More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sros_5974 on replicon NC_013595
Organism: Streptosporangium roseum DSM 43021



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013595  Sros_5974  putative diguanylate phosphodiesterase  100 
 
 
349 aa  670    Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.35402  normal  0.0893652 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1977  EAL domain-containing protein  42.98 
 
 
389 aa  251  2e-65  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2953  diguanylate phosphodiesterase with CBS domains  41.6 
 
 
393 aa  239  5e-62  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5145  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.56 
 
 
565 aa  184  2.0000000000000003e-45  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.881972  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4726  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.71 
 
 
676 aa  91.3  2e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0452393  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0176  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.4 
 
 
786 aa  88.2  2e-16  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.000781405  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2103  cyclic-di-GMP regulatory protein  25 
 
 
409 aa  86.3  8e-16  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.444099  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2663  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.16 
 
 
753 aa  83.6  0.000000000000004  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2991  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.28 
 
 
615 aa  83.6  0.000000000000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4854  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.97 
 
 
594 aa  83.2  0.000000000000006  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3777  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.97 
 
 
594 aa  83.2  0.000000000000006  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51660  EAL/GGDEF domain-containing protein  26.07 
 
 
592 aa  82.8  0.000000000000008  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0705  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  21.15 
 
 
590 aa  82.4  0.00000000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6320  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.9 
 
 
612 aa  82.4  0.00000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2357  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.28 
 
 
613 aa  82  0.00000000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0617  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.64 
 
 
883 aa  82  0.00000000000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00427205 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2971  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.28 
 
 
613 aa  82  0.00000000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.900441  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1820  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.71 
 
 
599 aa  81.6  0.00000000000002  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.322861  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2966  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.94 
 
 
613 aa  82  0.00000000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4345  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  21.13 
 
 
572 aa  80.5  0.00000000000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2881  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.34 
 
 
612 aa  80.5  0.00000000000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.457989  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3018  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.34 
 
 
612 aa  80.5  0.00000000000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.140333  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0894  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.83 
 
 
605 aa  80.1  0.00000000000005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.396651  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0436  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.47 
 
 
590 aa  77.8  0.0000000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0983  histidine kinase  46.3 
 
 
444 aa  77.4  0.0000000000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3936  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  22.33 
 
 
585 aa  77  0.0000000000004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.573208  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0514  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  22.33 
 
 
585 aa  77  0.0000000000005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00136052  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3754  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  22.33 
 
 
585 aa  77  0.0000000000005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000868734  normal  0.0557959 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1210  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.48 
 
 
797 aa  75.5  0.000000000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.489928 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3319  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  21.54 
 
 
584 aa  75.1  0.000000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.777593  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3810  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  22.01 
 
 
585 aa  74.7  0.000000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000137032  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1044  histidine kinase  35.03 
 
 
413 aa  74.3  0.000000000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.949503  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3527  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  20.07 
 
 
581 aa  74.3  0.000000000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0555  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  21.31 
 
 
583 aa  73.6  0.000000000004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0554  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  21.31 
 
 
584 aa  73.9  0.000000000004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0111263  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5253  diguanylate phosphodiesterase  28.62 
 
 
392 aa  73.6  0.000000000005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.550971 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3632  histidine kinase  41.82 
 
 
421 aa  73.6  0.000000000005  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.230628 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0555  hypothetical protein  20.86 
 
 
584 aa  73.2  0.000000000006  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3475  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  21.94 
 
 
583 aa  73.2  0.000000000006  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0220  hypothetical protein  19.75 
 
 
362 aa  73.2  0.000000000007  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1949  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.55 
 
 
773 aa  72.8  0.000000000008  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0220  hypothetical protein  19.75 
 
 
360 aa  72  0.00000000001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3886  EAL domain/GGDEF domain protein  22.88 
 
 
590 aa  71.6  0.00000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.00288669  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0151  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.81 
 
 
613 aa  71.6  0.00000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.435912 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1598  GGDEF:CBS:EAL  23.27 
 
 
590 aa  71.6  0.00000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.29213  normal  0.0431902 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1867  hypothetical protein  25.19 
 
 
582 aa  71.2  0.00000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.145916  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1628  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.13 
 
 
766 aa  70.9  0.00000000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3153  putative diguanylate phosphodiesterase  21.72 
 
 
584 aa  70.5  0.00000000004  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.920716  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0350  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.32 
 
 
606 aa  70.5  0.00000000005  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0495897  normal  0.0419453 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2453  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.92 
 
 
633 aa  69.7  0.00000000007  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1120  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.2 
 
 
637 aa  69.3  0.00000000009  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3107  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.92 
 
 
610 aa  68.9  0.0000000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0426  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  22.7 
 
