More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_0641 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013037  Dfer_0641  anti-FecI sigma factor, FecR  100 
 
 		 339 aa  696    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.0804567 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1219  anti-FecI sigma factor, FecR  43.03 
 
 		 333 aa  264  2e-69  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6285  anti-FecI sigma factor, FecR  40.94 
 
 		 333 aa  248  8e-65  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.409432 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0592  anti-FecI sigma factor, FecR  39.04 
 
 		 344 aa  225  1e-57  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.0122944 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0105  anti-FecI sigma factor, FecR  39.56 
 
 		 339 aa  213  2.9999999999999995e-54  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4716  anti-FecI sigma factor, FecR  35.24 
 
 		 339 aa  211  1e-53  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.482399  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5656  anti-FecI sigma factor, FecR  32.74 
 
 		 332 aa  160  4e-38  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.175344  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6449  anti-FecI sigma factor, FecR  29.94 
 
 		 328 aa  130  4.0000000000000003e-29  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1096  anti-FecI sigma factor, FecR  30.06 
 
 		 333 aa  128  2.0000000000000002e-28  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5329  anti-FecI sigma factor, FecR  34.47 
 
 		 322 aa  127  3e-28  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  decreased coverage  0.0000000155161  normal  0.240283 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3389  anti-FecI sigma factor, FecR  34.84 
 
 		 355 aa  118  9.999999999999999e-26  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.44956 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6149  anti-FecI sigma factor, FecR  31.37 
 
 		 340 aa  100  3e-20  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0059  FecR protein  30.35 
 
 		 334 aa  100  4e-20  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0775  anti-FecI sigma factor, FecR  30.82 
 
 		 316 aa  99  1e-19  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.909787  normal  0.445044 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6467  anti-FecI sigma factor, FecR  33.17 
 
 		 351 aa  98.2  2e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  unclonable  0.000000025711  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2436  anti-FecI sigma factor, FecR  28.62 
 
 		 337 aa  96.7  6e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.862248 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2396  putative FecR  31.96 
 
 		 331 aa  90.5  4e-17  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0170576  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0896  anti-FecI sigma factor, FecR  31.84 
 
 		 320 aa  89.7  6e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.823331  normal  0.189227 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0866  anti-FecI sigma factor, FecR  31.84 
 
 		 328 aa  88.6  1e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10460  Anti-sigma factor, FecR family  31 
 
 		 328 aa  87.8  3e-16  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.491124  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4790  anti-FecI sigma factor, FecR  24.11 
 
 		 324 aa  86.7  5e-16  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0252158  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0930  putative FecR  28.24 
 
 		 329 aa  85.5  0.000000000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.127037  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1439  putative FecR  29.41 
 
 		 328 aa  85.1  0.000000000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0910  anti-FecI sigma factor, FecR  30.41 
 
 		 320 aa  85.9  0.000000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0697892 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1977  putative FecR  29.81 
 
 		 334 aa  84.7  0.000000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.28422  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4312  anti-FecI sigma factor, FecR  31.34 
 
 		 320 aa  85.1  0.000000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0130371 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0709  FecR protein  35.48 
 
 		 398 aa  83.6  0.000000000000004  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3785  putative FecR  30.48 
 
 		 327 aa  83.6  0.000000000000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.744864 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2437  anti-FecI sigma factor, FecR  28.04 
 
 		 344 aa  83.6  0.000000000000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5485  anti-FecI sigma factor, FecR  31.09 
 
 		 337 aa  83.6  0.000000000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.996805  normal  0.0475249 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7284  two component sensor kinase  28.14 
 
 		 319 aa  82  0.00000000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1521  putative FecR  32.24 
 
 		 336 aa  82.4  0.00000000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1076  anti-FecI sigma factor, FecR  26.05 
 
 		 347 aa  82.4  0.00000000000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2355  FecR protein  29.91 
 
 		 345 aa  81.6  0.00000000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.204979  normal  0.538209 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3336  anti-FecI sigma factor, FecR  31.1 
 
 		 367 aa  81.6  0.00000000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1715  anti-FecI sigma factor, FecR  24.35 
 
 		 324 aa  81.3  0.00000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009008  RSP_4274  FecR protein  30.59 
 
 		 324 aa  80.9  0.00000000000003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3391  FecR protein  32.72 
 
 		 424 aa  80.1  0.00000000000005  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.335888  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6567  anti-FecI sigma factor, FecR  28.21 
 
 		 365 aa  80.1  0.00000000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0766801  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2244  anti-FecI sigma factor, FecR  31.51 
 
 		 333 aa  79.7  0.00000000000006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.712365  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0442  FecR protein  31.5 
 
 		 390 aa  79.7  0.00000000000006  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3080  FecR protein  29.81 
 
 		 317 aa  79.7  0.00000000000007  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0658  anti-FecI sigma factor, FecR  34.48 
 
 		 379 aa  79.3  0.00000000000008  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009040  Rsph17029_4120  putative FecR  30.14 
 
 		 324 aa  79.3  0.00000000000009  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2142  FecR protein  29.82 
 
 		 342 aa  78.6  0.0000000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0332173  normal  0.0487008 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0657  FecR protein  28.85 
 
 		 337 aa  79  0.0000000000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2076  anti-FecI sigma factor, FecR  32.24 
 
 		 336 aa  79  0.0000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.773044  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1149  anti-FecI sigma factor, FecR  27.78 
 
 		 330 aa  78.6  0.0000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0373323  normal  0.0975696 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1989  anti-FecI sigma factor, FecR  29.17 
 
 		 344 aa  79  0.0000000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3977  anti-FecI sigma factor, FecR  36.99 
 
