More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_6935 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013132  Cpin_6935  DNA protecting protein DprA  100 
 
 		 378 aa  788    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.482636 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1433  DNA protecting protein DprA  49.73 
 
 		 363 aa  367  1e-100  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.577785  normal  0.644688 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0663  DNA protecting protein DprA  44.99 
 
 		 364 aa  346  5e-94  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.802271  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2383  DNA protecting protein DprA  42.82 
 
 		 370 aa  322  7e-87  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0995  DNA protecting protein DprA  40.87 
 
 		 366 aa  320  1.9999999999999998e-86  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_03515  Smf protein DNA processing chain A  41.48 
 
 		 366 aa  317  3e-85  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1444  DNA processing protein  40.7 
 
 		 364 aa  299  4e-80  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG0295  DNA processing protein DprA, putative  42.36 
 
 		 374 aa  295  6e-79  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.332984 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0214  DNA protecting protein DprA  40.72 
 
 		 372 aa  293  3e-78  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.0000401852  normal  0.0161041 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1230  hypothetical protein  37.47 
 
 		 374 aa  277  3e-73  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.0232015 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3792  SMF protein  31.27 
 
 		 372 aa  214  1.9999999999999998e-54  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1985  DNA protecting protein DprA  34.07 
 
 		 385 aa  214  1.9999999999999998e-54  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0529  DNA protecting protein DprA  34.15 
 
 		 371 aa  210  4e-53  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0102387  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07520  DNA protecting protein DprA  34.22 
 
 		 409 aa  209  8e-53  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.891455  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0459  DNA protecting protein DprA  32 
 
 		 370 aa  207  3e-52  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00000016133  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4590  DNA protecting protein DprA  32.97 
 
 		 360 aa  202  8e-51  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1025  DNA processing protein DprA, putative  30.87 
 
 		 361 aa  201  1.9999999999999998e-50  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00128425  unclonable  0.00000000696536 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3690  DNA protecting protein DprA  32.79 
 
 		 359 aa  201  1.9999999999999998e-50  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000216312  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0703  DNA processing protein DprA, putative  32.03 
 
 		 402 aa  199  5e-50  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.055587  normal  0.280141 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0395  DNA processing protein DprA, putative  33.96 
 
 		 372 aa  199  7e-50  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2550  DNA processing protein DprA  33.24 
 
 		 356 aa  197  2.0000000000000003e-49  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.304192  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0103  DNA protecting protein DprA  32.13 
 
 		 365 aa  195  1e-48  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1985  DNA protecting protein DprA  32.46 
 
 		 364 aa  193  3e-48  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.435802  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1610  DNA protecting protein DprA  29.97 
 
 		 370 aa  191  1e-47  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3341  DNA processing protein DprA, putative  30.63 
 
 		 385 aa  191  2e-47  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0180  DNA protecting protein DprA  32.05 
 
 		 382 aa  191  2e-47  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0571  DNA protecting protein DprA  32.47 
 
 		 375 aa  189  5e-47  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.607235  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1222  DNA protecting protein DprA  32.95 
 
 		 366 aa  189  5e-47  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0474  DNA protecting protein DprA  32.18 
 
 		 367 aa  189  9e-47  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.13893  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1380  DNA protecting protein DprA  36.69 
 
 		 349 aa  189  9e-47  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.261121  normal  0.326941 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0638  DNA protecting protein DprA  30.95 
 
 		 375 aa  187  2e-46  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4641  DNA processing protein DprA, putative  32.71 
 
 		 374 aa  188  2e-46  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0168  DNA protecting protein DprA  31.86 
 
 		 360 aa  187  3e-46  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.208871  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0890  SMF protein  29.72 
 
 		 358 aa  187  4e-46  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000185705  hitchhiker  0.000000000000633505 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2630  DNA protecting protein DprA  32.98 
 
 		 379 aa  186  6e-46  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.196753  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0660  DNA protecting protein DprA  30.69 
 
 		 375 aa  186  8e-46  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.137383  normal  0.252364 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1701  DNA protecting protein DprA  30.4 
 
 		 362 aa  185  9e-46  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.237617  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0019  SMF protein  32.26 
 
 		 358 aa  185  1.0000000000000001e-45  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.108355 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1527  DNA protecting protein DprA  33.04 
 
 		 364 aa  185  1.0000000000000001e-45  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.0993227  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2444  DNA protecting protein DprA  30.1 
 
 		 389 aa  184  2.0000000000000003e-45  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000433746  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0599  DNA protecting protein DprA  31.36 
 
 		 394 aa  184  2.0000000000000003e-45  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.148256  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2841  DNA processing protein DprA, putative  31.25 
 
 		 364 aa  182  9.000000000000001e-45  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2057  DNA protecting protein DprA  30.85 
 
 		 374 aa  182  1e-44  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.448378  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2712  DNA protecting protein DprA  30.14 
 
 		 359 aa  181  1e-44  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.00267536  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0567  DNA protecting protein DprA  34.22 
 
 		 356 aa  180  2.9999999999999997e-44  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1528  DNA protecting protein DprA  29.86 
 
 		 359 aa  180  4e-44  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.42126e-31 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0382  DNA protecting protein DprA  32.33 
 
 		 382 aa  180  4e-44  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.0642748 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0281  putative SMF protein  30.87 
 
 		 365 aa  179  4.999999999999999e-44  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0175905 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3267  DNA protecting protein DprA  30.56 
 
 		 364 aa  179  5.999999999999999e-44  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000733179  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0718  DNA processing protein DprA, putative  31.52 
 
 		 406 aa  178  1e-43  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.269351  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0890  DNA protecting protein DprA  31.05 
 
