More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BamMC406_3931 on replicon NC_010552
Organism: Burkholderia ambifaria MC40-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007434  BURPS1710b_2044  component of type IV pilus  81.99 
 
 
521 aa  692    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.101478  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2054  type II secretion system protein E  89.29 
 
 
474 aa  842    Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00068555  normal  0.102531 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2456  component of type IV pilus  80.5 
 
 
515 aa  692    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.080834  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0828  CpaF  81.99 
 
 
520 aa  692    Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.13968  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1888  type IV pilus assembly protein  81.99 
 
 
523 aa  692    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.414931  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3424  type II secretion system protein E  98.94 
 
 
472 aa  942    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.546087  normal  0.677685 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1876  type IV pilus assembly protein  82.23 
 
 
523 aa  694    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.483104  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1677  CpaF  81.99 
 
 
520 aa  692    Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.521474  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0333  CpaF  81.99 
 
 
520 aa  692    Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0947071  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3931  type II secretion system protein E  100 
 
 
472 aa  949    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0856952  normal  0.304546 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2045  type II secretion system protein E  56.58 
 
 
458 aa  473  1e-132  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0948744  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0898  type II secretion system protein E  54.2 
 
 
467 aa  471  1e-132  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0670  type II secretion system protein E  54.9 
 
 
466 aa  462  1e-129  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.811515  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0309  type II secretion system protein E  56.53 
 
 
455 aa  456  1e-127  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1515  secretory protein kinase, cpaF  53.94 
 
 
432 aa  455  1.0000000000000001e-126  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0638595  normal  0.0739759 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2692  type II secretion system protein E  51.79 
 
 
462 aa  447  1.0000000000000001e-124  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3490  type II secretion system protein E  48.28 
 
 
478 aa  444  1e-123  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.057514 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0422  type II secretion system protein E  48.5 
 
 
508 aa  441  9.999999999999999e-123  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1856  type II secretion system protein E  51.52 
 
 
521 aa  426  1e-118  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.808966  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2018  type II secretion system protein E  53.19 
 
 
445 aa  422  1e-117  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4190  type II secretion system protein E  47.37 
 
 
504 aa  423  1e-117  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5122  type II secretion system protein E  47.01 
 
 
477 aa  423  1e-117  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0451051 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3523  type II secretion system protein E  50.12 
 
 
482 aa  419  1e-116  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.779224  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2290  type II secretion system protein E  51.52 
 
 
498 aa  421  1e-116  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2411  type II secretion system protein E  48.63 
 
 
485 aa  420  1e-116  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3793  type II secretion system protein E  50.96 
 
 
485 aa  421  1e-116  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2830  type II secretion system protein E  47.19 
 
 
482 aa  416  9.999999999999999e-116  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0372  type II/IV secretion system protein, ATP binding domain  49.52 
 
 
428 aa  416  9.999999999999999e-116  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.00402347  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2569  type II secretion system protein E  48.78 
 
 
463 aa  416  9.999999999999999e-116  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1522  type II secretion system protein E  47.93 
 
 
467 aa  416  9.999999999999999e-116  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3355  type II secretion system protein E  47.02 
 
 
488 aa  416  9.999999999999999e-116  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1041  type II secretion system protein E  55.05 
 
 
444 aa  414  1e-114  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.437209  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0608  type II secretion system protein E  52.66 
 
 
423 aa  412  1e-114  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0628  type II secretion system protein E  53.55 
 
 
521 aa  413  1e-114  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.976562 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0604  type II secretion system protein E  49.67 
 
 
476 aa  414  1e-114  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2483  type II secretion system protein E  48.19 
 
 
482 aa  412  1e-114  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.930862 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3210  type II secretion system protein E  53.72 
 
 
463 aa  414  1e-114  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.532215 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2019  type II secretion system protein E  49.5 
 
 
442 aa  412  1e-114  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.547771  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2706  type II secretion system protein E  47.79 
 
 
482 aa  414  1e-114  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.542458  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2381  type II secretion system protein E  48.2 
 
 
483 aa  414  1e-114  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.587547  normal  0.373771 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5324  type II secretion system protein E  53.52 
 
 
462 aa  410  1e-113  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0350722  decreased coverage  0.000466022 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0726  type II secretion system protein E  44.1 
 
 
492 aa  411  1e-113  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.50497  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1781  type II secretion system protein E  46.48 
 
 
467 aa  409  1e-113  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.615567  normal  0.227871 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3716  type II secretion system protein E  48.39 
 
 
490 aa  411  1e-113  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.058843  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0388  type II secretion system protein E  47.07 
 
 
489 aa  411  1e-113  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3794  type II secretion system protein E  45.45 
 
 
480 aa  410  1e-113  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0875515  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4203  type II secretion system protein E  49.4 
 
 
484 aa  410  1e-113  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0834137  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2366  putative pilus assembly protein  50 
 
 
441 aa  410  1e-113  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.108206  normal  0.102588 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0652  secretion ATPase protein  49.76 
 
 
453 aa  405  1.0000000000000001e-112  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.199713 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0298  type II secretion system protein E  48.92 
 
 
488 aa  407  1.0000000000000001e-112  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4396  type II secretion system protein E  53.14 
 
