More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_0982 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013037  Dfer_0982  efflux transporter, RND family, MFP subunit  100 
 
 
363 aa  747    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.407835  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2947  efflux transporter, RND family, MFP subunit  73.18 
 
 
363 aa  531  1e-150  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4407  RND family efflux transporter MFP subunit  66.2 
 
 
360 aa  486  1e-136  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2859  acridine efflux pump  67.6 
 
 
373 aa  473  1e-132  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.768203  normal  0.0209077 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0374  secretion protein HlyD  61.1 
 
 
368 aa  463  1e-129  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.0795061 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5179  efflux transporter, RND family, MFP subunit  60.39 
 
 
361 aa  447  1.0000000000000001e-124  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00472624 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2953  efflux transporter, RND family, MFP subunit  59.56 
 
 
360 aa  442  1e-123  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2230  RND family efflux transporter MFP subunit  57.82 
 
 
362 aa  426  1e-118  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5359  efflux transporter, RND family, MFP subunit  58.45 
 
 
360 aa  416  9.999999999999999e-116  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.954819  normal  0.588118 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4863  RND family efflux transporter MFP subunit  57.18 
 
 
360 aa  413  1e-114  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.176323  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1728  secretion protein HlyD  53.44 
 
 
363 aa  400  9.999999999999999e-111  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0143164  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0537  HlyD family multidrug resistance protein  40.82 
 
 
381 aa  295  9e-79  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.996753  normal  0.690705 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2852  efflux transporter, RND family, MFP subunit  53.02 
 
 
520 aa  285  1.0000000000000001e-75  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4642  efflux transporter, RND family, MFP subunit  41.14 
 
 
383 aa  262  6e-69  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.195012  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6592  efflux transporter, RND family, MFP subunit  39.2 
 
 
378 aa  260  2e-68  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3340  efflux transporter, RND family, MFP subunit  37.9 
 
 
371 aa  246  4e-64  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.0315517 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3238  RND family efflux transporter MFP subunit  30.75 
 
 
368 aa  213  3.9999999999999995e-54  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4132  RND family efflux transporter MFP subunit  32.84 
 
 
384 aa  187  4e-46  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3575  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.82 
 
 
379 aa  182  6e-45  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0183852  normal  0.158176 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1247  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.17 
 
 
389 aa  181  2e-44  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.374762  normal  0.534332 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5537  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.08 
 
 
375 aa  179  7e-44  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.728308  normal  0.481729 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1188  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.83 
 
 
389 aa  176  4e-43  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.856123  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4299  RND family efflux transporter MFP subunit  31.79 
 
 
405 aa  176  5e-43  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2259  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.82 
 
 
397 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.141283  normal  0.411522 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1117  efflux transporter, RND family, MFP subunit  33.04 
 
 
376 aa  170  3e-41  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0140148  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2173  efflux transporter, RND family, MFP subunit  33.24 
 
 
393 aa  170  3e-41  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0822  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.97 
 
 
390 aa  168  1e-40  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.191782  normal  0.633382 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0292  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.48 
 
 
366 aa  167  2e-40  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.390239  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1204  secretion protein HlyD  30.61 
 
 
395 aa  165  1.0000000000000001e-39  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.377097  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2783  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.11 
 
 
393 aa  164  2.0000000000000002e-39  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00987855 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3019  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.26 
 
 
378 aa  163  5.0000000000000005e-39  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.809394  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4802  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.14 
 
 
398 aa  163  5.0000000000000005e-39  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000012488 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1564  RND family efflux transporter MFP subunit  30.35 
 
 
369 aa  161  2e-38  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  unclonable  0.000000112948  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6106  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.56 
 
 
378 aa  158  1e-37  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1067  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.25 
 
 
391 aa  157  4e-37  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  decreased coverage  0.000252486  hitchhiker  0.000793327 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1400  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.3 
 
 
399 aa  154  2.9999999999999998e-36  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.000127527  normal  0.840586 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1458  RND family efflux transporter MFP subunit  30.45 
 
 
422 aa  152  8e-36  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.235103  hitchhiker  0.000537348 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0806  secretion protein HlyD  33.22 
 
 
371 aa  152  1e-35  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10068  Secretion protein HlyD  29.61 
 
 
367 aa  151  2e-35  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.305445  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3228  RND family efflux transporter MFP subunit  31.92 
 
 
378 aa  149  6e-35  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2901  RND family efflux transporter MFP subunit  30.89 
 
 
394 aa  149  9e-35  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0849  secretion protein HlyD  28.53 
 
 
441 aa  147  3e-34  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2164  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.83 
 
 
405 aa  147  3e-34  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3579  putative transmembrane multidrug efflux system transmembrane protein  28.01 
 
 
414 aa  142  8e-33  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1433  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.86 
 
 
373 aa  142  9e-33  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.195416  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3094  putative efflux transporter  29.86 
 
 
393 aa  142  9.999999999999999e-33  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000031387  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0906  RND family efflux transporter MFP subunit  30.84 
 
 
391 aa  141  1.9999999999999998e-32  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000504  probable Co/Zn/Cd efflux system membrane fusion protein  29.1 
 
 
375 aa  140  3.9999999999999997e-32  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2106  RND family efflux transporter MFP subunit  28.21 
 
