosphate synthase (sds)  32.88 
 
 
323 aa  174  9.999999999999999e-43  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.827638  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3495  octaprenyl diphosphate synthase  33.44 
 
 
370 aa  174  9.999999999999999e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  unclonable  0.00000000000567296  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3497  octaprenyl diphosphate synthase  33.44 
 
 
370 aa  174  9.999999999999999e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.000502837  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4509  octaprenyl diphosphate synthase  33.66 
 
 
323 aa  174  9.999999999999999e-43  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000000159787  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3566  octaprenyl diphosphate synthase  33.44 
 
 
370 aa  174  9.999999999999999e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.000499434  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1469  polyprenyl synthetase  33.88 
 
 
323 aa  174  1.9999999999999998e-42  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.793711  normal  0.386574 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3583  octaprenyl diphosphate synthase  33.66 
 
 
323 aa  174  1.9999999999999998e-42  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000015877  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1905  Polyprenyl synthetase  42.44 
 
 
338 aa  173  2.9999999999999996e-42  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0054  Polyprenyl synthetase  37.58 
 
 
358 aa  172  5e-42  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  hitchhiker  0.00942137  normal  0.0473484 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1003  polyprenyl synthetase  31.55 
 
 
323 aa  172  6.999999999999999e-42  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000127512  decreased coverage  0.00000500836 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2852  octaprenyl-diphosphate synthase  31.93 
 
 
348 aa  172  7.999999999999999e-42  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000355591  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00798  octaprenyl-diphosphate synthase  32.69 
 
 
323 aa  172  9e-42  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0750  geranylgeranyl pyrophosphate synthase/polyprenyl synthetase  36.51 
 
 
333 aa  172  1e-41  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1365  Polyprenyl synthetase  33.23 
 
 
322 aa  171  1e-41  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2406  trans-hexaprenyltranstransferase  36.51 
 
 
333 aa  171  1e-41  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.463272  normal  0.792362 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0953  trans-hexaprenyltranstransferase  31.76 
 
 
323 aa  171  2e-41  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0940385  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4239  polyprenyl synthetase  29.78 
 
 
326 aa  171  2e-41  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  unclonable  0.0000000759134  hitchhiker  0.000000348565 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0618  polyprenyl synthetase; solanesyl diphosphate synthase (sds)  30.53 
 
 
323 aa  170  3e-41  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1007  phage tail region protein  29.75 
 
 
320 aa  170  3e-41  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000193077  normal 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1137  trans-hexaprenyltranstransferase  32.51 
 
 
323 aa  170  4e-41  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.11534  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_14830  heptaprenyl diphosphate synthase component II  29.03 
 
 
326 aa  170  4e-41  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>