More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dde_3089 on replicon NC_007519
Organism: Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007519  Dde_3089  dihydrouridine synthase family protein  100 
 
 
376 aa  766    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2651  dihydrouridine synthase DuS  62.6 
 
 
383 aa  434  1e-120  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2299  dihydrouridine synthase, DuS  62.76 
 
 
332 aa  421  1e-116  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.755764 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1780  dihydrouridine synthase DuS  58.84 
 
 
340 aa  373  1e-102  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.433236  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0483  dihydrouridine synthase DuS  48.95 
 
 
341 aa  317  3e-85  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.322917 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1867  TIM-barrel protein, nifR3 family  40.13 
 
 
326 aa  180  4e-44  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.712125  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1813  nifR3 family TIM-barrel protein  38.61 
 
 
352 aa  177  3e-43  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.675437  normal  0.130606 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2866  nifR3 family TIM-barrel protein  34.32 
 
 
326 aa  173  3.9999999999999995e-42  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000362833  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0172  nifR3 family TIM-barrel protein  43.04 
 
 
319 aa  172  6.999999999999999e-42  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000224205  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0247  TIM-barrel protein, nifR3 family  42.02 
 
 
322 aa  171  2e-41  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0897176  normal  0.676091 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1464  nifR3 family TIM-barrel protein  34.8 
 
 
362 aa  171  2e-41  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00679382  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1005  dihydrouridine synthase family protein  40.91 
 
 
325 aa  170  3e-41  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.667167  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2807  TIM-barrel protein, nifR3 family  38.43 
 
 
321 aa  171  3e-41  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.100428  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2561  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  36.49 
 
 
324 aa  169  5e-41  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000534823 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0914  nifR3 family TIM-barrel protein  35.88 
 
 
347 aa  169  5e-41  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.106236  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1650  TIM-barrel protein, nifR3 family  44.16 
 
 
330 aa  169  8e-41  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.464846  normal  0.0220296 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1926  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  34.69 
 
 
351 aa  163  4.0000000000000004e-39  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0994429  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0112  TIM-barrel protein, nifR3 family  32.48 
 
 
327 aa  163  5.0000000000000005e-39  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.518902  hitchhiker  0.000116577 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2788  TIM-barrel protein, nifR3 family  38.02 
 
 
325 aa  163  6e-39  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00335838  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1403  TIM-barrel protein, nifR3 family  38.02 
 
 
321 aa  162  7e-39  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000126451 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0154  TIM-barrel protein, nifR3 family  36.3 
 
 
351 aa  162  8.000000000000001e-39  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.386223  normal  0.0859714 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2783  putative dihydrouridine synthase  33.58 
 
 
326 aa  160  2e-38  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2469  putative dihydrouridine synthase  33.58 
 
 
326 aa  160  2e-38  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0864  nifR3 family TIM-barrel protein  39.58 
 
 
349 aa  160  3e-38  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0273  nifR3 family TIM-barrel protein  37.08 
 
 
347 aa  159  7e-38  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3612  TIM-barrel protein, nifR3 family  32.3 
 
 
357 aa  158  1e-37  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.807702  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3077  nifR3 family TIM-barrel protein  35.35 
 
 
329 aa  158  1e-37  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0935  NifR3 family TIM-barrel protein  34.42 
 
 
370 aa  157  2e-37  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.489775  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3447  TIM-barrel protein, nifR3 family  35.74 
 
 
337 aa  158  2e-37  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0645  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  32.17 
 
 
350 aa  157  3e-37  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.446085  normal  0.634764 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0110  nifR3 family TIM-barrel protein  39.75 
 
 
318 aa  156  4e-37  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.0000348489  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0025  NifR3 family protein  31.43 
 
 
320 aa  156  5.0000000000000005e-37  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2685  nifR3 family TIM-barrel protein  37.71 
 
 
322 aa  156  5.0000000000000005e-37  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00000366446  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0030  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  36.82 
 
 
370 aa  156  5.0000000000000005e-37  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.405013  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0199  dihydrouridine synthase DuS  35.6 
 
 
362 aa  156  5.0000000000000005e-37  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2083  TIM-barrel protein, nifR3 family  39.92 
 
 
328 aa  155  1e-36  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0425  NifR3 family TIM-barrel protein  37.29 
 
 
324 aa  155  1e-36  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0176336  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2942  TIM-barrel protein, nifR3 family  35.68 
 
 
320 aa  155  1e-36  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000172076  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00690  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  37.24 
 
 
333 aa  154  2e-36  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0245  nifR3 family TIM-barrel protein  33.33 
 
 
333 aa  153  4e-36  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.17015 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1277  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  33.45 
 
 
332 aa  153  5.9999999999999996e-36  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.360448  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0161  TIM-barrel protein, nifR3 family  41.41 
 
 
321 aa  151  2e-35  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.0000000000000141339  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2449  TIM-barrel protein  32.7 
 
 
351 aa  151  2e-35  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.102177  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_11870  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  33.13 
 
 
419 aa  151  2e-35  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0673914  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2132  nitrogen regulation protein  34.72 
 
 
332 aa  149  6e-35  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.296899  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2300  TIM-barrel protein, nifR3 family  33.92 
 
 
351 aa  149  8e-35  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0905985  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_10310  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  39.04 
 
 
341 aa  148  1.0000000000000001e-34  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.193475  unclonable  0.00000000180311 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1300  NifR3 family TIM-barrel protein  31.11 
 
 
343 aa  147  2.0000000000000003e-34  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_10981  nitrogen regulation protein NifR3 family-like protein  29.15 
 
 
335 aa  148  2.0000000000000003e-34  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1078  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  30.89 
 