 
481 aa  406  1.0000000000000001e-112  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2555  type II secretion system protein E  52.9 
 
 
464 aa  406  1.0000000000000001e-112  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.174933  normal  0.12963 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4617  type II secretion system protein E  52.49 
 
 
460 aa  406  1.0000000000000001e-112  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.511137 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0641  type II secretion system protein E  52.62 
 
 
456 aa  405  1.0000000000000001e-112  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.677023  normal  0.303221 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7034  putative secretory protein kinase, cpaF-like gene  49.04 
 
 
433 aa  407  1.0000000000000001e-112  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.473497 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4000  type II secretion system protein E  45.82 
 
 
500 aa  408  1.0000000000000001e-112  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.737782  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1161  type II secretion system protein E  54.5 
 
 
469 aa  405  1.0000000000000001e-112  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0799  type II secretion system protein E  50.46 
 
 
452 aa  402  1e-111  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2738  type II secretion system protein E  51.63 
 
 
624 aa  404  1e-111  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06193  flp pilus assembly ATPase CpaF  50.48 
 
 
423 aa  404  1e-111  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0236  type II secretion system protein E  47.24 
 
 
482 aa  403  1e-111  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.505122  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2647  type II secretion system protein E  51.83 
 
 
459 aa  399  9.999999999999999e-111  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1528  type II secretion system protein E  54.47 
 
 
457 aa  400  9.999999999999999e-111  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0588  type II secretion system protein E  52.49 
 
 
454 aa  401  9.999999999999999e-111  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.106283  normal  0.228191 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4191  type II secretion system protein E  47.11 
 
 
491 aa  399  9.999999999999999e-111  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0545  type II secretion system protein E  51.83 
 
 
454 aa  396  1e-109  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.732692 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0260  type II/IV secretion system protein  48.9 
 
 
428 aa  396  1e-109  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000662566  hitchhiker  0.0000000763288 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4479  type II secretion system protein E  47.29 
 
 
491 aa  396  1e-109  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0599  type II/IV secretion system protein  48.9 
 
 
428 aa  396  1e-109  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0682  type II secretion system protein E  48.9 
 
 
428 aa  396  1e-109  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.667296  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6366  type II secretion system protein E  48.48 
 
 
454 aa  392  1e-108  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.595615  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1752  Flp pilus assembly ATPase CpaF  46.64 
 
 
451 aa  393  1e-108  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1274  type II secretion system protein E  52.55 
 
 
463 aa  394  1e-108  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0214  component of type IV pilus  49.01 
 
 
492 aa  395  1e-108  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5492  type II secretion system protein E  48.48 
 
 
454 aa  393  1e-108  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0157969  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6778  type II secretion system protein E  48.48 
 
 
454 aa  393  1e-108  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.367997  normal  0.399772 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1498  type II secretion system protein E  52.14 
 
 
468 aa  394  1e-108  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1682  type II secretion system protein E  52.28 
 
 
465 aa  392  1e-108  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000847512 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1019  type II secretion system protein E  47.1 
 
 
472 aa  393  1e-108  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6002  type II secretion system protein E  51.31 
 
 
455 aa  389  1e-107  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.661496  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1316  type II secretion system protein  52.09 
 
 
455 aa  390  1e-107  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7195  Flp pilus assembly protein ATPase CpaF  51.14 
 
 
455 aa  389  1e-107  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.141277  normal  0.285879 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0795  type II secretion system protein  43.85 
 
 
472 aa  389  1e-107  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2274  type II secretion system protein  51.83 
 
 
455 aa  391  1e-107  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2116  type II secretion system protein E  55.93 
 
 
457 aa  389  1e-107  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.768773  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2761  type II secretion system protein E  51.89 
 
 
416 aa  389  1e-107  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.580196 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6298  type II secretion system protein E  51.31 
 
 
455 aa  389  1e-107  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3091  type II/IV secretion system protein  52.09 
 
 
455 aa  389  1e-107  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2966  type II/IV secretion system protein  52.09 
 
 
455 aa  390  1e-107  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.265625  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2316  type II secretion system protein E  52.56 
 
 
677 aa  385  1e-106  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2363  type II/IV secretion system protein  47.27 
 
 
560 aa  386  1e-106  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.158902  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0994  type II secretion system protein E  46.81 
 
 
496 aa  388  1e-106  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.010804  normal  0.584702 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1918  type II secretion system protein E  46.17 
 
 
442 aa  388  1e-106  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.250738  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1876  type II secretion system protein E  44.49 
 
 
477 aa  384  1e-105  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2354  type II secretion system protein E  49.77 
 
 
452 aa  384  1e-105  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3241  type II secretion system protein E  43.44 
 
 
478 aa  383  1e-105  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6876  FHA domain containing protein  55.88 
 
 
634 aa  384  1e-105  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.4951  normal  0.233177 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0644  FHA domain-containing protein  53.45 
 
 
569 aa  382  1e-104  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.61095 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4613  type II secretion system protein E  49.2 
 
 
467 aa  380  1e-104  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2349  type II secretion system protein E  50.92 
 
 
485 aa  375  1e-103  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.413673 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>