More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Amir_5145 on replicon NC_013093
Organism: Actinosynnema mirum DSM 43827



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013093  Amir_5145  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  100 
 
 
565 aa  1089    Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.881972  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5974  putative diguanylate phosphodiesterase  38.56 
 
 
349 aa  202  9e-51  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.35402  normal  0.0893652 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3886  EAL domain/GGDEF domain protein  29.77 
 
 
590 aa  196  1e-48  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.00288669  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1598  GGDEF:CBS:EAL  28.4 
 
 
590 aa  191  2e-47  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.29213  normal  0.0431902 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0705  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.77 
 
 
590 aa  190  7e-47  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1949  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.54 
 
 
773 aa  183  7e-45  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0176  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.95 
 
 
786 aa  180  4.999999999999999e-44  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.000781405  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1678  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.47 
 
 
596 aa  180  5.999999999999999e-44  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.684126  normal  0.910388 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0436  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.04 
 
 
590 aa  179  8e-44  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3777  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.31 
 
 
594 aa  178  3e-43  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4854  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.31 
 
 
594 aa  178  3e-43  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1977  EAL domain-containing protein  35.01 
 
 
389 aa  176  7e-43  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51660  EAL/GGDEF domain-containing protein  30.13 
 
 
592 aa  173  6.999999999999999e-42  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4612  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.21 
 
 
610 aa  172  1e-41  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1320  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.18 
 
 
584 aa  172  1e-41  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00692574  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3536  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.21 
 
 
587 aa  172  1e-41  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.220147  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3936  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.16 
 
 
585 aa  171  4e-41  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.573208  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0350  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.1 
 
 
606 aa  170  5e-41  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0495897  normal  0.0419453 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3754  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.95 
 
 
585 aa  170  6e-41  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000868734  normal  0.0557959 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4345  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.58 
 
 
572 aa  170  6e-41  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0514  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.95 
 
 
585 aa  170  6e-41  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00136052  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0617  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.68 
 
 
883 aa  169  1e-40  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00427205 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3810  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.75 
 
 
585 aa  168  2e-40  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000137032  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3153  putative diguanylate phosphodiesterase  27.25 
 
 
584 aa  168  2e-40  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.920716  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3319  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.73 
 
 
584 aa  168  2.9999999999999998e-40  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.777593  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1867  hypothetical protein  29.75 
 
 
582 aa  168  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.145916  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0555  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.31 
 
 
583 aa  168  2.9999999999999998e-40  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3527  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.17 
 
 
581 aa  167  2.9999999999999998e-40  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3475  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.85 
 
 
583 aa  167  5e-40  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0555  hypothetical protein  25.74 
 
 
584 aa  166  8e-40  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21870  EAL domain/GGDEF domain-containing protein  28.84 
 
 
601 aa  166  9e-40  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.220571  hitchhiker  0.00056029 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3018  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.23 
 
 
612 aa  165  2.0000000000000002e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.140333  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3571  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.74 
 
 
611 aa  164  3e-39  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0554  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.83 
 
 
584 aa  164  3e-39  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0111263  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1210  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.32 
 
 
797 aa  164  5.0000000000000005e-39  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.489928 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2966  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.27 
 
 
613 aa  164  6e-39  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2953  diguanylate phosphodiesterase with CBS domains  34.13 
 
 
393 aa  162  2e-38  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2881  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.31 
 
 
612 aa  162  2e-38  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.457989  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4726  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.44 
 
 
676 aa  162  2e-38  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0452393  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2129  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.56 
 
 
627 aa  161  3e-38  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.590205 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1820  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.66 
 
 
599 aa  160  4e-38  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.322861  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0894  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.88 
 
 
605 aa  160  4e-38  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.396651  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1628  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.24 
 
 
766 aa  159  1e-37  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3107  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.16 
 
 
610 aa  159  1e-37  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6320  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.27 
 
 
612 aa  159  2e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2991  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.22 
 
 
615 aa  158  2e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2357  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.42 
 
 
613 aa  157  4e-37  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2971  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.42 
 
 
613 aa  157  4e-37  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.900441  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0426  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.39 
 
 
616 aa  157  5.0000000000000005e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.636145 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3724  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.52 
 
 
580 aa  157  7e-37  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0883602  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2663  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.92 
 
 
753 aa  155  2e-36  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2453  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.99 
 
 
633 aa  155  2e-36  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1120  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.71 
 
 
637 aa  152  1e-35  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4283  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.18 
 
 
616 aa  152  2e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.188884 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0151  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.33 
 
 
613 aa  151  3e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.435912 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2030  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.08 
 