 
408 aa  139  7e-32  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.553946  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1229  RND efflux system membrane fusion protein  28.53 
 
 
428 aa  139  7.999999999999999e-32  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0847833 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1930  RND family efflux transporter MFP subunit  30.72 
 
 
388 aa  138  1e-31  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0761316  hitchhiker  0.00258561 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3930  RND family efflux transporter MFP subunit  28.03 
 
 
400 aa  137  2e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2644  RND family efflux transporter MFP subunit  30.43 
 
 
385 aa  137  3.0000000000000003e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3797  RND family efflux transporter MFP subunit  30.32 
 
 
376 aa  137  3.0000000000000003e-31  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1567  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.39 
 
 
408 aa  136  6.0000000000000005e-31  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.351926 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2659  secretion protein HlyD  28.69 
 
 
417 aa  135  9e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2639  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.16 
 
 
436 aa  135  9e-31  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1596  HlyD family multidrug efflux protein  27.35 
 
 
371 aa  135  9.999999999999999e-31  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.616153  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3107  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.17 
 
 
392 aa  135  9.999999999999999e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.32243 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1466  RND family efflux transporter MFP subunit  29.05 
 
 
409 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.511584  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1840  RND family efflux transporter MFP subunit  29.05 
 
 
409 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0416  multidrug efflux pump BpeE  29.05 
 
 
406 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0827  multidrug efflux pump BpeE  29.05 
 
 
406 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.747872  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2144  multidrug efflux pump BpeE  29.05 
 
 
406 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0806  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.35 
 
 
380 aa  133  3.9999999999999996e-30  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0513  multidrug efflux pump BpeE  28.75 
 
 
409 aa  133  5e-30  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0042  secretion protein HlyD  28.21 
 
 
391 aa  133  5e-30  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4070  secretion protein HlyD  26.58 
 
 
405 aa  133  5e-30  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.409958  normal  0.154431 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6556  RND family efflux transporter MFP subunit  25.21 
 
 
399 aa  132  6.999999999999999e-30  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.254371  normal  0.769115 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1004  HlyD family secretion protein  29.68 
 
 
414 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0295  HlyD family secretion protein  27.09 
 
 
405 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5362  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.36 
 
 
377 aa  131  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1792  secretion protein HlyD  31.06 
 
 
412 aa  131  2.0000000000000002e-29  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.567297  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4148  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.55 
 
 
560 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4699  RND family efflux transporter MFP subunit  27.09 
 
 
405 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5537  RND family efflux transporter MFP subunit  30.67 
 
 
400 aa  130  3e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.168619  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5230  RND family efflux transporter MFP subunit  27.09 
 
 
405 aa  130  3e-29  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0639393  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4225  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.11 
 
 
436 aa  130  3e-29  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.996717 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4335  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.11 
 
 
436 aa  130  3e-29  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.514202  normal  0.256174 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3621  secretion protein HlyD  30.67 
 
 
400 aa  130  3e-29  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0679447  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0015  secretion protein, HlyD family  30.41 
 
 
372 aa  130  3e-29  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4746  RND family efflux transporter MFP subunit  30.67 
 
 
400 aa  130  3e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00758562 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0410  RND family efflux transporter MFP subunit  26.5 
 
 
407 aa  130  3e-29  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4669  RND family efflux transporter MFP subunit  25.79 
 
 
399 aa  130  5.0000000000000004e-29  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.287204  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0647  RND family efflux transporter MFP subunit  27.58 
 
 
425 aa  129  6e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3063  secretion protein HlyD  27.4 
 
 
412 aa  129  8.000000000000001e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.000572272  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0041  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.77 
 
 
378 aa  129  8.000000000000001e-29  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.89791  normal  0.261432 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5071  RND family efflux transporter MFP subunit  26.09 
 
 
377 aa  128  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.212583  normal  0.0344609 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1622  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.56 
 
 
415 aa  128  2.0000000000000002e-28  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.1162  normal  0.0945961 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5503  RND family efflux transporter MFP subunit  27.58 
 
 
445 aa  128  2.0000000000000002e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  decreased coverage  0.00522591  normal 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6072  RND family efflux transporter MFP subunit  24.93 
 
 
399 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1074  RND family efflux transporter MFP subunit  27.62 
 
 
405 aa  128  2.0000000000000002e-28  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.151684  normal  0.62301 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_44050  multidrug efflux pump membrane fusion protein  26.61 
 
 
427 aa  127  3e-28  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3099  multidrug efflux RND membrane fusion protein MexE  27.76 
 
 
414 aa  127  3e-28  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.165228  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0849  RND efflux system membrane fusion protein  26.99 
 
 
418 aa  127  3e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.8894  decreased coverage  0.000437743 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5708  secretion protein HlyD  24.93 
 
 
429 aa  127  3e-28  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2967  secretion protein HlyD  28.33 
 
 
413 aa  127  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.400142  normal  0.180224 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2338  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.84 
 
 
373 aa  127  4.0000000000000003e-28  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4534  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.99 
 
 
424 aa  127  4.0000000000000003e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.452412  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3456  RND family efflux transporter MFP subunit  25.99 
 
 
391 aa  127  4.0000000000000003e-28  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>