More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_3812 on replicon NC_008042
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008042  TM1040_3812  type II secretion system protein E  100 
 
 		 328 aa  671    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.38086 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3648  type II secretion system protein E  93.27 
 
 		 328 aa  631  1e-180  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.0223544 
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_3983  type II secretion system protein E  93.27 
 
 		 328 aa  631  1e-180  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009622  Smed_6397  P-type DNA transfer ATPase VirB11  37.3 
 
 		 342 aa  184  1.0000000000000001e-45  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9811  type IV secretion protein AvhB11  35.15 
 
 		 340 aa  180  2e-44  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0740  type IV secretion system ATPase VirB11  36.2 
 
 		 331 aa  180  2e-44  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.252836  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4170  type II secretion system protein E  37.78 
 
 		 343 aa  180  2.9999999999999997e-44  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4437  type II secretion system protein E  33.84 
 
 		 349 aa  179  4e-44  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4555  P-type DNA transfer ATPase VirB11  36.31 
 
 		 343 aa  179  4.999999999999999e-44  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.303267  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0019  type IV secretion system ATPase VirB11  34.91 
 
 		 332 aa  171  2e-41  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.0988827  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0007  type IV secretion system ATPase VirB11  35.45 
 
 		 330 aa  168  1e-40  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.0478715  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0041  type IV secretion system ATPase VirB11  34.35 
 
 		 332 aa  160  2e-38  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6214  P-type DNA transfer ATPase VirB11  33.43 
 
 		 349 aa  154  2e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.263277 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0685  P-type DNA transfer ATPase VirB11  31.39 
 
 		 333 aa  149  8e-35  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0248  Type IV secretory pathway AvhB11 protein  31.21 
 
 		 343 aa  140  3.9999999999999997e-32  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  0.776231 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2567  type II secretion system protein E  34.3 
 
 		 469 aa  137  3.0000000000000003e-31  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.368822  normal  1 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5078  P-type DNA transfer ATPase VirB11  31.7 
 
 		 337 aa  137  3.0000000000000003e-31  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.382056 
 
 
-
 
NC_009432  Rsph17025_4369  type II secretion system protein E  33.23 
 
 		 342 aa  137  3.0000000000000003e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.957498 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1109  type II secretion system protein E  35.05 
 
 		 608 aa  136  5e-31  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.280352  normal  0.0921606 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2363  type II/IV secretion system protein  40.51 
 
 		 560 aa  135  9.999999999999999e-31  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.158902  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2019  type II secretion system protein E  34.57 
 
 		 442 aa  135  9.999999999999999e-31  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.547771  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2738  type II secretion system protein E  39.08 
 
 		 624 aa  133  5e-30  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2825  type II secretion system protein E  34.59 
 
 		 450 aa  132  7.999999999999999e-30  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3210  type II secretion system protein E  32.39 
 
 		 463 aa  132  9e-30  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.532215 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0161  hypothetical protein  31.65 
 
 		 334 aa  131  1.0000000000000001e-29  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2702  tight adherence protein TadA  36.36 
 
 		 444 aa  132  1.0000000000000001e-29  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.585164  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1499  type II secretion system protein E  43.81 
 
 		 450 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000031609 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2366  putative pilus assembly protein  34.35 
 
 		 441 aa  131  1.0000000000000001e-29  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.108206  normal  0.102588 
 
 
-
 
NC_012040  Cla_a019  conjugal transfer protein VirB11  29.81 
 
 		 333 aa  132  1.0000000000000001e-29  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1043  type II secretion system protein E  43.81 
 
 		 450 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.994378  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2324  type II secretion system protein E  36.36 
 
 		 444 aa  132  1.0000000000000001e-29  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1523  type II secretion system protein E  43.81 
 
 		 450 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.68059  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6876  FHA domain containing protein  36.33 
 
 		 634 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.4951  normal  0.233177 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1161  type II secretion system protein E  32.59 
 
 		 469 aa  130  2.0000000000000002e-29  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2488  type II secretion system protein E  35.86 
 
 		 451 aa  130  3e-29  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000273965 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4338  type II secretion system protein E  31.51 
 
 		 344 aa  130  3e-29  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.553621  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0422  type II secretion system protein E  31.72 
 
 		 508 aa  130  3e-29  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2647  type II secretion system protein E  38.79 
 
 		 459 aa  130  4.0000000000000003e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2913  type II secretion system protein E  34.59 
 
 		 452 aa  130  4.0000000000000003e-29  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2445  P-type DNA transfer ATPase VirB11  30.89 
 
 		 347 aa  130  4.0000000000000003e-29  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.938664 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1678  type IV secretory pathway, VirB11 component  31.36 
 
 		 361 aa  130  4.0000000000000003e-29  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.247964 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0641  type II secretion system protein E  39.66 
 
 		 456 aa  129  6e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.677023  normal  0.303221 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4663  Flp pilus assembly protein ATPase CpaF  45.83 
 
 		 447 aa  129  7.000000000000001e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0858858  decreased coverage  0.000709192 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0599  type II/IV secretion system protein  32.12 
 
 		 428 aa  129  7.000000000000001e-29  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0682  type II secretion system protein E  32.12 
 
 		 428 aa  129  7.000000000000001e-29  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.667296  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0748  FHA domain-containing protein  31.09 
 
 		 572 aa  129  7.000000000000001e-29  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0260  type II/IV secretion system protein  32.12 
 
 		 428 aa  129  7.000000000000001e-29  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000662566  hitchhiker  0.0000000763288 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0179  hypothetical protein  30.91 
 
