89 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tery_2043 on replicon NC_008312
Organism: Trichodesmium erythraeum IMS101



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008312  Tery_2043  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  100 
 
 		 274 aa  570  1e-161  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.259973  normal  0.118858 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1894  Squalene/phytoene synthase  72.08 
 
 		 270 aa  397  9.999999999999999e-111  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    unclonable  2.73181e-25 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4808  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  73.08 
 
 		 276 aa  384  1e-106  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  unclonable  0.000000000000603288  normal  0.956727 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0502  Squalene/phytoene synthase  68.82 
 
 		 270 aa  379  1e-104  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0519  Squalene/phytoene synthase  68.82 
 
 		 270 aa  379  1e-104  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  unclonable  0.00000172077  unclonable  0.00000000442805 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0189  squalene/phytoene synthase  26.88 
 
 		 329 aa  80.5  0.00000000000003  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.433494  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4822  Squalene/phytoene synthase  29.04 
 
 		 360 aa  78.6  0.0000000000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  unclonable  0.00000193666  normal  0.636776 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20770  Squalene/phytoene synthase  30.36 
 
 		 377 aa  72.4  0.000000000007  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  decreased coverage  0.00645323  n/a   
 
 
-
 
NC_006685  CNC05660  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase, putative  28.01 
 
 		 542 aa  70.9  0.00000000002  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.148096  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0365  Squalene/phytoene synthase  26.92 
 
 		 299 aa  69.7  0.00000000005  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2690  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  28.44 
 
 		 373 aa  69.3  0.00000000006  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.286545  normal  0.217848 
 
 
-
 
NC_009358  OSTLU_31144  predicted protein  26.27 
 
 		 456 aa  69.3  0.00000000006  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2125  phytoene/squalene synthetase family protein  30.1 
 
 		 347 aa  69.3  0.00000000007  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4159  squalene/phytoene synthase  27.01 
 
 		 354 aa  68.9  0.00000000008  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.283896  normal  0.280623 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3686  squalene/phytoene synthase  27.01 
 
 		 354 aa  68.9  0.00000000008  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.481699 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1784  Squalene synthase  30.1 
 
 		 401 aa  68.9  0.00000000009  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3255  squalene/phytoene synthase  27.96 
 
 		 355 aa  68.9  0.00000000009  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4262  squalene/phytoene synthase  27.96 
 
 		 355 aa  68.6  0.0000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0172457  normal  0.1857 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2280  squalene/phytoene synthase  30.95 
 
 		 359 aa  68.6  0.0000000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4104  squalene/phytoene synthase  27.96 
 
 		 355 aa  68.6  0.0000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.132439  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1749  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  27.49 
 
 		 354 aa  68.6  0.0000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0364934  normal  0.191421 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0957  squalene/phytoene synthase  28.32 
 
 		 380 aa  67.4  0.0000000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4328  squalene/phytoene synthase  26.36 
 
 		 367 aa  66.6  0.0000000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0106814  normal  0.0939133 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0124  hypothetical protein  28.23 
 
 		 345 aa  64.7  0.000000001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0813  squalene synthase  26.64 
 
 		 362 aa  63.9  0.000000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.493188  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1133  squalene/phytoene synthase family protein  26.64 
 
 		 349 aa  63.2  0.000000004  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0843  squalene/phytoene synthase family protein  26.64 
 
 		 516 aa  63.2  0.000000004  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.336434  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0327  squalene/phytoene synthase family protein  26.43 
 
 		 402 aa  63.2  0.000000004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.479613  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0892  Squalene/phytoene synthase  29.08 
 
 		 330 aa  63.5  0.000000004  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000000100627  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1762  squalene/phytoene synthase family protein  26.64 
 
 		 513 aa  63.2  0.000000004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.265717  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1321  squalene/phytoene synthase  26.16 
 
 		 366 aa  63.2  0.000000005  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2107  squalene/phytoene synthase family protein  26.64 
 
 		 356 aa  63.2  0.000000005  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.666736  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1840  squalene/phytoene synthase family protein  26.64 
 
 		 356 aa  63.2  0.000000005  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.156378  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0110  hypothetical protein  28.14 
 
 		 345 aa  62.4  0.000000008  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009044  PICST_83429  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  29.3 
 
 		 448 aa  62.4  0.000000008  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.274803  normal  0.0738823 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0418  squalene/phytoene synthase family protein  26.64 
 
 		 349 aa  62  0.00000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2156  squalene/phytoene synthase family protein  26.2 
 
 		 564 aa  60.5  0.00000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5617  Squalene/phytoene synthase  27.91 
 
 		 353 aa  59.3  0.00000007  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0934  Squalene/phytoene synthase  24.53 
 
 		 348 aa  56.2  0.0000005  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0169  squalene/phytoene synthase  25 
 
 		 340 aa  56.2  0.0000006  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  hitchhiker  0.0000509815  normal  0.0348824 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1206  Squalene/phytoene synthase  23.34 
 
 		 355 aa  54.7  0.000001  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  unclonable  0.0000000204086  hitchhiker  0.00000600855 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1585  Squalene/phytoene synthase  23.62 
 
