More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_3476 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_3476  diguanylate cyclase  100 
 
 		 298 aa  610  1e-173  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00597173 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1536  diguanylate cyclase  77.82 
 
 		 278 aa  424  1e-118  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.370191  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0604  diguanylate cyclase  38.87 
 
 		 291 aa  194  1e-48  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.436873  normal  0.310553 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2732  diguanylate cyclase  40.94 
 
 		 283 aa  175  7e-43  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.359365 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0655  diguanylate cyclase  47.09 
 
 		 172 aa  166  5e-40  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00000725118  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0509  diguanylate cyclase  43.75 
 
 		 498 aa  162  6e-39  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00480754 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2458  diguanylate cyclase  47.27 
 
 		 343 aa  152  5.9999999999999996e-36  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.709604 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0330  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  46.75 
 
 		 531 aa  152  5.9999999999999996e-36  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3625  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.2 
 
 		 322 aa  151  1e-35  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3557  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.2 
 
 		 322 aa  151  2e-35  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.457648  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3473  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.7 
 
 		 351 aa  150  2e-35  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3316  diguanylate cyclase  44.94 
 
 		 307 aa  151  2e-35  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0085  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  45.88 
 
 		 301 aa  150  3e-35  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2239  diguanylate cyclase  42.86 
 
 		 387 aa  148  9e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6003  diguanylate cyclase  38.08 
 
 		 371 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.753958  normal  0.321238 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0178  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.98 
 
 		 322 aa  146  4.0000000000000006e-34  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.895619 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1840  putative transmembrane transcriptional sensor regulator  43.37 
 
 		 506 aa  145  6e-34  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0399375  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2758  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.79 
 
 		 698 aa  145  7.0000000000000006e-34  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1750  response regulator PleD  44.38 
 
 		 457 aa  145  8.000000000000001e-34  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.263569  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1357  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.88 
 
 		 901 aa  145  8.000000000000001e-34  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000000351362  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1721  diguanylate cyclase  45.14 
 
 		 483 aa  145  9e-34  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.176219  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2940  sensor diguanylate cyclase  43.79 
 
 		 571 aa  144  1e-33  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0034  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.7 
 
 		 728 aa  144  2e-33  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0984  GGDEF domain-containing protein  42.86 
 
 		 489 aa  144  2e-33  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.184695  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1346  GGDEF domain-containing protein  42.86 
 
 		 499 aa  144  2e-33  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0669442  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1755  diguanylate cyclase  42.86 
 
 		 499 aa  144  2e-33  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0315  GGDEF domain-containing protein  42.86 
 
 		 484 aa  144  2e-33  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.237701  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0207  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.51 
 
 		 772 aa  144  2e-33  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.53871  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0250  GGDEF domain-containing protein  42.86 
 
 		 489 aa  144  2e-33  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.164767  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0390  GGDEF domain-containing protein  42.86 
 
 		 499 aa  144  2e-33  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.817676  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1122  GGDEF domain-containing protein  43.37 
 
 		 506 aa  144  2e-33  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.014859  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1169  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.9 
 
 		 308 aa  143  3e-33  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0822  diguanylate cyclase  43.6 
 
 		 554 aa  143  3e-33  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00155452  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3677  response regulator PleD  40.83 
 
 		 461 aa  144  3e-33  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00345303  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1139  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.9 
 
 		 308 aa  143  3e-33  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0241  diguanylate cyclase  41.76 
 
 		 640 aa  143  4e-33  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2619  diguanylate cyclase  45.24 
 
 		 471 aa  143  4e-33  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.912775  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3583  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.86 
 
 		 322 aa  143  4e-33  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000864033 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0953  diguanylate cyclase  42.11 
 
 		 494 aa  143  4e-33  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1085  diguanylate cyclase  35.66 
 
 		 357 aa  143  4e-33  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1537  diguanylate cyclase  37.19 
 
 		 381 aa  142  5e-33  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1348  response regulator PleD  44.58 
 
 		 457 aa  142  5e-33  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1405  diguanylate cyclase  44.57 
 
 		 464 aa  142  6e-33  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0378  diguanylate cyclase  42.13 
 
 		 422 aa  142  6e-33  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000891935  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1211  diguanylate cyclase  46.39 
 
 		 578 aa  142  6e-33  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1231  diguanylate cyclase  40.83 
 
 		 345 aa  142  7e-33  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3508  diguanylate cyclase  44.12 
 
 		 638 aa  142  7e-33  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0970585 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0304  diguanylate cyclase  44.25 
 
 		 464 aa  142  8e-33  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5514  diguanylate cyclase  42.86 
 
 		 493 aa  142  9e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.333875  normal  0.197216 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0926  diguanylate cyclase  42.11 
 
 		 494 aa  142  9e-33  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3835  diguanylate cyclase  40 
 
 		 316 aa  142  9e-33  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1282  diguanylate cyclase  45.78 
 
 		 578 aa  142  9e-33  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0610  response regulator PleD  41.52 
 
 		 461 aa  141  9.999999999999999e-33  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.961713  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0575  response regulator PleD  41.52 
 
