More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daro_3571 on replicon NC_007298
Organism: Dechloromonas aromatica RCB



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007298  Daro_3571  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  100 
 
 
611 aa  1249    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0350  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  44.22 
 
 
606 aa  494  9.999999999999999e-139  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0495897  normal  0.0419453 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0426  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  40.9 
 
 
616 aa  456  1e-127  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.636145 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2411  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  39.05 
 
 
632 aa  455  1.0000000000000001e-126  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00893826 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4283  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  40.83 
 
 
616 aa  450  1e-125  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.188884 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0151  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  40.87 
 
 
613 aa  452  1e-125  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.435912 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2881  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  40.31 
 
 
612 aa  440  9.999999999999999e-123  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.457989  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1120  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  40.87 
 
 
637 aa  440  9.999999999999999e-123  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3018  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  40.31 
 
 
612 aa  439  9.999999999999999e-123  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.140333  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6320  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  40.69 
 
 
612 aa  434  1e-120  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2030  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.93 
 
 
598 aa  429  1e-119  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.149487  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2357  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  40.66 
 
 
613 aa  430  1e-119  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2971  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  40.66 
 
 
613 aa  430  1e-119  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.900441  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2991  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  40.66 
 
 
615 aa  431  1e-119  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2966  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  40.24 
 
 
613 aa  426  1e-118  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0705  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  40.25 
 
 
590 aa  427  1e-118  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1320  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  40.24 
 
 
584 aa  423  1e-117  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00692574  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3886  EAL domain/GGDEF domain protein  39.59 
 
 
590 aa  421  1e-116  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.00288669  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1678  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  40.31 
 
 
596 aa  421  1e-116  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.684126  normal  0.910388 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3107  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  39.02 
 
 
610 aa  419  1e-116  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2453  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  39.02 
 
 
633 aa  416  9.999999999999999e-116  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51660  EAL/GGDEF domain-containing protein  40.1 
 
 
592 aa  418  9.999999999999999e-116  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1598  GGDEF:CBS:EAL  39.31 
 
 
590 aa  414  1e-114  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.29213  normal  0.0431902 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4726  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.78 
 
 
676 aa  403  1e-111  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0452393  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1867  hypothetical protein  39.83 
 
 
582 aa  402  9.999999999999999e-111  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.145916  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21870  EAL domain/GGDEF domain-containing protein  39.41 
 
 
601 aa  402  9.999999999999999e-111  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.220571  hitchhiker  0.00056029 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2129  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.5 
 
 
627 aa  392  1e-108  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.590205 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4612  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.89 
 
 
610 aa  395  1e-108  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3536  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.89 
 
 
587 aa  395  1e-108  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.220147  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3527  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.6 
 
 
581 aa  388  1e-106  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4854  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.78 
 
 
594 aa  384  1e-105  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3777  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.78 
 
 
594 aa  384  1e-105  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0555  hypothetical protein  35.48 
 
 
584 aa  380  1e-104  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3153  putative diguanylate phosphodiesterase  36.62 
 
 
584 aa  373  1e-102  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.920716  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3319  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.19 
 
 
584 aa  370  1e-101  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.777593  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0555  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.93 
 
 
583 aa  372  1e-101  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3475  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.75 
 
 
583 aa  369  1e-101  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0554  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.41 
 
 
584 aa  370  1e-101  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0111263  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0514  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.69 
 
 
585 aa  362  9e-99  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00136052  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3810  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.69 
 
 
585 aa  362  1e-98  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000137032  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3754  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.74 
 
 
585 aa  361  2e-98  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000868734  normal  0.0557959 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0894  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.48 
 
 
605 aa  358  9.999999999999999e-98  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.396651  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4345  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.41 
 
 
572 aa  357  3.9999999999999996e-97  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3936  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.13 
 
 
585 aa  357  3.9999999999999996e-97  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.573208  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1820  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.22 
 
 
599 aa  357  5e-97  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.322861  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3724  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.37 
 
 
580 aa  356  6.999999999999999e-97  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0883602  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0436  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.3 
 
 
590 aa  348  1e-94  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1949  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.42 
 
 
773 aa  299  8e-80  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1210  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.46 
 
 
797 aa  298  3e-79  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.489928 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2663  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.09 
 
 
753 aa  295  1e-78  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0176  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.72 
 
 
786 aa  291  3e-77  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.000781405  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1628  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30 
 
 
766 aa  278  3e-73  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0617  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.56 
 
 
883 aa  272  1e-71  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00427205 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2103  cyclic-di-GMP regulatory protein  37.26 
 
 
409 aa  265  2e-69  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.444099  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2369  diguanylate cyclase  40.5 
 
 
353 aa  249  2e-64  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.34805  normal  0.423605 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1310  diguanylate phosphodiesterase  38.65 
 