 		 309 aa  53.9  0.000002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2441  Phytoene synthase  25.49 
 
 		 289 aa  52.8  0.000006  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.214033  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3084  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  26.51 
 
 		 350 aa  52.4  0.000008  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011678  PHATRDRAFT_13160  predicted protein  26.93 
 
 		 314 aa  52.4  0.000008  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1173  Squalene/phytoene synthase  24.29 
 
 		 348 aa  52  0.00001  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1814  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  33.77 
 
 		 323 aa  52  0.00001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2244  Phytoene synthase  38.1 
 
 		 303 aa  50.8  0.00002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
BN001306  ANIA_10396  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase, putative (AFU_orthologue; AFUA_7G01220)  28.09 
 
 		 470 aa  50.8  0.00002  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2819  Phytoene synthase  24.87 
 
 		 335 aa  50.4  0.00003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0064  phytoene/squalene synthetase  35.71 
 
 		 236 aa  50.4  0.00003  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1047  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  24.74 
 
 		 292 aa  50.4  0.00003  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.477192  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5450  squalene/phytoene synthase  26.76 
 
 		 351 aa  49.7  0.00005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.035034 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0485  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  25.44 
 
 		 348 aa  49.3  0.00006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.501561  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0523  squalene/phytoene synthase  26.56 
 
 		 298 aa  49.3  0.00007  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.182071  normal  0.774917 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4026  Squalene/phytoene synthase  23.61 
 
 		 388 aa  48.5  0.0001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.600735  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02163  phytoene synthase  25 
 
 		 304 aa  48.1  0.0001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0969  Squalene/phytoene synthase  37.31 
 
 		 311 aa  47.4  0.0003  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.641353 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1833  squalene synthase HpnD  26.5 
 
 		 283 aa  46.6  0.0004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7144  squalene synthase HpnD  26.8 
 
 		 283 aa  46.2  0.0006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1356  phytoene desaturase  25.7 
 
 		 311 aa  46.2  0.0006  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1507  Squalene/phytoene synthase  37.31 
 
 		 309 aa  46.2  0.0006  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.100446  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1732  Squalene/phytoene synthase  37.31 
 
 		 310 aa  46.2  0.0006  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.956731  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0299  phytoene synthase  25.7 
 
 		 304 aa  45.8  0.0007  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.791623  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6349  squalene synthase HpnD  25.93 
 
 		 284 aa  45.1  0.001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  decreased coverage  0.00743094  normal  0.0909411 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1524  putative terpenoid synthase  24.21 
 
 		 293 aa  45.1  0.001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1694  squalene/phytoene synthase  26.13 
 
 		 303 aa  45.1  0.001  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0597183  hitchhiker  0.0000516194 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4010  squalene/phytoene synthase  25.51 
 
 		 349 aa  45.4  0.001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.450209  hitchhiker  0.005496 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7027  squalene synthase HpnD  26.13 
 
 		 282 aa  44.7  0.002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.597423  hitchhiker  0.000000555779 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4080  squalene/phytoene synthase  36.92 
 
 		 310 aa  44.3  0.002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.243563 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2309  Squalene/phytoene synthase  22.76 
 
 		 350 aa  44.7  0.002  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1262  squalene/phytoene synthase  27.04 
 
 		 348 aa  44.3  0.002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.238367  normal  0.0709995 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4139  squalene synthase HpnD  25.79 
 
 		 290 aa  44.7  0.002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0010  putative squalene/phytoene synthase  25.65 
 
 		 306 aa  44.7  0.002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0902  Squalene/phytoene synthase  27.01 
 
 		 351 aa  44.3  0.002  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.883554  normal  0.674566 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1700  Squalene/phytoene synthase  24.49 
 
 		 355 aa  43.9  0.003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.898001  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1371  squalene/phytoene synthase  40.62 
 
 		 302 aa  43.9  0.003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.157684  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3765  squalene/phytoene synthase  25.13 
 
 		 349 aa  43.9  0.003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.142197  hitchhiker  0.00585073 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1738  squalene/phytoene synthase  22.9 
 
 		 310 aa  43.5  0.004  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.214205  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2117  squalene/phytoene synthase  26.37 
 
 		 337 aa  43.5  0.004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1752  squalene/phytoene synthase  27.41 
 
 		 337 aa  43.5  0.004  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5424  squalene synthase HpnD  27.89 
 
 		 283 aa  43.1  0.005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.766675  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0378  Phytoene synthase  33.8 
 
 		 277 aa  43.1  0.005  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.883354  normal  1 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_01581  squalene and phytoene synthase  23.33 
 
 		 313 aa  42.7  0.006  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1942  squalene synthase HpnD  25.87 
 
 		 283 aa  42.7  0.006  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.802248 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1746  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  23.72 
 
 		 316 aa  42.7  0.007  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23110  squalene synthase HpnD  26.63 
 
 		 288 aa  42.4  0.007  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.246209  normal  0.237195 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2218  squalene synthase HpnD  25.87 
 
 		 283 aa  42.7  0.007  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.674273  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3132  squalene/phytoene synthase  31.08 
 
 		 327 aa  42.4  0.009  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.901985 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>