 		 456 aa  141  9.999999999999999e-33  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1282  diguanylate cyclase with GAF sensor  47.24 
 
 		 550 aa  141  9.999999999999999e-33  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000101268  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1847  diguanylate cyclase  44.05 
 
 		 470 aa  142  9.999999999999999e-33  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2740  diguanylate cyclase  36.36 
 
 		 555 aa  141  9.999999999999999e-33  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1149  diguanylate cyclase  41.38 
 
 		 495 aa  141  9.999999999999999e-33  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3816  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.53 
 
 		 797 aa  140  1.9999999999999998e-32  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.250791  normal  0.392847 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0785  diguanylate cyclase with GAF sensor  42.68 
 
 		 367 aa  140  1.9999999999999998e-32  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0165  diguanylate cyclase with GAF sensor  40.22 
 
 		 710 aa  140  1.9999999999999998e-32  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.683683  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0621  diguanylate cyclase  37.82 
 
 		 323 aa  141  1.9999999999999998e-32  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2521  diguanylate cyclase  43.96 
 
 		 350 aa  140  1.9999999999999998e-32  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.848783 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4238  diguanylate cyclase with GAF sensor  42.08 
 
 		 348 aa  141  1.9999999999999998e-32  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1281  diguanylate cyclase with GAF sensor  45.61 
 
 		 586 aa  140  1.9999999999999998e-32  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0058  diguanylate cyclase  42.62 
 
 		 565 aa  140  1.9999999999999998e-32  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.714624  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2318  diguanylate cyclase  35.07 
 
 		 363 aa  140  1.9999999999999998e-32  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4141  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.05 
 
 		 312 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.812185  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4126  diguanylate cyclase with GAF sensor  42.08 
 
 		 348 aa  141  1.9999999999999998e-32  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.859123  normal  0.0985842 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0802  diguanylate cyclase  46.01 
 
 		 321 aa  140  1.9999999999999998e-32  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2092  response regulator receiver protein  44.77 
 
 		 459 aa  140  1.9999999999999998e-32  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00000936351  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0680  diguanylate cyclase  35.02 
 
 		 466 aa  140  3e-32  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0413  diguanylate cyclase  42.46 
 
 		 342 aa  140  3e-32  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0319  two component diguanylate cyclase  42.93 
 
 		 661 aa  140  3e-32  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0109  diguanylate cyclase  45.73 
 
 		 461 aa  140  3e-32  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0701  diguanylate cyclase  45.29 
 
 		 650 aa  140  3e-32  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.291224  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2322  diguanylate cyclase  45.03 
 
 		 354 aa  140  3e-32  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1719  diguanylate cyclase with GAF sensor  39.9 
 
 		 563 aa  140  3.9999999999999997e-32  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3480  diguanylate cyclase  36.68 
 
 		 395 aa  139  3.9999999999999997e-32  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.232889  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3631  GGDEF domain-containing protein  41.62 
 
 		 722 aa  140  3.9999999999999997e-32  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.770761  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0413  diguanylate cyclase  32.92 
 
 		 373 aa  140  3.9999999999999997e-32  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.191775  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1643  GGDEF/response regulator receiver domain-containing protein  40.59 
 
 		 316 aa  139  4.999999999999999e-32  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.176359  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0926  response regulator PleD  42.6 
 
 		 455 aa  139  4.999999999999999e-32  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.773886 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2873  diguanylate cyclase  41.24 
 
 		 650 aa  139  4.999999999999999e-32  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0198  diguanylate cyclase  46.01 
 
 		 312 aa  139  4.999999999999999e-32  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1851  diguanylate cyclase  41.86 
 
 		 620 aa  139  6e-32  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1450  diguanylate cyclase  43.9 
 
 		 1774 aa  139  6e-32  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4131  diguanylate cyclase  41.21 
 
 		 369 aa  139  6e-32  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3750  PAS:GGDEF  39.55 
 
 		 721 aa  139  7e-32  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1741  diguanylate cyclase  37.31 
 
 		 374 aa  139  7.999999999999999e-32  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.564976  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3745  diguanylate cyclase  40.53 
 
 		 681 aa  139  7.999999999999999e-32  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3711  diguanylate cyclase  42.17 
 
 		 320 aa  139  7.999999999999999e-32  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.336724  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3704  diguanylate cyclase  35.02 
 
 		 460 aa  138  8.999999999999999e-32  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0276  diguanylate cyclase  44.64 
 
 		 486 aa  138  8.999999999999999e-32  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0272  diguanylate cyclase  44.64 
 
 		 486 aa  138  8.999999999999999e-32  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0280  diguanylate cyclase  44.64 
 
 		 486 aa  138  8.999999999999999e-32  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0279  diguanylate cyclase  44.64 
 
 		 486 aa  138  8.999999999999999e-32  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00774453  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3753  diguanylate cyclase  45.51 
 
 		 485 aa  138  8.999999999999999e-32  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.580016  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4122  diguanylate cyclase  35.91 
 
 		 395 aa  138  8.999999999999999e-32  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.302969  normal  0.519011 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0995  diguanylate cyclase with GAF sensor  43.11 
 
 		 792 aa  138  1e-31  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.37011  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>