 
598 aa  150  4e-35  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.149487  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1154  hypothetical protein  27.96 
 
 
603 aa  149  1.0000000000000001e-34  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2411  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  21.91 
 
 
632 aa  141  3e-32  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00893826 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2675  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  27.32 
 
 
1023 aa  139  1e-31  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0543152  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0567  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.18 
 
 
599 aa  135  1.9999999999999998e-30  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.75252  normal  0.598217 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0613  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  26.23 
 
 
1036 aa  135  3e-30  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.147117  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1842  EAL domain protein  23.9 
 
 
590 aa  134  6e-30  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.449408  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1388  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.65 
 
 
806 aa  124  4e-27  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.844108  normal  0.953027 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2103  cyclic-di-GMP regulatory protein  27.18 
 
 
409 aa  122  3e-26  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.444099  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2369  diguanylate cyclase  28.18 
 
 
353 aa  120  6e-26  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.34805  normal  0.423605 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0699  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  21.63 
 
 
633 aa  111  3e-23  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0730  diguanylate cyclase  27.08 
 
 
343 aa  106  1e-21  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3230  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.18 
 
 
594 aa  103  1e-20  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.74861  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2032  diguanylate phosphodiesterase  28.9 
 
 
406 aa  102  1e-20  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.252984 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5174  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  26.35 
 
 
703 aa  100  1e-19  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.903635 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0828  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  23.84 
 
 
734 aa  100  1e-19  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.84548  normal  0.140102 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1408  diguanylate phosphodiesterase  34.56 
 
 
332 aa  98.6  3e-19  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.939193  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2051  diguanylate cyclase  34.5 
 
 
441 aa  98.2  3e-19  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00175  hypothetical protein ycgF  30.91 
 
 
390 aa  97.4  5e-19  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0706  diguanylate phosphodiesterase  31.95 
 
 
356 aa  95.5  3e-18  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.578959  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4934  diguanylate phosphodiesterase  29.17 
 
 
256 aa  93.6  8e-18  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  decreased coverage  0.000539515  normal  0.673945 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2934  diguanylate phosphodiesterase  33.48 
 
 
252 aa  93.2  1e-17  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.780718  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0201  diguanylate cyclase  32.67 
 
 
446 aa  93.2  1e-17  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.17932  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1027  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  32.65 
 
 
842 aa  93.6  1e-17  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0664928  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0717  hypothetical protein  29.96 
 
 
1245 aa  92  2e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3484  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  32.13 
 
 
717 aa  91.7  3e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.049586 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0645  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  34.57 
 
 
1082 aa  92  3e-17  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1757  diguanylate phosphodiesterase  28.83 
 
 
418 aa  91.7  3e-17  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.388257  hitchhiker  0.000204445 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3093  cyclic-di-GMP regulatory protein  30.99 
 
 
239 aa  92  3e-17  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.0272737 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1152  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  26.6 
 
 
710 aa  91.7  3e-17  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0872705  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1986  BLUF/cyclic diguanylate phosphodiesterase domain-containing protein  26.36 
 
 
403 aa  91.3  4e-17  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.758889  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01138  predicted FAD-binding phosphodiesterase  26.36 
 
 
403 aa  90.9  6e-17  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01146  hypothetical protein  26.36 
 
 
403 aa  90.9  6e-17  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0883  diguanylate phosphodiesterase  30.77 
 
 
262 aa  90.9  6e-17  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2484  diguanylate phosphodiesterase  26.15 
 
 
403 aa  90.5  7e-17  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1259  BLUF/cyclic diguanylate phosphodiesterase domain-containing protein  26.15 
 
 
403 aa  90.5  7e-17  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0577088  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4571  diguanylate phosphodiesterase  32.91 
 
 
447 aa  90.5  7e-17  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.300583 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1303  BLUF/cyclic diguanylate phosphodiesterase domain-containing protein  26.15 
 
 
403 aa  90.5  7e-17  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2463  diguanylate phosphodiesterase  26.15 
 
 
403 aa  90.5  7e-17  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.537462  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0836  diguanylate phosphodiesterase  31.56 
 
 
252 aa  89.7  1e-16  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.861332  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3854  diguanylate phosphodiesterase  34.16 
 
 
375 aa  89.7  1e-16  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2227  diguanylate cyclase  31.95 
 
 
803 aa  90.1  1e-16  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3442  diguanylate phosphodiesterase  30.19 
 
 
254 aa  89.4  2e-16  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07500  hypothetical protein  29.18 
 
 
1245 aa  89.4  2e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.411522  normal  0.391796 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1420  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.79 
 
 
636 aa  89.4  2e-16  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>