More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphy_4898 on replicon NC_010623
Organism: Burkholderia phymatum STM815



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010623  Bphy_4898  integrase family protein  100 
 
 		 316 aa  648    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.594238  normal  1 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7459  integrase family protein  44.87 
 
 		 318 aa  262  6.999999999999999e-69  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.202368  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0769  integrase family protein  40.19 
 
 		 326 aa  215  9.999999999999999e-55  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000875329 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0776  integrase family protein  38.82 
 
 		 333 aa  210  3e-53  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000202923 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0422  integrase family protein  39.74 
 
 		 316 aa  201  9.999999999999999e-51  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0371  integrase family protein  39.6 
 
 		 310 aa  197  2.0000000000000003e-49  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.366696  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1272  phage integrase  34.94 
 
 		 315 aa  183  3e-45  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0100836 
 
 
-
 
NC_009467  Acry_3265  phage integrase family protein  36.63 
 
 		 313 aa  179  8e-44  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5407  phage integrase family protein  35.41 
 
 		 312 aa  178  1e-43  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.114789 
 
 
-
 
NC_009469  Acry_3506  phage integrase family protein  35.31 
 
 		 313 aa  175  9.999999999999999e-43  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.524614  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6201  phage integrase family protein  38.72 
 
 		 307 aa  169  5e-41  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5349  integrase family protein  34.32 
 
 		 313 aa  164  1.0000000000000001e-39  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.447665 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2229  integrase family protein  34.32 
 
 		 313 aa  164  1.0000000000000001e-39  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.73098 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2007  integrase family protein  34.32 
 
 		 313 aa  164  1.0000000000000001e-39  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.16033  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5938  phage integrase family protein  38.66 
 
 		 310 aa  154  2e-36  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2282  integrase family protein  34.78 
 
 		 304 aa  151  2e-35  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009622  Smed_6462  phage integrase family protein  33.33 
 
 		 310 aa  139  4.999999999999999e-32  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.893515 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8115  site-specific tyrosine recombinase XerC  33.12 
 
 		 312 aa  139  7e-32  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  hitchhiker  0.00832586  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2983  integrase family protein  33.88 
 
 		 330 aa  138  1e-31  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1216  integrase family protein  33.88 
 
 		 330 aa  138  1e-31  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4358  integrase family protein  33.88 
 
 		 330 aa  138  1e-31  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.922527  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4386  integrase family protein  33.88 
 
 		 330 aa  138  1e-31  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0601  phage integrase family protein  33.89 
 
 		 332 aa  136  4e-31  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0439  phage integrase  32.15 
 
 		 304 aa  131  1.0000000000000001e-29  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_4005  integrase family protein  31.77 
 
 		 303 aa  112  1.0000000000000001e-23  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3697  integrase family protein  31.77 
 
 		 303 aa  112  1.0000000000000001e-23  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0712  phage integrase  31.2 
 
 		 311 aa  111  2.0000000000000002e-23  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0244  integrase family protein  30.43 
 
 		 449 aa  107  2e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2030  integrase family protein  27.69 
 
 		 313 aa  98.2  1e-19  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2398  site-specific recombinase, phage integrase family  27.69 
 
 		 313 aa  98.2  1e-19  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0834  site-specific recombinase, phage integrase family  27.69 
 
 		 313 aa  98.2  1e-19  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0508  site-specific recombinase, phage integrase family  27.69 
 
 		 313 aa  98.2  1e-19  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.181544  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0327  integrase family protein  27.69 
 
 		 313 aa  98.2  1e-19  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.0873412 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0668  integrase family protein  27.69 
 
 		 313 aa  98.2  1e-19  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008739  Maqu_4019  phage integrase family protein  26.67 
 
 		 322 aa  94.4  2e-18  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6954  integrase family protein  30.65 
 
 		 325 aa  92  1e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7621  integrase family protein  30.24 
 
 		 325 aa  90.1  4e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3693  integrase family protein  25 
 
 		 321 aa  88.2  2e-16  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7594  integrase family protein  27.24 
 
 		 309 aa  82.4  0.000000000000008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1435  integrase family protein  25.42 
 
 		 323 aa  82  0.00000000000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1240  phage integrase  29.49 
 
 		 330 aa  75.1  0.000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.173806 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8260  integrase/recombinase  28.38 
 
 		 325 aa  73.9  0.000000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.164193  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2242  integrase family protein  24.09 
 
 		 324 aa  73.2  0.000000000005  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.435795  hitchhiker  0.000783825 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3715  integrase family protein  28.06 
 
 		 298 aa  73.2  0.000000000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4583  tyrosine recombinase XerD  28.79 
 
 		 317 aa  73.2  0.000000000005  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.422443 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0739  site-specific recombinase XerD-like protein  21.78 
 
 		 321 aa  70.9  0.00000000003  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2844  integrase family protein  23.17 
 
 		 329 aa  70.1  0.00000000005  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0031  Integrase  27.85 
 
 		 321 aa  67.8  0.0000000002  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.293171  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0311  Integrase  27.85 
 
 		 321 aa  67.8  0.0000000002  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.018395  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1805  Integrase  27.85 
 
 		 321 aa  67.8  0.0000000002  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.871906  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1334  Integrase  27.85 
 
