103 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_4009 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009831  Ssed_4009  porin  100 
 
 
342 aa  687  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  2.45606e-07  unclonable  1.65223e-10 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4151  porin  74.64 
 
 
348 aa  516  1e-145  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.00169518  normal  0.241214 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3260  porin  72.78 
 
 
342 aa  511  1e-144  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  1.38522e-07  normal  0.0127606 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0589  porin  71.68 
 
 
344 aa  486  1e-136  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  4.86852e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4152  porin  68.79 
 
 
342 aa  481  1e-135  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0544389  normal  0.155829 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0503  porin  69.52 
 
 
347 aa  476  1e-133  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.00290192  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0789  porin  68.19 
 
 
346 aa  473  1e-132  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  1.29455e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0761  porin  66.38 
 
 
353 aa  466  1e-130  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  3.31419e-06  unclonable  2.51685e-05 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0544  outer membrane porin, putative  65.3 
 
 
361 aa  464  1e-130  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  2.69892e-08  normal  0.0120764 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3228  porin  65.92 
 
 
356 aa  462  1e-129  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  2.70281e-08  hitchhiker  4.79229e-07 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0733  porin  65.37 
 
 
359 aa  458  1e-128  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  5.51944e-08  decreased coverage  3.18488e-05 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3570  porin  65.07 
 
 
354 aa  459  1e-128  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  2.55579e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0814  porin Gram-negative type  65.07 
 
 
354 aa  459  1e-128  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  4.9607e-08  unclonable  3.54557e-12 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3896  outer membrane porin, putative  64.32 
 
 
369 aa  460  1e-128  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0821  porin  63.11 
 
 
365 aa  452  1e-126  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  4.36075e-07  normal  0.264016 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0781  porin  61.34 
 
 
353 aa  428  1e-119  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  2.1464e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0590  porin  58.31 
 
 
354 aa  399  1e-110  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0124003  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3252  porin  56.06 
 
 
352 aa  391  1e-108  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  1.45814e-07  normal  0.417141 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3227  outer membrane porin, putative  55.21 
 
 
354 aa  385  1e-106  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000101033  hitchhiker  5.40368e-07 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0790  porin  56.58 
 
 
354 aa  385  1e-106  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  4.1631e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3569  porin  56.58 
 
 
354 aa  387  1e-106  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00136982  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0815  porin Gram-negative type  56.58 
 
 
354 aa  385  1e-106  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00496289  hitchhiker  1.46698e-10 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0734  porin  55.77 
 
 
354 aa  387  1e-106  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  4.94692e-05  decreased coverage  3.62774e-05 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0822  porin  56.86 
 
 
354 aa  387  1e-106  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0441851  normal  0.422579 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4008  porin  56.62 
 
 
354 aa  384  1e-105  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  2.96209e-05  hitchhiker  5.99213e-08 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0762  outer membrane porin, putative  54.93 
 
 
354 aa  383  1e-105  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  4.57647e-05  unclonable  2.46582e-05 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0545  outer membrane porin, putative  54.21 
 
 
355 aa  377  1e-103  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00179021  hitchhiker  0.00341076 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2587  porin  53.3 
 
 
351 aa  361  1e-98  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2749  porin  51.98 
 
 
372 aa  347  2e-94  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2681  porin  51.98 
 
 
347 aa  347  2e-94  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.201946  normal  0.861695 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3239  outer membrane porin, putative  48.01 
 
 
338 aa  306  3e-82  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.922918 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2278  porin  37.31 
 
 
346 aa  194  2e-48  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.134296  normal  0.609479 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0811  outer membrane porin, putative  35.84 
 
 
342 aa  189  4e-47  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2403  outer membrane porin, putative  36.09 
 
 
351 aa  189  7e-47  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.987816  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1420  outer membrane porin, putative  36.89 
 
 
345 aa  184  2e-45  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1973  porin  35.51 
 
 
349 aa  181  2e-44  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.629836  normal  0.321076 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2092  porin  34.62 
 
 
346 aa  179  7e-44  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.078027  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2880  porin  31.69 
 
 
314 aa  155  1e-36  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  2.45677e-07  hitchhiker  6.46129e-06 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2710  porin  31.69 
 
 
314 aa  154  2e-36  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  3.6835e-06  hitchhiker  1.68324e-06 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2778  porin  31.69 
 
 
314 aa  154  2e-36  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  2.03454e-06  decreased coverage  0.000224903 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2690  porin  31.38 
 
 
317 aa  152  8e-36  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  4.91313e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1295  porin  31.61 
 
 
316 aa  149  5e-35  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  1.7597e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1557  outer membrane porin, putative  29.91 
 
 
321 aa  149  9e-35  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1377  porin  31.29 
 
 
314 aa  146  5e-34  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000151109  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1402  porin  31.29 
 
 
314 aa  146  5e-34  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0177121  normal  0.0236539 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2982  porin Gram-negative type  31.29 
 
 
313 aa  146  5e-34  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000345498  hitchhiker  0.00128876 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1363  porin  31.29 
 
 
314 aa  146  5e-34  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0264795  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3304  porin  30.49 
 
 
314 aa  144  2e-33  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  8.71207e-05  hitchhiker  1.30468e-06 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1073  porin  29.41 
 
 
308 aa  142  1e-32  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0147353  normal  0.297004 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3454  porin  30.18 
 
