More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_6103 on replicon NC_008392
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010557  BamMC406_5864  beta-lactamase  96.4 
 
 		 389 aa  745    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7532  beta-lactamase  86.6 
 
 		 389 aa  660    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6561  beta-lactamase  83.12 
 
 		 389 aa  640    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.926404  normal  0.294217 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5713  beta-lactamase  82.86 
 
 		 389 aa  635    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6103  beta-lactamase  100 
 
 		 389 aa  793    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6077  beta-lactamase  82.86 
 
 		 389 aa  635    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.140978  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6008  beta-lactamase  74.16 
 
 		 389 aa  585  1e-166  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1593  beta-lactamase  61.5 
 
 		 391 aa  489  1e-137  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.450806  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5057  beta-lactamase  61.24 
 
 		 388 aa  482  1e-135  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0475851 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2695  beta-lactamase  53.51 
 
 		 385 aa  436  1e-121  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2947  beta-lactamase  57.1 
 
 		 384 aa  427  1e-118  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.445191 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2273  beta-lactamase  52.01 
 
 		 378 aa  393  1e-108  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0504224 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2086  beta-lactamase  47.52 
 
 		 394 aa  385  1e-106  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2079  beta-lactamase  47.26 
 
 		 394 aa  384  1e-105  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.221207  hitchhiker  0.00000730378 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2266  beta-lactamase  47.63 
 
 		 394 aa  384  1e-105  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.54757  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2383  beta-lactamase  47.37 
 
 		 394 aa  382  1e-105  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0283495  hitchhiker  0.000989813 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4921  beta-lactamase  52.1 
 
 		 386 aa  381  1e-104  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.240852 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2029  beta-lactamase  46.05 
 
 		 394 aa  379  1e-104  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1776  beta-lactamase  49.87 
 
 		 390 aa  380  1e-104  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2585  beta-lactamase  49.18 
 
 		 390 aa  376  1e-103  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1990  beta-lactamase  45.77 
 
 		 405 aa  375  1e-103  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00153808 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3364  beta-lactamase  46.23 
 
 		 385 aa  369  1e-101  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2388  beta-lactamase  45.6 
 
 		 401 aa  367  1e-100  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2039  beta-lactamase  44.92 
 
 		 417 aa  367  1e-100  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.285655  normal  0.138776 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1937  beta-lactamase  44.62 
 
 		 417 aa  359  5e-98  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.87216  hitchhiker  0.0000051216 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3594  beta-lactamase  47.96 
 
 		 383 aa  358  9.999999999999999e-98  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1758  beta-lactamase  46.17 
 
 		 387 aa  343  2e-93  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.858626 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1480  beta-lactamase  47.84 
 
 		 387 aa  343  4e-93  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0394716  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3723  beta-lactamase  44.65 
 
 		 388 aa  339  4e-92  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.111774  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000462  beta-lactamase  40 
 
 		 383 aa  337  2.9999999999999997e-91  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.774984  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1481  beta-lactamase  48.32 
 
 		 405 aa  336  5e-91  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.371018  normal  0.176782 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0193  beta-lactamase  47.14 
 
 		 387 aa  333  4e-90  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1775  beta-lactamase  42.01 
 
 		 396 aa  333  4e-90  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.0348744 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0984  beta-lactamase  45.38 
 
 		 397 aa  327  2.0000000000000001e-88  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  decreased coverage  0.00291811  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0339  beta-lactamase  44.47 
 
 		 385 aa  324  1e-87  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000286576 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10790  beta-lactamase  45.38 
 
 		 397 aa  318  7.999999999999999e-86  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.199465  normal  1 
 
 
-
 
NC_009140  SNSL254_pSN254_0089  beta-lactamase  42.7 
 
 		 409 aa  317  3e-85  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0743599 
 
 
-
 
NC_009140  SNSL254_pSN254_0086  beta-lactamase  42.7 
 
 		 409 aa  317  3e-85  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.057609 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4682  beta-lactamase  41.67 
 
 		 377 aa  315  8e-85  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3840  Beta-lactamase  41.4 
 
 		 377 aa  314  9.999999999999999e-85  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4709  beta-lactamase  41.4 
 
 		 377 aa  314  1.9999999999999998e-84  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2381  beta-lactamase  44.04 
 
 		 379 aa  314  1.9999999999999998e-84  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.713933  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3860  beta-lactamase  41.67 
 
 		 377 aa  313  1.9999999999999998e-84  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.027383 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4621  beta-lactamase  41.3 
 
 		 377 aa  313  2.9999999999999996e-84  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0889352 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04022  beta-lactamase/D-alanine carboxypeptidase  41.4 
 
 		 377 aa  312  6.999999999999999e-84  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03984  hypothetical protein  41.4 
 
 		 377 aa  312  6.999999999999999e-84  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2038  beta-lactamase  42.82 
 
 		 378 aa  311  9e-84  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.666233 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2876  beta-lactamase  44.35 
 
 		 380 aa  311  1e-83  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2813  beta-lactamase  44.08 
 
 		 380 aa  310  2e-83  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.829117  normal  0.927727 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4394  beta-lactamase  40.86 
 
