More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_5120 on replicon NC_011988
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011988  Avi_5120  ABC transporter substrate binding protein (alpha-galactoside)  100 
 
 		 695 aa  1434    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0244807  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6877  extracellular solute-binding protein family 5  75.14 
 
 		 695 aa  1119    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0668794  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4140  extracellular solute-binding protein  79.62 
 
 		 693 aa  1167    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0860796  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5907  extracellular solute-binding protein family 5  76.24 
 
 		 696 aa  1114    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0510  extracellular solute-binding protein  29.19 
 
 		 655 aa  181  2.9999999999999997e-44  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.00108617  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1687  extracellular solute-binding protein  27.1 
 
 		 664 aa  173  9e-42  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.789812  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0293  extracellular solute-binding protein family 5  27.22 
 
 		 640 aa  173  1e-41  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.835457  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1677  extracellular solute-binding protein  28.21 
 
 		 655 aa  171  5e-41  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00224475  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1703  extracellular solute-binding protein family 5  27.52 
 
 		 638 aa  166  1.0000000000000001e-39  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0500  extracellular solute-binding protein  27.23 
 
 		 643 aa  166  1.0000000000000001e-39  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.464453  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0890  extracellular solute-binding protein  29.41 
 
 		 657 aa  165  3e-39  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5255  extracellular solute-binding protein family 5  27.54 
 
 		 651 aa  162  3e-38  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.313455  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0868  extracellular solute-binding protein  29.44 
 
 		 657 aa  161  3e-38  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0608  extracellular solute-binding protein  25.69 
 
 		 658 aa  161  4e-38  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0360846  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0622  extracellular solute-binding protein  25.69 
 
 		 658 aa  160  9e-38  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.16709  n/a   
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4483  twin-arginine translocation pathway signal  24.47 
 
 		 686 aa  158  3e-37  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1530  extracellular solute-binding protein family 5  30.92 
 
 		 656 aa  153  1e-35  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5515  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  26.5 
 
 		 633 aa  150  7e-35  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0171495  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2113  extracellular solute-binding protein family 5  29.81 
 
 		 729 aa  148  3e-34  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.0745668  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2454  extracellular solute-binding protein  27.91 
 
 		 682 aa  148  4.0000000000000006e-34  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.39331 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5447  extracellular solute-binding protein family 5  26.75 
 
 		 645 aa  146  1e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00390622 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1805  extracellular solute-binding protein family 5  31.21 
 
 		 659 aa  145  2e-33  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3160  oligopeptide ABC transporter extracellular solute-binding family 5 protein  27.96 
 
 		 679 aa  144  5e-33  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5178  extracellular solute-binding protein family 5  25.92 
 
 		 645 aa  144  6e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.758105  normal  0.361664 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4593  extracellular solute-binding protein  23.82 
 
 		 633 aa  141  3.9999999999999997e-32  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.996188 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7124  extracellular solute-binding protein family 5  26.12 
 
 		 635 aa  141  3.9999999999999997e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.104115  normal  0.2013 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0309  extracellular solute-binding protein family 5  29.55 
 
 		 765 aa  141  3.9999999999999997e-32  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1660  extracellular solute-binding protein family 5  27.64 
 
 		 589 aa  139  1e-31  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.299882  normal  0.183706 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5971  extracellular solute-binding protein family 5  25.33 
 
 		 635 aa  138  4e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.989436  normal  0.170626 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5555  extracellular solute-binding protein  25.74 
 
 		 642 aa  136  9.999999999999999e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.140103  normal  0.0740019 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2110  extracellular solute-binding protein  27.66 
 
 		 735 aa  136  9.999999999999999e-31  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.233193  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1927  extracellular solute-binding protein family 5  28.06 
 
 		 735 aa  136  9.999999999999999e-31  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.310271  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0390  extracellular solute-binding protein  24.44 
 
 		 579 aa  134  6.999999999999999e-30  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0406  extracellular solute-binding protein  24.44 
 
