102 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Xaut_0243 on replicon NC_009720
Organism: Xanthobacter autotrophicus Py2



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009720  Xaut_0243  Type IV secretory pathway VirD4 protein-like protein  100 
 
 		 467 aa  966    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  hitchhiker  0.00639777  decreased coverage  0.000749046 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3548  conjugal transfer coupling protein TraG  24.22 
 
 		 664 aa  65.1  0.000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0320  conjugal transfer coupling protein TraG  25 
 
 		 661 aa  63.2  0.00000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0236522  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3689  conjugal transfer coupling protein TraG  32.87 
 
 		 676 aa  61.2  0.00000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3708  conjugal transfer coupling protein TraG  31.95 
 
 		 669 aa  61.2  0.00000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2327  conjugal transfer coupling protein TraG  26.56 
 
 		 662 aa  61.2  0.00000004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.58309  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2913  conjugal transfer coupling protein TraG  31.65 
 
 		 665 aa  60.8  0.00000004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30960  conjugal transfer coupling protein TraG  32.28 
 
 		 666 aa  60.8  0.00000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000000501937  unclonable  1.70004e-21 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1733  conjugal transfer coupling protein TraG  24.49 
 
 		 660 aa  60.8  0.00000005  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1548  conjugal transfer coupling protein TraG  31.58 
 
 		 664 aa  60.1  0.00000007  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.11101  normal  0.84656 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1280  conjugal transfer coupling protein TraG  31.95 
 
 		 665 aa  60.5  0.00000007  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2348  conjugal transfer coupling protein TraG  31.95 
 
 		 669 aa  60.1  0.00000008  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.801098 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3508  conjugal transfer coupling protein TraG  31.45 
 
 		 667 aa  60.1  0.00000008  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0440  conjugal transfer coupling protein TraG  31.65 
 
 		 673 aa  59.7  0.0000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2643  conjugal transfer coupling protein TraG  30.82 
 
 		 672 aa  59.3  0.0000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2002  conjugal transfer coupling protein TraG  32.87 
 
 		 665 aa  58.5  0.0000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0417239  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3188  conjugal transfer coupling protein TraG  32.75 
 
 		 669 aa  58.9  0.0000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3006  conjugal transfer coupling protein TraG  24.6 
 
 		 663 aa  58.5  0.0000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2701  conjugal transfer coupling protein TraG  30.82 
 
 		 669 aa  58.5  0.0000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.143285  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3084  conjugal transfer coupling protein TraG  31.01 
 
 		 661 aa  58.9  0.0000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.847978  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1893  conjugal transfer coupling protein TraG  32.87 
 
 		 670 aa  58.5  0.0000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2025  conjugal transfer coupling protein TraG  31.65 
 
 		 678 aa  57.8  0.0000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7438  conjugal transfer coupling protein TraG  29.8 
 
 		 660 aa  57.4  0.0000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.291662  normal  0.932105 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35740  conjugal transfer coupling protein TraG  31.76 
 
 		 666 aa  57.4  0.0000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0751  conjugal transfer coupling protein TraG  29.69 
 
 		 661 aa  57  0.0000006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1023  conjugal transfer coupling protein TraG  28.42 
 
 		 660 aa  57.4  0.0000006  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2530  TRAG family protein  26.55 
 
 		 661 aa  57  0.0000007  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.684984  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3825  conjugal transfer coupling protein TraG  34.25 
 
 		 666 aa  57  0.0000007  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2586  conjugal transfer coupling protein TraG  31.65 
 
 		 675 aa  56.6  0.0000008  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1196  conjugal transfer coupling protein TraG  31.33 
 
 		 663 aa  57  0.0000008  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0400673  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3539  conjugal transfer coupling protein TraG  31.33 
 
 		 663 aa  57  0.0000008  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0701  conjugal transfer coupling protein TraG  31.51 
 