 		 377 aa  309  5e-83  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5668  beta-lactamase  41.13 
 
 		 377 aa  308  8e-83  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.106194 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2905  beta-lactamase  44.08 
 
 		 380 aa  305  6e-82  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.746622  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5292  beta-lactamase  48.68 
 
 		 315 aa  293  2e-78  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3450  beta-lactamase  39.64 
 
 		 401 aa  290  2e-77  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3749  beta-lactamase  41.69 
 
 		 380 aa  273  4.0000000000000004e-72  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.794636  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0739  beta-lactamase  35.45 
 
 		 381 aa  231  1e-59  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0388  Beta-lactamase  36.29 
 
 		 392 aa  229  5e-59  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2336  beta-lactamase  28.45 
 
 		 359 aa  160  4e-38  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2481  beta-lactamase  27.71 
 
 		 359 aa  155  8e-37  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2252  beta-lactamase  29.49 
 
 		 460 aa  122  9.999999999999999e-27  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.119961  normal  0.0203286 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1795  beta-lactamase  25.14 
 
 		 494 aa  113  5e-24  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.478102  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2573  fmtA-like protein, putative  26.02 
 
 		 482 aa  105  2e-21  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00911316  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0154  beta-lactamase  25.47 
 
 		 482 aa  103  6e-21  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_12878  beta-lactamase, putative  25 
 
 		 504 aa  101  2e-20  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2143  beta-lactamase  28.22 
 
 		 401 aa  101  3e-20  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.559529  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0372  beta-lactamase  37.72 
 
 		 166 aa  99.4  9e-20  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.499821  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0934  beta-lactamase  28.74 
 
 		 475 aa  97.4  4e-19  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000419238  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11747  penicillin-binding protein  29.12 
 
 		 539 aa  97.1  5e-19  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.47398 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4638  beta-lactamase  26.12 
 
 		 390 aa  95.5  1e-18  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3030  alkaline D-peptidase  28.76 
 
 		 388 aa  95.9  1e-18  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1856  beta-lactamase  24.24 
 
 		 498 aa  95.5  1e-18  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2217  alkaline D-peptidase  28.09 
 
 		 388 aa  94  4e-18  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  3.66047e-16 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2207  beta-lactamase  23.81 
 
 		 404 aa  93.6  5e-18  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.124088  hitchhiker  0.00264676 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0622  beta-lactamase  27.27 
 
 		 377 aa  90.1  6e-17  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.357585  normal  0.0394741 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2779  beta-lactamase  26.39 
 
 		 445 aa  89.7  7e-17  Caulobacter sp. K31  Bacteria  hitchhiker  0.000737728  hitchhiker  0.0000305116 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3512  beta-lactamase  27.43 
 
 		 364 aa  89.7  7e-17  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1929  beta-lactamase  24.6 
 
 		 407 aa  89  1e-16  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2923  beta-lactamase  28.75 
 
 		 356 aa  89.4  1e-16  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0601  beta-lactam binding protein AmpH  29.41 
 
 		 381 aa  88.6  2e-16  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5167  beta-lactamase  28.02 
 
 		 713 aa  87.8  3e-16  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.619685  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1351  beta-lactamase class C-like protein  23.82 
 
 		 384 aa  87.8  3e-16  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.512666 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5715  beta-lactamase  29.22 
 
 		 437 aa  87.4  4e-16  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1234  beta-lactamase  25.06 
 
 		 519 aa  87  5e-16  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.565811  normal  0.301621 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3069  alkaline D-peptidase  27.11 
 
 		 388 aa  86.3  8e-16  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0417304  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4257  beta-lactamase  27.65 
 
 		 464 aa  85.5  0.000000000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.240658 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2650  beta-lactamase  31.02 
 
 		 497 aa  85.1  0.000000000000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0361544  hitchhiker  0.00491611 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2824  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  27.03 
 
 		 388 aa  84.7  0.000000000000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.130693  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4671  alkaline D-peptidase, putative  26.79 
 
 		 330 aa  84.3  0.000000000000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.126225  n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4308  beta-lactamase  29.55 
 
 		 650 aa  84  0.000000000000004  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.805936  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1783  cyclic peptide transporter  23.88 
 
 		 1055 aa  84.3  0.000000000000004  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0903267  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3027  alkaline D-peptidase  27.46 
 
 		 388 aa  84  0.000000000000004  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2932  penicillin-binding protein  26.81 
 
 		 513 aa  84  0.000000000000005  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1301  beta-lactamase  30.69 
 
 		 417 aa  83.2  0.000000000000006  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.207216  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0468  beta-lactamase  26.07 
 
 		 455 aa  82.4  0.00000000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000926021 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1311  beta-lactamase  30.16 
 
 		 669 aa  82  0.00000000000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2997  beta-lactamase  23.9 
 
 		 513 aa  82.4  0.00000000000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0612  beta-lactamase  27.3 
 
 		 391 aa  82  0.00000000000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3175  beta-lactamase  27.55 
 
 		 375 aa  82.4  0.00000000000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.702373  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2068  beta-lactamase  25.56 
 
 		 385 aa  82  0.00000000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.567046  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4637  beta-lactamase  26.42 
 
 		 491 aa  82  0.00000000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>