 		 579 aa  132  2.0000000000000002e-29  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3931  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  24.11 
 
 		 626 aa  132  2.0000000000000002e-29  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2595  extracellular solute-binding protein family 5  27.42 
 
 		 589 aa  132  2.0000000000000002e-29  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.118312  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3050  extracellular solute-binding protein  27.92 
 
 		 757 aa  130  1.0000000000000001e-28  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0190244  normal  0.13375 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1564  extracellular solute-binding protein  25.44 
 
 		 578 aa  129  1.0000000000000001e-28  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  decreased coverage  0.00697686  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2424  extracellular solute-binding protein  27.41 
 
 		 728 aa  124  5e-27  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.935396 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2808  extracellular solute-binding protein  27.06 
 
 		 727 aa  124  8e-27  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1386  extracellular solute-binding protein  26.23 
 
 		 578 aa  122  3e-26  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.37673  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0366  extracellular solute-binding protein family 5  25.28 
 
 		 607 aa  116  1.0000000000000001e-24  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2510  extracellular solute-binding protein  25 
 
 		 584 aa  115  3e-24  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.543923  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3373  extracellular solute-binding protein family 5  24.53 
 
 		 641 aa  115  3e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0279191  normal  0.223354 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0359  extracellular solute-binding protein family 5  28.01 
 
 		 607 aa  115  4.0000000000000004e-24  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3683  extracellular solute-binding protein  23.18 
 
 		 639 aa  114  6e-24  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.378617  normal  0.495229 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5700  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  25.32 
 
 		 638 aa  109  2e-22  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0714934  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7228  extracellular solute-binding protein family 5  23.98 
 
 		 664 aa  108  3e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0309461  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0639  extracellular solute-binding protein family 5  22.95 
 
 		 580 aa  107  8e-22  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000000307469  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_14300  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  26.29 
 
 		 671 aa  107  1e-21  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.860083 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6476  extracellular solute-binding protein  25.09 
 
 		 643 aa  106  1e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.864629 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4719  extracellular solute-binding protein  26.67 
 
 		 591 aa  106  1e-21  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.42042  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1663  extracellular solute-binding protein family 5  22.59 
 
 		 578 aa  105  3e-21  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0397427  normal  0.183706 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1832  extracellular solute-binding protein family 5  24.31 
 
 		 587 aa  104  4e-21  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.315611  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1649  extracellular solute-binding protein family 5  28.5 
 
 		 584 aa  104  5e-21  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1810  extracellular solute-binding protein  24.34 
 
 		 595 aa  103  1e-20  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0595  extracellular solute-binding protein family 5  24.77 
 
 		 645 aa  102  2e-20  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0473  nickel ABC transporter, solute-binding protein  24.1 
 
 		 538 aa  100  1e-19  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2830  extracellular solute-binding protein  25.41 
 
 		 655 aa  99.4  2e-19  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.108136  normal  0.289716 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2592  extracellular solute-binding protein family 5  23.75 
 
 		 573 aa  98.2  4e-19  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1172  family 1 extracellular solute-binding protein  27.54 
 
 		 594 aa  98.6  4e-19  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1143  extracellular solute-binding protein family 5  24.37 
 
 		 577 aa  94  8e-18  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  decreased coverage  0.0057674  normal  0.283725 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1326  extracellular solute-binding protein  26.68 
 
 		 587 aa  92.8  2e-17  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  decreased coverage  0.000186412  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0748  extracellular solute-binding protein  26.47 
 
 		 535 aa  92.8  2e-17  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0149  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  25.44 
 
 		 556 aa  92.4  2e-17  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0750  extracellular solute-binding protein  26.27 
 
 		 535 aa  91.7  4e-17  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0745  extracellular solute-binding protein  26.18 
 
 		 534 aa  89.7  1e-16  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1182  extracellular solute-binding protein family 5  25.63 
 
 		 581 aa  88.6  3e-16  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0337  extracellular solute-binding protein family 5  26.84 
 