 		 386 aa  78.6  0.0000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.128931  normal  0.658799 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2358  hypothetical protein  29.36 
 
 		 342 aa  77.8  0.0000000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0172911  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5954  anti-FecI sigma factor, FecR  28.77 
 
 		 315 aa  77.8  0.0000000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0140157 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2919  putative IRON transport-sensory transduction transmembrane protein  30.67 
 
 		 274 aa  77.4  0.0000000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.645522 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2017  anti-FecI sigma factor, FecR  30.22 
 
 		 345 aa  77.8  0.0000000000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.764723 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3252  anti-FecI sigma factor, FecR  28.51 
 
 		 308 aa  77.4  0.0000000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.451984  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5659  anti-FecI sigma factor, FecR  29.08 
 
 		 329 aa  77.4  0.0000000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3220  anti-FecI sigma factor, FecR  33.33 
 
 		 385 aa  77  0.0000000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0244  putative regulatory protein  23.96 
 
 		 345 aa  77  0.0000000000005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2727  anti-FecI sigma factor, FecR  30.84 
 
 		 325 aa  77  0.0000000000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.135065 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2711  FecR protein  31.77 
 
 		 383 aa  76.6  0.0000000000006  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1630  putative FecR  30.2 
 
 		 324 aa  76.3  0.0000000000007  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.294588 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25400  Anti-sigma factor, FecR family  29.9 
 
 		 277 aa  76.3  0.0000000000008  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1119  putative FecR  30.6 
 
 		 357 aa  75.9  0.0000000000009  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.52512  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0305  anti-FecI sigma factor, FecR  23.91 
 
 		 310 aa  75.9  0.0000000000009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1339  FecR protein  26.39 
 
 		 319 aa  75.5  0.000000000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0654  anti-FecI sigma factor, FecR  30.49 
 
 		 319 aa  75.5  0.000000000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.787898  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3990  FecR protein  33.16 
 
 		 367 aa  75.5  0.000000000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03880  Anti-sigma factor protein, FecR family  27.75 
 
 		 335 aa  75.1  0.000000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.936876  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0857  anti-FecI sigma factor, FecR  29.85 
 
 		 328 aa  74.7  0.000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.407643  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3803  anti-FecI sigma factor, FecR  31.44 
 
 		 378 aa  75.1  0.000000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.818134  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6759  anti-FecI sigma factor, FecR  25 
 
 		 329 aa  74.7  0.000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3555  anti-FecI sigma factor, FecR  30.37 
 
 		 335 aa  73.9  0.000000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.170441  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2882  FecR protein  29.91 
 
 		 334 aa  73.9  0.000000000003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.35627 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3700  anti-FecI sigma factor, FecR  29.13 
 
 		 321 aa  74.3  0.000000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.176614  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2245  FecR protein  33.5 
 
 		 396 aa  74.3  0.000000000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2375  FecR protein  31.02 
 
 		 412 aa  73.9  0.000000000004  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0596034  normal  0.112561 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1073  FecR protein  30.34 
 
 		 384 aa  73.9  0.000000000004  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.356494 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0971  anti-FecI sigma factor, FecR  32.96 
 
 		 382 aa  73.6  0.000000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3383  FecR protein  30.53 
 
 		 375 aa  72.8  0.000000000007  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4607  anti-FecI sigma factor, FecR  26.85 
 
 		 326 aa  72.8  0.000000000008  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02746  putative regulatory protein  30 
 
 		 351 aa  72.8  0.000000000008  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3758  FecR protein  27 
 
 		 324 aa  72.4  0.00000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0320078 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1382  FecR protein  30.65 
 
 		 398 aa  72.4  0.00000000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.240373 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1660  FecR protein  31.19 
 
 		 408 aa  72  0.00000000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.15586 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1078  anti-FecI sigma factor, FecR  29.38 
 
 		 339 aa  72  0.00000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.235288 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2138  FecR protein  29.89 
 
 		 378 aa  72.4  0.00000000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.131485 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2531  FecR protein  32.45 
 
 		 390 aa  72.4  0.00000000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1381  anti-FecI sigma factor, FecR  31.73 
 
 		 408 aa  71.2  0.00000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0722919  normal  0.75398 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1733  FecR protein  29.1 
 
 		 319 aa  71.6  0.00000000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.204897 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2367  anti-FecI sigma factor, FecR  29.58 
 
 		 335 aa  71.6  0.00000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4466  anti-FecI sigma factor, FecR  26.85 
 
 		 326 aa  71.6  0.00000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0228  putative transmembrane sensor  27.95 
 
 		 331 aa  71.6  0.00000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3275  anti-FecI sigma factor, FecR  31.5 
 
 		 327 aa  71.2  0.00000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0559044 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2125  anti-FecI sigma factor, FecR  29.76 
 
 		 333 aa  70.9  0.00000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.32848 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1968  anti-FecI sigma factor, FecR  28.45 
 
 		 336 aa  70.9  0.00000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.629928 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6732  anti-FecI sigma factor, FecR  32.16 
 
 		 394 aa  70.9  0.00000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  decreased coverage  0.000497834  normal  0.141975 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5148  anti-FecI sigma factor, FecR  27.8 
 
 		 413 aa  70.9  0.00000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.114166  normal  0.012377 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2564  putative FecR  29.58 
 
 		 333 aa  70.5  0.00000000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.34255  normal  0.474352 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2284  FecR protein  30.65 
 
 		 376 aa  70.5  0.00000000004  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00158027 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1767  anti-FecI sigma factor, FecR  34.1 
 
 		 398 aa  70.5  0.00000000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.235581 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>