 
616 aa  68.9  0.0000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.636145 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4283  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  22.7 
 
 
616 aa  68.6  0.0000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.188884 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2411  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  22.99 
 
 
632 aa  68.6  0.0000000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00893826 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1320  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.27 
 
 
584 aa  67  0.0000000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00692574  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2129  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  22.43 
 
 
627 aa  66.6  0.0000000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.590205 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0525  diguanylate phosphodiesterase  38.46 
 
 
251 aa  63.5  0.000000005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2700  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  32.85 
 
 
868 aa  62  0.00000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21870  EAL domain/GGDEF domain-containing protein  24.33 
 
 
601 aa  61.6  0.00000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.220571  hitchhiker  0.00056029 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1154  hypothetical protein  27.75 
 
 
603 aa  60.8  0.00000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1510  diguanylate phosphodiesterase  36.84 
 
 
475 aa  59.7  0.00000007  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4272  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  30.16 
 
 
812 aa  59.7  0.00000008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.564982  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1678  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  22.88 
 
 
596 aa  58.9  0.0000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.684126  normal  0.910388 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2030  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.13 
 
 
598 aa  57.8  0.0000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.149487  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3724  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  18.21 
 
 
580 aa  58.5  0.0000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0883602  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2810  diguanylate phosphodiesterase  31.78 
 
 
257 aa  57.8  0.0000003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2369  diguanylate cyclase  28.36 
 
 
353 aa  57.8  0.0000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.34805  normal  0.423605 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0892  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.81 
 
 
638 aa  57.4  0.0000004  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.599244  normal  0.0200514 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3571  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  21.23 
 
 
611 aa  57  0.0000005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0995  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.05 
 
 
762 aa  56.6  0.0000006  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.304607 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4075  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  33.6 
 
 
878 aa  56.2  0.0000008  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0637  hypothetical protein  29.63 
 
 
257 aa  56.2  0.0000009  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  hitchhiker  0.00815017  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4571  diguanylate phosphodiesterase  34.78 
 
 
447 aa  56.2  0.0000009  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.300583 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2139  diguanylate phosphodiesterase  33.33 
 
 
403 aa  55.5  0.000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.067843  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1152  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  31.65 
 
 
710 aa  55.5  0.000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0872705  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4174  diguanylate phosphodiesterase  35 
 
 
425 aa  55.5  0.000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.886993  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1691  diguanylate phosphodiesterase  28.34 
 
 
366 aa  55.5  0.000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000214274 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5174  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  29.49 
 
 
703 aa  55.8  0.000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.903635 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2526  diguanylate phosphodiesterase with GAF sensor(s)  35.35 
 
 
422 aa  55.1  0.000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4074  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  35.79 
 
 
893 aa  55.1  0.000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.955306  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0300  diguanylate phosphodiesterase  37.59 
 
 
362 aa  54.3  0.000003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.907769  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2246  diguanylate phosphodiesterase  34.74 
 
 
413 aa  54.3  0.000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.101865  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1281  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  28.57 
 
 
559 aa  54.3  0.000003  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.0647762  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0415  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  30.3 
 
 
1486 aa  53.9  0.000004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0699  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.43 
 
 
633 aa  53.5  0.000005  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0028  diguanylate phosphodiesterase  25.6 
 
 
255 aa  53.5  0.000006  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1408  diguanylate phosphodiesterase  28.84 
 
 
332 aa  53.1  0.000006  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.939193  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0363  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  36.36 
 
 
677 aa  53.1  0.000007  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.327078  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2451  periplasmic sensor diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.57 
 
 
802 aa  53.1  0.000007  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.312082 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4505  diguanylate phosphodiesterase with GAF sensor(s)  34.95 
 
 
409 aa  52.8  0.000009  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.660376  normal  0.902865 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2444  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.82 
 
 
683 aa  52.4  0.00001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1033  diguanylate phosphodiesterase  21.92 
 
 
413 aa  52  0.00001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4066  diguanylate phosphodiesterase  31.58 
 
 
517 aa  52.4  0.00001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3232  diguanylate phosphodiesterase  24.2 
 
 
266 aa  52.8  0.00001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.72536  normal  0.33635 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0428  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.86 
 
 
989 aa  52.4  0.00001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1584  diguanylate phosphodiesterase  24.77 
 
 
263 aa  52.4  0.00001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0237519  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07500  hypothetical protein  27.81 
 
 
1245 aa  52  0.00001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.411522  normal  0.391796 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1310  diguanylate phosphodiesterase  27.97 
 
 
306 aa  52.4  0.00001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.016111  normal  0.292811 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0806  signal protein  28.06 
 
 
257 aa  51.6  0.00002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>