 		 321 aa  67.8  0.0000000002  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.93106  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0676  tyrosine recombinase XerD subunit  24.4 
 
 		 296 aa  67.8  0.0000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1412  integrase family protein  27.13 
 
 		 323 aa  67  0.0000000004  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.157207  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2640  hypothetical protein  38.21 
 
 		 240 aa  67  0.0000000004  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00286282  hitchhiker  0.00560989 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0159  integrase family protein  28.03 
 
 		 295 aa  66.6  0.0000000006  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0678  tyrosine recombinase XerD  28.17 
 
 		 294 aa  66.2  0.0000000007  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.0265142 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1347  tyrosine recombinase XerD  35.38 
 
 		 306 aa  65.1  0.000000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.816733  normal  0.74121 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3090  tyrosine recombinase XerD  28.38 
 
 		 320 aa  64.7  0.000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1839  integrase family protein  26.29 
 
 		 310 aa  64.7  0.000000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0660  integrase family protein  27.88 
 
 		 284 aa  63.9  0.000000003  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1751  tyrosine recombinase XerD  24.9 
 
 		 294 aa  63.9  0.000000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1185  tyrosine recombinase XerD  27.04 
 
 		 310 aa  63.9  0.000000004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.497096  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0319  tyrosine recombinase XerD  26.42 
 
 		 307 aa  62.8  0.000000008  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.944891  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0519  phage integrase family protein  30.89 
 
 		 300 aa  62.4  0.000000009  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.24612  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5643  tyrosine recombinase XerD  30.17 
 
 		 299 aa  62.4  0.000000009  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.776137 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1934  phage integrase family protein  25 
 
 		 297 aa  62.4  0.000000009  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1639  integrase family protein  23.08 
 
 		 301 aa  62  0.00000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0514216  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1971  tyrosine recombinase XerD subunit  30.2 
 
 		 309 aa  62  0.00000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00000860406  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0396  tyrosine recombinase XerD  26.64 
 
 		 309 aa  61.6  0.00000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1819  integrase/recombinase XerD  27.76 
 
 		 295 aa  60.5  0.00000004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.530175  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2383  tyrosine recombinase XerD  26.53 
 
 		 295 aa  60.1  0.00000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2378  tyrosine recombinase XerD  29.31 
 
 		 296 aa  59.3  0.00000008  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.336575 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0292  tyrosine recombinase XerD  26.42 
 
 		 305 aa  59.3  0.00000008  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1457  tyrosine recombinase XerD  27.46 
 
 		 292 aa  58.9  0.0000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0432704  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2215  hypothetical protein  24.15 
 
 		 621 aa  58.9  0.0000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  unclonable  0.000000000394108 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0623  site-specific recombinase  26.87 
 
 		 332 aa  58.9  0.0000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03409  tyrosine recombinase  24.58 
 
 		 308 aa  58.5  0.0000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0918  integrase  24.83 
 
 		 307 aa  58.9  0.0000001  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  0.0200604 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1556  integrase family protein  23.93 
 
 		 307 aa  58.9  0.0000001  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.36987  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1215  tyrosine recombinase XerD  23.84 
 
 		 302 aa  57.8  0.0000002  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.157843  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2654  tyrosine recombinase XerD  25.21 
 
 		 306 aa  58.2  0.0000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0747  tyrosine recombinase XerD  26.88 
 
 		 303 aa  57.8  0.0000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000635712  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0607  recombinase  23.25 
 
 		 296 aa  58.2  0.0000002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3066  integrase family protein  28.57 
 
 		 390 aa  58.5  0.0000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0221886  normal  0.652565 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0861  integrase/recombinase XerC  28.69 
 
 		 304 aa  57.4  0.0000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3671  phage integrase family protein  27.61 
 
 		 305 aa  57.4  0.0000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0574  integrase family protein  27.01 
 
 		 304 aa  57.4  0.0000003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  decreased coverage  0.0000000663621  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2063  tyrosine recombinase XerD  22.14 
 
 		 290 aa  57.8  0.0000003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2169  tyrosine recombinase XerD  29.06 
 
 		 298 aa  57.4  0.0000003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.167772  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1025  tyrosine recombinase XerD subunit  24.62 
 
 		 302 aa  57.4  0.0000003  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3617  phage integrase family protein  26.99 
 
 		 305 aa  57.4  0.0000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1878  tyrosine recombinase XerD  28.4 
 
 		 292 aa  57  0.0000004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0540  site-specific tyrosine recombinase XerD  31.43 
 
 		 325 aa  57  0.0000004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0147694  normal  0.75101 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1282  tyrosine recombinase XerD  27.92 
 
 		 295 aa  57  0.0000004  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.63418  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5117  tyrosine recombinase XerD  26.69 
 
 		 327 aa  57  0.0000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.843466 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0367  site-specific tyrosine recombinase XerD  28.16 
 
 		 298 aa  57  0.0000004  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0840  integrase family protein  25.62 
 
 		 294 aa  56.6  0.0000005  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.774041 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2484  phage integrase  28.33 
 
 		 304 aa  56.6  0.0000005  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.72317  normal  0.0269236 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1060  tyrosine recombinase XerD  24.9 
 
 		 295 aa  56.2  0.0000006  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.17947  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0222  integrase/recombinase XerC  26 
 
 		 299 aa  56.6  0.0000006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>