 		 661 aa  56.6  0.0000009  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3849  conjugal transfer coupling protein TraG  30 
 
 		 664 aa  56.6  0.000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.00986433  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0142  conjugal transfer coupling protein TraG  32.17 
 
 		 674 aa  56.2  0.000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4193  conjugal transfer coupling protein TraG  30.49 
 
 		 663 aa  56.2  0.000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1493  conjugal transfer coupling protein TraG  31.58 
 
 		 700 aa  56.2  0.000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  decreased coverage  0.00200644  normal  0.246461 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3356  conjugal transfer coupling protein TraG  26.17 
 
 		 666 aa  55.8  0.000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.456046  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7739  conjugal transfer coupling protein TraG  32.88 
 
 		 661 aa  56.2  0.000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.477093 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3193  conjugal transfer coupling protein TraG  31.33 
 
 		 661 aa  56.2  0.000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0684551  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2818  conjugal transfer coupling protein TraG  34.01 
 
 		 660 aa  56.2  0.000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.443273  normal  1 
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_3794  TRAG protein  27.46 
 
 		 668 aa  55.8  0.000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0724  conjugal transfer coupling protein TraG  29.3 
 
 		 668 aa  55.5  0.000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2876  conjugal transfer coupling protein TraG  32.68 
 
 		 662 aa  55.8  0.000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.333866 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0968  conjugal transfer coupling protein TraG  25.07 
 
 		 666 aa  55.5  0.000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3903  conjugal transfer coupling protein TraG  32.03 
 
 		 665 aa  55.1  0.000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.342715  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6143  type IV secretion system protein VirD4  27.27 
 
 		 548 aa  55.1  0.000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1506  conjugal transfer coupling protein TraG  30.38 
 
 		 661 aa  54.3  0.000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.600925 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0589  conjugal transfer coupling protein TraG  32.19 
 
 		 659 aa  53.9  0.000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3655  TRAG family protein  27.46 
 
 		 667 aa  54.3  0.000005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.291322  decreased coverage  0.00000244512 
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_3988  TRAG family protein  27.46 
 
 		 670 aa  53.9  0.000005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.420427  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1970  TRAG family protein  22.6 
 
 		 580 aa  53.5  0.000007  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8210  type IV secretion system protein VirD4  25.67 
 
 		 663 aa  53.5  0.000007  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.493038  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0788  TRAG family protein  26.62 
 
 		 590 aa  53.5  0.000007  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1833  conjugal transfer coupling protein TraG  28.57 
 
 		 687 aa  53.5  0.000008  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2618  conjugal transfer coupling protein TraG  31.61 
 
 		 687 aa  53.1  0.000009  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0515  conjugal transfer coupling protein TraG  30.63 
 
 		 662 aa  53.1  0.00001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.246818  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0686  conjugal transfer coupling protein TraG  25.71 
 
 		 756 aa  52.8  0.00001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3305  Type IV secretory pathway VirD4 components-like  29.09 
 
 		 690 aa  52  0.00002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  decreased coverage  0.000882445  normal  0.114382 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5145  type IV secretory pathway VirD4 components  22.22 
 
 		 453 aa  52  0.00002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1362  TRAG family protein  25.84 
 
 		 663 aa  52.4  0.00002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.824009  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4007  conjugal transfer coupling protein TraG  30.82 
 
 		 659 aa  51.6  0.00003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.521585 
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2344  conjugal transfer coupling protein TraG  27.48 
 
 		 723 aa  51.6  0.00003  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.743545  n/a   
 
 
-
 
NC_012040  Cla_a021  conjugal transfer protein TraG/VirD4  29.8 
 
 		 598 aa  51.2  0.00003  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4242  conjugal transfer coupling protein TraG  24.88 
 
 		 682 aa  50.8  0.00005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0995866  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2256  conjugal transfer coupling protein TraG  32.19 
 
 		 573 aa  50.8  0.00006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0018  type IV secretion system component VirD4  18.99 
 