 		 395 aa  178  1e-43  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.135631  normal  0.947282 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2324  DNA protecting protein DprA  29.46 
 
 		 388 aa  177  2e-43  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.257169  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0383  DNA protecting protein DprA  31.62 
 
 		 381 aa  177  2e-43  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.2777  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0068  SMF protein  35.79 
 
 		 401 aa  177  3e-43  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3012  SMF protein  30.98 
 
 		 368 aa  177  3e-43  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0189  DNA processing protein DprA, putative  32.28 
 
 		 336 aa  176  4e-43  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000738349 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0443  DNA protecting protein DprA  35.31 
 
 		 375 aa  175  9.999999999999999e-43  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.0740883  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2933  DNA protecting protein DprA  29.4 
 
 		 380 aa  175  9.999999999999999e-43  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.608648  normal  0.51398 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0049  DNA protecting protein DprA  30.81 
 
 		 368 aa  175  9.999999999999999e-43  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4729  DNA processing chain A (DprA/Smf)  33.05 
 
 		 372 aa  174  1.9999999999999998e-42  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0839  DNA uptake Rossmann fold nucleotide-binding protein  32.58 
 
 		 362 aa  174  1.9999999999999998e-42  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00754519  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2182  DNA protecting protein DprA  32.02 
 
 		 365 aa  174  2.9999999999999996e-42  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00480655  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_625  Rossmann fold DNA uptake nucleotide-binding protein  30.71 
 
 		 373 aa  174  2.9999999999999996e-42  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0674  DNA protecting protein DprA  32.57 
 
 		 337 aa  173  2.9999999999999996e-42  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0035594  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0012  SMF protein  31.96 
 
 		 320 aa  173  5e-42  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.143146 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0023  filamentous haemagglutinin-like protein  30.53 
 
 		 399 aa  173  5e-42  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4073  DNA protecting protein DprA  35.09 
 
 		 368 aa  172  7.999999999999999e-42  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0507  DNA protecting protein DprA  32.54 
 
 		 362 aa  172  9e-42  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.402405  hitchhiker  0.00180808 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0698  DNA protecting protein DprA  32.24 
 
 		 337 aa  171  1e-41  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.194765  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0212  DNA protecting protein DprA  30.39 
 
 		 386 aa  172  1e-41  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.00622091  normal  0.258224 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3881  DNA protecting protein DprA  34.58 
 
 		 399 aa  170  3e-41  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.857304  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4546  DNA protecting protein DprA  30.6 
 
 		 369 aa  170  4e-41  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2833  DNA protecting protein DprA  28.87 
 
 		 372 aa  169  5e-41  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5115  DNA protecting protein DprA  30.37 
 
 		 382 aa  169  6e-41  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.770654  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4029  Mg chelatase, subunit ChlI  35.06 
 
 		 748 aa  169  6e-41  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3307  DNA protecting protein DprA  30.1 
 
 		 374 aa  169  7e-41  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1041  DNA protecting protein DprA  34.44 
 
 		 338 aa  169  8e-41  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.367593  normal  0.132089 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3657  DNA protecting protein DprA  38.55 
 
 		 289 aa  169  8e-41  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00245639  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3358  DNA protecting protein DprA  33.33 
 
 		 401 aa  169  1e-40  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.496729  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0415  DNA protecting protein DprA  29.08 
 
 		 382 aa  168  2e-40  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.251198 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0348  DNA protecting protein DprA  31.07 
 
 		 379 aa  167  2e-40  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.083083 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1290  DNA protecting protein DprA  30.41 
 
 		 363 aa  167  2.9999999999999998e-40  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.00929772  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0194  DNA processing protein DprA, putative  29.71 
 
 		 377 aa  167  2.9999999999999998e-40  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3681  DNA protecting protein DprA  33.44 
 
 		 402 aa  167  2.9999999999999998e-40  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0077  Smf protein  30.13 
 
 		 369 aa  166  5.9999999999999996e-40  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.64141  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0966  DNA protecting protein DprA  33.67 
 
 		 442 aa  166  6.9999999999999995e-40  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2520  hypothetical protein  34.75 
 
 		 361 aa  166  8e-40  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1675  DNA protecting protein DprA  28.95 
 
 		 360 aa  166  9e-40  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0238407  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0217  SMF protein  38.27 
 
 		 374 aa  165  1.0000000000000001e-39  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.396484  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0653  DNA protecting protein DprA  30.03 
 
 		 373 aa  165  1.0000000000000001e-39  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.412317  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1957  DNA protecting protein DprA  28.95 
 
 		 360 aa  165  1.0000000000000001e-39  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3183  DNA protecting protein DprA  34.49 
 
 		 422 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1572  DNA protecting protein DprA  37.44 
 
 		 333 aa  164  2.0000000000000002e-39  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3066  DNA protecting protein DprA  34.49 
 
 		 422 aa  164  3e-39  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1311  DNA processing Smf protein  33.98 
 
 		 289 aa  164  3e-39  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0000000302749  unclonable  1.1617299999999999e-25 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2723  DNA protecting protein DprA  29.43 
 
 		 369 aa  163  5.0000000000000005e-39  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.36752  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2650  hypothetical protein  34.43 
 
 		 361 aa  162  7e-39  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0097  DNA protecting protein DprA  28.46 
 
 		 387 aa  162  1e-38  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1581  DNA processing protein DprA, putative  32.86 
 
 		 425 aa  161  2e-38  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.301322  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1801  DNA processing protein DprA, putative  29.53 
 
 		 375 aa  161  2e-38  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.10636  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>