 		 581 aa  88.2  5e-16  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0008  extracellular solute-binding protein family 5  25.64 
 
 		 544 aa  88.2  5e-16  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.00260142  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0009  extracellular solute-binding protein family 5  24.38 
 
 		 544 aa  86.3  0.000000000000002  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.327799  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0563  extracellular solute-binding protein  27.25 
 
 		 536 aa  85.5  0.000000000000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0406443  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1979  oligopeptide ABC transporter, solute-binding protein  23.22 
 
 		 516 aa  85.1  0.000000000000004  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0910  ABC-type dipeptide/oligopeptide/nickel transport systems, periplasmic components  25.15 
 
 		 572 aa  84.3  0.000000000000006  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.293935  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0930  oligopeptide ABC transporter, solute-binding protein  25.16 
 
 		 588 aa  84.3  0.000000000000008  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.476779  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0542  extracellular solute-binding protein family 5  24.53 
 
 		 537 aa  84  0.000000000000008  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.578152 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1367  extracellular solute-binding protein family 5  23.47 
 
 		 577 aa  83.6  0.00000000000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.0090511  hitchhiker  0.000580883 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2270  extracellular solute-binding protein family 5  25.87 
 
 		 580 aa  82  0.00000000000003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2761  extracellular solute-binding protein  28.33 
 
 		 544 aa  82  0.00000000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2321  extracellular solute-binding protein family 5  25.87 
 
 		 580 aa  82  0.00000000000003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.815964 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0928  extracellular solute-binding protein  26.36 
 
 		 541 aa  82  0.00000000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0210  extracellular solute-binding protein  22.54 
 
 		 512 aa  82  0.00000000000004  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0873116  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002586  (GlcNAc)2 ABC transporter: substrate-binding protein  23.58 
 
 		 560 aa  80.9  0.00000000000008  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03423  hypothetical protein  24.25 
 
 		 560 aa  80.5  0.0000000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1145  extracellular solute-binding protein  24.02 
 
 		 565 aa  80.1  0.0000000000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  hitchhiker  0.00838015  normal  0.546746 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4254  extracellular solute-binding protein  28.57 
 
 		 527 aa  80.5  0.0000000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.340537  normal  0.123719 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1588  extracellular solute-binding protein family 5  23.52 
 
 		 533 aa  79.3  0.0000000000002  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3695  oligopeptide-binding protein OppA  26.68 
 
 		 571 aa  79.3  0.0000000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00658046  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0924  extracellular solute-binding protein  25.81 
 
 		 541 aa  78.6  0.0000000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2082  ABC transporter, binding protein component  23.86 
 
 		 605 aa  78.6  0.0000000000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.645423 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2073  extracellular solute-binding protein family 5  24.57 
 
 		 627 aa  78.6  0.0000000000004  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.0694715  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3221  extracellular solute-binding protein  27.19 
 
 		 517 aa  78.2  0.0000000000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.102229  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1169  oligopeptide-binding protein of oligopeptide ABC transporter  23.88 
 
 		 587 aa  77.8  0.0000000000006  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.317639  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2027  periplasmic oligopeptide-binding protein precursor  27.47 
 
 		 555 aa  77.8  0.0000000000006  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.197641  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1344  extracellular solute-binding protein  24.16 
 
 		 638 aa  77.8  0.0000000000006  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.439366 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3320  extracellular solute-binding protein  24.16 
 
 		 528 aa  77.8  0.0000000000006  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0123121  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0885  dipeptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  25.56 
 
 		 541 aa  77.4  0.0000000000008  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.575043  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3490  extracellular solute-binding protein  23.72 
 
 		 529 aa  77.4  0.0000000000009  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3599  extracellular solute-binding protein  23.62 
 
 		 525 aa  76.6  0.000000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.1646  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2999  extracellular solute-binding protein  25.58 
 
 		 549 aa  77  0.000000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.305947  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>