 		 723 aa  49.7  0.0001  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.512537  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1339  conjugal transfer coupling protein TraG  30.99 
 
 		 664 aa  49.7  0.0001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.953058  normal  0.786812 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1502  TRAG family protein  26.53 
 
 		 610 aa  49.7  0.0001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.343787  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5396  conjugal transfer coupling protein TraG  23.38 
 
 		 639 aa  48.9  0.0002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.457132 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5331  TRAG family protein  30.71 
 
 		 658 aa  48.9  0.0002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.390385 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6559  TRAG family protein  24.65 
 
 		 561 aa  48.5  0.0002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0040  type IV secretion system component VirD4  19.07 
 
 		 714 aa  48.1  0.0003  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3153  TRAG family protein  27.56 
 
 		 762 aa  48.5  0.0003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1381  Type IV secretory pathway VirD4 protein-like protein  27.07 
 
 		 656 aa  48.1  0.0004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4192  TRAG family protein  25.18 
 
 		 570 aa  47.8  0.0004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0162  hypothetical protein  22.7 
 
 		 633 aa  47.4  0.0005  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4843  TRAG protein  25.18 
 
 		 557 aa  47.4  0.0006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3323  TRAG family protein  25.18 
 
 		 570 aa  47.4  0.0006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008770  CJJ81176_pVir0007  hypothetical protein  23.08 
 
 		 628 aa  47.4  0.0006  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009508  Swit_5000  TRAG family protein  26.88 
 
 		 670 aa  47  0.0007  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0172  TRAG family protein  24.46 
 
 		 594 aa  47  0.0007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.218422 
 
 
-
 
NC_002978  WD0008  type IV secretion system component VirD4  20.09 
 
 		 648 aa  46.2  0.001  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.325178  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0458  putative type IV secretory pathway protein VirD4  23.74 
 
 		 593 aa  46.2  0.001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.626492  normal  1 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4169  TRAG protein  23.91 
 
 		 678 aa  46.2  0.001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0815  TRAG family protein  27.78 
 
 		 648 aa  46.6  0.001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.805111  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0365  TRAG protein  23.76 
 
 		 661 aa  45.4  0.002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00756366  normal  1 
 
 
-
 
NC_008790  CJJ81176_pTet0040  cmgD4  28.06 
 
 		 603 aa  45.8  0.002  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010000  Sbal195_4715  conjugal transfer coupling protein TraG  27.87 
 
 		 626 aa  45.1  0.002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010509  Mrad2831_6334  TRAG family protein  26.85 
 
 		 897 aa  45.8  0.002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007616  NmulC_2793  TRAG protein  26.45 
 
 		 661 aa  45.1  0.003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0977234  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0739  type IV secretion system component VirD4  22.07 
 
 		 641 aa  45.1  0.003  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7061  conjugal transfer coupling protein TraG  22.95 
 
 		 655 aa  45.1  0.003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.920891  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1764  putative type IV secretory pathway protein VirD4  25.18 
 
 		 575 aa  44.7  0.004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.347607  normal  0.197247 
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4436  TRAG protein  24.55 
 
 		 714 aa  44.7  0.004  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2519  TRAG family protein  26.47 
 
 		 625 aa  44.3  0.004  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.166499  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0180  hypothetical protein  22.14 
 
 		 633 aa  44.3  0.005  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4975  TRAG family protein  25.81 
 
 		 560 aa  43.9  0.007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.24546  normal  1 
 
 
-
 
NC_009432  Rsph17025_4368  TRAG family protein  23.71 
 
 		 713 aa  43.5  0.009  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.538935 
 
 
-
 
NC_014214  Mesil_3620  TRAG family protein  22.48 
 
 		 896 aa  43.1  0.009  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0601306  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2647  putative Type IV secretory pathway protein VirD4  24.64 
 
 		 576 aa  43.1  0.01  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.452126  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>