 		 334 aa  129  9.000000000000001e-29  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2921  type II/IV secretion system protein E  35.92 
 
 		 638 aa  129  9.000000000000001e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0644  FHA domain-containing protein  30.77 
 
 		 569 aa  128  1.0000000000000001e-28  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.61095 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2796  putative type II/IV secretion ATPase protein, TadA  45.83 
 
 		 469 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.178047  normal  0.242978 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1730  type II secretion system protein E  42.78 
 
 		 447 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000000224608 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1405  type II secretion system protein E  45.24 
 
 		 454 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1498  type II secretion system protein E  35.82 
 
 		 468 aa  128  1.0000000000000001e-28  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0708  type II/IV secretion system protein E  31.05 
 
 		 589 aa  128  1.0000000000000001e-28  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.844285  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1445  type II secretion system protein E  42.78 
 
 		 455 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.314248  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1791  type II/IV secretion system protein  41.41 
 
 		 447 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.24079  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5411  type II secretion system protein E  34.62 
 
 		 440 aa  127  2.0000000000000002e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0593921  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1944  type II/IV secretion system protein  41.41 
 
 		 447 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.000254156  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3241  type II secretion system protein E  30.46 
 
 		 478 aa  127  2.0000000000000002e-28  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3009  type II secretion system protein E  34.73 
 
 		 445 aa  127  2.0000000000000002e-28  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1776  tight adherence protein TadA  40.4 
 
 		 335 aa  128  2.0000000000000002e-28  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.515803  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0119  secretion system protein, putaive  40.4 
 
 		 335 aa  128  2.0000000000000002e-28  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0220928  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1770  type II/IV secretion system protein  41.41 
 
 		 447 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1655  type II secretion system protein E  44.64 
 
 		 469 aa  127  3e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.591506 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0298  type II secretion system protein E  32.35 
 
 		 488 aa  127  3e-28  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0863  P-type DNA transfer ATPase VirB11  31.94 
 
 		 368 aa  127  3e-28  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.349465 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1041  type II secretion system protein E  34.73 
 
 		 444 aa  127  3e-28  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.437209  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0628  type II secretion system protein E  36.48 
 
 		 521 aa  127  3e-28  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.976562 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06193  flp pilus assembly ATPase CpaF  37.07 
 
 		 423 aa  126  4.0000000000000003e-28  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4396  type II secretion system protein E  33.76 
 
 		 481 aa  127  4.0000000000000003e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4250  type II secretion system protein E  36.65 
 
 		 451 aa  126  4.0000000000000003e-28  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.558641  normal  0.482793 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2540  type II/IV secretion system protein  40.91 
 
 		 446 aa  127  4.0000000000000003e-28  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.511754  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1781  type II secretion system protein E  32.13 
 
 		 467 aa  127  4.0000000000000003e-28  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.615567  normal  0.227871 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3523  type II secretion system protein E  32.03 
 
 		 482 aa  126  4.0000000000000003e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.779224  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4360  type II secretion system protein E  36.65 
 
 		 451 aa  126  4.0000000000000003e-28  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3966  type II secretion system protein E  34.47 
 
 		 449 aa  127  4.0000000000000003e-28  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.406102 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0804  type II secretion system protein E  38.3 
 
 		 473 aa  126  5e-28  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3656  type II/IV secretion system protein, ATPase domain-containing protein  36.25 
 
 		 438 aa  126  5e-28  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1528  type II secretion system protein E  36.75 
 
 		 457 aa  126  5e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3424  type II secretion system protein E  31.19 
 
 		 472 aa  126  5e-28  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.546087  normal  0.677685 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0503  type II secretion system protein E  31.48 
 
 		 411 aa  126  5e-28  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.731601  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7034  putative secretory protein kinase, cpaF-like gene  31.8 
 
 		 433 aa  126  5e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.473497 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1339  type II secretion system protein E  33.79 
 
 		 412 aa  126  6e-28  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3716  type II secretion system protein E  32.03 
 
 		 490 aa  125  7e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.058843  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3931  type II secretion system protein E  31.19 
 
 		 472 aa  126  7e-28  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0856952  normal  0.304546 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1876  type II secretion system protein E  31.68 
 
 		 477 aa  125  7e-28  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1682  type II secretion system protein E  36.05 
 
 		 465 aa  125  7e-28  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000847512 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4191  type II secretion system protein E  31.49 
 
 		 491 aa  125  7e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4203  type II secretion system protein E  32.13 
 
 		 484 aa  125  7e-28  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0834137  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7195  Flp pilus assembly protein ATPase CpaF  38.79 
 
 		 455 aa  125  8.000000000000001e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.141277  normal  0.285879 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0236  type II secretion system protein E  30.82 
 
 		 482 aa  125  9e-28  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.505122  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0652  secretion ATPase protein  33.68 
 
 		 453 aa  125  1e-27  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.199713 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5324  type II secretion system protein E  37.93 
 
 		 462 aa  125  1e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0350722  decreased coverage  0.000466022 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1274  type II secretion system protein E  36.05 
 
 		 463 aa  125  1e-27  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2982  type II secretion system protein E  35.06 
 
 		 487 aa  125  1e-27  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.330952  hitchhiker  0.00479532 
 
 
-
 
NC_003296  RSp1085  secretion ATPase protein  33.85 
 
 		 450 aa  124  2e-27  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1019  type II secretion system protein E  32.13 
 
 		 472 aa  124  2e-27  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0388  type II secretion system protein E  31.37 
 
 		 489 aa  124  2e-27  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1918  type II secretion system protein E  39.15 
 
 		 442 aa  124  2e-27  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.250738  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>