 
306 aa  231  4e-59  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.016111  normal  0.292811 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0567  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.02 
 
 
599 aa  229  9e-59  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.75252  normal  0.598217 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1718  diguanylate phosphodiesterase  38.65 
 
 
379 aa  225  2e-57  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0187822  normal  0.029577 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1154  hypothetical protein  30.8 
 
 
603 aa  222  9.999999999999999e-57  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4001  diguanylate phosphodiesterase  38.15 
 
 
357 aa  222  9.999999999999999e-57  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00838727  normal  0.748991 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2675  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  28.53 
 
 
1023 aa  222  1.9999999999999999e-56  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0543152  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0699  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.23 
 
 
633 aa  214  2.9999999999999995e-54  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0613  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  28.9 
 
 
1036 aa  211  4e-53  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.147117  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1842  EAL domain protein  28.13 
 
 
590 aa  209  2e-52  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.449408  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3230  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.68 
 
 
594 aa  187  7e-46  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.74861  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4836  putative diguanylate phosphodiesterase  39.66 
 
 
254 aa  172  1e-41  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.252765  normal  0.0279336 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1194  hypothetical protein  37.13 
 
 
284 aa  173  1e-41  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.603137  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1510  diguanylate phosphodiesterase  39.57 
 
 
475 aa  169  1e-40  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1388  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.62 
 
 
806 aa  161  4e-38  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.844108  normal  0.953027 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0467  EAL domain protein  34.73 
 
 
351 aa  160  7e-38  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.0116221  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5145  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.34 
 
 
565 aa  158  3e-37  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.881972  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0706  diguanylate phosphodiesterase  31.15 
 
 
356 aa  141  3.9999999999999997e-32  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.578959  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1514  diguanylate phosphodiesterase  30.86 
 
 
437 aa  140  4.999999999999999e-32  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000323461  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1771  diguanylate phosphodiesterase  37.66 
 
 
475 aa  134  5e-30  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.142828  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2042  diguanylate phosphodiesterase  33.47 
 
 
352 aa  132  1.0000000000000001e-29  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.281797  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0326  diguanylate phosphodiesterase  33.74 
 
 
385 aa  132  2.0000000000000002e-29  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.308148 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2422  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.02 
 
 
617 aa  132  2.0000000000000002e-29  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.411965  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0828  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  30.8 
 
 
734 aa  131  4.0000000000000003e-29  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.84548  normal  0.140102 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1033  diguanylate phosphodiesterase  30.8 
 
 
413 aa  129  2.0000000000000002e-28  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2061  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.38 
 
 
318 aa  128  3e-28  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000000365539  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3854  diguanylate phosphodiesterase  36.07 
 
 
375 aa  128  3e-28  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0461  CBS/GGDEF/EAL domain-containing protein  32.6 
 
 
594 aa  127  6e-28  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1906  diguanylate phosphodiesterase  35.29 
 
 
410 aa  127  8.000000000000001e-28  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0735137  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4323  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  35.71 
 
 
743 aa  126  1e-27  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.366607  normal  0.0420324 
 
 
-
 
NC_003296  RS03683  hypothetical protein  37.75 
 
 
245 aa  124  5e-27  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0224684  normal  0.254773 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1152  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  25.3 
 
 
710 aa  124  5e-27  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0872705  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0220  hypothetical protein  29.03 
 
 
362 aa  123  9e-27  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0220  hypothetical protein  29.03 
 
 
360 aa  123  9.999999999999999e-27  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0024  diguanylate phosphodiesterase  28.7 
 
 
246 aa  123  9.999999999999999e-27  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.481277  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0026  diguanylate phosphodiesterase  28.7 
 
 
246 aa  123  9.999999999999999e-27  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1097  diguanylate phosphodiesterase  36 
 
 
456 aa  122  1.9999999999999998e-26  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3633  diguanylate phosphodiesterase  35.86 
 
 
453 aa  121  3e-26  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1754  diguanylate phosphodiesterase  34.08 
 
 
431 aa  121  3.9999999999999996e-26  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2318  diguanylate phosphodiesterase  32.08 
 
 
371 aa  120  7.999999999999999e-26  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.440144  normal  0.199138 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0179  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  34.3 
 
 
750 aa  119  9.999999999999999e-26  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.102862  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2479  diguanylate phosphodiesterase  31.95 
 
 
416 aa  120  9.999999999999999e-26  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0058  diguanylate phosphodiesterase  36 
 
 
357 aa  119  9.999999999999999e-26  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1985  diguanylate phosphodiesterase  32.88 
 
 
485 aa  119  9.999999999999999e-26  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.299339  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5174  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  26.06 
 
 
703 aa  118  3.9999999999999997e-25  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.903635 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0137  diguanylate phosphodiesterase with GAF sensor(s)  31.84 
 
 
407 aa  117  5e-25  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.116698  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>