 
343 aa  148  2.0000000000000003e-34  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.165746  normal  0.195756 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04682  tRNA-dihydrouridine synthase B  32.99 
 
 
332 aa  147  3e-34  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.965401  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1019  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  28.75 
 
 
335 aa  147  3e-34  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.192901  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0131  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  33.79 
 
 
337 aa  147  3e-34  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.1484  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0048  nifR3 family TIM-barrel protein  38.52 
 
 
335 aa  147  4.0000000000000006e-34  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.11245  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1992  dihydrouridine synthase  30.23 
 
 
342 aa  146  6e-34  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0373  putative tRNA-dihydrouridine synthase  31.91 
 
 
331 aa  145  1e-33  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6811  TIM-barrel protein, nifR3 family  33.55 
 
 
393 aa  145  1e-33  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.394979  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0637  TIM-barrel protein, nifR3 family  33.22 
 
 
331 aa  145  1e-33  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.382547  normal  0.299268 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_06240  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  31.71 
 
 
436 aa  145  1e-33  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_10941  nitrogen regulation protein NifR3 family-like protein  28.79 
 
 
335 aa  144  3e-33  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.48953  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_10981  nitrogen regulation protein NifR3 family-like protein  28.84 
 
 
335 aa  144  3e-33  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1325  nifR3 family TIM-barrel protein  31.45 
 
 
334 aa  144  4e-33  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.544118  normal  0.772005 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0231  putative transcriptional regulator  35.86 
 
 
325 aa  143  4e-33  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1810  TIM-barrel protein, nifR3 family  31.76 
 
 
338 aa  143  5e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.752321  hitchhiker  0.00592071 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_04411  tRNA-dihydrouridine synthase  35.19 
 
 
330 aa  143  5e-33  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.324632  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5572  hypothetical protein  38.14 
 
 
332 aa  143  6e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_13830  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  31.86 
 
 
406 aa  143  6e-33  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.144001  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64180  hypothetical protein  38.14 
 
 
332 aa  143  6e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_37590  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  33.33 
 
 
379 aa  142  7e-33  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.298865 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4820  NifR3 family TIM-barrel protein  32.72 
 
 
337 aa  142  9.999999999999999e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1825  NifR3/Smm1 family protein  36.25 
 
 
325 aa  142  9.999999999999999e-33  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1724  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  35.19 
 
 
330 aa  142  9.999999999999999e-33  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0550  NifR3/Smm1 family protein  30.14 
 
 
338 aa  141  1.9999999999999998e-32  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  unclonable  0.000498133  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1752  dihydrouridine synthase (Dus) superfamily protein  28.62 
 
 
307 aa  141  1.9999999999999998e-32  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.0711184  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1691  TIM-barrel protein, nifR3 family  31.79 
 
 
333 aa  141  1.9999999999999998e-32  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0071  nifR3 family TIM-barrel protein  38.4 
 
 
332 aa  141  1.9999999999999998e-32  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1517  NifR3 family TIM-barrel protein  33.33 
 
 
350 aa  141  1.9999999999999998e-32  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.0632964 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0087  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  38.4 
 
 
332 aa  140  3e-32  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.811614  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0074  NifR3 family TIM-barrel protein  38.4 
 
 
332 aa  140  3e-32  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0071  NifR3 family TIM-barrel protein  38.4 
 
 
332 aa  140  3e-32  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0071  NifR3 family TIM-barrel protein  38.4 
 
 
332 aa  140  3e-32  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2773  hypothetical protein  32.5 
 
 
328 aa  140  3e-32  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0084  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  38.4 
 
 
332 aa  140  3e-32  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000319456 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0074  TIM-barrel protein, nifR3 family  36.78 
 
 
333 aa  140  3e-32  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2368  TIM-barrel protein, nifR3 family  29.67 
 
 
336 aa  140  3.9999999999999997e-32  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2418  TIM-barrel protein, nifR3 family  29.67 
 
 
336 aa  140  3.9999999999999997e-32  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.875829  normal 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0642  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  36.72 
 
 
356 aa  140  3.9999999999999997e-32  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0237  tRNA-dihydrouridine synthase B  31.89 
 
 
321 aa  140  3.9999999999999997e-32  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0279  tRNA-dihydrouridine synthase  38.16 
 
 
335 aa  140  3.9999999999999997e-32  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.690235  hitchhiker  0.007193 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1530  TIM-barrel protein, nifR3 family  31.46 
 
 
380 aa  139  4.999999999999999e-32  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.85935  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3365  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  31.36 
 
 
388 aa  140  4.999999999999999e-32  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.815066  hitchhiker  0.00739513 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1670  TIM-barrel protein, nifR3 family  33.11 
 
 
400 aa  139  4.999999999999999e-32  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2221  tRNA-dihydrouridine synthase  35.12 
 
 
334 aa  139  6e-32  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.65395  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4695  nifR3 family TIM-barrel protein  32.41 
 
 
337 aa  139  6e-32  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0071  nifR3 family TIM-barrel protein  37.97 
 
 
332 aa  139  7e-32  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3688  tRNA-dihydrouridine synthase B  33.22 
 
 
321 aa  139  7.999999999999999e-32  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.51601  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1676  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  36.33 
 
 
362 aa  139  8.999999999999999e-32  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.433168  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2919  hypothetical protein  32.5 
 
 
328 aa  139  1e-31  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2070  nifR3 family TIM-barrel protein  32.65 
 
 
349 aa  138  1e-31  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0124103  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5233  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  37.97 
 
 
332 aa  139  1e-31  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.471264  hitchhiker  0.000000472201 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>