 
315 aa  139  5e-32  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0284932  hitchhiker  0.000170236 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1206  putative outer membrane porin  30.29 
 
 
340 aa  135  1e-30  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2769  porin  28.2 
 
 
314 aa  134  2e-30  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0218371  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2970  porin  28.74 
 
 
316 aa  129  6e-29  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00088463  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2750  porin  27.95 
 
 
316 aa  126  6e-28  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  1.9899e-06  unclonable  3.82336e-06 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3750  outer membrane protein (porin)  27.01 
 
 
302 aa  99  1e-19  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.817752 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0464  porin  27.58 
 
 
345 aa  93.6  4e-18  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  unclonable  9.37994e-14  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1984  porin Gram-negative type  29.81 
 
 
367 aa  87  5e-16  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  unclonable  8.64013e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2784  putative porin  29.29 
 
 
339 aa  86.7  6e-16  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  unclonable  6.3685e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0448  outer membrane protein (porin)  30.84 
 
 
362 aa  84  4e-15  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  decreased coverage  2.07768e-05  normal  0.425074 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0022  porin Gram-negative type  25.95 
 
 
342 aa  77.8  2e-13  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.561527  normal  0.116595 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3484  porin  26.69 
 
 
357 aa  67  4e-10  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000221125 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1891  porin  25.97 
 
 
349 aa  63.5  5e-09  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0840152  normal  0.0627255 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1671  porin  27.57 
 
 
363 aa  60.5  4e-08  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  4.74529e-07  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5820  porin  25.13 
 
 
338 aa  55.8  1e-06  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.595518  normal  0.841519 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0594  porin  29.73 
 
 
354 aa  55.1  2e-06  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  unclonable  2.27625e-07  unclonable  3.18865e-18 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1907  porin  22.82 
 
 
371 aa  51.6  2e-05  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.178405  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4097  outer membrane porin  22.25 
 
 
374 aa  50.1  5e-05  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.552753  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1642  porin  29.33 
 
 
365 aa  50.4  5e-05  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  unclonable  8.69717e-14  unclonable  1.25637e-06 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2793  porin  23.01 
 
 
350 aa  49.7  7e-05  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.500641  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1114  porin  31.71 
 
 
365 aa  48.9  0.0001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.600912 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0153  porin Gram-negative type  23.89 
 
 
344 aa  48.5  0.0002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1877  porin  29.88 
 
 
361 aa  48.1  0.0002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  unclonable  5.0808e-06  unclonable  8.17359e-05 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5850  porin  21.22 
 
 
366 aa  48.1  0.0002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2038  porin  23.58 
 
 
360 aa  47.4  0.0003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1463  porin  32.58 
 
 
376 aa  46.2  0.0007  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000881778  normal  0.0418658 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0528  porin  31.62 
 
 
338 aa  46.6  0.0007  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  unclonable  4.23032e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0355  outer membrane porin  26.14 
 
 
358 aa  45.8  0.001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.17583  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2050  porin  29.29 
 
 
376 aa  45.8  0.001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.946286  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0534  putative outer membrane porin protein precursor  26.14 
 
 
387 aa  45.4  0.001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0511105  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6317  outer membrane protein, (porin)  26.03 
 
 
358 aa  44.7  0.002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0438  OmpC family outer membrane porin  22.61 
 
 
344 aa  44.7  0.003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.513218  normal  0.842946 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4258  porin  24.31 
 
 
344 aa  43.9  0.004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0937831  hitchhiker  0.000204948 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6742  porin  24.76 
 
 
357 aa  43.9  0.004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0130  outer membrane porin protein  26.32 
 
 
326 aa  43.9  0.004  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0258844  normal  0.0261696 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4118  porin Gram-negative type  27.17 
 
 
342 aa  43.9  0.004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6266  porin  24.34 
 
 
357 aa  43.9  0.004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1564  porin  24.34 
 
 
357 aa  43.9  0.004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.247151  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0154  porin  27.05 
 
 
367 aa  43.5  0.005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.167447  normal  0.122543 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5307  porin Gram-negative type  26.53 
 
 
361 aa  43.1  0.006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0343  outer membrane porin  25.84 
 
 
358 aa  43.5  0.006  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4315  putative transmembrane outer membrane porin signal peptide protein  27.54 
 
 
357 aa  43.1  0.006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.320108  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1091  putative outer membrane porin  28.9 
 
 
363 aa  43.1  0.007  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.432467  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2136  porin signal peptide protein  29.59 
 
 
352 aa  43.1  0.007  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.101357  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0743  outer membrane porin, putative  28.9 
 
 
362 aa  42.7  0.008  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  decreased coverage  0.000425296  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1086  putative outer membrane porin  28.9 
 
 
362 aa  42.7  0.008  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.420468  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3014  putative outer membrane porin  28.9 
 
 
362 aa  42.7  0.008  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  decreased coverage  1.44829e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5679  porin Gram-negative type  26.83 
 
 
361 aa  42.7  0.008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.841044 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1244  porin  28.9 
 
 
362 aa  42.7  0.008  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.289233  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1583  putative outer membrane porin  28.9 
 
 
362 aa  42.7  0.008  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0360665  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2270  putative outer membrane porin  28.9 
 
 
362 aa  42.7  0.008  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>